138 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_1568 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_1568  porin  100 
 
 		 403 aa  822    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000403403  hitchhiker  0.00000152354 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2654  porin  66.75 
 
 		 403 aa  549  1e-155  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.157647  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3084  porin  67.07 
 
 		 402 aa  536  1e-151  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000611786  decreased coverage  0.00000268212 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2557  porin  64.41 
 
 		 402 aa  515  1.0000000000000001e-145  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.40328  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1654  porin  63.04 
 
 		 403 aa  504  9.999999999999999e-143  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000730706  normal  0.12603 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2723  porin Gram-negative type  62.8 
 
 		 403 aa  501  1e-141  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.00000000866519  hitchhiker  0.00000818773 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1620  porin  62.8 
 
 		 403 aa  503  1e-141  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000207941  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1631  porin  63.29 
 
 		 403 aa  500  1e-140  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000133613  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2481  porin  62.04 
 
 		 403 aa  489  1e-137  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000211873  hitchhiker  0.0000558993 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1515  porin  58.21 
 
 		 402 aa  467  9.999999999999999e-131  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.00000000337456  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3603  porin  56.7 
 
 		 402 aa  461  1e-129  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.00000000908733  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1821  outer membrane porin, putative  59.61 
 
 		 398 aa  459  9.999999999999999e-129  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0680  porin  55.26 
 
 		 388 aa  457  1e-127  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.424836  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2468  porin  58.29 
 
 		 402 aa  449  1e-125  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000293387  hitchhiker  0.000118178 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2536  porin  58.04 
 
 		 402 aa  447  1.0000000000000001e-124  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000566311  unclonable  0.0000300208 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1251  outer membrane porin, putative  54.92 
 
 		 402 aa  442  1e-123  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000429036  hitchhiker  0.000137517 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2628  porin  57.58 
 
 		 402 aa  440  9.999999999999999e-123  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000106502  hitchhiker  0.00000892589 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2229  porin  47.29 
 
 		 382 aa  373  1e-102  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.218103  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2283  porin  34.14 
 
 		 385 aa  236  7e-61  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0276  porin  33.82 
 
 		 384 aa  233  5e-60  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3873  porin  33.82 
 
 		 384 aa  233  5e-60  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0642035 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4086  porin  35.52 
 
 		 384 aa  232  7.000000000000001e-60  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4055  porin  35.52 
 
 		 384 aa  232  7.000000000000001e-60  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3669  porin  33.82 
 
 		 384 aa  232  9e-60  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3977  porin Gram-negative type  35.52 
 
 		 384 aa  232  1e-59  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3366  porin  33.73 
 
 		 385 aa  230  3e-59  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4173  porin  35.28 
 
 		 384 aa  230  3e-59  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3681  porin  33.82 
 
 		 384 aa  229  8e-59  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1487  porin  34.46 
 
 		 389 aa  226  4e-58  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.911374 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0312  outer membrane porin, putative  33.5 
 
 		 384 aa  225  1e-57  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3060  outer membrane porin, putative  33.73 
 
 		 389 aa  224  3e-57  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2434  porin  32.29 
 
 		 389 aa  220  3.9999999999999997e-56  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.775403  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3336  outer membrane porin, putative  35.04 
 
 		 384 aa  216  5e-55  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04813  hypothetical protein  27.78 
 
 		 365 aa  113  5e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0666  porin  32.66 
 
 		 324 aa  90.9  3e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00111405  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001437  non-specific porin  24.38 
 
 		 352 aa  77  0.0000000000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.524484  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06284  hypothetical protein  30.46 
 
 		 352 aa  72.4  0.00000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0427  putative outer membrane pore protein  24.03 
 
 		 340 aa  70.9  0.00000000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4283  porin  36.36 
 
 		 380 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0748908  normal  0.344647 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0824  outer membrane porin protein LC  26.07 
 
 		 360 aa  63.5  0.000000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.166078  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4111  outer membrane protein, (porin)  32.46 
 
 		 381 aa  59.7  0.00000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000000510275  normal  0.307303 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2197  outer membrane protein  25 
 
 		 357 aa  58.5  0.0000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000111535  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0588  major outer membrane protein OmpU  25.97 
 
 		 333 aa  57.8  0.0000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0116995  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1641  outer membrane protein N  23.35 
 
 		 372 aa  56.6  0.0000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00375551  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1806  outer membrane protein N  23.35 
 
 		 372 aa  56.2  0.0000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0174534  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1679  outer membrane protein (porin)  33.57 
 
 		 380 aa  56.6  0.0000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.537554  normal  0.868597 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1642  outer membrane protein N  23.35 
 
 		 372 aa  56.2  0.0000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1701  outer membrane protein N  23.35 
 
 		 372 aa  56.2  0.0000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1634  outer membrane protein N  23.35 
 
 		 372 aa  56.2  0.0000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.952827  normal  0.939851 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2761  outer membrane porin protein C  25.84 
 
 		 371 aa  56.2  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000019147  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1444  outer membrane porin protein C  25.84 
 
 		 371 aa  56.2  0.000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000996913  normal  0.640308 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2839  outer membrane porin protein C  25.84 
 
 		 371 aa  56.2  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1679  porin  25.28 
 
 		 357 aa  55.8  0.000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.512961  normal  0.118098 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0767  outer membrane phosphoporin protein E  28.72 
 
 		 350 aa  54.3  0.000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0774266 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1458  porin  24.79 
 
 		 365 aa  54.7  0.000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1687  outer membrane porin protein LC  23.7 
 
 		 362 aa  53.5  0.000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.535168 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1750  outer membrane porin protein LC  23.7 
 
 		 362 aa  53.5  0.000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.778273  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1689  outer membrane porin protein LC  23.7 
 
 		 362 aa  53.5  0.000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.808726 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2057  porin  24.1 
 
 		 359 aa  53.1  0.000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002599  outer membrane protein OmpU  26.92 
 
 		 336 aa  53.1  0.000008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0233564  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3366  porin Gram-negative type  26.83 
 
 		 351 aa  52.8  0.00001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0268  outer membrane phosphoporin protein E  26.83 
 
 		 351 aa  52.8  0.00001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2649  porin  28.71 
 
 		 360 aa  52.8  0.00001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.0000000040387  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1770  outer membrane porin protein LC  23.46 
 
 		 362 aa  52  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.895795 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03408  hypothetical protein  27.27 
 
 		 337 aa  51.6  0.00002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06741  hypothetical protein  29.01 
 
 		 330 aa  52  0.00002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0295  outer membrane phosphoporin protein E  27.18 
 
 		 351 aa  51.6  0.00002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00372368 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2115  outer membrane protein N  30.21 
 
 		 360 aa  51.2  0.00003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.829511  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2559  outer membrane protein F  28.23 
 
 		 360 aa  51.2  0.00003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000037634  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2514  outer membrane protein N  30.21 
 
 		 360 aa  51.2  0.00003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.127891 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2224  porin  30.21 
 
 		 360 aa  51.2  0.00003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0575083  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0238  outer membrane phosphoporin protein E  26.7 
 
 		 351 aa  51.2  0.00003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1641  outer membrane protein N  29.59 
 
 		 383 aa  51.2  0.00003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.150346  normal  0.976453 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00238  outer membrane phosphoporin protein E  26.7 
 
 		 345 aa  50.8  0.00004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.86907  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00241  hypothetical protein  26.7 
 
 		 345 aa  50.8  0.00004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.693331  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0273  outer membrane phosphoporin protein E  26.7 
 
 		 351 aa  50.8  0.00004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.664027  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0286  outer membrane phosphoporin protein E  26.7 
 
 		 351 aa  50.8  0.00004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.172379  normal  0.530203 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3340  outer membrane phosphoporin protein E  26.7 
 
 		 351 aa  50.8  0.00004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1979  outer membrane protein F  26.79 
 
 		 360 aa  50.4  0.00006  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000261923  normal  0.629044 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1592  outer membrane porin OpcP  30.94 
 
 		 379 aa  49.7  0.00008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000753079  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000832  outer membrane protein C precursor  24.84 
 
 		 331 aa  49.7  0.0001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0331596  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3345  outer membrane porin, putative  32.47 
 
 		 377 aa  49.3  0.0001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0484  outer membrane porin protein precursor  32.47 
 
 		 377 aa  49.3  0.0001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0260  porin  32.47 
 
 		 378 aa  49.3  0.0001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3014  porin  32.47 
 
 		 377 aa  49.3  0.0001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2079  porin  32.47 
 
 		 377 aa  49.3  0.0001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0289  outer membrane porin  32.47 
 
 		 377 aa  49.3  0.0001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0302  outer membrane porin  32.47 
 
 		 377 aa  49.3  0.0001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3333  porin  32.47 
 
 		 377 aa  49.3  0.0001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2839  porin  25.26 
 
 		 360 aa  49.3  0.0001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00468418 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1968  porin  28.12 
 
 		 378 aa  48.5  0.0002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05099  porin  27.63 
 
 		 321 aa  48.5  0.0002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3264  outer membrane porin protein C  22.3 
 
 		 370 aa  48.1  0.0002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00668257  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3194  porin  30.77 
 
 		 380 aa  48.5  0.0002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.809666  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2089  outer membrane porin, putative  30.39 
 
 		 379 aa  47.4  0.0004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3043  outer membrane protein  30.39 
 
 		 379 aa  47.4  0.0004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00000337977  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0008  OmpC family outer membrane porin  30.81 
 
 		 365 aa  47.8  0.0004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2943  outer membrane porin  30.39 
 
 		 379 aa  47.8  0.0004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.0000414234  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3009  outer membrane porin  30.39 
 
 		 379 aa  47.4  0.0004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.205234  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1957  putative outer membrane porin  30.39 
 
 		 379 aa  47.4  0.0004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>