More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SeAg_B0739 on replicon NC_011149
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011080  SNSL254_A0751  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
308 aa  617  1e-176  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000639538  normal  0.380791 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0812  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
308 aa  617  1e-176  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0254349  normal  0.598657 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0739  LysR-family transcriptional regulator  100 
 
 
308 aa  617  1e-176  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  5.0568e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0799  LysR family transcriptional regulator  99.68 
 
 
308 aa  615  1e-175  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00821953  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0848  LysR-family transcriptional regulator  99.35 
 
 
308 aa  613  1e-174  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00362304  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5149  LysR family transcriptional regulator  61.44 
 
 
308 aa  364  1e-100  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.785397  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2501  LysR family transcriptional regulator  56.21 
 
 
308 aa  340  2e-92  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.507839 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5279  LysR family transcriptional regulator  62.3 
 
 
308 aa  339  3e-92  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.328918  normal  0.21823 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6300  LysR family transcriptional regulator  60.46 
 
 
313 aa  332  6e-90  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5877  LysR family transcriptional regulator  60 
 
 
313 aa  328  7e-89  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.673502  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6135  LysR family transcriptional regulator  60 
 
 
317 aa  327  2e-88  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.120476  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3132  transcriptional regulator, LysR family  57.7 
 
 
308 aa  323  3e-87  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.168013  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6018  LysR family transcriptional regulator  58.36 
 
 
306 aa  320  2e-86  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.550846  normal  0.605819 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5627  transcriptional regulator, LysR family  58.69 
 
 
317 aa  314  2e-84  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3816  LysR family transcriptional regulator  54.07 
 
 
310 aa  313  2e-84  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.898253 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3859  LysR family transcriptional regulator  50.49 
 
 
308 aa  312  4e-84  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000207692 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4206  LysR family transcriptional regulator  54.84 
 
 
316 aa  309  4e-83  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.46291  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0637  LysR family transcriptional regulator  55.37 
 
 
310 aa  296  2e-79  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0795  LysR family transcriptional regulator  49.07 
 
 
320 aa  281  1e-74  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2084  LysR family transcriptional regulator  48.42 
 
 
323 aa  278  8e-74  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.911939  normal  0.0802538 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3414  transcriptional regulator, LysR family  49.21 
 
 
324 aa  276  4e-73  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4069  LysR family transcriptional regulator  49.21 
 
 
324 aa  275  5e-73  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8569  transcriptional regulator, LysR family  38.98 
 
 
316 aa  212  5e-54  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0658  LysR family transcriptional regulator  33.77 
 
 
328 aa  173  3e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6272  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
316 aa  172  7e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5976  LysR family transcriptional regulator  33.01 
 
 
316 aa  171  2e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6254  LysR family transcriptional regulator  38.58 
 
 
320 aa  161  2e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2999  LysR family transcriptional regulator  34.98 
 
 
305 aa  154  2e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0222348  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4950  LysR family transcriptional regulator  30.97 
 
 
335 aa  152  6e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3833  LysR family transcriptional regulator  32.31 
 
 
312 aa  152  9e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0897  LysR family transcriptional regulator  37.14 
 
 
306 aa  148  1e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.536186  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0456  LysR family transcriptional regulator  37.14 
 
 
306 aa  148  1e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0935  LysR family transcriptional regulator  37.14 
 
 
306 aa  148  1e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2564  nitrogen assimilation transcriptional regulator  34.02 
 
 
305 aa  147  1e-34  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000767636  normal  0.0977076 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4037  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 
309 aa  146  4e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2270  nitrogen assimilation transcriptional regulator  35.63 
 
 
305 aa  146  5e-34  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  4.1726e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2832  nitrogen assimilation transcriptional regulator  36.03 
 
 
305 aa  146  5e-34  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  5.72709e-09  normal  0.465707 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0970  nitrogen assimilation transcriptional regulator  35.63 
 
 
307 aa  146  5e-34  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  2.43153e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1136  nitrogen assimilation transcriptional regulator  35.63 
 
 
305 aa  146  5e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  1.90292e-08  hitchhiker  0.000106963 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01898  DNA-binding transcriptional dual regulator of nitrogen assimilation  35.63 
 
 
305 aa  146  6e-34  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0024282  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1667  transcriptional regulator, LysR family  35.63 
 
 
305 aa  146  6e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  4.20428e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01887  hypothetical protein  35.63 
 
 
305 aa  146  6e-34  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.0017445  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1657  nitrogen assimilation transcriptional regulator  35.63 
 
 
305 aa  145  7e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000208245  hitchhiker  0.00930832 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2111  nitrogen assimilation transcriptional regulator  35.63 
 
 
305 aa  145  7e-34  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  2.1125e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1431  transcriptional regulator  31.27 
 
 
318 aa  145  8e-34  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0476  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 
319 aa  143  3e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0464  transcriptional regulator, LysR family  33.98 
 
 
316 aa  142  5e-33  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6344  transcriptional regulator, LysR family  31.95 
 
 
310 aa  142  1e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0273  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 
295 aa  139  4e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6361  nitrogen assimilation transcriptional regulator  39.02 
 
 
323 aa  138  1e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.594028  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2923  nitrogen assimilation regulatory protein Nac, putative  35.32 
 
 
302 aa  137  3e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00510012  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1351  LysR family transcriptional regulator  31.7 
 
 
325 aa  137  3e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3129  nitrogen assimilation transcriptional regulator  31.97 
 
 
307 aa  137  3e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4118  LysR family transcriptional regulator  32.09 
 
 
324 aa  132  8e-30  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  decreased coverage  0.00686854  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6114  transcriptional regulator, LysR family  33.44 
 
 
311 aa  130  2e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1195  transcriptional regulator, LysR family  30.67 
 
 
339 aa  130  2e-29  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.279757  normal  0.378839 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4550  transcriptional regulator, LysR family  33.88 
 
 
306 aa  130  4e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.597489  normal  0.103743 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7653  Transcriptional regulator  35.12 
 
 
299 aa  129  7e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6369  transcriptional regulator, LysR family  33.47 
 
 
301 aa  129  7e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.120934  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0748  LysR family transcriptional regulator  32.15 
 
 
310 aa  129  8e-29  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3085  LysR family transcriptional regulator  28.71 
 
 
341 aa  128  1e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2590  nitrogen assimilation transcriptional regulator  34.15 
 
 
307 aa  128  1e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7661  transcriptional regulator LysR family  29.33 
 
 
301 aa  127  2e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3766  transcriptional regulator, LysR family  31.73 
 
 
320 aa  125  6e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.763855  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4822  putative transcriptional regulatory protein (nitrogen assimilation control protein)  28.3 
 
 
331 aa  124  2e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.672498  normal  0.337818 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4227  LysR family transcriptional regulator  29.17 
 
 
345 aa  124  3e-27  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2004  LysR family transcriptional regulator  30.54 
 
 
304 aa  123  4e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3416  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 
320 aa  123  5e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2148  LysR family transcriptional regulator  30.72 
 
 
329 aa  122  5e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3365  LysR substrate-binding  30.07 
 
 
320 aa  122  6e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.415783  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4880  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 
310 aa  122  7e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2034  LysR family transcriptional regulator  30.3 
 
 
303 aa  122  1e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.376919  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4318  LysR family transcriptional regulator  33.6 
 
 
302 aa  121  2e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.772143  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4059  LysR family transcriptional regulator  31.6 
 
 
315 aa  119  6e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.870241  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0165  LysR family transcriptional regulator  32.56 
 
 
306 aa  119  9e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.945791  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5919  LysR family transcriptional regulator  31.17 
 
 
332 aa  117  3e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0217311  normal  0.163471 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0330  LysR family transcriptional regulator  33.21 
 
 
336 aa  115  8e-25  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3202  LysR family transcriptional regulator  29.59 
 
 
333 aa  115  8e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0942  nitrogen assimilation transcriptional regulator  32.12 
 
 
313 aa  115  1e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.787087 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0341  LysR family transcriptional regulator  32.51 
 
 
313 aa  115  1e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.398089  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5763  LysR family transcriptional regulator  30.13 
 
 
316 aa  115  1e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4360  LysR family transcriptional regulator  31.69 
 
 
299 aa  115  1e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.623991  normal  0.557987 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2079  LysR family transcriptional regulator  31.58 
 
 
303 aa  113  3e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0843078  normal  0.804372 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3612  LysR family transcriptional regulator  28.75 
 
 
332 aa  112  1e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.11328  normal  0.0439826 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2188  transcriptional regulator, LysR family  30.16 
 
 
329 aa  111  1e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2070  LysR family transcriptional regulator  29.37 
 
 
328 aa  110  2e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.518674  normal  0.284138 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2180  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  25.97 
 
 
307 aa  110  3e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.15464  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0798  LysR family transcriptional regulator  33.47 
 
 
305 aa  110  3e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2695  LysR family transcriptional regulator  29.19 
 
 
299 aa  109  5e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.311344 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1719  LysR family transcriptional regulator  26.65 
 
 
332 aa  109  6e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6793  transcriptional regulator, LysR family  26.23 
 
 
319 aa  109  7e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2178  transcriptional regulator, LysR family  29.82 
 
 
307 aa  108  1e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5891  LysR family transcriptional regulator  27.91 
 
 
302 aa  108  1e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.504448  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0503  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 
320 aa  108  1e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.107468  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1743  transcriptional regulator, LysR family  27.27 
 
 
300 aa  107  3e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.854551 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3631  LysR family transcriptional regulator  32.17 
 
 
306 aa  107  3e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.489296 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1459  LysR family transcriptional regulator  32.49 
 
 
311 aa  107  3e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.828972  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2051  transcriptional regulator, LysR family  27.27 
 
 
300 aa  107  3e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.183116  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0963  LysR family transcriptional regulator  27.8 
 
 
294 aa  107  4e-22  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0879  LysR family transcriptional regulator  30.54 
 
 
300 aa  104  2e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.388933 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>