More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_2026 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_2026  cytochrome c, class IC  100 
 
 		 107 aa  217  3e-56  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3049  cytochrome c, class I  45.63 
 
 		 113 aa  95.5  2e-19  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000000419911  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3008  cytochrome c, class I  46.81 
 
 		 196 aa  92.8  1e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0100  cytochrome c class I  45.95 
 
 		 206 aa  91.3  4e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0283  cytochrome c family protein  55.7 
 
 		 318 aa  90.1  8e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2603  cytochrome c family protein  51.52 
 
 		 202 aa  89  2e-17  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.44743  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2702  cytochrome c, class I  53.66 
 
 		 108 aa  89  2e-17  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.482609  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0210  cytochrome c, class I  48.94 
 
 		 200 aa  88.2  4e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.478667  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0141  cytochrome c class I  46.08 
 
 		 205 aa  86.3  1e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0628  cytochrome c, class I  46.15 
 
 		 102 aa  86.3  1e-16  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000000335471  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0126  cytochrome c4  46.08 
 
 		 205 aa  85.9  2e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.813624  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0143  cytochrome c, class I  46.08 
 
 		 205 aa  85.9  2e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.286683  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3622  cytochrome c, class I  45.63 
 
 		 206 aa  85.9  2e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00635609  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0057  cytochrome c class I  42.2 
 
 		 206 aa  85.1  3e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.53791  hitchhiker  0.00143417 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5102  cytochrome c class I  46.08 
 
 		 205 aa  85.1  3e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0768786 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2414  putative cytochrome c  48.89 
 
 		 206 aa  84.7  3e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.281547  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4666  cytochrome c  42.59 
 
 		 207 aa  84.7  4e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00327  cytochrome C552  51.95 
 
 		 153 aa  84.7  4e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0524  cytochrome c, class I  45.16 
 
 		 115 aa  84.7  4e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.614003 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0089  cytochrome c class I  52.56 
 
 		 205 aa  84.3  5e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0091  cytochrome c, class I  45.63 
 
 		 206 aa  84.3  5e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.00000000145105  normal  0.1806 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3907  cytochrome c, class I  42.99 
 
 		 207 aa  84.3  5e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0045605  normal  0.272938 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3999  cytochrome c, class I  42.99 
 
 		 207 aa  84.3  5e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.898029  normal  0.022349 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4111  cytochrome c, class I  42.99 
 
 		 207 aa  84  6e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.148177  normal  0.590499 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3908  cytochrome c, class I  43.93 
 
 		 207 aa  83.6  8e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4292  cytochrome c class I  42.06 
 
 		 207 aa  83.2  0.000000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000000136847  unclonable  0.00000000000512206 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4347  cytochrome c class I  42.06 
 
 		 207 aa  83.2  0.000000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000000000402028  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0051  cytochrome c class I  42.06 
 
 		 207 aa  83.2  0.000000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00284279  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4487  cytochrome c class I  42.06 
 
 		 207 aa  83.2  0.000000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000352733  normal  0.0165724 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2170  cytochrome c class I  43.43 
 
 		 221 aa  82.8  0.000000000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3093  cytochrome c class I  53.95 
 
 		 105 aa  82.4  0.000000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.571355 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3958  cytochrome c, class I  50.65 
 
 		 108 aa  82  0.000000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.990396  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0552  cytochrome c, class I  43.88 
 
 		 209 aa  81.3  0.000000000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0053  cytochrome c, class I  53.54 
 
 		 203 aa  81.3  0.000000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.301772 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0094  cytochrome c, class I  42.72 
 
 		 206 aa  80.9  0.000000000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00310871  decreased coverage  0.00000781089 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5803  cytochrome c class I  47.67 
 
 		 179 aa  80.5  0.000000000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.182127  normal  0.316784 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3945  cytochrome c, class I  42.72 
 
 		 207 aa  80.1  0.000000000000008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.405176  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3716  cytochrome c, class I  43.14 
 
 		 206 aa  79.7  0.00000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000156417  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00575  cytochrome c553  47.62 
 
 		 205 aa  80.1  0.00000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0157  cytochrome c, class I  50.63 
 
 		 201 aa  79  0.00000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.71333  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2853  cytochrome c, class I  44.44 
 
 		 205 aa  79  0.00000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.530376  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000045  cytochrome c553  38.38 
 
 		 106 aa  79  0.00000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1634  cytochrome c class I  50 
 
 		 153 aa  79  0.00000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.18479  normal  0.474892 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1131  cytochrome c class I  47.5 
 
 		 222 aa  78.6  0.00000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3569  cytochrome c, class I  46.46 
 
 		 202 aa  77.8  0.00000000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.697012  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03219  hypothetical protein  45.12 
 
 		 104 aa  77.8  0.00000000000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1400  class I diheme cytochrome c4  45 
 
 		 198 aa  77.4  0.00000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.49014  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2741  class I diheme cytochrome c4  45 
 
 		 198 aa  77.4  0.00000000000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.236816  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001915  cytochrome c4  45.24 
 
 		 205 aa  77.4  0.00000000000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.352914  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0313  cytochrome c552  53.73 
 
 		 100 aa  77  0.00000000000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.577665  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2027  cytochrome c, class IC  39 
 
 		 111 aa  77  0.00000000000008  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5418  cytochrome c, class I  46.67 
 
 		 200 aa  76.6  0.00000000000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0624  cytochrome c, class I  41.75 
 
 		 211 aa  76.6  0.0000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2406  cytochrome c4  43.88 
 
 		 223 aa  76.6  0.0000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00014  cytochrome c4 cytochrome C, class I in atlantica  39.42 
 
 		 207 aa  76.6  0.0000000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0261  cytochrome C, c4  48.78 
 
 		 222 aa  75.9  0.0000000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3398  cytochrome c, class I  42.57 
 
 		 98 aa  75.9  0.0000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00389658  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0287  cytochrome c, class I  48.78 
 
 		 222 aa  75.9  0.0000000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.745608 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1068  cytochrome c family protein  45.74 
 
 		 206 aa  75.1  0.0000000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.230608  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7221  cytochrome c class I  51.43 
 
 		 112 aa  75.1  0.0000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0388782  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1889  cytochrome c, class I  41.18 
 
 		 221 aa  75.1  0.0000000000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0040  cytochrome c class I  46.84 
 
 		 207 aa  75.1  0.0000000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1180  cytochrome c family protein  45.45 
 
 		 122 aa  74.7  0.0000000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1018  cytochrome c553  45.45 
 
 		 122 aa  74.7  0.0000000000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0301  cytochrome c family protein  45.45 
 
 		 122 aa  74.7  0.0000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1333  cytochrome c family protein  45.45 
 
 		 122 aa  74.7  0.0000000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  decreased coverage  0.00326957  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6469  cytochrome c class I  50 
 
 		 116 aa  74.7  0.0000000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0934  cytochrome c class I  40.95 
 
 		 117 aa  74.7  0.0000000000004  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0847  cytochrome C4  45.45 
 
 		 122 aa  74.7  0.0000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.233095  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1662  cytochrome c class I  40.78 
 
 		 224 aa  74.3  0.0000000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04432  cytochrome C4  45.56 
 
 		 252 aa  74.3  0.0000000000006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3308  cytochrome c class I  38.78 
 
 		 243 aa  73.9  0.0000000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1085  cytochrome c class I  38.61 
 
 		 105 aa  73.6  0.0000000000008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.032196  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1833  cytochrome c554  42.57 
 
 		 107 aa  73.6  0.0000000000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1032  cytochrome c family protein  38.61 
 
 		 105 aa  73.6  0.0000000000008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3050  cytochrome c, class I  39.39 
 
 		 106 aa  73.9  0.0000000000008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000221964  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3416  cytochrome c family protein  38.61 
 
 		 105 aa  73.6  0.0000000000008  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0651  putative periplasmic cytochrome c  38.78 
 
 		 243 aa  73.9  0.0000000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.471094  normal  0.667908 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05667  cytochrome-c oxidase  41.98 
 
 		 108 aa  73.6  0.0000000000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1233  cytochrome c class I  46.59 
 
 		 127 aa  73.6  0.0000000000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.911336  normal  0.743154 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0878  putative cytochrome c-554  34.74 
 
 		 105 aa  73.2  0.000000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0463799  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1770  cytochrome c553-like protein  43.04 
 
 		 195 aa  72.8  0.000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.290935 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0769  putative cytochrome c  43.43 
 
 		 199 aa  73.2  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1922  cytochrome c family protein  38.46 
 
 		 104 aa  72.4  0.000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002765  cytochrome c553  42.68 
 
 		 104 aa  72.4  0.000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.38085  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1172  cytochrome c family protein  44.44 
 
 		 122 aa  72.4  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0967  cytochrome c family protein  44.44 
 
 		 122 aa  72.4  0.000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2099  cytochrome c class I  46 
 
 		 127 aa  72  0.000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.149898 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3313  putative cytochrome C precursor-related protein  45.24 
 
 		 127 aa  72.4  0.000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.477709  normal  0.708119 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0984  cytochrome c, class I  46.25 
 
 		 242 aa  72  0.000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.336073  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0572  cytochrome c, class I  40.86 
 
 		 227 aa  72  0.000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0523  cytochrome c, class I  45.57 
 
 		 112 aa  72.4  0.000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.631495 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2395  cytochrome c family protein  37.19 
 
 		 209 aa  71.6  0.000000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.510701  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0861  cytochrome c, class I  38.78 
 
 		 225 aa  71.6  0.000000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0954  hypothetical protein  39.6 
 
 		 110 aa  71.6  0.000000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0707  cytochrome c554  37.78 
 
 		 146 aa  71.6  0.000000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1464  cytochrome c, class I  47.22 
 
 		 98 aa  71.6  0.000000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00242813  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2701  cytochrome c, class I  47.5 
 
 		 109 aa  71.2  0.000000000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.487536  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0664  cytochrome c, class I  50.75 
 
 		 225 aa  71.2  0.000000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0074134 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5681  cytochrome c class I  47.14 
 
 		 226 aa  71.2  0.000000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.670247  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>