More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_001047 on replicon NC_013457
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013457  VEA_001047  transcriptional regulator AraC family  100 
 
 		 299 aa  634    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3627  DNA gyrase inhibitor  59.2 
 
 		 300 aa  373  1e-102  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000240584  hitchhiker  0.00747313 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2703  transcription activator, effector binding  33.86 
 
 		 326 aa  179  5.999999999999999e-44  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.268178 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3099  AraC family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 326 aa  155  1e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1576  transcriptional regulator, AraC family  30.41 
 
 		 436 aa  146  4.0000000000000006e-34  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3503  transcription activator, effector binding  28.77 
 
 		 294 aa  134  3e-30  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00111619  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0771  AraC family transcriptional regulator  30.98 
 
 		 288 aa  133  3.9999999999999996e-30  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.472166 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2843  AraC family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 296 aa  130  2.0000000000000002e-29  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.538425  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3057  AraC family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 296 aa  130  2.0000000000000002e-29  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.118978  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2816  AraC family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 296 aa  130  3e-29  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3069  transcriptional regulator, AraC family  29.97 
 
 		 296 aa  130  3e-29  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2776  AraC family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 296 aa  129  9.000000000000001e-29  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3702  transcriptional regulator, AraC type  30.67 
 
 		 308 aa  129  9.000000000000001e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3086  transcriptional regulator, AraC family  29.63 
 
 		 296 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.164604  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2193  transcriptional regulator, AraC family  29.97 
 
 		 296 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000412725 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3053  transcriptional regulator, AraC family  29.29 
 
 		 296 aa  125  9e-28  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3088  AraC family transcriptional regulator  28.96 
 
 		 296 aa  122  6e-27  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.530109  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2836  AraC family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 296 aa  120  3e-26  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00254989  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0946  transcriptional regulator, AraC family  27.78 
 
 		 286 aa  115  6.9999999999999995e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.584518  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2929  AraC family transcriptional regulator  27.95 
 
 		 293 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0126  AraC family transcriptional regulator  27.95 
 
 		 293 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.436666  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0540  transcriptional regulator, AraC family  30.74 
 
 		 289 aa  114  3e-24  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.516999  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0019  transcriptional regulator, AraC family  28.57 
 
 		 314 aa  112  6e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0140  AraC family transcriptional regulator  27.67 
 
 		 293 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.877598  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2167  transcriptional regulator, AraC family  28.47 
 
 		 283 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.273156  normal  0.0865176 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3306  AraC family transcriptional regulator  27.66 
 
 		 292 aa  109  5e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1956  transcriptional regulator, AraC family  29.08 
 
 		 283 aa  105  1e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0993473  normal  0.479782 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1217  transcription activator, effector binding  27.76 
 
 		 288 aa  105  1e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0853  transcriptional regulator, AraC family  27.27 
 
 		 284 aa  104  2e-21  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1474  transcriptional regulator, AraC family  27.94 
 
 		 286 aa  102  8e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3564  AraC family transcriptional regulator  28.16 
 
 		 279 aa  100  2e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.236142  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2173  AraC family transcriptional regulator  27.82 
 
 		 289 aa  100  4e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.671765  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7295  AraC family transcriptional regulator  27.34 
 
 		 277 aa  98.6  1e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.158014  normal  0.567517 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1774  AraC family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 289 aa  97.8  2e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.524324  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0371  AraC family transcriptional regulator  26.19 
 
 		 288 aa  95.5  8e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000611  AraC-type DNA-binding domain-containing protein  26.86 
 
 		 289 aa  94  3e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0208776  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3425  transcription activator, effector binding  27.94 
 
 		 288 aa  93.6  3e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06471  hypothetical protein  26.86 
 
 		 289 aa  93.2  5e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3953  AraC family transcriptional regulator  24.91 
 
 		 287 aa  92.8  7e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0509927  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS03191  transcription regulator protein  37.7 
 
 		 310 aa  91.7  1e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2133  transcription activator effector binding  34.44 
 
 		 152 aa  92  1e-17  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.774789  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3526  transcription activator, effector binding  27.87 
 
 		 288 aa  90.9  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0076  transcription activator, effector binding  27.64 
 
 		 288 aa  91.3  2e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3356  transcription activator, effector binding  27.53 
 
 		 288 aa  90.9  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3431  transcription activator, effector binding  27.13 
 
 		 288 aa  90.1  4e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0077  HTH-type transcriptional regulator, AraC-family  28.36 
 
 		 289 aa  89  9e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5265  transcriptional regulator, AraC family  24.83 
 
 		 281 aa  87.4  3e-16  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3161  AraC family transcriptional regulator  27.18 
 
 		 277 aa  86.7  5e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1641  transcription activator effector binding protein  24.75 
 
 		 287 aa  86.3  6e-16  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3867  transcriptional regulator, AraC family  39.81 
 
 		 295 aa  86.3  6e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.0000535009  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0529  transcriptional regulator, AraC family  24.82 
 
 		 288 aa  85.9  7e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3673  transcriptional regulator, AraC family  39.42 
 
 		 295 aa  85.5  0.000000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12290  Transcriptional regulator, AraC family  30.23 
 
 		 325 aa  85.1  0.000000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0192  AraC family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 299 aa  84.3  0.000000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0179  AraC family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 299 aa  84.3  0.000000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0147136  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0191  AraC family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 299 aa  84.3  0.000000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0211  transcriptional regulator, AraC family  35.96 
 
 		 299 aa  84.3  0.000000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0990  AraC family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 281 aa  84  0.000000000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0526  transcriptional regulator, AraC family  34.62 
 
 		 129 aa  84  0.000000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000198595  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1224  AraC family transcriptional regulator  25.26 
 
 		 288 aa  84  0.000000000000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0494811  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0216  transcriptional regulator, AraC family  36.84 
 
 		 299 aa  84  0.000000000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011655  BCAH187_C0205  transcriptional activator, AraC family  34.29 
 
 		 281 aa  83.6  0.000000000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000524418 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0679  AraC family transcriptional regulator  37.86 
 
 		 289 aa  83.2  0.000000000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0014238  normal  0.551474 
 
 
-
 
NC_011777  BCAH820_B0223  transcriptional activator, AraC family  34.29 
 
 		 281 aa  83.6  0.000000000000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000178737 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0176  AraC family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 299 aa  83.2  0.000000000000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0182  AraC family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 299 aa  82.8  0.000000000000006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3983  transcriptional regulator, AraC family  25.86 
 
 		 291 aa  82.8  0.000000000000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0557  AraC family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 289 aa  82.8  0.000000000000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0568  transcriptional regulator, AraC family  39 
 
 		 293 aa  82  0.00000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.117041  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3481  right origin-binding protein  39 
 
 		 288 aa  80.9  0.00000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0814  right origin-binding protein  39 
 
 		 288 aa  80.9  0.00000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5359  transcriptional regulator, AraC family  27.5 
 
 		 297 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.6789  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3609  AraC family transcriptional regulator  39 
 
 		 288 aa  80.9  0.00000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4381  transcription activator effector binding  24.92 
 
 		 286 aa  81.3  0.00000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.134609  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1523  AraC family transcriptional regulator  37 
 
 		 152 aa  80.9  0.00000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00364512  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3344  helix-turn-helix domain-containing protein  35.42 
 
 		 232 aa  80.5  0.00000000000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.388455  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04272  DNA-binding transcriptional activator  37.5 
 
 		 289 aa  80.1  0.00000000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3601  transcriptional regulator, AraC family  37.5 
 
 		 289 aa  80.1  0.00000000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4837  right origin-binding protein  37.5 
 
 		 289 aa  80.1  0.00000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4994  right origin-binding protein  37.5 
 
 		 289 aa  80.1  0.00000000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04237  hypothetical protein  37.5 
 
 		 289 aa  80.1  0.00000000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5910  right origin-binding protein  37.5 
 
 		 289 aa  80.1  0.00000000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4943  right origin-binding protein  37.5 
 
 		 289 aa  80.1  0.00000000000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4910  right origin-binding protein  37.5 
 
 		 289 aa  80.1  0.00000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4998  right origin-binding protein  37.5 
 
 		 289 aa  80.1  0.00000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3660  AraC family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 289 aa  80.1  0.00000000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4944  right origin-binding protein  37.5 
 
 		 289 aa  80.1  0.00000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4996  right origin-binding protein  37.5 
 
 		 289 aa  80.1  0.00000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4946  right origin-binding protein  37.5 
 
 		 289 aa  80.1  0.00000000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.96055 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4632  right origin-binding protein  37.5 
 
 		 289 aa  80.1  0.00000000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0137  AraC family transcriptional regulator  36 
 
 		 315 aa  79.7  0.00000000000006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.10009 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1472  AraC family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 294 aa  78.6  0.0000000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.102681  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0132  transcription regulator protein  27.8 
 
 		 265 aa  78.2  0.0000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3174  AraC family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 280 aa  78.6  0.0000000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.626893  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6041  transcriptional regulator, AraC family  42.86 
 
 		 303 aa  79  0.0000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.331066 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0266  DNA-binding transcriptional regulator SoxS  32.08 
 
 		 108 aa  78.2  0.0000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2797  transcription activator effector binding  36.73 
 
 		 279 aa  77.8  0.0000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.338998 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03934  DNA-binding transcriptional dual regulator  32.35 
 
 		 107 aa  77  0.0000000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0326041  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4304  DNA-binding transcriptional regulator SoxS  32.35 
 
 		 107 aa  77  0.0000000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4957  transcriptional regulator, AraC family  37.14 
 
 		 290 aa  77.4  0.0000000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>