More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_0906 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_0906  sensor histidine kinase  100 
 
 		 469 aa  968    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0178022  hitchhiker  0.0000002134 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1261  sensor histidine kinase  59.15 
 
 		 467 aa  577  1.0000000000000001e-163  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.405254  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1405  sensor histidine kinase  36.12 
 
 		 483 aa  309  5.9999999999999995e-83  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0589016  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6398  histidine kinase  35.51 
 
 		 461 aa  308  2.0000000000000002e-82  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.176497 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0357  sensor histidine kinase  36.54 
 
 		 459 aa  308  2.0000000000000002e-82  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.450318  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0442  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  36.76 
 
 		 485 aa  305  8.000000000000001e-82  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.12569  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0877  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  36.11 
 
 		 474 aa  301  1e-80  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.858486  normal  0.37178 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4528  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.09 
 
 		 461 aa  302  1e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.25442  normal  0.575982 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2291  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  36.76 
 
 		 464 aa  296  4e-79  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41030  Periplasmic sensory histidine protein kinase, two-component  36.9 
 
 		 458 aa  295  1e-78  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0649951  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1027  putative transmembrane sensor histidine kinase transcription regulator protein  35.22 
 
 		 456 aa  291  1e-77  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.573227  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3418  sensor histidine kinase  33.92 
 
 		 481 aa  281  2e-74  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.986219  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4230  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.11 
 
 		 478 aa  273  6e-72  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.304751 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7760  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.55 
 
 		 486 aa  273  6e-72  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0027  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  33.77 
 
 		 461 aa  272  1e-71  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.755533 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2334  sensor histidine kinase  33.62 
 
 		 470 aa  272  1e-71  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5497  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 		 459 aa  271  2e-71  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00170786 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3187  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.55 
 
 		 459 aa  270  2.9999999999999997e-71  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.134921 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4945  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 		 459 aa  269  8.999999999999999e-71  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0549839 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2344  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.51 
 
 		 480 aa  269  1e-70  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.165919 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1462  sensor kinase protein  33.19 
 
 		 466 aa  268  1e-70  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3132  putative sensor histidine kinase  33.33 
 
 		 466 aa  268  1e-70  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3247  putative sensor histidine kinase  33.19 
 
 		 466 aa  268  1e-70  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3993  histidine kinase  36.26 
 
 		 456 aa  267  2e-70  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.841388  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5188  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  33.55 
 
 		 480 aa  268  2e-70  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4564  histidine kinase  33.55 
 
 		 460 aa  268  2e-70  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.562879  normal  0.0736505 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5671  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  33.55 
 
 		 480 aa  268  2e-70  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0241273 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0084  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  36.56 
 
 		 449 aa  266  5e-70  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2363  sensor histidine kinase  32.97 
 
 		 466 aa  266  7e-70  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1099  sensor histidine kinase  32.97 
 
 		 466 aa  266  7e-70  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1378  sensor histidine kinase  32.97 
 
 		 466 aa  266  7e-70  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.922617  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2070  sensor histidine kinase  33.26 
 
 		 466 aa  263  4e-69  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3575  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  32.05 
 
 		 475 aa  261  2e-68  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6470  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.68 
 
 		 471 aa  260  3e-68  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.629472  normal  0.491206 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3522  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.12 
 
 		 477 aa  260  3e-68  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4477  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.54 
 
 		 471 aa  257  3e-67  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003135  sensor histidine kinase  33.33 
 
 		 451 aa  257  3e-67  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.291514  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0674  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.67 
 
 		 447 aa  255  1.0000000000000001e-66  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.504244  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1783  histidine kinase  33.63 
 
 		 501 aa  251  2e-65  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000211372 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0895  sensor histidine kinase  34.78 
 
 		 451 aa  247  3e-64  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.622783  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0789  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  31.67 
 
 		 469 aa  247  3e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3405  histidine kinase  33.05 
 
 		 488 aa  247  4e-64  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.352666  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3728  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.84 
 
 		 488 aa  246  4.9999999999999997e-64  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02702  histidine kinase  33.41 
 
 		 456 aa  237  3e-61  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1122  histidine kinase  32.41 
 
 		 467 aa  235  2.0000000000000002e-60  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.94341 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0021  transmembrane sensor histidine kinase transcription regulator protein  31.3 
 
 		 487 aa  231  3e-59  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.130425  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5321  histidine kinase  30.57 
 
 		 470 aa  227  3e-58  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3748  histidine kinase  39.01 
 
 		 287 aa  216  5e-55  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1064  sensory box sensor histidine kinase  34.02 
 
 		 1101 aa  135  9.999999999999999e-31  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_935  sensor histidine kinase  35.29 
 
 		 1226 aa  133  9e-30  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0946  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.3 
 
 		 1229 aa  132  1.0000000000000001e-29  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2596  methyl-accepting chemotaxis protein  33.77 
 
 		 564 aa  127  3e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.00000000000057467  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5716  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.74 
 
 		 700 aa  125  2e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00700823 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001822  methyl-accepting chemotaxis protein  36.98 
 
 		 557 aa  123  8e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000124429  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2714  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.71 
 
 		 1168 aa  121  3e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0559  sensory box histidine kinase  35.96 
 
 		 671 aa  120  6e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2043  histidine kinase  35.51 
 
 		 388 aa  120  7e-26  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1998  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  33.65 
 
 		 658 aa  118  1.9999999999999998e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1880  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.18 
 
 		 662 aa  117  3e-25  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0862215  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4619  PAS  35.09 
 
 		 670 aa  117  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.751025 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0153  histidine kinase  34.91 
 
 		 325 aa  117  3.9999999999999997e-25  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1965  histidine kinase  33.18 
 
 		 662 aa  117  3.9999999999999997e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.632766  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1809  histidine kinase  32.09 
 
 		 640 aa  117  6e-25  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4005  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.74 
 
 		 801 aa  116  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2111  ATP-binding region ATPase domain protein  29.66 
 
 		 645 aa  116  6.9999999999999995e-25  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.184163  normal  0.230765 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0253  sensory box histidine kinase  34.96 
 
 		 830 aa  115  2.0000000000000002e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3782  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  27.64 
 
 		 377 aa  115  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1864  Sensor DegS domain protein  32.66 
 
 		 391 aa  114  3e-24  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000165606  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3087  PAS sensor signal transduction histidine kinase  34.38 
 
 		 312 aa  114  3e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.230742  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2346  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  31.28 
 
 		 564 aa  114  3e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3041  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.75 
 
 		 691 aa  114  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00734608 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1316  sensor histidine protein kinase  29.96 
 
 		 525 aa  114  5e-24  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.176896  normal  0.0650582 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0746  histidine kinase  32.31 
 
 		 387 aa  113  6e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6031  Histidine kinase  34.62 
 
 		 338 aa  113  8.000000000000001e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.542402  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1193  histidine kinase  30.84 
 
 		 497 aa  113  9e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0280854  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3669  histidine kinase  33.8 
 
 		 489 aa  113  9e-24  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0808  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  29.54 
 
 		 554 aa  112  2.0000000000000002e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1399  PAS  33.04 
 
 		 683 aa  112  2.0000000000000002e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.04458 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5549  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.86 
 
 		 370 aa  112  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.441753  normal  0.532681 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1677  GAF sensor signal transduction histidine kinase  32.31 
 
 		 770 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3668  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.84 
 
 		 650 aa  111  2.0000000000000002e-23  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0122  methyl-accepting chemotaxis protein  29.91 
 
 		 553 aa  111  3e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2510  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.26 
 
 		 640 aa  110  4.0000000000000004e-23  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0185  histidine kinase  28.16 
 
 		 395 aa  110  4.0000000000000004e-23  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000303796  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3211  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  30.18 
 
 		 394 aa  110  5e-23  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1808  histidine kinase  36.16 
 
 		 461 aa  110  5e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2107  histidine kinase  31.75 
 
 		 379 aa  110  6e-23  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3080  bacteriophytochrome  30.19 
 
 		 783 aa  110  6e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1238  histidine kinase  33.48 
 
 		 377 aa  110  7.000000000000001e-23  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0477765  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1231  histidine kinase  29.58 
 
 		 482 aa  110  7.000000000000001e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12538  two-component sensor histidine kinase  30.99 
 
 		 606 aa  110  8.000000000000001e-23  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0257303  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0848  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.3 
 
 		 363 aa  110  8.000000000000001e-23  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1268  histidine kinase  29.44 
 
 		 392 aa  109  9.000000000000001e-23  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3788  phytochrome  31.67 
 
 		 772 aa  109  9.000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0317187 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1701  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  31.92 
 
 		 521 aa  109  1e-22  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.279897 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1312  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.6 
 
 		 484 aa  108  2e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0729257  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1265  two-component sensor histidine kinase  33.64 
 
 		 585 aa  108  2e-22  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2298  histidine kinase  32.3 
 
 		 1093 aa  108  2e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5386  two component sensor kinase  29.08 
 
 		 361 aa  108  3e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0384  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.32 
 
 		 348 aa  108  3e-22  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>