74 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_1001 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_1001  nucleoside-specific channel-forming protein, Tsx  100 
 
 		 279 aa  565  1e-160  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.000000000919402  n/a   
 
 
 
NC_008322  Shewmr7_1101  nucleoside-specific channel-forming protein, Tsx  91.76 
 
 		 279 aa  509  1e-143  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000152935  unclonable  0.0000213544 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1139  nucleoside-specific channel-forming protein Tsx  90.32 
 
 		 283 aa  508  1e-143  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000000567301  unclonable  0.00000000000471998 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1036  nucleoside-specific channel-forming protein, Tsx  91.76 
 
 		 279 aa  509  1e-143  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000103481  unclonable  0.0000000000147865 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1040  nucleoside-specific channel-forming protein, Tsx  90.68 
 
 		 279 aa  505  9.999999999999999e-143  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000125932  unclonable  0.0000000000727651 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2823  nucleoside-specific channel-forming protein, Tsx  89.96 
 
 		 279 aa  502  1e-141  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.000000000597906  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3231  nucleoside-specific channel-forming protein Tsx  85.31 
 
 		 285 aa  474  1e-133  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000002039  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3367  nucleoside-specific channel-forming protein Tsx  84.48 
 
 		 289 aa  472  1e-132  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000101971  hitchhiker  0.00176833 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2816  nucleoside-specific channel-forming protein, Tsx  75.8 
 
 		 277 aa  399  9.999999999999999e-111  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000631711  unclonable  0.00000283394 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3550  nucleoside-specific channel-forming protein Tsx  71.33 
 
 		 277 aa  385  1e-106  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000115802  decreased coverage  0.000000668539 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1215  outer membrane protein OmpK, putative  70.28 
 
 		 283 aa  377  1e-103  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3379  nucleoside-specific channel-forming protein, Tsx  70.92 
 
 		 278 aa  368  1e-101  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000573921  hitchhiker  0.00247146 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3049  nucleoside-specific channel-forming protein Tsx  67.35 
 
 		 287 aa  370  1e-101  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000184608  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1024  nucleoside-specific channel-forming protein, Tsx  67.33 
 
 		 295 aa  367  1e-100  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000000282973  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3228  nucleoside-specific channel-forming protein Tsx  65.9 
 
 		 301 aa  362  5.0000000000000005e-99  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000169174  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03287  hypothetical protein  58.21 
 
 		 273 aa  288  5.0000000000000004e-77  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1893  nucleoside-specific channel-forming protein  56.77 
 
 		 296 aa  285  7e-76  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002697  outer membrane protein OmpK  57.84 
 
 		 272 aa  282  3.0000000000000004e-75  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.302081  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0110  nucleoside-specific channel-forming protein, Tsx  43.62 
 
 		 289 aa  202  7e-51  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01770  putative nucleoside-binding outer membrane protein  37.87 
 
 		 282 aa  142  4e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0718  normal  0.572812 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3858  nucleoside-specific channel-forming protein, Tsx  29.03 
 
 		 319 aa  88.2  1e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.297258 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4122  nucleoside-specific channel-forming protein  29.03 
 
 		 304 aa  88.2  1e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0459  nucleoside-specific channel-forming protein tsx  31.33 
 
 		 287 aa  84.7  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0513  nucleoside-specific channel-forming protein tsx  31.33 
 
 		 287 aa  84.7  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0471  nucleoside-specific channel-forming protein tsx  31.33 
 
 		 287 aa  84.7  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0451  nucleoside-specific channel-forming protein tsx  31.33 
 
 		 287 aa  84.7  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0453  nucleoside-specific channel-forming protein tsx  31.33 
 
 		 287 aa  84.7  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3757  nucleoside-specific channel-forming protein, Tsx  33.33 
 
 		 319 aa  83.2  0.000000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2072  nucleoside-specific channel-forming protein Tsx  32.51 
 
 		 293 aa  82.4  0.000000000000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0668  nucleoside-specific channel-forming protein Tsx  29.39 
 
 		 287 aa  79.7  0.00000000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0482  nucleoside-specific channel-forming protein  33.47 
 
 		 294 aa  79.3  0.00000000000006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3198  nucleoside-specific channel-forming protein Tsx  33.47 
 
 		 294 aa  79.3  0.00000000000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0134636  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0442  nucleoside-specific channel-forming protein  33.47 
 
 		 294 aa  79.3  0.00000000000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3222  nucleoside-specific channel-forming protein Tsx  33.47 
 
 		 294 aa  79.3  0.00000000000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.904335  hitchhiker  0.00000141914 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0445  nucleoside-specific channel-forming protein Tsx  33.47 
 
 		 294 aa  79.3  0.00000000000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00363  hypothetical protein  33.47 
 
 		 294 aa  79.3  0.00000000000006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.502644  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0493  nucleoside-specific channel-forming protein Tsx  33.47 
 
 		 294 aa  79.3  0.00000000000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.521942  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00359  nucleoside channel, receptor of phage T6 and colicin K  33.47 
 
 		 294 aa  79.3  0.00000000000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.527354  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0629  nucleoside-specific channel-forming protein Tsx  31.36 
 
 		 287 aa  78.2  0.0000000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0332  nucleoside-specific channel-forming protein Tsx  33.06 
 
 		 294 aa  77.4  0.0000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.188825  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0879  nucleoside-specific channel-forming protein, Tsx  30.96 
 
 		 294 aa  77  0.0000000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.543775  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3573  nucleoside-specific channel-forming protein Tsx  29.96 
 
 		 286 aa  70.5  0.00000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.772906  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4384  nucleoside-specific channel-forming protein Tsx  28.22 
 
 		 286 aa  70.1  0.00000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.605519 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3759  Nucleoside-specific channel-forming protein, Tsx-like protein  29.66 
 
 		 270 aa  69.3  0.00000000007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4131  hypothetical protein  26.48 
 
 		 250 aa  53.9  0.000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3402  hypothetical protein  25.88 
 
 		 250 aa  53.1  0.000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3504  hypothetical protein  26.27 
 
 		 250 aa  52.4  0.000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000183633  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3679  hypothetical protein  26.27 
 
 		 250 aa  52.4  0.000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0284056  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0544  hypothetical protein  26.03 
 
 		 250 aa  52.4  0.000009  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000326106  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0448  hypothetical protein  26.27 
 
 		 250 aa  51.6  0.00001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00784696  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1577  nucleoside-binding outer membrane protein-like protein  32.26 
 
 		 261 aa  52  0.00001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0489  hypothetical protein  25.57 
 
 		 250 aa  51.6  0.00001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000981799  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4291  hypothetical protein  32.26 
 
 		 261 aa  52  0.00001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3851  hypothetical protein  25.57 
 
 		 250 aa  51.2  0.00002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0452291  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0468  hypothetical protein  25.57 
 
 		 250 aa  50.8  0.00002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000281501  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0492  nucleoside-specific channel-forming protein Tsx  25.57 
 
 		 250 aa  50.8  0.00003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000160917  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0461  hypothetical protein  27.71 
 
 		 250 aa  50.4  0.00003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0413  hypothetical protein  27.38 
 
 		 250 aa  47.4  0.0002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.977542  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3976  nucleoside-specific channel-forming protein Tsx  27.33 
 
 		 262 aa  48.1  0.0002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000541292 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2763  nucleoside-binding outer membrane protein-like protein  29.41 
 
 		 286 aa  48.1  0.0002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.251865  normal  0.794833 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0245  hypothetical protein  27.49 
 
 		 278 aa  47.4  0.0003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02060  hypothetical protein  27.49 
 
 		 278 aa  47.4  0.0003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.520939  normal  0.571612 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3855  hypothetical protein  30.11 
 
 		 284 aa  47.4  0.0003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0979699  normal  0.713498 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3073  hypothetical protein  29.91 
 
 		 251 aa  46.2  0.0005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0238375  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4054  hypothetical protein  30.77 
 
 		 242 aa  46.2  0.0005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3888  hypothetical protein  26.74 
 
 		 262 aa  45.4  0.001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00561363  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3617  hypothetical protein  30.11 
 
 		 261 aa  44.7  0.002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0375428  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0194  hypothetical protein  31.54 
 
 		 278 aa  44.3  0.002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.7975  normal  0.0633994 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3389  hypothetical protein  25.82 
 
 		 251 aa  43.9  0.003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00215189  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0462  hypothetical protein  24.77 
 
 		 250 aa  43.9  0.003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00130481  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3697  nucleoside-binding outer membrane protein-like protein  27.78 
 
 		 266 aa  43.1  0.005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1700  hypothetical protein  25.34 
 
 		 261 aa  42.4  0.007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3671  hypothetical protein  28.57 
 
 		 261 aa  42.4  0.009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3618  hypothetical protein  25.29 
 
 		 260 aa  42  0.01  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.115342  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>