49 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_3166 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010682  Rpic_1665  Carbohydrate-selective porin OprB  88.22 
 
 		 482 aa  835    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3166  Carbohydrate-selective porin OprB  100 
 
 		 482 aa  979    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.390986  hitchhiker  0.000000000149961 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2951  Carbohydrate-selective porin OprB  88.22 
 
 		 482 aa  835    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1590  Carbohydrate-selective porin OprB  87.76 
 
 		 476 aa  852    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0411  hypothetical protein  62.61 
 
 		 499 aa  579  1e-164  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0352  carbohydrate-selective porin OprB  66.42 
 
 		 492 aa  572  1.0000000000000001e-162  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4280  carbohydrate-selective porin OprB  50 
 
 		 478 aa  399  9.999999999999999e-111  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3545  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  48.25 
 
 		 437 aa  384  1e-105  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.339839 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1131  Carbohydrate-selective porin OprB  44.42 
 
 		 446 aa  351  2e-95  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.778341 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1039  Carbohydrate-selective porin OprB  43.75 
 
 		 462 aa  346  7e-94  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.661938 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0703  carbohydrate-selective porin OprB  41.43 
 
 		 471 aa  338  9.999999999999999e-92  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1331  carbohydrate-selective porin OprB  39.74 
 
 		 494 aa  336  7e-91  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_4992  Carbohydrate-selective porin OprB  38.97 
 
 		 498 aa  327  3e-88  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000230615  hitchhiker  0.00966153 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0473  Carbohydrate-selective porin OprB  41.08 
 
 		 689 aa  326  7e-88  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.693985  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2536  Carbohydrate-selective porin OprB  38.77 
 
 		 498 aa  323  5e-87  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.761533 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1454  hypothetical protein  42.51 
 
 		 665 aa  321  9.999999999999999e-87  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.236827  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0329  carbohydrate-selective porin OprB  39.63 
 
 		 674 aa  318  2e-85  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7486  OmpA domain-containing protein  40.92 
 
 		 662 aa  318  2e-85  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.661615  normal  0.200783 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1195  hypothetical protein  43.72 
 
 		 501 aa  317  4e-85  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.282348  normal  0.538855 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0647  Carbohydrate-selective porin OprB  38.84 
 
 		 472 aa  312  6.999999999999999e-84  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0567  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  41.4 
 
 		 661 aa  312  7.999999999999999e-84  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.284083 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0423  carbohydrate-selective porin OprB  41.4 
 
 		 692 aa  312  9e-84  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3415  putative outer membrane protein of unknown function  41.55 
 
 		 680 aa  310  2.9999999999999997e-83  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.154801  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1552  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  40.29 
 
 		 598 aa  310  2.9999999999999997e-83  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0187168  normal  0.160619 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7274  hypothetical protein  42.51 
 
 		 693 aa  305  8.000000000000001e-82  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2120  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  39.31 
 
 		 490 aa  305  1.0000000000000001e-81  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3564  carbohydrate-selective porin OprB  42.27 
 
 		 724 aa  303  4.0000000000000003e-81  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4249  Carbohydrate-selective porin OprB  42.03 
 
 		 670 aa  303  7.000000000000001e-81  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7453  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  38.69 
 
 		 710 aa  295  1e-78  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0722321  normal  1 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6797  Carbohydrate-selective porin OprB  37.04 
 
 		 458 aa  287  2.9999999999999996e-76  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3804  carbohydrate-selective porin OprB  38.9 
 
 		 708 aa  274  2.0000000000000002e-72  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0335542 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2010  carbohydrate-selective porin OprB  38.9 
 
 		 703 aa  272  1e-71  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.10211  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2286  Carbohydrate-selective porin OprB  38.52 
 
 		 703 aa  266  4e-70  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.725177 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1972  Carbohydrate-selective porin OprB  38.28 
 
 		 703 aa  265  1e-69  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0983998 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0794  Carbohydrate-selective porin OprB  31.3 
 
 		 473 aa  158  2e-37  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  unclonable  0.00000000000421873  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1395  Carbohydrate-selective porin OprB  31.02 
 
 		 471 aa  157  3e-37  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.567539  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS06177  hypothetical protein  69.74 
 
 		 116 aa  106  9e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1112  hypothetical protein  27.36 
 
 		 490 aa  79  0.0000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.503741  normal  0.220663 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0779  carbohydrate-selective porin OprB  24.22 
 
 		 467 aa  57.8  0.0000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000860096  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3271  hypothetical protein  25.76 
 
 		 469 aa  52.4  0.00002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0437682  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0904  Carbohydrate-selective porin OprB  27.93 
 
 		 481 aa  50.1  0.0001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0673705 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2290  hypothetical protein  25.83 
 
 		 432 aa  49.3  0.0002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1115  Carbohydrate-selective porin OprB  26.47 
 
 		 476 aa  46.6  0.001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.967056  normal  0.588415 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3768  Carbohydrate-selective porin OprB  22.7 
 
 		 476 aa  46.6  0.001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1659  Carbohydrate-selective porin OprB  26.11 
 
 		 490 aa  45.1  0.003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.952267 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3661  Carbohydrate-selective porin OprB  22.99 
 
 		 476 aa  45.1  0.003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1380  Carbohydrate-selective porin OprB  25.62 
 
 		 522 aa  44.7  0.004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.768391  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1384  carbohydrate-selective porin OprB  26.11 
 
 		 490 aa  44.3  0.005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00262831 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1762  Carbohydrate-selective porin OprB  28.92 
 
 		 446 aa  43.5  0.008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.259805  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>