More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_3462 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007954  Sden_3462  ATP-binding region, ATPase-like protein  100 
 
 
471 aa  953  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.015081  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0310  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  68.39 
 
 
466 aa  613  1e-174  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.445983  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0255  histidine kinase  61.15 
 
 
458 aa  584  1e-165  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.126812  decreased coverage  1.37847e-05 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0260  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  60.92 
 
 
454 aa  583  1e-165  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.018475  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0253  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  60.93 
 
 
458 aa  581  1e-165  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0323249  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0260  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  61.36 
 
 
458 aa  584  1e-165  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00578995  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3770  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  60.59 
 
 
449 aa  578  1e-164  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00735278  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0251  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  60.59 
 
 
449 aa  578  1e-164  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00216243  hitchhiker  0.000495811 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0252  ATPase domain-containing protein  60.38 
 
 
449 aa  576  1e-163  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00902295  hitchhiker  2.6524e-09 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0278  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  60.59 
 
 
455 aa  557  1e-157  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000416507  hitchhiker  4.04182e-09 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4478  sensor protein CpxA  60.81 
 
 
449 aa  547  1e-154  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0366  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  59.53 
 
 
449 aa  539  1e-152  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00215301  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0280  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  58.71 
 
 
459 aa  538  1e-151  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  5.34801e-06  unclonable  3.36351e-08 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3934  histidine kinase  56.42 
 
 
458 aa  523  1e-147  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000220344  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3571  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  59.05 
 
 
455 aa  510  1e-143  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.382959  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3433  sensor protein CpxA  55.13 
 
 
453 aa  491  1e-137  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0911326  normal  0.239328 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2798  two-component sensor protein  36.03 
 
 
462 aa  232  9e-60  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.1676  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002218  copper sensory histidine kinase CpxA  34.86 
 
 
464 aa  229  7e-59  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00500804  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0988  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  39.65 
 
 
467 aa  229  7e-59  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00659588  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00150  two-component sensor protein  34.1 
 
 
468 aa  229  9e-59  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2265  two-component sensor protein  34.03 
 
 
464 aa  227  4e-58  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  7.6955e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4811  two-component sensor protein  38.16 
 
 
457 aa  222  1e-56  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000201451 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0127  two-component sensor protein  39.36 
 
 
456 aa  221  2e-56  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.581229  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4461  histidine kinase  37.8 
 
 
452 aa  221  2e-56  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0135  two-component sensor protein  39.36 
 
 
456 aa  221  3e-56  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0080  two-component sensor protein  38.77 
 
 
458 aa  219  8e-56  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0083  two-component sensor protein  38.77 
 
 
458 aa  219  8e-56  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4133  two-component sensor protein  38.77 
 
 
458 aa  219  8e-56  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.000603711  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00536  putative sensor histidine kinase protein  40.06 
 
 
453 aa  218  2e-55  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1604  sensor histidine kinase  35.38 
 
 
455 aa  217  5e-55  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1392  sensor histidine kinase  35.38 
 
 
455 aa  216  7e-55  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3851  two-component sensor protein  39.57 
 
 
456 aa  215  1e-54  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.257653  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4456  two-component sensor protein  38.24 
 
 
457 aa  213  4e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.874205  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4275  two-component sensor protein  38.24 
 
 
457 aa  213  5e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4389  two-component sensor protein  38.24 
 
 
457 aa  213  5e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4345  two-component sensor protein  38.24 
 
 
457 aa  213  5e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  3.60495e-07 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4142  two-component sensor protein  38.77 
 
 
457 aa  213  5e-54  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4445  two-component sensor protein  38.77 
 
 
457 aa  213  5e-54  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4304  two-component sensor protein  38.24 
 
 
457 aa  213  5e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5366  two-component sensor protein  38.77 
 
 
457 aa  213  5e-54  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.135229  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4106  two-component sensor protein  38.77 
 
 
457 aa  213  5e-54  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.860273  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4073  histidine kinase  38.77 
 
 
457 aa  213  5e-54  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4304  two-component sensor protein  38.77 
 
 
457 aa  213  5e-54  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.335985  hitchhiker  0.00831139 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4391  two-component sensor protein  38.77 
 
 
457 aa  213  7e-54  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03746  hypothetical protein  38.5 
 
 
457 aa  212  1e-53  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.228988  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03797  two-component sensor protein  38.5 
 
 
457 aa  212  1e-53  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.197394  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4034  two-component sensor protein  38.5 
 
 
456 aa  210  5e-53  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2278  sensor histidine kinase  32.22 
 
 
465 aa  206  6e-52  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0675  Signal transduction histidine kinase  39 
 
 
459 aa  205  1e-51  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  4.58656e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1563  two-component sensor protein  31.36 
 
 
462 aa  202  1e-50  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0211218  unclonable  3.59419e-12 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4061  two-component sensor protein  38.24 
 
 
457 aa  201  2e-50  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000114618  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0051  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  39.74 
 
 
389 aa  196  1e-48  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1749  sensor protein CpxA  29.94 
 
 
472 aa  191  3e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0671148  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2624  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  38.11 
 
 
435 aa  191  3e-47  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  unclonable  9.971e-12 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0715  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  37.5 
 
 
445 aa  190  4e-47  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0705  sensor histidine kinase  37.2 
 
 
381 aa  186  6e-46  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.529031 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2596  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  38.31 
 
 
457 aa  185  2e-45  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.338905 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31140  sensory histidine protein kinase  40.2 
 
 
412 aa  182  1e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0370261  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0194  two-component system sensor protein, histidine kinase  35.22 
 
 
461 aa  181  2e-44  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0627121  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4561  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  32.72 
 
 
440 aa  174  2e-42  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.102367  normal  0.107463 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3194  histidine kinase  37.5 
 
 
480 aa  173  6e-42  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3274  histidine kinase  38.01 
 
 
465 aa  173  8e-42  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000371883  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7490  Signal transduction histidine kinase  36.03 
 
 
423 aa  172  1e-41  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1425  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.9 
 
 
449 aa  172  2e-41  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00554351  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1314  sensor histidine kinase CpxA  34.9 
 
 
449 aa  171  2e-41  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  2.20791e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3451  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  37.33 
 
 
442 aa  172  2e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000191939 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2387  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  36.12 
 
 
420 aa  172  2e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.235334  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3371  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  36.12 
 
 
419 aa  171  2e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.335551  normal  0.20337 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2752  sensor histidine kinase CpxA  34.6 
 
 
449 aa  171  3e-41  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  5.10804e-08  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15590  periplasmic sensory histidine protein kinase  30.77 
 
 
446 aa  170  6e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.506473  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2573  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.47 
 
 
421 aa  170  6e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.236887 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4372  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.95 
 
 
429 aa  169  1e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3186  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  30.83 
 
 
469 aa  168  2e-40  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0772  histidine kinase  36.22 
 
 
456 aa  167  3e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.000128087  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6516  histidine kinase  35.93 
 
 
429 aa  166  7e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0252048 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3412  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  34.73 
 
 
471 aa  166  9e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3845  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  34.64 
 
 
454 aa  166  1e-39  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.340802  normal  0.895738 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2007  putative two-component system sensor kinase  36 
 
 
471 aa  166  1e-39  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0750477  hitchhiker  0.00355536 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1481  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  34.05 
 
 
446 aa  164  2e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0335199  normal  0.0698163 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41270  putative two-component sensor  37.91 
 
 
428 aa  164  3e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.758542 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1803  sensor histidine kinase  35.26 
 
 
450 aa  164  4e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.43373  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1866  putative two-component system sensor kinase  36.07 
 
 
468 aa  163  6e-39  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1009  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.74 
 
 
455 aa  162  8e-39  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3919  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.6 
 
 
448 aa  160  5e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.370556  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4011  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.43 
 
 
446 aa  159  1e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.704889  hitchhiker  1.82562e-05 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3792  sensor histidine kinase  34.28 
 
 
416 aa  158  2e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00122531 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2868  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.97 
 
 
439 aa  157  3e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4505  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.73 
 
 
446 aa  157  6e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0126885  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3499  sensor kinase RpeA  37.55 
 
 
428 aa  156  7e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.106985  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1406  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.13 
 
 
446 aa  155  2e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  5.01512e-05  normal  0.872654 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2891  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  36.05 
 
 
433 aa  152  1e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.392127  normal  0.218372 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06762  histidine kinase  33.11 
 
 
457 aa  152  1e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3591  sensor histidine kinase  33.01 
 
 
449 aa  152  2e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.148051  normal  0.772509 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3794  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.13 
 
 
446 aa  149  1e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  decreased coverage  3.35712e-10 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000850  probable two-component system sensor kinase  29.92 
 
 
457 aa  148  2e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0135797  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1067  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.33 
 
 
425 aa  148  2e-34  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.312987  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3533  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.48 
 
 
449 aa  148  2e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.00670789  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0795  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.56 
 
 
444 aa  148  2e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1732  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.57 
 
 
445 aa  147  4e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.268392  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3063  transmembrane sensor histidine kinase transcription regulator protein  33.93 
 
 
433 aa  147  5e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.9979  normal  0.179925 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>