More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2367 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_2367  biopolymer transport protein ExbD/TolR  100 
 
 		 162 aa  314  3e-85  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0684  biopolymer transport protein ExbD/TolR  63.64 
 
 		 154 aa  196  2.0000000000000003e-49  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.508331  normal  0.11063 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0971  biopolymer transport protein ExbD/TolR  70.07 
 
 		 137 aa  193  8.000000000000001e-49  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1109  biopolymer transport TolR  70.45 
 
 		 134 aa  186  2e-46  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00176605  normal  0.311844 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0671  ExbD/TolR family protein  64.63 
 
 		 156 aa  171  2.9999999999999996e-42  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.045773  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2324  biopolymer transport protein ExbD/TolR  64.63 
 
 		 156 aa  171  2.9999999999999996e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0663066  normal  0.292388 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0560  biopolymer transport protein ExbD/TolR  65.31 
 
 		 156 aa  171  3.9999999999999995e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2120  biopolymer transport TolR  55.88 
 
 		 152 aa  151  4e-36  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0523748  normal  0.245656 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2418  biopolymer transport protein ExbD/TolR  57.55 
 
 		 144 aa  145  2.0000000000000003e-34  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3173  biopolymer transport protein ExbD/TolR  51.68 
 
 		 149 aa  142  3e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.673251  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3619  protein TolR  52.42 
 
 		 152 aa  139  1.9999999999999998e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2629  biopolymer transport TolR  55.28 
 
 		 149 aa  135  2e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1699  ExbD/TolR family TonB system transport protein  53.66 
 
 		 150 aa  132  9.999999999999999e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1641  protein TolR  53.66 
 
 		 150 aa  132  9.999999999999999e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.436956  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1216  biopolymer transport TolR  53.66 
 
 		 150 aa  132  1.9999999999999998e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.212808  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1092  biopolymer transport protein ExbD/TolR  48.34 
 
 		 166 aa  131  3e-30  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2901  biopolymer transport protein ExbD/TolR  46.81 
 
 		 147 aa  127  8.000000000000001e-29  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  hitchhiker  0.00149833  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3058  biopolymer transport TolR  49.61 
 
 		 152 aa  124  5e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0312035  normal  0.159163 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4429  protein TolR  50.39 
 
 		 173 aa  124  8.000000000000001e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.681247 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4753  biopolymer transport protein ExbD/TolR  50 
 
 		 149 aa  121  3e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3498  protein TolR  47.15 
 
 		 151 aa  120  8e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.124794 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3203  protein TolR  47.15 
 
 		 151 aa  120  8e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.349327  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1213  protein TolR  50 
 
 		 147 aa  119  9.999999999999999e-27  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2719  biopolymer transport protein ExbD/TolR  50 
 
 		 151 aa  115  1.9999999999999998e-25  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.746273  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2135  biopolymer transport, TolR  48.15 
 
 		 167 aa  113  1.0000000000000001e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3514  biopolymer transport protein ExbD/TolR  50 
 
 		 151 aa  113  1.0000000000000001e-24  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.262132  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4434  protein TolR  50 
 
 		 147 aa  112  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0620039  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2154  biopolymer transport protein ExbD/TolR  49.19 
 
 		 155 aa  112  3e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.8914  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0527  protein TolR  45.74 
 
 		 155 aa  112  3e-24  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3389  protein TolR  49.17 
 
 		 145 aa  111  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.436196  normal  0.250194 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2215  biopolymer transport protein ExbD/TolR  41.48 
 
 		 154 aa  111  4.0000000000000004e-24  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3136  protein TolR  41.22 
 
 		 146 aa  110  7.000000000000001e-24  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1851  biopolymer transport protein ExbD/TolR  41.04 
 
 		 145 aa  110  1.0000000000000001e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1899  protein TolR  46.09 
 
 		 153 aa  109  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.937922 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1617  protein TolR  46.09 
 
 		 153 aa  109  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.776263  hitchhiker  0.0037279 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1619  protein TolR  46.09 
 
 		 153 aa  109  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.1444  normal  0.157176 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2995  biopolymer transport protein ExbD/TolR  48.31 
 
 		 142 aa  108  4.0000000000000004e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.310145  normal  0.213252 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3511  protein TolR  42.65 
 
 		 139 aa  107  6e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0114553  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3580  protein TolR  44.26 
 
 		 139 aa  107  7.000000000000001e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0746  protein TolR  44.72 
 
 		 148 aa  107  8.000000000000001e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02686  Biopolymer transport protein  40.6 
 
 		 139 aa  106  1e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00153637  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0272  biopolymer transport protein ExbD/TolR  45.9 
 
 		 149 aa  106  1e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.512888  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1396  protein TolR  50.79 
 
 		 156 aa  105  2e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.60771  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0748  protein TolR  44.96 
 
 		 155 aa  105  2e-22  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.031429  normal  0.177174 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3166  protein TolR  47.93 
 
 		 158 aa  105  3e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3309  TonB system transport protein ExbD  48.39 
 
 		 141 aa  105  3e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.537817  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0753  biopolymer transport protein ExbD/TolR  45.32 
 
 		 144 aa  105  3e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0347505  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5304  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  44.17 
 
 		 149 aa  105  4e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.159444  normal  0.423662 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5229  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  43.33 
 
 		 149 aa  104  4e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.334933  normal  0.0672636 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4762  biopolymer transport protein ExbD/TolR  43.33 
 
 		 149 aa  104  4e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.718124  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2733  protein TolR  41.01 
 
 		 145 aa  104  5e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0139663  hitchhiker  0.0000179602 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0922  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  43.09 
 
 		 148 aa  104  6e-22  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.219154 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2454  biopolymer ExbD/TolR family transporter  44.96 
 
 		 176 aa  103  8e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1230  biopolymer ExbD/TolR family transporter  44.96 
 
 		 176 aa  103  8e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0371  biopolymer ExbD/TolR family transporter  44.96 
 
 		 176 aa  103  8e-22  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2641  biopolymer ExbD/TolR family transporter  44.96 
 
 		 176 aa  103  8e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0548  biopolymer transport protein ExbD/TolR  46.92 
 
 		 151 aa  103  8e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.268527  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0856  protein TolR  50 
 
 		 157 aa  103  1e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0027  TolR protein  41.91 
 
 		 139 aa  102  2e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.200658  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3453  biopolymer ExbD/TolR family transporter  44.19 
 
 		 176 aa  102  2e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1908  ExbD/TolR family protein  39.69 
 
 		 141 aa  102  2e-21  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1255  TonB system transport protein ExbD type-1  44.29 
 
 		 169 aa  102  3e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.51439  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1855  biopolymer transport protein ExbD/TolR  40.29 
 
 		 144 aa  102  3e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0126112  normal  0.766522 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2580  biopolymer transport protein ExbD/TolR  46.61 
 
 		 141 aa  102  3e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.25042  normal  0.920318 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1783  protein TolR  41.04 
 
 		 144 aa  101  3e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000043737  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1242  biopolymer transport protein ExbD/TolR  43.54 
 
 		 146 aa  101  4e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0853044  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1810  biopolymer transport protein ExbD/TolR  42.03 
 
 		 157 aa  101  4e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.48447  normal  0.302248 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0470  biopolymer transport protein ExbD/TolR  42.06 
 
 		 141 aa  101  4e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.923665 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1525  biopolymer transport protein ExbD/TolR  39.57 
 
 		 144 aa  101  5e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0168753  normal  0.844163 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1740  biopolymer transport TolR  41.04 
 
 		 144 aa  101  5e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000388711  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1744  biopolymer transport protein ExbD/TolR  41.04 
 
 		 144 aa  101  5e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000276409  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2540  protein TolR  41.04 
 
 		 144 aa  101  5e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000662541  hitchhiker  0.00000251452 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1309  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  40.74 
 
 		 135 aa  100  7e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1531  hypothetical protein  39.86 
 
 		 151 aa  100  8e-21  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1452  hypothetical protein  39.86 
 
 		 151 aa  100  8e-21  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2733  biopolymer transport protein ExbD/TolR  45.53 
 
 		 153 aa  100  8e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3538  biopolymer transport protein ExbD/TolR  41.18 
 
 		 139 aa  100  9e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000031299  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3406  biopolymer transport protein ExbD  41.73 
 
 		 141 aa  100  9e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.479649 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0170  biopolymer transport protein ExbD/TolR  45.38 
 
 		 151 aa  100  9e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0653  biopolymer transport protein ExbD/TolR  45.38 
 
 		 151 aa  100  9e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2566  biopolymer transport TolR  39.57 
 
 		 145 aa  100  1e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000208666  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3341  biopolymer transport protein ExbD  40.94 
 
 		 141 aa  99.8  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.620363 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4538  TolR protein  39.16 
 
 		 146 aa  100  1e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0391  biopolymer transport protein ExbD/TolR  44.62 
 
 		 159 aa  100  1e-20  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4149  biopolymer transport protein ExbD/TolR  40.74 
 
 		 156 aa  99.8  1e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0266463  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0330  biopolymer transport protein ExbD/TolR  46.03 
 
 		 173 aa  100  1e-20  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.175992  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2370  biopolymer transport protein ExbD/TolR  41.91 
 
 		 144 aa  100  1e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000201992  normal  0.146866 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51740  TolR protein  39.16 
 
 		 146 aa  100  1e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0101841  hitchhiker  0.0000169267 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2533  biopolymer transport protein ExbD/TolR  41.91 
 
 		 144 aa  100  1e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000432796  normal  0.100758 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1132  TonB system transport protein ExbD  48.31 
 
 		 157 aa  99  2e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3332  biopolymer transport protein ExbD  40.94 
 
 		 141 aa  99.4  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2088  tolR protein  42.96 
 
 		 145 aa  99  2e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00030908  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3412  biopolymer transport protein ExbD  40.94 
 
 		 141 aa  99.4  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3507  biopolymer transport protein ExbD  40.94 
 
 		 141 aa  99.4  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4541  biopolymer transport protein ExbD/TolR  42.5 
 
 		 142 aa  99.4  2e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1587  protein TolR  43.44 
 
 		 138 aa  99  2e-20  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.437138  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1516  biopolymer transport protein ExbD/TolR  42.38 
 
 		 156 aa  99  2e-20  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.890263  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0620  biopolymer transport protein ExbD/TolR  44.2 
 
 		 151 aa  98.6  3e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1268  biopolymer transport protein ExbD/TolR  42.04 
 
 		 156 aa  98.6  3e-20  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0930334  normal  0.120494 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2306  biopolymer transport protein ExbD/TolR  42.04 
 
 		 156 aa  98.6  3e-20  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.426715  normal  0.290697 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>