More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3742 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008043  TM1040_3742  farnesyltranstransferase  100 
 
 		 336 aa  681    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.326793  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0750  geranylgeranyl pyrophosphate synthase/polyprenyl synthetase  76.85 
 
 		 333 aa  504  9.999999999999999e-143  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2406  trans-hexaprenyltranstransferase  76.85 
 
 		 333 aa  504  1e-141  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.463272  normal  0.792362 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2470  polyprenyl synthetase  76.23 
 
 		 333 aa  499  1e-140  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.870364  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3072  octaprenyl-diphosphate synthase  77.54 
 
 		 334 aa  493  9.999999999999999e-139  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.436808  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2031  trans-hexaprenyltranstransferase  73.85 
 
 		 333 aa  468  1.0000000000000001e-131  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.613063  normal  0.207674 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0487  trans-hexaprenyltranstransferase  69.49 
 
 		 335 aa  464  9.999999999999999e-131  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0722  polyprenyl synthetase  58.6 
 
 		 339 aa  356  2.9999999999999997e-97  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.197048  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1432  polyprenyl synthetase  57.7 
 
 		 344 aa  350  2e-95  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0054  Polyprenyl synthetase  56.52 
 
 		 358 aa  331  9e-90  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00942137  normal  0.0473484 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2349  octaprenyl diphosphate synthase  52.13 
 
 		 336 aa  331  1e-89  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.130526 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4354  farnesyltranstransferase  53.46 
 
 		 336 aa  330  1e-89  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.523786  hitchhiker  0.00985531 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2592  polyprenyl synthetase  52.76 
 
 		 336 aa  330  2e-89  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.114773 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0855  polyprenyl synthetase  52.8 
 
 		 336 aa  329  3e-89  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.215594  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0519  polyprenyl synthetase  51.82 
 
 		 356 aa  328  7e-89  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3215  farnesyltranstransferase  52.52 
 
 		 336 aa  327  2.0000000000000001e-88  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.153645  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1088  farnesyltranstransferase  53.5 
 
 		 336 aa  326  3e-88  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.720427 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3427  Polyprenyl synthetase  52.04 
 
 		 340 aa  326  4.0000000000000003e-88  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.640132 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1214  farnesyltranstransferase  53.5 
 
 		 336 aa  325  5e-88  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3108  polyprenyl synthetase  52.04 
 
 		 340 aa  325  5e-88  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.185036 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1232  Polyprenyl synthetase  51.23 
 
 		 336 aa  325  6e-88  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0401  polyprenyl synthetase family protein  50.91 
 
 		 340 aa  325  9e-88  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5347  polyprenyl synthetase  54.37 
 
 		 339 aa  321  9.999999999999999e-87  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.960617 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3301  Polyprenyl synthetase  52.35 
 
 		 351 aa  320  9.999999999999999e-87  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.470384 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1115  Polyprenyl synthetase  51.22 
 
 		 337 aa  320  1.9999999999999998e-86  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0458  polyprenyl synthetase  52.81 
 
 		 338 aa  320  1.9999999999999998e-86  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.480075 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0410  polyprenyl synthetase family protein  52.08 
 
 		 328 aa  318  6e-86  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.21047  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2950  farnesyltranstransferase  53.4 
 
 		 360 aa  318  9e-86  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.530131  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2184  trans-hexaprenyltranstransferase  55.31 
 
 		 340 aa  317  2e-85  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1373  polyprenyl synthetase  50 
 
 		 335 aa  316  4e-85  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3354  trans-hexaprenyltranstransferase  51.6 
 
 		 331 aa  315  9.999999999999999e-85  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00431304  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3376  polyprenyl synthetase  54.31 
 
 		 322 aa  314  1.9999999999999998e-84  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0711  polyprenyl synthetase  49.54 
 
 		 338 aa  313  2.9999999999999996e-84  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0498261  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1353  farnesyltranstransferase  51.91 
 
 		 337 aa  312  3.9999999999999997e-84  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.350614  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3448  polyprenyl synthetase  53.5 
 
 		 341 aa  310  2e-83  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.142936 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0943  octaprenyl-diphosphate synthase  52.56 
 
 		 338 aa  310  2e-83  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.560813  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0523  Polyprenyl synthetase  52.72 
 
 		 338 aa  310  2e-83  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.057969  normal  0.393199 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0567  Farnesyltranstransferase  52.72 
 
 		 338 aa  310  2.9999999999999997e-83  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4378  Polyprenyl synthetase  49.85 
 
 		 345 aa  310  2.9999999999999997e-83  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.399439  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2749  polyprenyl synthetase  49.25 
 
 		 345 aa  309  4e-83  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0535555  normal  0.102238 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0383  polyprenyl synthetase  47.92 
 
 		 338 aa  307  2.0000000000000002e-82  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.398476  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0514  trans-hexaprenyltranstransferase  49.36 
 
 		 337 aa  296  5e-79  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.655757 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2830  trans-hexaprenyltranstransferase  49.84 
 
 		 333 aa  286  2.9999999999999996e-76  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000446804  normal  0.601872 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5209  octaprenyl-diphosphate synthase  46.35 
 
 		 322 aa  280  4e-74  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.465308  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60470  octaprenyl-diphosphate synthase  46.5 
 
 		 322 aa  280  4e-74  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.456687  normal  0.0384277 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0796  octylprenyl diphosphate synthase  47.45 
 
 		 322 aa  279  5e-74  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0966  polyprenyl synthetase  48.23 
 
 		 331 aa  278  9e-74  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000309131  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1035  polyprenyl synthetase  48.23 
 
 		 331 aa  278  9e-74  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000000587704  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1068  polyprenyl synthetase  48.23 
 
 		 331 aa  278  9e-74  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000253104  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1317  octaprenyl-diphosphate synthase  44.9 
 
 		 322 aa  278  1e-73  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3324  Polyprenyl synthetase  48.23 
 
 		 331 aa  277  2e-73  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000403675  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0953  trans-hexaprenyltranstransferase  47.6 
 
 		 323 aa  276  4e-73  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0940385  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1003  polyprenyl synthetase  48.55 
 
 		 323 aa  276  5e-73  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000127512  decreased coverage  0.00000500836 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0851  polyprenyl synthetase  48.24 
 
 		 323 aa  274  2.0000000000000002e-72  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000684066  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0854  farnesyltranstransferase  46.23 
 
 		 322 aa  274  2.0000000000000002e-72  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0700  trans-hexaprenyltranstransferase  46.18 
 
 		 322 aa  273  3e-72  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.286073 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4498  polyprenyl synthetase  45.86 
 
 		 322 aa  273  3e-72  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.507536  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2928  trans-hexaprenyltranstransferase  48.46 
 
 		 323 aa  272  6e-72  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000191483  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0687  polyprenyl synthetase  45.86 
 
 		 322 aa  271  1e-71  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.573498  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0719  polyprenyl synthetase  45.86 
 
 		 322 aa  271  1e-71  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0718  polyprenyl synthetase  45.86 
 
 		 322 aa  270  2e-71  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.454253  decreased coverage  0.00754032 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3623  octaprenyl diphosphate synthase  46.23 
 
 		 323 aa  270  2e-71  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00000129591  normal  0.282199 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3495  octaprenyl diphosphate synthase  46.88 
 
 		 370 aa  270  2.9999999999999997e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.00000000000567296  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0868  trans-hexaprenyltranstransferase  48.55 
 
 		 323 aa  270  2.9999999999999997e-71  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000612724  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3497  octaprenyl diphosphate synthase  46.88 
 
 		 370 aa  270  2.9999999999999997e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000502837  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3602  octaprenyl diphosphate synthase  46.88 
 
 		 370 aa  270  2.9999999999999997e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0102331  normal  0.778789 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3664  octaprenyl diphosphate synthase  46.88 
 
 		 370 aa  270  2.9999999999999997e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.000479372  normal  0.0578061 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3415  Polyprenyl synthetase  45.25 
 
 		 322 aa  270  2.9999999999999997e-71  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00212563  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3566  octaprenyl diphosphate synthase  46.88 
 
 		 370 aa  270  2.9999999999999997e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.000499434  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3683  polyprenyl synthetase  48.25 
 
 		 322 aa  268  7e-71  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.719488  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3477  Trans-hexaprenyltranstransferase  44.94 
 
 		 322 aa  268  8e-71  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00654823 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2455  polyprenyl synthetase  47.08 
 
 		 322 aa  268  8.999999999999999e-71  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000180398  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3653  octaprenyl-diphosphate synthase  49.52 
 
 		 323 aa  267  2e-70  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0894  trans-hexaprenyltranstransferase  49.52 
 
 		 331 aa  266  2.9999999999999995e-70  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000238398  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03052  octaprenyl diphosphate synthase  47.19 
 
 		 323 aa  266  4e-70  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0077638  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0520  Polyprenyl synthetase  47.19 
 
 		 323 aa  266  4e-70  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000996752  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3583  octaprenyl diphosphate synthase  47.19 
 
 		 323 aa  266  4e-70  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000015877  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3673  octaprenyl diphosphate synthase  47.19 
 
 		 323 aa  266  4e-70  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000447788  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03003  hypothetical protein  47.19 
 
 		 323 aa  266  4e-70  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00507808  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0513  octaprenyl diphosphate synthase  47.19 
 
 		 323 aa  266  4e-70  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000265793  normal  0.0203333 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3220  polyprenyl synthetase  49.52 
 
 		 331 aa  266  4e-70  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000594957  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3483  octaprenyl diphosphate synthase  46.88 
 
 		 323 aa  266  5e-70  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000000324786  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3380  octaprenyl diphosphate synthase  47.19 
 
 		 323 aa  266  5e-70  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  1.3954399999999998e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3126  trans-hexaprenyltranstransferase  49.21 
 
 		 331 aa  265  5.999999999999999e-70  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000273118  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1814  farnesyltranstransferase  43.75 
 
 		 322 aa  265  7e-70  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4513  octaprenyl-diphosphate synthase  46.15 
 
 		 327 aa  264  1e-69  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0863  trans-hexaprenyltranstransferase  47.5 
 
 		 343 aa  264  1e-69  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0603068  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4509  octaprenyl diphosphate synthase  46.88 
 
 		 323 aa  264  1e-69  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000000159787  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3090  trans-hexaprenyltranstransferase  46.33 
 
 		 323 aa  265  1e-69  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3278  polyprenyl synthetase  46.5 
 
 		 313 aa  265  1e-69  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000293097 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2823  octaprenyl-diphosphate synthase  46.77 
 
 		 322 aa  263  4e-69  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.0000462084  normal  0.156809 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0557  octaprenyl diphosphate synthase  46.69 
 
 		 323 aa  263  4.999999999999999e-69  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000813107  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0473  trans-hexaprenyltranstransferase  48.33 
 
 		 337 aa  262  6e-69  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.521014  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0472  octaprenyl diphosphate synthase  46.25 
 
 		 323 aa  261  8e-69  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000437093  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4861  polyprenyl synthetase  46.18 
 
 		 322 aa  261  8e-69  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.615334  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3739  trans-hexaprenyltranstransferase  45.69 
 
 		 323 aa  262  8e-69  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.0000225438  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0978  trans-hexaprenyltranstransferase  48.23 
 
 		 331 aa  262  8e-69  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000000234439  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0792  octaprenyl diphosphate synthase  46.67 
 
 		 323 aa  261  1e-68  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000411512  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2277  Polyprenyl synthetase  43.99 
 
 		 322 aa  261  1e-68  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1007  phage tail region protein  46.91 
 
 		 320 aa  261  2e-68  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000193077  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>