More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_6354 on replicon NC_009622
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009622  Smed_6354  cytochrome c oxidase subunit II  100 
 
 		 334 aa  685    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0096  cytochrome c oxidase, subunit II  55.62 
 
 		 334 aa  372  1e-102  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.296292  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2347  cytochrome c oxidase, subunit II  52.71 
 
 		 334 aa  358  8e-98  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2991  cytochrome c oxidase, subunit II  54.57 
 
 		 338 aa  355  7.999999999999999e-97  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.336386  normal  0.0255364 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5244  cytochrome c oxidase, subunit II  48.76 
 
 		 326 aa  323  2e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0788277  normal  0.868201 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5826  cytochrome c oxidase, subunit II  47.83 
 
 		 330 aa  296  4e-79  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1449  cytochrome c oxidase, subunit II  44.94 
 
 		 346 aa  276  3e-73  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.015711 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3379  cytochrome c oxidase, subunit II  49.4 
 
 		 318 aa  248  1e-64  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0460  cytochrome c oxidase, subunit II  42.44 
 
 		 353 aa  244  1.9999999999999999e-63  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.354816  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4792  cytochrome c oxidase, subunit II  41.38 
 
 		 354 aa  239  4e-62  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0280165  normal  0.517537 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0771  cytochrome c oxidase, subunit II  42.77 
 
 		 381 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0315373  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0945  cytochrome oxidase subunit II  42.77 
 
 		 372 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.891376  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0697  cytochrome c oxidase, subunit II  44.2 
 
 		 322 aa  233  3e-60  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1767  cytochrome c oxidase, subunit II  38.84 
 
 		 352 aa  233  4.0000000000000004e-60  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.204958  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2183  putative cytochrome c oxidase polypeptide II precursor  42.99 
 
 		 338 aa  233  4.0000000000000004e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0732382 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0783  cytochrome c oxidase, subunit II  42.44 
 
 		 372 aa  232  7.000000000000001e-60  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2792  cytochrome c oxidase, subunit II  40.49 
 
 		 330 aa  231  1e-59  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.625738  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4760  cytochrome c oxidase subunit II  41.52 
 
 		 327 aa  227  2e-58  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.723293  normal  0.0836993 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6572  cytochrome c, monohaem  41.18 
 
 		 352 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.381109  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6539  cytochrome c, monohaem  40.58 
 
 		 434 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.537411  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6286  cytochrome c oxidase, subunit II  41.16 
 
 		 352 aa  219  5e-56  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.257472  normal  0.0263748 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1292  cytochrome c oxidase, subunit II  40.58 
 
 		 354 aa  219  6e-56  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.493898  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0079  putative cytochrome c oxidase subunit II  42.17 
 
 		 342 aa  216  5e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.917681  hitchhiker  0.00234837 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0167  putative cytochrome c oxidase subunit II  39.14 
 
 		 371 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.26265  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6146  cytochrome c oxidase, subunit II  40.26 
 
 		 353 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.870856  normal  0.304247 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5491  cytochrome c oxidase, subunit II  41.35 
 
 		 355 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.31459  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2026  cytochrome c oxidase, subunit II  40.75 
 
 		 346 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000905775 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2266  cytochrome c, monohaem  40.12 
 
 		 336 aa  213  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.380948  normal  0.0167103 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1993  cytochrome c oxidase, subunit II  40.14 
 
 		 314 aa  211  1e-53  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0975891  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3892  cytochrome c oxidase subunit II  44.44 
 
 		 345 aa  208  1e-52  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.740774  normal  0.178097 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1705  cytochrome c, monohaem  38.01 
 
 		 324 aa  207  2e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.829367  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5502  cytochrome c oxidase, subunit II  42.02 
 
 		 370 aa  206  4e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.535121  normal  0.0572426 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3540  cytochrome c oxidase, subunit II  37.27 
 
 		 311 aa  202  5e-51  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0118  cytochrome c oxidase, subunit IIC  37.43 
 
 		 324 aa  198  1.0000000000000001e-49  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.134505  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1754  cytochrome c, monohaem  36.83 
 
 		 324 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0104  cytochrome c oxidase subunit II  35.78 
 
 		 359 aa  187  2e-46  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.100023  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2263  cytochrome c oxidase, subunit II  33.33 
 
 		 367 aa  185  1.0000000000000001e-45  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0175262  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3558  cytochrome c oxidase subunit II  33.73 
 
 		 370 aa  182  5.0000000000000004e-45  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.22857 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11170  cytochrome o ubiquinol oxidase, subunit II  35.67 
 
 		 315 aa  172  7.999999999999999e-42  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.761021  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2072  cytochrome c oxidase, subunit II  31.09 
 
 		 425 aa  166  4e-40  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.54281 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0709  cytochrome c oxidase subunit II  32.78 
 
 		 355 aa  150  2e-35  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.669005  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0983  cytochrome c oxidase, subunit II  31.41 
 
 		 356 aa  150  2e-35  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3770  cytochrome c oxidase subunit II  27.74 
 
 		 349 aa  149  5e-35  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4046  cytochrome c oxidase, subunit II  27.74 
 
 		 349 aa  149  9e-35  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3991  cytochrome c oxidase, subunit II  28.4 
 
 		 349 aa  148  1.0000000000000001e-34  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3856  cytochrome c oxidase subunit II  27.74 
 
 		 349 aa  148  1.0000000000000001e-34  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.15254  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4154  cytochrome c oxidase subunit II  27.74 
 
 		 349 aa  148  1.0000000000000001e-34  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1193  cytochrome c oxidase, subunit II  27.74 
 
 		 349 aa  148  2.0000000000000003e-34  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3687  cytochrome c oxidase, subunit II  27.74 
 
 		 349 aa  148  2.0000000000000003e-34  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3704  cytochrome c oxidase, subunit II  27.74 
 
 		 349 aa  148  2.0000000000000003e-34  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.136015  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3959  cytochrome c oxidase, subunit II  27.74 
 
 		 349 aa  148  2.0000000000000003e-34  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4062  cytochrome c oxidase, subunit II  27.74 
 
 		 349 aa  148  2.0000000000000003e-34  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0628  cytochrome c oxidase, subunit II  30.58 
 
 		 351 aa  145  7.0000000000000006e-34  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.197881 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2646  cytochrome c oxidase subunit II  27.33 
 
 		 349 aa  145  1e-33  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0991495  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1855  cytochrome c oxidase, subunit II  30.84 
 
 		 356 aa  139  7e-32  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0229  cytochrome c oxidase, subunit II  31.12 
 
 		 316 aa  133  3e-30  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0502681  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3849  cytochrome c oxidase, subunit II  34.29 
 
 		 235 aa  128  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.26025  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0407  cytochrome c oxidase, subunit II  31.33 
 
 		 435 aa  124  3e-27  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3098  QoxB, quinol oxidase subunit II  37.39 
 
 		 261 aa  123  4e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01475  chain II protein of putative cytochrome c oxidase  34.48 
 
 		 234 aa  123  5e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1522  cytochrome c oxidase, subunit II  30.24 
 
 		 330 aa  123  5e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0156  cytochrome c oxidase, subunit II  37.02 
 
 		 232 aa  123  6e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2313  cytochrome c oxidase, subunit II  35.51 
 
 		 244 aa  121  9.999999999999999e-27  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.210732  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0252  cytochrome c oxidase, subunit II  28.89 
 
 		 302 aa  114  2.0000000000000002e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.433496  normal  0.0258846 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2275  cytochrome c oxidase, subunit II  30.62 
 
 		 337 aa  114  2.0000000000000002e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.869151  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3523  quinol oxidase AA3, subunit II  32.9 
 
 		 301 aa  114  2.0000000000000002e-24  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4180  cytochrome c oxidase, subunit II  31.03 
 
 		 314 aa  113  4.0000000000000004e-24  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.548982  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5130  cytochrome c oxidase subunit II  26.67 
 
 		 384 aa  112  1.0000000000000001e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0828  cytochrome c oxidase, subunit II  31.19 
 
 		 321 aa  112  1.0000000000000001e-23  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.304556 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1600  cytochrome c oxidase, subunit II  30.29 
 
 		 337 aa  111  2.0000000000000002e-23  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.884566  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1676  cytochrome c oxidase, subunit II  30.29 
 
 		 337 aa  111  2.0000000000000002e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4435  cytochrome c oxidase, subunit II:cytochrome c, class I:cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane region  31.2 
 
 		 316 aa  110  4.0000000000000004e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0428074  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3668  cytochrome-c oxidase  36.89 
 
 		 378 aa  107  4e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.253259  normal  0.882679 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3587  cytochrome c oxidase, subunit II  35.12 
 
 		 279 aa  105  1e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.677515  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0563  cytochrome c oxidase subunit II  30 
 
 		 394 aa  105  1e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3263  cytochrome c oxidase, subunit II  35.12 
 
 		 279 aa  105  1e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.571759  normal  0.256995 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3459  cytochrome c oxidase, subunit II  35.12 
 
 		 279 aa  104  2e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.927042  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5948  cytochrome c oxidase, subunit II  31.91 
 
 		 318 aa  104  3e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1588  cytochrome c oxidase, subunit II  26.79 
 
 		 342 aa  103  4e-21  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6886  cytochrome c oxidase, subunit II  31.39 
 
 		 313 aa  103  6e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3825  cytochrome c oxidase, subunit II  36.68 
 
 		 189 aa  102  7e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.495822 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0855  cytochrome c oxidase, subunit II  25.15 
 
 		 350 aa  102  7e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0851  cytochrome c oxidase, subunit II  25.15 
 
 		 350 aa  102  7e-21  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2706  cytochrome c oxidase, subunit II  29.67 
 
 		 389 aa  102  9e-21  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.363999 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1405  cytochrome-c oxidase  29.27 
 
 		 343 aa  102  1e-20  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0686645  normal  0.926821 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6229  cytochrome c oxidase, subunit II  30.2 
 
 		 359 aa  101  2e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.24435  normal  0.0456922 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0314  cytochrome c oxidase, subunit II:cytochrome c, class I:cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane region  25.84 
 
 		 421 aa  100  2e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.659537  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0033  cytochrome c oxidase, subunit II  34.13 
 
 		 279 aa  100  2e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.979273  normal  0.511366 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0222  cytochrome c oxidase, subunit II  26.69 
 
 		 362 aa  101  2e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0145699  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0024  cytochrome c oxidase, subunit II  28.12 
 
 		 362 aa  100  3e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.901821 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3989  cytochrome c oxidase, subunit II  26.67 
 
 		 330 aa  100  3e-20  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1348  cytochrome c, monohaem  28.47 
 
 		 426 aa  99.8  6e-20  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.195405  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0166  cytochrome c oxidase, subunit II  27.01 
 
 		 362 aa  99.8  7e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.129501  normal  0.0168942 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0255  cytochrome-c oxidase  33.19 
 
 		 285 aa  99.8  7e-20  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3463  cytochrome-c oxidase  33.19 
 
 		 285 aa  99.8  7e-20  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1538  cytochrome c oxidase, subunit II  25.99 
 
 		 399 aa  99.4  7e-20  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0218  cytochrome c oxidase, subunit II  26.6 
 
 		 418 aa  99.4  8e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.468069  normal  0.633646 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0260  cytochrome c oxidase, subunit II  34.12 
 
 		 288 aa  99  9e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.150091  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0669  cytochrome c oxidase subunit II  29.46 
 
 		 279 aa  99  9e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.12333  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04019  cytochrome c oxidase, subunit II  28.51 
 
 		 308 aa  98.6  1e-19  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>