More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1839 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_1839  FAD dependent oxidoreductase  100 
 
 		 436 aa  894    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.131772  normal  0.38658 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0863  FAD dependent oxidoreductase  63.36 
 
 		 433 aa  539  9.999999999999999e-153  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0378  hypothetical protein  62.44 
 
 		 433 aa  531  1e-150  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.18492  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2032  FAD dependent oxidoreductase  62.44 
 
 		 433 aa  533  1e-150  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1398  FAD dependent oxidoreductase  58.45 
 
 		 436 aa  491  1e-137  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.35524 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2625  FAD dependent oxidoreductase  54.05 
 
 		 423 aa  453  1.0000000000000001e-126  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.526109  normal  0.108457 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2227  putative FAD dependent oxidoreductase  54.5 
 
 		 434 aa  448  1e-125  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0806459  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1940  FAD dependent oxidoreductase  54.12 
 
 		 439 aa  422  1e-117  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0993886  normal  0.016736 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1124  FAD dependent oxidoreductase  49.54 
 
 		 453 aa  408  1e-113  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.564615  normal  0.27217 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3518  FAD dependent oxidoreductase  47.85 
 
 		 425 aa  396  1e-109  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.239755 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3943  FAD dependent oxidoreductase  49.64 
 
 		 428 aa  389  1e-107  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.613725 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0935  putative oxidoreductase  45.73 
 
 		 430 aa  378  1e-103  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.340528  normal  0.725116 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4659  FAD dependent oxidoreductase  46.17 
 
 		 430 aa  377  1e-103  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2694  hypothetical protein  45.63 
 
 		 427 aa  366  1e-100  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.177617  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1954  oxidoreductase, FAD-binding  47.27 
 
 		 430 aa  365  1e-99  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2911  FAD dependent oxidoreductase  47.16 
 
 		 433 aa  364  2e-99  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1949  FAD dependent oxidoreductase  44.68 
 
 		 427 aa  361  1e-98  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.764265  decreased coverage  0.00013363 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2448  FAD dependent oxidoreductase  44.44 
 
 		 427 aa  360  2e-98  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3245  FAD dependent oxidoreductase  44.44 
 
 		 427 aa  360  3e-98  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.363775  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3524  FAD dependent oxidoreductase  44.44 
 
 		 427 aa  360  3e-98  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.193766 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6351  FAD dependent oxidoreductase  46.45 
 
 		 433 aa  360  3e-98  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3021  FAD dependent oxidoreductase  46.68 
 
 		 433 aa  360  4e-98  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3002  FAD dependent oxidoreductase  46.45 
 
 		 433 aa  358  8e-98  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0232  FAD dependent oxidoreductase  44.37 
 
 		 437 aa  357  1.9999999999999998e-97  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2996  FAD dependent oxidoreductase  46.1 
 
 		 433 aa  357  2.9999999999999997e-97  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1975  FAD dependent oxidoreductase  44.21 
 
 		 427 aa  356  3.9999999999999996e-97  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.185752  normal  0.0484481 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3049  FAD dependent oxidoreductase  45.97 
 
 		 433 aa  356  5e-97  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20380  FAD-dependent oxidoreductase  45.86 
 
 		 427 aa  355  5.999999999999999e-97  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0098  hypothetical protein  44.6 
 
 		 437 aa  355  6.999999999999999e-97  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7678  FAD dependent oxidoreductase  43.74 
 
 		 430 aa  355  8.999999999999999e-97  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.428823  normal  0.196419 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1170  FAD dependent oxidoreductase  43.33 
 
 		 428 aa  353  2e-96  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000237219  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1112  FAD dependent oxidoreductase  43.33 
 
 		 428 aa  353  2e-96  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000918343  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1909  FAD dependent oxidoreductase  44.21 
 
 		 427 aa  353  2.9999999999999997e-96  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.275266  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1203  FAD dependent oxidoreductase  43.1 
 
 		 428 aa  352  5.9999999999999994e-96  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0141926  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0770  D-amino acid oxidase family protein  44.66 
 
 		 428 aa  352  8e-96  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.451477  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0628  oxidoreductase  45 
 
 		 430 aa  352  8.999999999999999e-96  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.161285  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2456  hypothetical protein  43.26 
 
 		 427 aa  352  8.999999999999999e-96  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0482132  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28180  hypothetical protein  43.03 
 
 		 427 aa  351  1e-95  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0347636  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0396  FAD dependent oxidoreductase  45.37 
 
 		 432 aa  352  1e-95  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.121903  normal  0.0540762 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3188  FAD dependent oxidoreductase  42.86 
 
 		 428 aa  350  2e-95  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0304337  hitchhiker  0.00908383 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0717  D-amino acid oxidase family protein  44.42 
 
 		 428 aa  350  2e-95  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0720  oxidoreductase  45 
 
 		 430 aa  350  2e-95  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.890874  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5529  FAD dependent oxidoreductase  44.15 
 
 		 436 aa  350  3e-95  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.460053 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1065  FAD dependent oxidoreductase  43.4 
 
 		 428 aa  350  4e-95  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2014  oxidoreductase  45 
 
 		 430 aa  350  4e-95  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48010  D-amino acid oxidoreductase family protein  45.35 
 
 		 438 aa  349  5e-95  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1098  FAD dependent oxidoreductase  42.86 
 
 		 428 aa  349  6e-95  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.289023  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0197  FAD dependent oxidoreductase  44.53 
 
 		 430 aa  348  8e-95  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00048613 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2427  FAD dependent oxidoreductase  44.92 
 
 		 427 aa  347  3e-94  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.214399 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70100  putative oxidoreductase  43.09 
 
 		 439 aa  346  5e-94  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6084  putative oxidoreductase  43.09 
 
 		 439 aa  346  5e-94  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2914  FAD dependent oxidoreductase  42.62 
 
 		 428 aa  345  1e-93  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00154313  normal  0.633175 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3093  FAD dependent oxidoreductase  42.62 
 
 		 428 aa  344  2e-93  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0147187  normal  0.775348 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3005  FAD dependent oxidoreductase  41.37 
 
 		 428 aa  343  2e-93  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.432332  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0242  FAD dependent oxidoreductase  42.59 
 
 		 437 aa  343  2.9999999999999997e-93  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2830  FAD dependent oxidoreductase  42.89 
 
 		 433 aa  343  2.9999999999999997e-93  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2996  FAD dependent oxidoreductase  42.62 
 
 		 428 aa  343  2.9999999999999997e-93  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0244962  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0908  FAD dependent oxidoreductase  42.79 
 
 		 428 aa  343  4e-93  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.314062  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0301  FAD dependent oxidoreductase  43.54 
 
 		 436 aa  343  5e-93  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1274  hypothetical protein  42.62 
 
 		 428 aa  342  7e-93  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1338  FAD dependent oxidoreductase  43.94 
 
 		 425 aa  342  1e-92  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1537  gamma-glutamylputrescine oxidoreductase  42.96 
 
 		 426 aa  340  2e-92  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.263675  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1943  gamma-glutamylputrescine oxidoreductase  42.96 
 
 		 426 aa  339  5.9999999999999996e-92  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1821  gamma-glutamylputrescine oxidoreductase  42.72 
 
 		 426 aa  338  9e-92  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.151789 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01278  gamma-Glu-putrescine oxidase, FAD/NAD(P)-binding  42.72 
 
 		 426 aa  338  9.999999999999999e-92  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.648235  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2345  FAD dependent oxidoreductase  42.72 
 
 		 426 aa  338  9.999999999999999e-92  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000869786  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2324  FAD dependent oxidoreductase  42.72 
 
 		 426 aa  338  9.999999999999999e-92  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01289  hypothetical protein  42.72 
 
 		 426 aa  338  9.999999999999999e-92  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.667562  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0950  FAD dependent oxidoreductase  41.09 
 
 		 440 aa  338  9.999999999999999e-92  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1198  FAD dependent oxidoreductase  41.04 
 
 		 433 aa  338  9.999999999999999e-92  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1416  gamma-glutamylputrescine oxidoreductase  42.72 
 
 		 426 aa  338  9.999999999999999e-92  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1511  gamma-glutamylputrescine oxidoreductase  42.72 
 
 		 426 aa  338  9.999999999999999e-92  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2383  FAD dependent oxidoreductase  42.59 
 
 		 435 aa  336  5.999999999999999e-91  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.155247  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0977  FAD dependent oxidoreductase  41.51 
 
 		 428 aa  336  5.999999999999999e-91  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5325  FAD dependent oxidoreductase  42.82 
 
 		 430 aa  335  9e-91  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0381154 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2638  putative oxidoreductase  41.13 
 
 		 428 aa  332  9e-90  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000755871  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4676  oxidoreductase, FAD-dependent  40.71 
 
 		 427 aa  329  5.0000000000000004e-89  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1135  FAD dependent oxidoreductase  42.12 
 
 		 428 aa  329  5.0000000000000004e-89  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2124  FAD dependent oxidoreductase  40.71 
 
 		 427 aa  327  2.0000000000000001e-88  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.509963  normal  0.340468 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1197  FAD dependent oxidoreductase  43.13 
 
 		 429 aa  327  2.0000000000000001e-88  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.256895  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1120  FAD dependent oxidoreductase  44.87 
 
 		 421 aa  326  4.0000000000000003e-88  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6070  FAD dependent oxidoreductase  43.5 
 
 		 430 aa  326  5e-88  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.21193  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2709  FAD dependent oxidoreductase  41.78 
 
 		 431 aa  326  6e-88  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.362524 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0364  FAD dependent oxidoreductase  44.89 
 
 		 431 aa  325  8.000000000000001e-88  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0544453 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2899  FAD dependent oxidoreductase  42.86 
 
 		 431 aa  325  1e-87  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3937  FAD dependent oxidoreductase  43.23 
 
 		 428 aa  323  3e-87  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2064  FAD dependent oxidoreductase  41.37 
 
 		 426 aa  323  4e-87  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3146  oxidoreductase, putative  40.61 
 
 		 431 aa  322  9.999999999999999e-87  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2415  FAD dependent oxidoreductase  40.71 
 
 		 436 aa  322  9.999999999999999e-87  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0342096  normal  0.0777393 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0296  FAD dependent oxidoreductase  42.04 
 
 		 427 aa  320  3e-86  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3014  FAD dependent oxidoreductase  40.33 
 
 		 435 aa  318  1e-85  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2568  FAD dependent oxidoreductase  40.14 
 
 		 431 aa  317  2e-85  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0799  oxidoreductase  42.58 
 
 		 427 aa  316  5e-85  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2647  oxidoreductase  41.57 
 
 		 435 aa  314  1.9999999999999998e-84  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1264  oxidoreductase  39.95 
 
 		 435 aa  313  3.9999999999999997e-84  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0942  FAD dependent oxidoreductase  39.39 
 
 		 435 aa  313  3.9999999999999997e-84  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2922  FAD dependent oxidoreductase  39.95 
 
 		 435 aa  313  4.999999999999999e-84  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1194  FAD dependent oxidoreductase  40.33 
 
 		 435 aa  312  6.999999999999999e-84  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.202233  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1090  FAD dependent oxidoreductase  40.19 
 
 		 435 aa  312  6.999999999999999e-84  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.143362  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1019  FAD dependent oxidoreductase  45.37 
 
 		 424 aa  312  6.999999999999999e-84  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>