More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_2150 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010506  Swoo_2150  response regulator  100 
 
 
216 aa  446  1.0000000000000001e-124  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0590135  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1824  response regulator  94.44 
 
 
229 aa  424  1e-118  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.152948  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2455  response regulator  95.83 
 
 
214 aa  424  1e-118  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.140183  normal  0.431169 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1953  response regulator  93.52 
 
 
214 aa  418  1e-116  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00404481  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2677  response regulator  90.28 
 
 
214 aa  404  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0738952  normal  0.957867 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2600  response regulator  90.28 
 
 
214 aa  404  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000388579  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1639  response regulator  89.81 
 
 
226 aa  404  1.0000000000000001e-112  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00137195  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1782  response regulator  90.28 
 
 
214 aa  404  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0381154  hitchhiker  0.0000000750596 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2562  response regulator  90.28 
 
 
214 aa  404  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0171044  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1547  response regulator  90.28 
 
 
214 aa  404  1.0000000000000001e-112  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000288339  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1614  response regulator  90.74 
 
 
214 aa  406  1.0000000000000001e-112  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000746753  normal  0.505035 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1608  response regulator  90.28 
 
 
214 aa  404  1.0000000000000001e-112  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000660452  normal  0.150334 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1860  response regulator  89.81 
 
 
214 aa  401  1e-111  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1436  response regulator  88.89 
 
 
214 aa  390  1e-108  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.794512  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2649  response regulator  88.43 
 
 
214 aa  392  1e-108  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1607  response regulator  84.72 
 
 
214 aa  379  1e-104  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000106395  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2141  response regulator  77.36 
 
 
214 aa  336  1.9999999999999998e-91  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.126922  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02748  response regulator  76.53 
 
 
214 aa  335  2.9999999999999997e-91  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0833  response regulator  74.65 
 
 
227 aa  328  5.0000000000000004e-89  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000189156  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1848  response regulator  69.48 
 
 
218 aa  309  2e-83  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0524957  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2501  response regulator  69.63 
 
 
218 aa  305  4.0000000000000004e-82  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000242353  normal  0.495647 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1732  two component transcriptional regulator, LuxR family  68.69 
 
 
218 aa  304  7e-82  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000321601  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1041  response regulator  68.69 
 
 
218 aa  304  7e-82  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000644757  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2147  response regulator  68.69 
 
 
218 aa  304  7e-82  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000040455  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1269  response regulator  68.69 
 
 
218 aa  304  7e-82  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000584326  hitchhiker  0.00198125 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2103  response regulator  69.01 
 
 
218 aa  304  8.000000000000001e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0532421  hitchhiker  0.00988724 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1296  response regulator  69.01 
 
 
218 aa  304  8.000000000000001e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0547167  hitchhiker  0.00000564902 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1173  response regulator  69.01 
 
 
218 aa  304  8.000000000000001e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000706228  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2162  response regulator  69.01 
 
 
218 aa  304  8.000000000000001e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.284818  hitchhiker  0.000000016111 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2686  response regulator  68.69 
 
 
218 aa  303  1.0000000000000001e-81  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000000957663  normal  0.053055 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2012  response regulator  68.69 
 
 
218 aa  303  1.0000000000000001e-81  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000124814  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1518  response regulator  67.44 
 
 
220 aa  301  4.0000000000000003e-81  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.121615  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1725  response regulator  68.22 
 
 
218 aa  301  4.0000000000000003e-81  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000351159  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1192  transcriptional regulator of LuxR family protein  67.59 
 
 
214 aa  301  4.0000000000000003e-81  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1450  response regulator  67.45 
 
 
218 aa  301  6.000000000000001e-81  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2110  response regulator  68.54 
 
 
218 aa  301  6.000000000000001e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.167551  hitchhiker  0.00000000000000238763 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2253  response regulator  67.61 
 
 
218 aa  300  9e-81  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000726498  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2356  response regulator  67.61 
 
 
218 aa  300  9e-81  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.996954  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2052  response regulator  67.61 
 
 
218 aa  300  9e-81  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000052182  hitchhiker  0.00148564 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2669  response regulator  66.35 
 
 
218 aa  298  6e-80  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.000700042  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1594  response regulator  66.35 
 
 
218 aa  297  7e-80  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.518893  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003098  BarA-associated response regulator UvrY  75.4 
 
 
188 aa  289  2e-77  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000268807  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3271  response regulator  65.28 
 
 
214 aa  289  3e-77  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0222898  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2613  response regulator GacA  59.07 
 
 
214 aa  263  1e-69  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.466832  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30650  response regulator GacA  59.07 
 
 
214 aa  263  1e-69  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00700013 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2450  two component LuxR family transcriptional regulator  57.75 
 
 
214 aa  263  2e-69  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00539256  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01869  hypothetical protein  67.38 
 
 
191 aa  261  6.999999999999999e-69  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.000000330184  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3067  two component LuxR family transcriptional regulator  58.65 
 
 
208 aa  254  7e-67  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.598248 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3375  two component LuxR family transcriptional regulator  58.22 
 
 
212 aa  253  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2375  two component LuxR family transcriptional regulator  57.48 
 
 
214 aa  251  8.000000000000001e-66  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.405291  normal  0.0506876 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4099  DNA-binding response regulator GacA  57.28 
 
 
212 aa  249  2e-65  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.427607  normal  0.0594882 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3024  DNA-binding response regulator GacA  57.01 
 
 
214 aa  249  2e-65  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.26082  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2897  LuxR response regulator receiver  56.54 
 
 
222 aa  249  2e-65  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.017691  normal  0.317002 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1765  two component LuxR family transcriptional regulator  57.28 
 
 
212 aa  249  2e-65  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.456405  hitchhiker  0.00257365 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25030  Response regulator GacA  58.37 
 
 
209 aa  248  7e-65  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1191  two component LuxR family transcriptional regulator  53.85 
 
 
219 aa  243  1.9999999999999999e-63  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.259161  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2132  two component LuxR family transcriptional regulator  53.77 
 
 
214 aa  237  1e-61  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0449794  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01879  response regulator  67.68 
 
 
169 aa  229  2e-59  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000614586  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2571  transmission activator LetA  50.94 
 
 
219 aa  226  3e-58  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2699  transmission activator LetA  50.94 
 
 
219 aa  224  9e-58  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3672  two component LuxR family transcriptional regulator  58.24 
 
 
181 aa  218  3.9999999999999997e-56  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.309643  hitchhiker  0.000000290511 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1909  response regulator receiver protein  49.77 
 
 
220 aa  203  2e-51  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.631594  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1429  two component LuxR family transcriptional regulator  42.65 
 
 
211 aa  195  5.000000000000001e-49  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.85494 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3242  two component LuxR family transcriptional regulator  48.84 
 
 
213 aa  193  1e-48  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000371761  hitchhiker  0.000468813 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0998  response regulator  41.98 
 
 
214 aa  192  4e-48  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0896  LuxR family transcriptional regulator  41.98 
 
 
214 aa  192  5e-48  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0703  LuxR family transcriptional regulator  41.71 
 
 
211 aa  190  2e-47  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000151408  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0677  two component LuxR family transcriptional regulator  41.71 
 
 
211 aa  190  2e-47  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.00533706  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2054  response regulator receiver domain-containing protein  52.22 
 
 
198 aa  189  4e-47  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.595634 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0023  two component LuxR family transcriptional regulator  42.72 
 
 
216 aa  188  5e-47  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1526  two component transcriptional regulator, LuxR family  42.65 
 
 
215 aa  186  2e-46  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.88337  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01515  transcriptional regulator LuxR/uhpA family  42.18 
 
 
215 aa  182  3e-45  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.422594  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1168  LuxR family transcriptional regulator  41.51 
 
 
216 aa  182  3e-45  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0828  response regulator  41.51 
 
 
216 aa  182  3e-45  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0183204  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0815  two component LuxR family transcriptional regulator  42.65 
 
 
213 aa  181  9.000000000000001e-45  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00000180305  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1714  two component LuxR family transcriptional regulator  41.71 
 
 
213 aa  176  2e-43  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.975164  hitchhiker  0.000785935 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2089  two component LuxR family transcriptional regulator  41.06 
 
 
220 aa  174  7e-43  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.954326  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2177  response regulator receiver protein  41.06 
 
 
220 aa  174  7e-43  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.430622  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1030  two component LuxR family transcriptional regulator  40 
 
 
215 aa  170  1e-41  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0726  response regulator  39.81 
 
 
211 aa  169  2e-41  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1804  two component transcriptional regulator, LuxR family  43.48 
 
 
212 aa  169  3e-41  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.023063  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3862  two component LuxR family transcriptional regulator  39.91 
 
 
210 aa  168  7e-41  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.734244  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4382  two component LuxR family transcriptional regulator  41.23 
 
 
209 aa  167  9e-41  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0830  transcriptional regulator  39.34 
 
 
211 aa  167  1e-40  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2832  two component transcriptional regulator, LuxR family  39.91 
 
 
210 aa  166  2.9999999999999998e-40  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.988429  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0242  two component LuxR family transcriptional regulator  41.59 
 
 
211 aa  166  2.9999999999999998e-40  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000159114 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3509  two component LuxR family transcriptional regulator  39.91 
 
 
239 aa  166  2.9999999999999998e-40  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.325902  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1809  two component LuxR family transcriptional regulator  39.91 
 
 
210 aa  165  4e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0032  two component LuxR family transcriptional regulator  38.68 
 
 
210 aa  163  2.0000000000000002e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.245451  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0986  LuxR family transcriptional regulator  39.62 
 
 
217 aa  162  4.0000000000000004e-39  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1634  LuxR family DNA-binding response regulator  37.38 
 
 
215 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0127  LuxR family DNA-binding response regulator  37.38 
 
 
215 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.914848  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1551  LuxR family DNA-binding response regulator  37.38 
 
 
215 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3060  two component transcriptional regulator, LuxR family  41.9 
 
 
215 aa  162  4.0000000000000004e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3068  two component transcriptional regulator, LuxR family  38.39 
 
 
209 aa  162  4.0000000000000004e-39  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.44153  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3794  two component LuxR family transcriptional regulator  38.39 
 
 
209 aa  162  4.0000000000000004e-39  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1093  response regulator  39.62 
 
 
217 aa  162  4.0000000000000004e-39  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.120555  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0581  two component LuxR family transcriptional regulator  39.32 
 
 
210 aa  160  2e-38  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1595  two component LuxR family transcriptional regulator  38.65 
 
 
209 aa  159  3e-38  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00167261 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3043  LuxR family DNA binding response regulator  40.76 
 
 
209 aa  159  4e-38  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>