More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_0055 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_0055  methionyl-tRNA formyltransferase  100 
 
 		 311 aa  624  1e-178  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000555853 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0058  methionyl-tRNA formyltransferase  75.16 
 
 		 311 aa  469  1.0000000000000001e-131  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.820848  normal  0.0373513 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0075  methionyl-tRNA formyltransferase  75.16 
 
 		 311 aa  466  9.999999999999999e-131  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.716754  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0541  methionyl-tRNA formyltransferase  73.62 
 
 		 320 aa  457  1e-127  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.743734  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0393  methionyl-tRNA formyltransferase  69.08 
 
 		 311 aa  425  1e-118  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1034  methionyl-tRNA formyltransferase  65.89 
 
 		 306 aa  403  1e-111  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.79271  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0975  methionyl-tRNA formyltransferase  65.89 
 
 		 306 aa  403  1e-111  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.569216  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1345  methionyl-tRNA formyltransferase  64.9 
 
 		 306 aa  402  1e-111  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7336  methionyl-tRNA formyltransferase  61.51 
 
 		 311 aa  367  1e-100  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.685492  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0626  methionyl-tRNA formyltransferase  59.49 
 
 		 310 aa  364  1e-99  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.274146  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0080  methionyl-tRNA formyltransferase  60 
 
 		 310 aa  364  1e-99  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.450016  normal  0.0632026 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1320  methionyl-tRNA formyltransferase  57 
 
 		 309 aa  362  5.0000000000000005e-99  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0674  methionyl-tRNA formyltransferase  58.88 
 
 		 312 aa  355  6.999999999999999e-97  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3065  methionyl-tRNA formyltransferase  58.9 
 
 		 314 aa  352  5.9999999999999994e-96  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.38579  normal  0.372111 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0806  methionyl-tRNA formyltransferase  60.2 
 
 		 310 aa  340  2e-92  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.283838 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4239  methionyl-tRNA formyltransferase  57.81 
 
 		 310 aa  339  2.9999999999999998e-92  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.856785  decreased coverage  0.00163892 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3304  methionyl-tRNA formyltransferase  58.94 
 
 		 307 aa  338  5e-92  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0607232  normal  0.664052 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3694  methionyl-tRNA formyltransferase  59.87 
 
 		 310 aa  337  1.9999999999999998e-91  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0262  methionyl-tRNA formyltransferase  58.14 
 
 		 310 aa  335  7e-91  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3147  methionyl-tRNA formyltransferase  56.37 
 
 		 313 aa  332  4e-90  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.222101  normal  0.377579 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4748  methionyl-tRNA formyltransferase  55.81 
 
 		 310 aa  332  6e-90  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.130868  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1635  methionyl-tRNA formyltransferase  57.42 
 
 		 309 aa  327  2.0000000000000001e-88  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.138536  normal  0.117912 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1129  methionyl-tRNA formyltransferase  56.86 
 
 		 312 aa  323  3e-87  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.158103 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1917  methionyl-tRNA formyltransferase  56.45 
 
 		 309 aa  322  4e-87  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.741308  normal  0.233989 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0497  methionyl-tRNA formyltransferase  56.07 
 
 		 317 aa  322  4e-87  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.12463  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1599  methionyl-tRNA formyltransferase  57 
 
 		 309 aa  322  6e-87  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0493449 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4568  methionyl-tRNA formyltransferase  55.77 
 
 		 312 aa  320  1.9999999999999998e-86  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0181  methionyl-tRNA formyltransferase  59.2 
 
 		 299 aa  319  3.9999999999999996e-86  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.142178  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2577  methionyl-tRNA formyltransferase  56.52 
 
 		 308 aa  318  9e-86  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.4212  hitchhiker  0.000000800769 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0446  methionyl-tRNA formyltransferase  54.55 
 
 		 311 aa  309  2.9999999999999997e-83  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0642  methionyl-tRNA formyltransferase  56.86 
 
 		 297 aa  307  2.0000000000000002e-82  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.183207  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0469  methionyl-tRNA formyltransferase  52.65 
 
 		 301 aa  297  2e-79  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.516302  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4042  methionyl-tRNA formyltransferase  52.94 
 
 		 308 aa  294  1e-78  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.618576 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2894  methionyl-tRNA formyltransferase  52.32 
 
 		 301 aa  293  3e-78  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2535  methionyl-tRNA formyltransferase  52.32 
 
 		 302 aa  288  8e-77  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.614949  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0875  methionyl-tRNA formyltransferase  51.99 
 
 		 302 aa  287  2e-76  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0151  methionyl-tRNA formyltransferase  52.51 
 
 		 302 aa  285  5.999999999999999e-76  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.338305  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0249  methionyl-tRNA formyltransferase  51.32 
 
 		 306 aa  284  1.0000000000000001e-75  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.153512 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3351  methionyl-tRNA formyltransferase  54.93 
 
 		 309 aa  284  2.0000000000000002e-75  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0022  methionyl-tRNA formyltransferase  49.18 
 
 		 307 aa  273  2.0000000000000002e-72  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.402535 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0410  methionyl-tRNA formyltransferase  49.35 
 
 		 301 aa  272  6e-72  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0347  methionyl-tRNA formyltransferase  48.51 
 
 		 305 aa  271  9e-72  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.342124  normal  0.0280325 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0178  methionyl-tRNA formyltransferase  48.01 
 
 		 314 aa  263  2e-69  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0016  methionyl-tRNA formyltransferase  49.34 
 
 		 319 aa  263  3e-69  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000109798  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3584  methionyl-tRNA formyltransferase  49.34 
 
 		 307 aa  262  4e-69  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00190  methionyl-tRNA formyltransferase  50.17 
 
 		 314 aa  262  6.999999999999999e-69  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.767541  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0018  methionyl-tRNA formyltransferase  47.68 
 
 		 314 aa  259  3e-68  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0083  methionyl-tRNA formyltransferase  48.5 
 
 		 310 aa  259  4e-68  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.417966  decreased coverage  0.00000000000000611556 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0054  methionyl-tRNA formyltransferase  48.49 
 
 		 314 aa  258  1e-67  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0083  methionyl-tRNA formyltransferase  48.17 
 
 		 310 aa  258  1e-67  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.217446 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2096  methionyl-tRNA formyltransferase  44.12 
 
 		 314 aa  258  1e-67  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.156857  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0090  methionyl-tRNA formyltransferase  44.12 
 
 		 314 aa  258  1e-67  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0186427  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0067  methionyl-tRNA formyltransferase  47.84 
 
 		 310 aa  256  4e-67  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.196453  unclonable  0.000000439837 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0086  methionyl-tRNA formyltransferase  48.17 
 
 		 310 aa  256  4e-67  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.2251  hitchhiker  0.0000000986218 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3852  methionyl-tRNA formyltransferase  44.3 
 
 		 320 aa  256  4e-67  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0094  methionyl-tRNA formyltransferase  49.67 
 
 		 320 aa  254  1.0000000000000001e-66  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.922112  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0019  methionyl-tRNA formyltransferase  47.49 
 
 		 310 aa  253  3e-66  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.107334  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2549  methionyl-tRNA formyltransferase  47.71 
 
 		 320 aa  250  2e-65  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.31631  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3877  methionyl-tRNA formyltransferase  46.5 
 
 		 323 aa  249  3e-65  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04056  methionyl-tRNA formyltransferase  47.68 
 
 		 307 aa  250  3e-65  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1928  methionyl-tRNA formyltransferase  47.19 
 
 		 307 aa  249  3e-65  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2868  methionyl-tRNA formyltransferase  47.85 
 
 		 325 aa  248  6e-65  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1864  methionyl-tRNA formyltransferase  46.86 
 
 		 307 aa  248  7e-65  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0072  methionyl-tRNA formyltransferase  48.28 
 
 		 327 aa  248  1e-64  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.603691  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3407  methionyl-tRNA formyltransferase  46.73 
 
 		 331 aa  248  1e-64  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.667416  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3181  methionyl-tRNA formyltransferase  47.48 
 
 		 327 aa  248  1e-64  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3064  methionyl-tRNA formyltransferase  47.48 
 
 		 327 aa  247  2e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4053  methionyl-tRNA formyltransferase  47.65 
 
 		 323 aa  246  4e-64  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0042  methionyl-tRNA formyltransferase  45.9 
 
 		 311 aa  246  4e-64  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0310  methionyl-tRNA formyltransferase  46.82 
 
 		 328 aa  246  4e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3398  methionyl-tRNA formyltransferase  47.65 
 
 		 323 aa  245  6e-64  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.726388  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3677  methionyl-tRNA formyltransferase  46.86 
 
 		 327 aa  245  8e-64  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0186  methionyl-tRNA formyltransferase  44.77 
 
 		 308 aa  244  9.999999999999999e-64  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000823971 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0244  methionyl-tRNA formyltransferase  45.37 
 
 		 315 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6477  methionyl-tRNA formyltransferase  46.54 
 
 		 327 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.79537 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3672  methionyl-tRNA formyltransferase  43.42 
 
 		 315 aa  243  3e-63  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00160  methionyl-tRNA formyltransferase  48.67 
 
 		 325 aa  243  3e-63  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3123  methionyl-tRNA formyltransferase  47.17 
 
 		 327 aa  243  3.9999999999999997e-63  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.760657  normal  0.204185 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3354  methionyl-tRNA formyltransferase  46.2 
 
 		 327 aa  243  3.9999999999999997e-63  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0143  methionyl-tRNA formyltransferase  42.86 
 
 		 312 aa  242  7.999999999999999e-63  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0856282  normal  0.608581 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0649  methionyl-tRNA formyltransferase  44.88 
 
 		 318 aa  241  1e-62  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.95229e-24 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3583  methionyl-tRNA formyltransferase  43.56 
 
 		 315 aa  240  2e-62  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.291651  normal  0.0987748 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0635  methionyl-tRNA formyltransferase  44.55 
 
 		 318 aa  240  2e-62  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0157901  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3142  methionyl-tRNA formyltransferase  46.11 
 
 		 330 aa  240  2e-62  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.757511  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0351  methionyl-tRNA formyltransferase  45.91 
 
 		 322 aa  240  2.9999999999999997e-62  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.227981 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2512  methionyl-tRNA formyltransferase  46.11 
 
 		 330 aa  239  2.9999999999999997e-62  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3126  methionyl-tRNA formyltransferase  46.11 
 
 		 330 aa  239  2.9999999999999997e-62  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.879337  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4610  methionyl-tRNA formyltransferase  43.23 
 
 		 315 aa  239  5e-62  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0267184  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3770  methionyl-tRNA formyltransferase  42.9 
 
 		 315 aa  239  5e-62  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0147386  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4690  methionyl-tRNA formyltransferase  49.07 
 
 		 329 aa  239  5e-62  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03138  methionyl-tRNA formyltransferase  43.23 
 
 		 315 aa  239  5.999999999999999e-62  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.511897  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0426  methionyl-tRNA formyltransferase  43.23 
 
 		 315 aa  239  5.999999999999999e-62  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3481  methionyl-tRNA formyltransferase  43.23 
 
 		 315 aa  239  5.999999999999999e-62  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000745387  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0426  methionyl-tRNA formyltransferase  43.23 
 
 		 315 aa  239  5.999999999999999e-62  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.459204  hitchhiker  0.00147266 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03089  hypothetical protein  43.23 
 
 		 315 aa  239  5.999999999999999e-62  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.633166  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0036  methionyl-tRNA formyltransferase  45.25 
 
 		 327 aa  238  9e-62  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2322  methionyl-tRNA formyltransferase  44.52 
 
 		 310 aa  238  1e-61  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.103056  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0016  methionyl-tRNA formyltransferase  43.09 
 
 		 332 aa  237  1e-61  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.982881  normal  0.112275 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0020  methionyl-tRNA formyltransferase  43.89 
 
 		 322 aa  237  2e-61  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4415  methionyl-tRNA formyltransferase  46.47 
 
 		 328 aa  237  2e-61  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.628902 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>