More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_000054 on replicon NC_013457
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013457  VEA_000054  alanine racemase  100 
 
 		 409 aa  844    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.194325  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0930  alanine racemase  70.9 
 
 		 428 aa  626  1e-178  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2184  alanine racemase  48.83 
 
 		 409 aa  390  1e-107  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.44878  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2041  alanine racemase  48.83 
 
 		 409 aa  390  1e-107  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.29605  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3722  alanine racemase  48.57 
 
 		 409 aa  387  1e-106  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.153642  normal  0.764242 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1764  alanine racemase  42.86 
 
 		 409 aa  342  1e-92  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1652  alanine racemase  42.86 
 
 		 409 aa  342  1e-92  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0861  alanine racemase  34.58 
 
 		 386 aa  193  5e-48  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0852  alanine racemase  34.85 
 
 		 386 aa  193  5e-48  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2697  alanine racemase  33.07 
 
 		 391 aa  189  1e-46  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01680  alanine racemase  33.15 
 
 		 379 aa  186  7e-46  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0964  alanine racemase  32.35 
 
 		 388 aa  185  1.0000000000000001e-45  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0171  alanine racemase  33.6 
 
 		 371 aa  182  1e-44  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0057  alanine racemase  30.42 
 
 		 390 aa  179  9e-44  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3770  alanine racemase  31.37 
 
 		 373 aa  179  1e-43  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.646539  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1903  alanine racemase  32.63 
 
 		 390 aa  178  2e-43  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0696204  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0063  alanine racemase  30.42 
 
 		 373 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.131019  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2594  alanine racemase  31.2 
 
 		 433 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.127753  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0758  alanine racemase  30.05 
 
 		 373 aa  174  2.9999999999999996e-42  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0824  alanine racemase  31.48 
 
 		 380 aa  174  3.9999999999999995e-42  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.664033  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4221  alanine racemase  31.32 
 
 		 411 aa  171  2e-41  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.53018  normal  0.063385 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1758  alanine racemase  31.91 
 
 		 369 aa  170  5e-41  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0562  alanine racemase  30.27 
 
 		 375 aa  169  6e-41  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.629716  normal  0.711821 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2167  alanine racemase  31.12 
 
 		 373 aa  169  8e-41  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000196511  decreased coverage  0.0000176162 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2926  alanine racemase  31.2 
 
 		 389 aa  168  1e-40  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.839244  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3850  alanine racemase  30.38 
 
 		 384 aa  169  1e-40  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2762  alanine racemase  31.2 
 
 		 380 aa  169  1e-40  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00587004  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2908  alanine racemase  30.48 
 
 		 379 aa  169  1e-40  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.184968  normal  0.271691 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0326  alanine racemase  32.97 
 
 		 369 aa  168  1e-40  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.442092  normal  0.535526 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1132  alanine racemase  31.91 
 
 		 380 aa  168  1e-40  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0307  alanine racemase  28.61 
 
 		 390 aa  167  2.9999999999999998e-40  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2865  alanine racemase  30.21 
 
 		 370 aa  167  4e-40  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.000333192  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1160  alanine racemase  29.44 
 
 		 373 aa  167  4e-40  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1484  alanine racemase  28.61 
 
 		 390 aa  164  2.0000000000000002e-39  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.770988  hitchhiker  0.000000845672 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1547  alanine racemase  29.82 
 
 		 388 aa  162  1e-38  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0014745  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0472  alanine racemase  31.12 
 
 		 380 aa  161  2e-38  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1342  alanine racemase  30.85 
 
 		 370 aa  159  7e-38  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0650824  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1095  alanine racemase  30.93 
 
 		 379 aa  159  1e-37  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.885061  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3236  alanine racemase  29.44 
 
 		 391 aa  157  2e-37  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.560123  normal  0.143826 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2070  alanine racemase  29.44 
 
 		 391 aa  158  2e-37  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.773595  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1882  alanine racemase  27.96 
 
 		 377 aa  155  1e-36  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1498  alanine racemase  30.58 
 
 		 378 aa  154  2e-36  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2284  alanine racemase  32.25 
 
 		 376 aa  154  2.9999999999999998e-36  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0606  alanine racemase  28.76 
 
 		 382 aa  152  8e-36  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2201  alanine racemase  29.2 
 
 		 406 aa  152  8.999999999999999e-36  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.419731 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2178  alanine racemase  28.91 
 
 		 391 aa  152  1e-35  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1894  alanine racemase  28.65 
 
 		 391 aa  152  2e-35  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.695419  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1884  alanine racemase  28.65 
 
 		 391 aa  150  3e-35  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2234  alanine racemase  28.53 
 
 		 378 aa  150  3e-35  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2110  alanine racemase  28.65 
 
 		 391 aa  150  3e-35  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2737  alanine racemase  30 
 
 		 382 aa  150  5e-35  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.115785  hitchhiker  0.00850953 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2163  alanine racemase  28.65 
 
 		 391 aa  150  6e-35  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1932  alanine racemase  28.38 
 
 		 391 aa  149  1.0000000000000001e-34  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0390  alanine racemase  28.91 
 
 		 395 aa  149  1.0000000000000001e-34  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.185126  normal  0.667441 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2079  alanine racemase  28.38 
 
 		 391 aa  149  1.0000000000000001e-34  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0412  alanine racemase  28.65 
 
 		 395 aa  149  1.0000000000000001e-34  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.650932  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1931  alanine racemase  28.31 
 
 		 408 aa  148  2.0000000000000003e-34  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0176201  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3576  alanine racemase  27.32 
 
 		 395 aa  147  4.0000000000000006e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3461  alanine racemase  33.51 
 
 		 379 aa  147  5e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2170  alanine racemase  28.5 
 
 		 398 aa  146  7.0000000000000006e-34  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.598884  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4765  alanine racemase  32.11 
 
 		 851 aa  145  1e-33  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3527  alanine racemase  33.51 
 
 		 379 aa  145  2e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3427  alanine racemase  27.49 
 
 		 395 aa  145  2e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.764084  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3508  alanine racemase  27.32 
 
 		 395 aa  145  2e-33  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2736  alanine racemase  28.49 
 
 		 356 aa  143  6e-33  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.390221  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2520  alanine racemase  31.16 
 
 		 811 aa  142  9e-33  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1646  alanine racemase  28.61 
 
 		 374 aa  142  9.999999999999999e-33  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.064552  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3487  alanine racemase  27.13 
 
 		 393 aa  141  1.9999999999999998e-32  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2084  alanine racemase  27.76 
 
 		 375 aa  141  1.9999999999999998e-32  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.261095 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1563  alanine racemase  28.31 
 
 		 392 aa  141  1.9999999999999998e-32  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.985538  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0994  alanine racemase  30.03 
 
 		 382 aa  140  4.999999999999999e-32  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1091  alanine racemase  28.95 
 
 		 384 aa  139  1e-31  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1028  alanine racemase  28.84 
 
 		 368 aa  138  2e-31  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.178415 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0259  alanine racemase  28.21 
 
 		 396 aa  137  3.0000000000000003e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.060575  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1025  alanine racemase  30.03 
 
 		 364 aa  137  5e-31  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5375  alanine racemase  29.97 
 
 		 402 aa  136  6.0000000000000005e-31  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6011  alanine racemase  29.97 
 
 		 380 aa  136  6.0000000000000005e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0222771  normal  0.167789 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1850  alanine racemase  28.3 
 
 		 367 aa  136  8e-31  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.801979  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1583  alanine racemase  28.57 
 
 		 395 aa  135  9e-31  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.545163 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0897  alanine racemase  28.95 
 
 		 403 aa  134  3e-30  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4267  alanine racemase  30.21 
 
 		 375 aa  134  3e-30  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_2011  alanine racemase  28.72 
 
 		 368 aa  134  3.9999999999999996e-30  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.146422  normal  0.0449726 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1898  alanine racemase  30.92 
 
 		 849 aa  134  3.9999999999999996e-30  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0368912 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1635  alanine racemase region  28.02 
 
 		 366 aa  133  5e-30  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0923  alanine racemase  28.95 
 
 		 403 aa  133  6e-30  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0365906  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0226  alanine racemase  27.18 
 
 		 389 aa  132  7.999999999999999e-30  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0264  alanine racemase  27.18 
 
 		 389 aa  132  1.0000000000000001e-29  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0233  putative bifunctional UDP-N-acetylmuramoyl-tripeptide:D-alanyl-D-alanine ligase/alanine racemase  30.59 
 
 		 834 aa  132  1.0000000000000001e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0272  alanine racemase  27.18 
 
 		 389 aa  132  1.0000000000000001e-29  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0224  alanine racemase  27.18 
 
 		 389 aa  132  1.0000000000000001e-29  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0905  alanine racemase  27.64 
 
 		 389 aa  132  1.0000000000000001e-29  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00165979  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0238  alanine racemase  27.37 
 
 		 389 aa  132  1.0000000000000001e-29  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0286  alanine racemase  27.18 
 
 		 389 aa  131  2.0000000000000002e-29  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3724  putative bifunctional UDP-N-acetylmuramoyl-tripeptide:D-alanyl-D-alanine ligase/alanine racemase  30.21 
 
 		 842 aa  131  3e-29  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0238  alanine racemase  26.91 
 
 		 389 aa  130  4.0000000000000003e-29  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0934  alanine racemase  29.66 
 
 		 376 aa  130  4.0000000000000003e-29  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0252  alanine racemase  26.91 
 
 		 389 aa  130  4.0000000000000003e-29  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0267  alanine racemase  26.91 
 
 		 389 aa  130  4.0000000000000003e-29  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.386935  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5058  alanine racemase  26.72 
 
 		 389 aa  130  5.0000000000000004e-29  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0357  alanine racemase  31.25 
 
 		 400 aa  130  5.0000000000000004e-29  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>