More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_6005 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_1867  glutamine synthetase 3  73.12 
 
 		 438 aa  663    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.60357 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3294  glutamine synthetase catalytic region  86.67 
 
 		 461 aa  800    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6578  glutamine synthetase, type III  87.82 
 
 		 435 aa  809    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0536435 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5641  glutamine synthetase, type III  87.36 
 
 		 435 aa  810    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.294213  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6005  glutamine synthetase catalytic region  100 
 
 		 435 aa  905    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0483742  decreased coverage  0.00440887 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5752  glutamine synthetase  91.95 
 
 		 435 aa  842    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.23975  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4807  glutamine synthetase, type III  67.13 
 
 		 432 aa  614  9.999999999999999e-175  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.602864  normal  0.0371465 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1135  glutamate--ammonia ligase  66.67 
 
 		 432 aa  608  1e-173  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.46603 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4698  glutamine synthetase catalytic region  65.98 
 
 		 453 aa  603  1.0000000000000001e-171  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1945  L-glutamine synthetase  66.21 
 
 		 432 aa  597  1e-169  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.71023  normal  0.593814 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1659  glutamine synthetase, type III  64.83 
 
 		 432 aa  590  1e-167  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1572  glutamine synthetase, type III  63.91 
 
 		 432 aa  584  1e-166  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.49312  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2635  glutamine synthetase, type III  62.07 
 
 		 435 aa  575  1.0000000000000001e-163  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1941  glutamine synthetase, type III  64.83 
 
 		 432 aa  572  1.0000000000000001e-162  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0282  glutamine synthetase, type III  61.7 
 
 		 436 aa  543  1e-153  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.903176  normal  0.0152238 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2296  L-glutamine synthetase  58 
 
 		 434 aa  540  9.999999999999999e-153  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0166  glutamine synthetase, type III  42.23 
 
 		 464 aa  320  3e-86  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5918  glutamine synthetase, type III  41.5 
 
 		 442 aa  319  5e-86  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0618649  normal  0.505098 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1798  glutamate--ammonia ligase  39.49 
 
 		 451 aa  315  9.999999999999999e-85  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.44484  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0456  L-glutamine synthetase  40.52 
 
 		 459 aa  307  2.0000000000000002e-82  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.251652  normal  0.285148 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1300  glutamate--ammonia ligase  40.6 
 
 		 435 aa  305  1.0000000000000001e-81  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.646608 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1347  glutamate--ammonia ligase  38.43 
 
 		 444 aa  303  4.0000000000000003e-81  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.353165  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3525  glutamine synthetase, type III  40.31 
 
 		 480 aa  303  5.000000000000001e-81  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0706395 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3034  glutamate--ammonia ligase  40.88 
 
 		 463 aa  302  6.000000000000001e-81  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.639585 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2498  L-glutamine synthetase  39.59 
 
 		 446 aa  302  1e-80  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0717822  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5260  glutamate--ammonia ligase  41.04 
 
 		 436 aa  300  5e-80  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.261922 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4892  glutamate--ammonia ligase  41.04 
 
 		 436 aa  300  5e-80  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4981  glutamate--ammonia ligase  41.04 
 
 		 436 aa  300  5e-80  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1698  glutamine synthetase, type III  38.76 
 
 		 444 aa  297  2e-79  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.738423  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0077  L-glutamine synthetase  37.75 
 
 		 453 aa  295  1e-78  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5509  glutamate--ammonia ligase  40.83 
 
 		 435 aa  295  1e-78  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.163874 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2247  glutamine synthetase, type III  38.46 
 
 		 444 aa  294  2e-78  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.238317 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3468  L-glutamine synthetase  38.89 
 
 		 444 aa  293  4e-78  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.409179  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4807  glutamine synthetase, type III  40.27 
 
 		 456 aa  293  6e-78  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1911  L-glutamine synthetase  38.43 
 
 		 451 aa  292  1e-77  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.741683  normal  0.325105 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3085  glutamine synthetase, type III  38.8 
 
 		 455 aa  286  4e-76  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3726  glutamine synthetase, type III  39.21 
 
 		 457 aa  282  9e-75  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.681575 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4021  glutamine synthetase, type III  39.21 
 
 		 457 aa  282  9e-75  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3904  glutamine synthetase, type III  38.98 
 
 		 457 aa  281  1e-74  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.580767  normal  0.157451 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2273  glutamate--ammonia ligase  37 
 
 		 444 aa  280  3e-74  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0123313 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2562  L-glutamine synthetase  36.59 
 
 		 452 aa  278  1e-73  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.803813 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0794  glutamine synthetase, type III  36.89 
 
 		 461 aa  276  4e-73  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.827759  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1856  L-glutamine synthetase  37.79 
 
 		 453 aa  275  1.0000000000000001e-72  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2370  glutamine synthetase, type III  36.05 
 
 		 452 aa  262  8.999999999999999e-69  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5344  L-glutamine synthetase  36.59 
 
 		 451 aa  259  5.0000000000000005e-68  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.567522  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5433  L-glutamine synthetase  36.59 
 
 		 451 aa  259  5.0000000000000005e-68  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.353805  normal  0.879063 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2374  glutamine synthetase, type I  36.9 
 
 		 456 aa  259  6e-68  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.943832  normal  0.417951 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5723  L-glutamine synthetase  36.59 
 
 		 451 aa  259  8e-68  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0962  L-glutamine synthetase  33.78 
 
 		 445 aa  246  6.999999999999999e-64  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0105368  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2027  glutamine synthetase, type I  33.33 
 
 		 443 aa  241  1e-62  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.123659  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0386  glutamine synthetase, type I  34 
 
 		 444 aa  241  1e-62  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2806  glutamine synthetase, type I  34 
 
 		 449 aa  239  6.999999999999999e-62  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1204  glutamine synthetase, type I  33.92 
 
 		 452 aa  239  6.999999999999999e-62  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  hitchhiker  0.00014918  normal  0.349834 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1637  glutamine synthetase catalytic region  34.45 
 
 		 458 aa  239  9e-62  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1294  L-glutamine synthetase  35.14 
 
 		 444 aa  232  8.000000000000001e-60  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0180309 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1007  glutamate--ammonia ligase  34.09 
 
 		 442 aa  232  9e-60  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.000000328264  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1297  L-glutamine synthetase  34.58 
 
 		 443 aa  231  1e-59  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.00000000250879  normal  0.0655165 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0717  L-glutamine synthetase  33.63 
 
 		 448 aa  232  1e-59  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.837857  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2270  L-glutamine synthetase  31.87 
 
 		 440 aa  231  2e-59  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.327087  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0249  glutamine synthetase, type I  33.41 
 
 		 433 aa  231  2e-59  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.449889  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2178  glutamine synthetase, type I  34.39 
 
 		 444 aa  229  7e-59  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.588108  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2023  glutamine synthetase, type I  33.55 
 
 		 443 aa  228  1e-58  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3760  glutamine synthetase, type I  33.78 
 
 		 443 aa  226  4e-58  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000185172  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21290  glutamine synthetase, type I  32.21 
 
 		 441 aa  226  5.0000000000000005e-58  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0204015  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1763  glutamine synthetase, type I  34.36 
 
 		 448 aa  226  7e-58  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.484266  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3759  glutamine synthetase, type I  33.26 
 
 		 444 aa  225  1e-57  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000109487  normal  1 
 
 
-
 
NC_013747  Htur_5189  glutamine synthetase, type I  35.37 
 
 		 451 aa  224  2e-57  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2807  glutamine synthetase, type I  33.26 
 
 		 444 aa  223  4e-57  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0737852  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1573  glutamine synthetase, type I  32.38 
 
 		 445 aa  223  4e-57  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07430  L-glutamine synthetase  35.33 
 
 		 447 aa  222  8e-57  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.716798 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0643  glutamine synthetase, type I  31.7 
 
 		 445 aa  222  9.999999999999999e-57  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.61132  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1975  L-glutamine synthetase  32.88 
 
 		 442 aa  221  9.999999999999999e-57  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1537  glutamine synthetase, type I  35.07 
 
 		 456 aa  222  9.999999999999999e-57  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1235  glutamine synthetase, type I  31.66 
 
 		 444 aa  219  6e-56  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000016519  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1389  glutamine synthetase, type I  33.04 
 
 		 450 aa  219  7.999999999999999e-56  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2490  glutamine synthetase, type I  32.06 
 
 		 446 aa  219  1e-55  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.137457 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0150  glutamine synthetase, type I  34.08 
 
 		 448 aa  218  2e-55  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.991128  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3549  glutamine synthetase, type I  33.19 
 
 		 444 aa  217  2.9999999999999998e-55  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3449  glutamine synthetase, type I  33.19 
 
 		 444 aa  217  2.9999999999999998e-55  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3462  glutamate--ammonia ligase (glutamine synthetase, type I)  33.19 
 
 		 444 aa  217  2.9999999999999998e-55  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3833  glutamine synthetase, type I  33.19 
 
 		 444 aa  217  2.9999999999999998e-55  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3713  glutamine synthetase, type I  33.19 
 
 		 444 aa  217  2.9999999999999998e-55  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.53476e-18 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3754  glutamine synthetase, type I  33.19 
 
 		 444 aa  217  2.9999999999999998e-55  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.149768  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0628  glutamine synthetase, type I  32.73 
 
 		 443 aa  217  2.9999999999999998e-55  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0694416  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3731  glutamine synthetase, type I  33.19 
 
 		 444 aa  216  5e-55  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1502  glutamine synthetase, type I  33.41 
 
 		 444 aa  216  5.9999999999999996e-55  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0398754 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3803  glutamine synthetase, type I  33.41 
 
 		 444 aa  216  5.9999999999999996e-55  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2381  glutamine synthetase, type I  33.19 
 
 		 444 aa  216  8e-55  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3469  glutamine synthetase, type I  32.97 
 
 		 444 aa  215  9.999999999999999e-55  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00616587  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4032  glutamine synthetase, type I  32.57 
 
 		 444 aa  215  9.999999999999999e-55  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0782216  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2135  glutamine synthetase, type I  33.19 
 
 		 442 aa  214  1.9999999999999998e-54  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0952  L-glutamine synthetase  32.74 
 
 		 445 aa  214  2.9999999999999995e-54  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00098496  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1202  L-glutamine synthetase  32.43 
 
 		 447 aa  214  2.9999999999999995e-54  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000336656  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1764  L-glutamine synthetase  32.65 
 
 		 442 aa  213  3.9999999999999995e-54  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.705801  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0994  glutamine synthetase, type I  31.97 
 
 		 442 aa  213  3.9999999999999995e-54  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000845982  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2117  glutamine synthetase, type I  31.9 
 
 		 444 aa  213  7e-54  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3382  glutamine synthetase, type I  36.36 
 
 		 451 aa  213  7.999999999999999e-54  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.429907  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1435  glutamine synthetase, type I  32.73 
 
 		 437 aa  212  9e-54  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0456  glutamine synthetase catalytic region  34.71 
 
 		 431 aa  211  1e-53  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.0000119779 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1850  glutamate--ammonia ligase  31.86 
 
 		 461 aa  212  1e-53  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.057592  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>