More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_1152 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_1152  putative signal transduction histidine kinase  100 
 
 		 386 aa  767    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1223  putative signal transduction histidine kinase  96.11 
 
 		 386 aa  691    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1153  putative signal transduction histidine kinase  96.37 
 
 		 386 aa  701    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1286  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  60.8 
 
 		 392 aa  443  1e-123  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000000249738  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3069  histidine kinase  60.6 
 
 		 392 aa  443  1e-123  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0020907  hitchhiker  0.00000000136293 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1320  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  60.86 
 
 		 387 aa  444  1e-123  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0173853  decreased coverage  0.000998378 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1242  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  60.6 
 
 		 392 aa  443  1e-123  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000812126  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3054  histidine kinase, dimerisation and phosphoacceptor region  50.14 
 
 		 382 aa  299  5e-80  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1098  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.52 
 
 		 398 aa  152  8.999999999999999e-36  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04460  two-component system sensor protein  33.44 
 
 		 378 aa  151  2e-35  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3803  histidine kinase  30.31 
 
 		 374 aa  116  6.9999999999999995e-25  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.263208  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0257  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.16 
 
 		 404 aa  92.8  9e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.5208 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5035  sensor histidine kinase  29.68 
 
 		 376 aa  92.4  1e-17  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5445  sensor histidine kinase  29.68 
 
 		 376 aa  92.4  1e-17  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3872  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.96 
 
 		 376 aa  90.9  3e-17  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0238476  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5201  sensor histidine kinase  29.68 
 
 		 376 aa  90.9  4e-17  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5051  sensor histidine kinase  28.69 
 
 		 376 aa  90.5  4e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5598  sensor histidine kinase  29.68 
 
 		 376 aa  90.9  4e-17  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2027  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  29.31 
 
 		 401 aa  90.5  5e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.109719  normal  0.72788 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0888  sensor histidine kinase, putative  24.26 
 
 		 364 aa  89  1e-16  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.000307966  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3482  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.89 
 
 		 489 aa  89.4  1e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.063872  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4590  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.32 
 
 		 367 aa  84.7  0.000000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000214794 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5532  sensor histidine kinase  30.8 
 
 		 376 aa  85.1  0.000000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5151  histidine kinase  29.68 
 
 		 376 aa  84.7  0.000000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1990  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.3 
 
 		 364 aa  84.7  0.000000000000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1551  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  30.12 
 
 		 407 aa  84  0.000000000000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.538677  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1400  histidine kinase  29.54 
 
 		 413 aa  83.6  0.000000000000006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.558809 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5483  sensor histidine kinase  27.85 
 
 		 376 aa  83.2  0.000000000000007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0906  histidine kinase  26.84 
 
 		 381 aa  82.8  0.000000000000009  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.394153  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2064  histidine kinase  28.17 
 
 		 400 aa  82  0.00000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.673954 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5476  sensor histidine kinase  27.62 
 
 		 376 aa  81.3  0.00000000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.324928  hitchhiker  0.0000000000347721 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1683  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.27 
 
 		 385 aa  81.3  0.00000000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.884966 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5476  sensor histidine kinase  27.4 
 
 		 376 aa  80.9  0.00000000000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.412372  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0184  putative signal transduction histidine kinase  28.74 
 
 		 390 aa  80.9  0.00000000000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.709555  normal  0.941469 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4427  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.87 
 
 		 462 aa  80.5  0.00000000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4560  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.87 
 
 		 462 aa  80.5  0.00000000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.140942  normal  0.159095 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4738  histidine kinase  25.51 
 
 		 264 aa  80.5  0.00000000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.977544  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2580  histidine kinase  26.36 
 
 		 422 aa  80.1  0.00000000000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.880661  normal  0.0603036 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1587  sensor protein  26.5 
 
 		 493 aa  80.1  0.00000000000006  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.234957  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4573  histidine kinase  29.63 
 
 		 396 aa  80.1  0.00000000000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.159455  normal  0.0817819 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0348  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.38 
 
 		 359 aa  79.3  0.00000000000009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0235  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.75 
 
 		 402 aa  79  0.0000000000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0356  histidine kinase  29.28 
 
 		 359 aa  79.3  0.0000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.143013  decreased coverage  0.0000000113905 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2381  histidine kinase-related ATPase, putative  26.7 
 
 		 382 aa  78.2  0.0000000000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0654  histidine kinase  23.86 
 
 		 385 aa  78.6  0.0000000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3420  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.54 
 
 		 440 aa  77.8  0.0000000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0662145 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1573  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase, dimerization and phosphoacceptor region  25.31 
 
 		 373 aa  77.8  0.0000000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0213  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.37 
 
 		 397 aa  77.8  0.0000000000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1640  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.87 
 
 		 369 aa  77.8  0.0000000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1399  PAS  32.34 
 
 		 683 aa  77.4  0.0000000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.04458 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0353  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.83 
 
 		 359 aa  77.4  0.0000000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0748  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  23.53 
 
 		 393 aa  77.4  0.0000000000004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.279755 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3427  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  30.91 
 
 		 378 aa  77.4  0.0000000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.117  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0191  transmembrane two component system sensor kinase transcription regulator protein  28.33 
 
 		 458 aa  77  0.0000000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0364977 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4131  histidine kinase, dimerisation and phosphoacceptor region  28.65 
 
 		 401 aa  77  0.0000000000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.771261  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0194  putative signal transduction histidine kinase  28.48 
 
 		 398 aa  77  0.0000000000005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.141704 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1510  histidine kinase  25.43 
 
 		 378 aa  77  0.0000000000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0382398 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1453  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28 
 
 		 673 aa  77  0.0000000000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.376354  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0346  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.83 
 
 		 359 aa  77  0.0000000000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.35429  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4277  histidine kinase  28.64 
 
 		 659 aa  76.3  0.0000000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.186124 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3505  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.57 
 
 		 363 aa  76.3  0.0000000000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1872  sensor histidine kinase  27.08 
 
 		 1046 aa  76.6  0.0000000000008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1809  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.68 
 
 		 389 aa  76.3  0.0000000000009  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.13648 
 
 
-
 
NC_002936  DET1064  sensory box sensor histidine kinase  25.1 
 
 		 1101 aa  75.9  0.000000000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0946  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.1 
 
 		 1229 aa  75.9  0.000000000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1368  histidine kinase  25.42 
 
 		 525 aa  75.9  0.000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.672249  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4661  histidine kinase  26.67 
 
 		 380 aa  75.1  0.000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.249963  hitchhiker  0.00746099 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5127  PAS/PAC sensor Signal transduction histidine kinase  28.99 
 
 		 799 aa  75.1  0.000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2714  putative signal transduction histidine kinase  27.36 
 
 		 614 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3474  histidine kinase, dimerisation and phosphoacceptor region  29.44 
 
 		 354 aa  75.5  0.000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1261  sensor histidine kinase  27.66 
 
 		 467 aa  74.3  0.000000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.405254  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4365  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.72 
 
 		 468 aa  74.3  0.000000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.665132  normal  0.714097 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2958  histidine kinase  25.6 
 
 		 405 aa  74.7  0.000000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00418093  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1644  histidine kinase  30.61 
 
 		 296 aa  74.7  0.000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.518526  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3248  histidine kinase  26.05 
 
 		 403 aa  74.7  0.000000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.298805  normal  0.646005 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1596  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.7 
 
 		 420 aa  74.7  0.000000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.310205  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2942  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.15 
 
 		 333 aa  74.3  0.000000000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.940404  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2123  nitrate/nitrite sensor protein NarX  27.48 
 
 		 593 aa  73.6  0.000000000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2232  nitrate/nitrite sensor protein NarX  27.48 
 
 		 593 aa  73.6  0.000000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2405  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  25.3 
 
 		 376 aa  73.6  0.000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.90978  normal  0.0505439 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12538  two-component sensor histidine kinase  24.57 
 
 		 606 aa  73.6  0.000000000005  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0257303  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2634  histidine kinase  29.48 
 
 		 343 aa  73.6  0.000000000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00000175326  hitchhiker  0.00557176 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_935  sensor histidine kinase  25.1 
 
 		 1226 aa  73.6  0.000000000006  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6528  histidine kinase  27.9 
 
 		 592 aa  73.2  0.000000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1623  histidine kinase  23.79 
 
 		 383 aa  73.2  0.000000000007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0244207  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1142  Signal transduction histidine kinase  24.24 
 
 		 402 aa  73.2  0.000000000007  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.230499  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0153  histidine kinase  26.9 
 
 		 325 aa  73.2  0.000000000007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1141  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.83 
 
 		 445 aa  73.2  0.000000000008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.697723  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0106  membrane-associated sensory histidine kinase-like ATPase  26.17 
 
 		 632 aa  73.2  0.000000000008  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.100844  normal  0.392929 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1767  nitrate/nitrite sensor protein NarX  27.6 
 
 		 604 aa  73.2  0.000000000008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0358  histidine kinase, dimerisation and phosphoacceptor region  27.84 
 
 		 364 aa  73.2  0.000000000008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3718  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.8 
 
 		 586 aa  72.8  0.000000000009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.118329  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0906  sensor histidine kinase  26.42 
 
 		 469 aa  72  0.00000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0178022  hitchhiker  0.0000002134 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0835  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.24 
 
 		 513 aa  72.8  0.00000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.506396  normal  0.822234 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3330  Histidine kinase  27.17 
 
 		 653 aa  72.8  0.00000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.323144 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03850  signal transduction histidine kinase  29.63 
 
 		 418 aa  72.4  0.00000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.147645  normal  0.231181 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0440  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.64 
 
 		 795 aa  72.4  0.00000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0064  GAF sensor signal transduction histidine kinase  29.17 
 
 		 396 aa  72.4  0.00000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.693223  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2522  nitrate/nitrite sensor protein NarX  27.48 
 
 		 380 aa  72.4  0.00000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0352  sensor histidine kinase, putative  29.28 
 
 		 359 aa  71.6  0.00000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>