More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sdel_1962 on replicon NC_013512
Organism: Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013512  Sdel_1962  ribosomal protein S3  100 
 
 		 237 aa  476  1e-133  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.180974  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1027  30S ribosomal protein S3  83.41 
 
 		 232 aa  387  1e-107  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.000269281  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1771  30S ribosomal protein S3  83.41 
 
 		 232 aa  387  1e-107  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  unclonable  0.00000585037  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0040  30S ribosomal protein S3  80.51 
 
 		 232 aa  379  1e-104  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.0666312  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0065  30S ribosomal protein S3  79.24 
 
 		 233 aa  376  1e-103  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00223028  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1869  30S ribosomal protein S3  79.24 
 
 		 233 aa  373  1e-102  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.437759  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2075  30S ribosomal protein S3  79.13 
 
 		 233 aa  372  1e-102  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.0000597186  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1698  30S ribosomal protein S3  79.24 
 
 		 233 aa  373  1e-102  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.000141955  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0292  30S ribosomal protein S3  77.29 
 
 		 241 aa  366  1e-100  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00457089  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0090  30S ribosomal protein S3  81.65 
 
 		 231 aa  364  1e-100  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.157712  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1620  30S ribosomal protein S3  64.86 
 
 		 249 aa  291  8e-78  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.446751  normal  0.331477 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0992  30S ribosomal protein S3  60.71 
 
 		 237 aa  286  2e-76  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0174099 
 
 
-
 
NC_004310  BR1227  30S ribosomal protein S3  61.16 
 
 		 236 aa  282  3.0000000000000004e-75  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1190  30S ribosomal protein S3  61.16 
 
 		 236 aa  282  3.0000000000000004e-75  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.505829  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3178  30S ribosomal protein S3  60.26 
 
 		 232 aa  282  4.0000000000000003e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1962  30S ribosomal protein S3  61.16 
 
 		 236 aa  281  4.0000000000000003e-75  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0807274  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2301  30S ribosomal protein S3  60.26 
 
 		 232 aa  281  5.000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.371999  normal  0.117163 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0939  30S ribosomal protein S3  65.38 
 
 		 211 aa  281  6.000000000000001e-75  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0016445  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2682  30S ribosomal protein S3  64.9 
 
 		 223 aa  281  7.000000000000001e-75  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.631752  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3322  30S ribosomal protein S3  65.38 
 
 		 211 aa  280  1e-74  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000677184 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3442  30S ribosomal protein S3  59.83 
 
 		 232 aa  280  1e-74  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.569758 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1073  30S ribosomal protein S3  64.9 
 
 		 210 aa  280  1e-74  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000789266  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0765  30S ribosomal protein S3  58.52 
 
 		 240 aa  280  1e-74  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0970425  normal  0.512197 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1436  30S ribosomal protein S3  62.5 
 
 		 243 aa  279  2e-74  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0795815  normal  0.0645739 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5064  30S ribosomal protein S3  58.55 
 
 		 236 aa  279  2e-74  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.46978 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3661  30S ribosomal protein S3  58.37 
 
 		 235 aa  280  2e-74  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1338  30S ribosomal protein S3  62.5 
 
 		 243 aa  279  3e-74  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0464681  normal  0.115598 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0632  30S ribosomal protein S3  64.9 
 
 		 211 aa  278  4e-74  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000111736  hitchhiker  0.00000000169292 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1672  30S ribosomal protein S3  62.98 
 
 		 235 aa  278  4e-74  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.356257  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2851  30S ribosomal protein S3  64.42 
 
 		 211 aa  278  6e-74  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.588721  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1370  30S ribosomal protein S3  58.44 
 
 		 231 aa  277  1e-73  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0876936  normal  0.564584 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1352  30S ribosomal protein S3  64.42 
 
 		 210 aa  277  1e-73  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.112713  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2742  ribosomal protein S3  63.94 
 
 		 236 aa  276  2e-73  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0769117  normal  0.282476 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0219  30S ribosomal protein S3  56.28 
 
 		 230 aa  275  4e-73  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.00000000284252  unclonable  0.00000795871 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1551  30S ribosomal protein S3  58.01 
 
 		 231 aa  275  5e-73  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0574  ribosomal protein S3  58.04 
 
 		 239 aa  274  8e-73  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0707  30S ribosomal protein S3  64.42 
 
 		 210 aa  273  1.0000000000000001e-72  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000377493  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2251  30S ribosomal protein S3  61.06 
 
 		 213 aa  273  1.0000000000000001e-72  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0000614716  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1360  ribosomal protein S3  62.5 
 
 		 241 aa  273  1.0000000000000001e-72  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.253201  normal  0.0370461 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0202  30S ribosomal protein S3  56.71 
 
 		 230 aa  273  2.0000000000000002e-72  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000360171  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4164  30S ribosomal protein S3  56.71 
 
 		 230 aa  273  2.0000000000000002e-72  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000000278564  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0206  30S ribosomal protein S3  56.71 
 
 		 230 aa  273  2.0000000000000002e-72  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000455667  unclonable  0.00000997439 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4050  30S ribosomal protein S3  56.71 
 
 		 230 aa  273  2.0000000000000002e-72  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000595874  unclonable  0.00000000000714498 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1685  ribosomal protein S3  58.74 
 
 		 252 aa  273  2.0000000000000002e-72  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  hitchhiker  0.0000519283  hitchhiker  0.00000302048 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2972  30S ribosomal protein S3  59.29 
 
 		 225 aa  273  3e-72  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.845651  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3753  30S ribosomal protein S3  56.71 
 
 		 230 aa  272  3e-72  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000131663  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0686  30S ribosomal protein S3  63.46 
 
 		 210 aa  272  3e-72  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.15256  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1940  30S ribosomal protein S3  59.29 
 
 		 225 aa  272  4.0000000000000004e-72  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03165  30S ribosomal protein S3  58.37 
 
 		 233 aa  271  5.000000000000001e-72  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00374176  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0399  ribosomal protein S3  58.37 
 
 		 233 aa  271  5.000000000000001e-72  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000257024  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3738  30S ribosomal protein S3  58.37 
 
 		 233 aa  271  5.000000000000001e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.338082  normal  0.0279522 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2129  ribosomal protein S3  62.5 
 
 		 248 aa  271  5.000000000000001e-72  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.429997 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0399  30S ribosomal protein S3  58.37 
 
 		 233 aa  271  5.000000000000001e-72  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000141068  hitchhiker  0.0000729403 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3797  30S ribosomal protein S3  58.37 
 
 		 233 aa  271  5.000000000000001e-72  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000046077  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3508  30S ribosomal protein S3  58.37 
 
 		 233 aa  271  5.000000000000001e-72  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000538349  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3703  30S ribosomal protein S3  58.37 
 
 		 233 aa  271  5.000000000000001e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00180602  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4637  30S ribosomal protein S3  58.37 
 
 		 233 aa  271  5.000000000000001e-72  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00278022  normal  0.0942567 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3630  30S ribosomal protein S3  58.37 
 
 		 233 aa  271  5.000000000000001e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000937087  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03116  hypothetical protein  58.37 
 
 		 233 aa  271  5.000000000000001e-72  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00261004  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3801  30S ribosomal protein S3  58.37 
 
 		 233 aa  271  5.000000000000001e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0443981  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3699  30S ribosomal protein S3  58.37 
 
 		 233 aa  271  5.000000000000001e-72  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000153229  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3630  30S ribosomal protein S3  58.37 
 
 		 233 aa  271  5.000000000000001e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0724577  normal  0.691725 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3609  30S ribosomal protein S3  58.37 
 
 		 233 aa  271  5.000000000000001e-72  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000291269  normal  0.0112128 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3745  30S ribosomal protein S3  58.37 
 
 		 233 aa  271  5.000000000000001e-72  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000025032  hitchhiker  0.00113301 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2168  ribosomal protein S3  62.5 
 
 		 248 aa  271  6e-72  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.392518 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0237  30S ribosomal protein S3  55.84 
 
 		 230 aa  271  6e-72  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2446  ribosomal protein S3  62.5 
 
 		 248 aa  271  6e-72  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0411  30S ribosomal protein S3  57.94 
 
 		 233 aa  271  6e-72  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0239377  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0205  30S ribosomal protein S3  55.84 
 
 		 230 aa  271  6e-72  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000415064  unclonable  0.0000000000217557 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0200  30S ribosomal protein S3  55.84 
 
 		 230 aa  271  6e-72  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00835555  hitchhiker  0.00166911 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0205  30S ribosomal protein S3  55.84 
 
 		 230 aa  271  6e-72  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000069447  hitchhiker  0.00000000149632 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2812  30S ribosomal protein S3  62.5 
 
 		 235 aa  271  7e-72  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.102151  normal  0.475025 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0329  30S ribosomal protein S3  57.94 
 
 		 233 aa  271  8.000000000000001e-72  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000157005  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0164  30S ribosomal protein S3  58.01 
 
 		 229 aa  271  8.000000000000001e-72  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000022982  decreased coverage  0.0000484078 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0255  30S ribosomal protein S3  55.9 
 
 		 239 aa  271  8.000000000000001e-72  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4684  30S ribosomal protein S3  58.01 
 
 		 229 aa  270  1e-71  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000205507  unclonable  0.0000000169741 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0411  30S ribosomal protein S3  56.42 
 
 		 234 aa  271  1e-71  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.0000407392  normal  0.239149 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0704  30S ribosomal protein S3  56 
 
 		 236 aa  270  1e-71  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000000220755  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0672  30S ribosomal protein S3  56 
 
 		 236 aa  270  1e-71  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000000114905  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2168  30S ribosomal protein S3  55.98 
 
 		 233 aa  270  2e-71  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000068862  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3816  30S ribosomal protein S3  57.94 
 
 		 233 aa  270  2e-71  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000890302  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0176  30S ribosomal protein S3  56.28 
 
 		 229 aa  269  2e-71  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000179507  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0190  30S ribosomal protein S3  57.14 
 
 		 229 aa  270  2e-71  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000304143  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0065  30S ribosomal protein S3  58.44 
 
 		 235 aa  270  2e-71  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0358705  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0853  SSU ribosomal protein S3P  61.9 
 
 		 210 aa  270  2e-71  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000111374  hitchhiker  0.000095719 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3995  30S ribosomal protein S3  57.94 
 
 		 233 aa  270  2e-71  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000204898  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0289  30S ribosomal protein S3  56.47 
 
 		 232 aa  268  4e-71  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000655466  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2224  ribosomal protein S3  61.54 
 
 		 248 aa  268  4e-71  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.968442  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3909  30S ribosomal protein S3  56.47 
 
 		 232 aa  268  4e-71  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000178804  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0590  30S ribosomal protein S3  56.47 
 
 		 232 aa  268  4e-71  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000336971  normal  0.465615 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4311  30S ribosomal protein S3  57.58 
 
 		 229 aa  268  5e-71  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000643505  unclonable  0.0000000000545426 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0762  30S ribosomal protein S3  55.22 
 
 		 244 aa  268  7e-71  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00068895  normal  0.0518908 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2059  30S ribosomal protein S3  62.02 
 
 		 213 aa  268  8e-71  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00063998  normal  0.0926898 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04515  30S ribosomal protein S3  55.46 
 
 		 244 aa  267  8.999999999999999e-71  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.0000471597  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3437  30S ribosomal protein S3  57.48 
 
 		 299 aa  267  1e-70  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0722902  normal  0.23465 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4538  30S ribosomal protein S3  56.47 
 
 		 232 aa  267  1e-70  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000000472984  hitchhiker  0.0021179 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1789  SSU ribosomal protein S3P  62.98 
 
 		 234 aa  266  1e-70  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.309908  normal  0.124892 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0347  ribosomal protein S3  58.11 
 
 		 252 aa  266  2e-70  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.924426  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1914  ribosomal protein S3  61.06 
 
 		 251 aa  266  2e-70  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0533377  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2454  30S ribosomal protein S3  62.5 
 
 		 219 aa  266  2e-70  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.14409 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>