284 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_3629 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_3629  competence protein ComF  100 
 
 		 252 aa  511  1e-144  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4126  competence protein ComF  63.95 
 
 		 263 aa  313  1.9999999999999998e-84  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4330  competence protein ComF  63.95 
 
 		 263 aa  313  1.9999999999999998e-84  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0141  competence protein ComF  63.52 
 
 		 263 aa  312  2.9999999999999996e-84  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3805  competence protein ComF  60.63 
 
 		 268 aa  311  4.999999999999999e-84  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.274004 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3881  competence protein ComF  59.84 
 
 		 268 aa  310  2e-83  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4198  competence protein ComF  63.09 
 
 		 263 aa  308  8e-83  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0157  competence protein ComF  62.34 
 
 		 274 aa  305  5.0000000000000004e-82  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4009  competence protein ComF  59.84 
 
 		 262 aa  303  1.0000000000000001e-81  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3800  competence protein ComF  62.34 
 
 		 262 aa  302  4.0000000000000003e-81  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0177  competence protein ComF  61.37 
 
 		 266 aa  297  1e-79  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4625  competence protein ComF  59.74 
 
 		 235 aa  291  5e-78  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4012  competence protein ComF  58.52 
 
 		 249 aa  273  2.0000000000000002e-72  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0243  competence protein ComF  52.11 
 
 		 268 aa  258  8e-68  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3529  competence protein ComF  50 
 
 		 293 aa  255  4e-67  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3504  competence protein ComF  52.19 
 
 		 250 aa  249  2e-65  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5177  phosphoribosyltransferase  37.05 
 
 		 246 aa  123  3e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.039124  normal  0.248772 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0317  hypothetical protein  35.62 
 
 		 230 aa  120  3e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0134906 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4633  gluconate periplasmic binding protein  34.21 
 
 		 227 aa  120  3e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3201  amidophosphoribosyltransferase  36.67 
 
 		 226 aa  119  3.9999999999999996e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.387541  normal  0.0162666 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0248  amidophosphoribosyltransferase  31.82 
 
 		 245 aa  119  4.9999999999999996e-26  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.067407  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1124  competence protein F  35.92 
 
 		 233 aa  118  9.999999999999999e-26  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06360  putative phosphoribosyl transferase  37.07 
 
 		 241 aa  117  3e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00829668  normal  0.955973 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1490  competence protein  33.19 
 
 		 232 aa  115  6e-25  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.923217  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0592  putative phosphoribosyl transferase  37.99 
 
 		 241 aa  115  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.173105  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0242  competence protein  35.16 
 
 		 263 aa  115  8.999999999999998e-25  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1128  phosphoribosyltransferase  32.27 
 
 		 239 aa  115  1.0000000000000001e-24  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0418  competence protein F  37.5 
 
 		 237 aa  114  1.0000000000000001e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000113575 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4090  amidophosphoribosyltransferase-like protein  37.5 
 
 		 246 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3184  putative phosphoribosyl transferase  35.56 
 
 		 230 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.392419 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0317  gluconate periplasmic binding protein  34.51 
 
 		 233 aa  112  5e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0572  ComF family protein  30.3 
 
 		 204 aa  112  8.000000000000001e-24  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2936  competence protein F, putative  38.53 
 
 		 243 aa  111  1.0000000000000001e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0346269  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2102  competence protein F  37.04 
 
 		 246 aa  110  2.0000000000000002e-23  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2296  hypothetical protein  34.32 
 
 		 241 aa  110  2.0000000000000002e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.658532  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4688  phosphoribosyltransferase  34.82 
 
 		 244 aa  110  3e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.482553  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2573  amidophosphoribosyltransferase  38.57 
 
 		 247 aa  110  3e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0493  competence protein ComF, putative  35.71 
 
 		 244 aa  109  5e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4841  competence protein ComF  35.5 
 
 		 245 aa  108  8.000000000000001e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.399762  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2437  competence protein F  32.81 
 
 		 262 aa  108  9.000000000000001e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.104634 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05970  amidophosphoribosyltransferase  38.29 
 
 		 238 aa  107  2e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.096525  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4118  gluconate periplasmic binding protein  35.24 
 
 		 233 aa  106  3e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2280  hypothetical protein  31.7 
 
 		 234 aa  105  7e-22  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0143  putative competence protein F  26.07 
 
 		 230 aa  105  7e-22  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2252  hypothetical protein  31.25 
 
 		 234 aa  105  9e-22  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3081  phosphoribosyltransferase  35.5 
 
 		 237 aa  105  1e-21  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000295242  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0617  phosphoribosyltransferase  36.75 
 
 		 247 aa  103  2e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2757  putative phosphoribosyl transferase  34.84 
 
 		 242 aa  103  2e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3826  gluconate periplasmic binding protein  31.88 
 
 		 227 aa  103  3e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4231  amidophosphoribosyltransferases-like  27.35 
 
 		 240 aa  103  3e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3925  gluconate periplasmic binding protein  33.91 
 
 		 233 aa  101  9e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2284  phosphoribosyltransferase  37.19 
 
 		 258 aa  101  1e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0107952 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0391  phosphoribosyltransferase  33.94 
 
 		 243 aa  100  2e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.214316 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0129  competence protein F  36.8 
 
 		 237 aa  100  2e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3333  phosphoribosyltransferase  36.12 
 
 		 242 aa  100  3e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2863  phosphoribosyltransferase  34.35 
 
 		 242 aa  99.4  5e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0235  gluconate periplasmic binding protein  32.9 
 
 		 239 aa  98.6  9e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0361  competence protein ComF, putative  35.1 
 
 		 243 aa  98.2  1e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3709  gluconate periplasmic binding protein  30.8 
 
 		 227 aa  97.8  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.604176  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3816  putative phosphoribosyl transferase  32.44 
 
 		 266 aa  98.2  1e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.231863 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0234  putative competence protein F-related protein  35.81 
 
 		 240 aa  98.2  1e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0348529 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3540  ComF family protein  33.91 
 
 		 242 aa  97.4  2e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2095  phosphoribosyltransferase  30.74 
 
 		 247 aa  97.4  2e-19  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00900618  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3888  gluconate periplasmic binding protein  30.8 
 
 		 227 aa  97.4  2e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16480  amidophosphoribosyltransferase  28.82 
 
 		 243 aa  97.4  2e-19  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  2.58809e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0387  amidophosphoribosyltransferase-like protein  35.1 
 
 		 243 aa  97.8  2e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.336558  normal  0.927727 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0093  competence protein F  27.66 
 
 		 230 aa  96.7  3e-19  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3771  phosphoribosyltransferase  34.4 
 
 		 239 aa  96.7  3e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4720  gluconate periplasmic binding protein  31.25 
 
 		 248 aa  97.1  3e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0423  ComF family protein  33.92 
 
 		 255 aa  96.3  4e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1736  phosphoribosyltransferase  34.21 
 
 		 258 aa  95.9  5e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1977  hypothetical protein  31.28 
 
 		 231 aa  95.9  6e-19  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3880  gluconate periplasmic binding protein  30.36 
 
 		 227 aa  95.5  7e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1537  putative competence protein F  35.38 
 
 		 228 aa  95.5  7e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3712  gluconate periplasmic binding protein  30.36 
 
 		 227 aa  95.5  7e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0215  putative competence protein F-related protein  36.57 
 
 		 240 aa  95.1  9e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.162002 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03265  gluconate periplasmic binding protein with phosphoribosyltransferase domain, GNT I system  30.8 
 
 		 227 aa  94.7  1e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00626502  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0300  comF family protein  30.8 
 
 		 227 aa  94.7  1e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00612033  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3610  gluconate periplasmic binding protein  30.8 
 
 		 227 aa  94.7  1e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0737  phosphoribosyltransferase  34.02 
 
 		 246 aa  95.1  1e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.113594  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2181  hypothetical protein  33.62 
 
 		 227 aa  95.1  1e-18  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00000180305  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3694  gluconate periplasmic binding protein  30.8 
 
 		 227 aa  94.7  1e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0300  gluconate periplasmic binding protein  30.8 
 
 		 227 aa  94.7  1e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0414054  normal  0.0237558 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03217  hypothetical protein  30.8 
 
 		 227 aa  94.7  1e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00548769  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0124  competence protein F, putative  35.16 
 
 		 238 aa  94  2e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3855  phosphoribosyltransferase  32.26 
 
 		 239 aa  94  2e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00709027 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3989  gluconate periplasmic binding protein  31.72 
 
 		 233 aa  93.2  3e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3784  gluconate periplasmic binding protein  29.91 
 
 		 227 aa  93.2  3e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0164  gluconate periplasmic binding protein  31.72 
 
 		 233 aa  93.2  3e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3818  gluconate periplasmic binding protein  29.91 
 
 		 227 aa  93.6  3e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3749  gluconate periplasmic binding protein  31.72 
 
 		 233 aa  93.2  3e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00615  amidophosphoribosyltransferase  32.07 
 
 		 185 aa  93.6  3e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0049  competence protein F  33.62 
 
 		 241 aa  92.8  4e-18  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3823  competence protein F  34.76 
 
 		 231 aa  93.2  4e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.523279  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4395  ComF family protein  33.66 
 
 		 238 aa  92.8  5e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.136408  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3794  gluconate periplasmic binding protein  30.36 
 
 		 227 aa  92  7e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3894  phosphoribosyltransferase  32.56 
 
 		 259 aa  92  9e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.148595 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2292  ComF family protein  31.42 
 
 		 286 aa  91.3  1e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2183  phosphoribosyltransferase  31.73 
 
 		 230 aa  89.7  4e-17  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000715358  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0040  competence protein F  33.19 
 
 		 241 aa  89.4  5e-17  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.648348  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>