More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_2503 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_2503  Helix-turn-helix type 11 domain protein  100 
 
 		 232 aa  469  1.0000000000000001e-131  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.751243 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2909  Helix-turn-helix type 11 domain protein  97.84 
 
 		 232 aa  461  1e-129  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2673  putative repressor transcription regulator protein  90.09 
 
 		 232 aa  429  1e-119  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.94129  normal  0.397505 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0510  helix-turn-helix, type 11  60.27 
 
 		 230 aa  285  4e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0456  helix-turn-helix, type 11  60.27 
 
 		 230 aa  285  4e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0450  HTH domain-containing protein  60.27 
 
 		 230 aa  285  4e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2933  helix-turn-helix, type 11  61.4 
 
 		 230 aa  283  1.0000000000000001e-75  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.686891  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2797  putative transcriptional regulator  63.44 
 
 		 229 aa  279  2e-74  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1823  Helix-turn-helix type 11 domain protein  51.34 
 
 		 237 aa  240  1e-62  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.406304  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0247  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  51.56 
 
 		 227 aa  228  8e-59  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1676  putative transcriptional regulator  51.82 
 
 		 233 aa  224  1e-57  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1180  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  51.36 
 
 		 233 aa  222  3e-57  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1734  transcriptional regulator, putative  51.36 
 
 		 233 aa  219  3.9999999999999997e-56  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.781604  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3791  transcriptional regulator-like  49.1 
 
 		 228 aa  217  1e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.55139  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2539  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  50.45 
 
 		 228 aa  217  1e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0190  Helix-turn-helix type 11 domain protein  49.1 
 
 		 242 aa  217  1e-55  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4005  putative transcriptional regulator  49.57 
 
 		 246 aa  216  2e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.22778  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0672  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  48.65 
 
 		 228 aa  216  4e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.664641  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0596  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  49.1 
 
 		 228 aa  215  5.9999999999999996e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0621  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  49.1 
 
 		 228 aa  215  5.9999999999999996e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.296179  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0694  Helix-turn-helix type 11 domain protein  49.34 
 
 		 246 aa  214  7e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.454528  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0172  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  48.65 
 
 		 242 aa  214  9.999999999999999e-55  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.657073  normal  0.98017 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0221  helix-turn-helix, type 11  48.2 
 
 		 228 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0705  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  48.2 
 
 		 228 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.179711  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3432  helix-turn-helix, type 11  51.8 
 
 		 234 aa  212  3.9999999999999995e-54  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.587974  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3142  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  46.58 
 
 		 232 aa  209  3e-53  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.92923  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2605  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  46.12 
 
 		 232 aa  206  2e-52  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2538  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  46.12 
 
 		 232 aa  206  3e-52  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2704  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  46.12 
 
 		 232 aa  205  5e-52  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.981557  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1758  hypothetical protein  45.21 
 
 		 230 aa  203  2e-51  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0679  helix-turn-helix, type 11  48.4 
 
 		 237 aa  200  1.9999999999999998e-50  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0284  hypothetical protein  49.33 
 
 		 361 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3348  hypothetical protein  49.33 
 
 		 339 aa  199  1.9999999999999998e-50  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.822547  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3383  putative transcriptional regulator  49.33 
 
 		 367 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.296007  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1262  hypothetical protein  49.78 
 
 		 228 aa  199  3e-50  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2679  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  49.1 
 
 		 228 aa  199  3e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2370  hypothetical protein  49.33 
 
 		 228 aa  197  7.999999999999999e-50  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3390  transcriptional regulator (repressor protein)  49.33 
 
 		 228 aa  197  7.999999999999999e-50  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1146  hypothetical protein  49.33 
 
 		 228 aa  197  7.999999999999999e-50  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0387023  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2550  putative transcriptional regulator  49.33 
 
 		 228 aa  197  7.999999999999999e-50  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1457  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  44.29 
 
 		 225 aa  197  1.0000000000000001e-49  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.510976  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000786  predicted transcriptional regulator  43.84 
 
 		 228 aa  197  2.0000000000000003e-49  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0574064  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1593  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  43.38 
 
 		 237 aa  196  2.0000000000000003e-49  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.375886 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1564  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  43.38 
 
 		 237 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1558  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  42.92 
 
 		 237 aa  196  4.0000000000000005e-49  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2786  Helix-turn-helix type 11 domain protein  42.92 
 
 		 237 aa  196  4.0000000000000005e-49  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.987618  normal  0.72002 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1191  hypothetical protein  44.69 
 
 		 235 aa  195  6e-49  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.351784  normal  0.832163 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3400  hypothetical protein  41.7 
 
 		 226 aa  192  5e-48  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2541  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  44.75 
 
 		 228 aa  191  6e-48  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2785  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  42.92 
 
 		 229 aa  188  5.999999999999999e-47  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.899973 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0554  TonB-dependent receptor  43.95 
 
 		 234 aa  185  6e-46  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.665291  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0108  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  41.92 
 
 		 240 aa  172  3.9999999999999995e-42  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.403778 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2775  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  38.64 
 
 		 229 aa  168  6e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3553  helix-turn-helix, type 11  39.13 
 
 		 238 aa  162  5.0000000000000005e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3521  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  39.74 
 
 		 231 aa  160  2e-38  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0151  helix-turn-helix, type 11  40.09 
 
 		 231 aa  160  2e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2996  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  39.01 
 
 		 226 aa  154  2e-36  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4305  Helix-turn-helix type 11 domain protein  40.95 
 
 		 233 aa  149  3e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5970  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  39.73 
 
 		 241 aa  149  3e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.392838 
 
 
-
 
NC_006365  plpp0104  hypothetical protein  36.36 
 
 		 230 aa  149  4e-35  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5701  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  41.63 
 
 		 229 aa  149  4e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.818045  normal  0.0721904 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1799  helix-turn-helix, type 11  38.53 
 
 		 229 aa  149  4e-35  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.000591723  normal  0.0198726 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2089  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  40.3 
 
 		 237 aa  149  4e-35  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.641654  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3646  Helix-turn-helix type 11 domain protein  37.95 
 
 		 230 aa  148  6e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2368  helix-turn-helix, type 11  38.39 
 
 		 231 aa  145  4.0000000000000006e-34  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.150063 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4104  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  37.61 
 
 		 316 aa  145  4.0000000000000006e-34  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0941  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  36.65 
 
 		 230 aa  144  9e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.958625  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5977  Helix-turn-helix type 11 domain protein  36.8 
 
 		 231 aa  144  1e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.374689  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7104  hypothetical protein  38.16 
 
 		 232 aa  143  2e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2105  hypothetical protein  36.56 
 
 		 228 aa  142  3e-33  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2094  hypothetical protein  36.56 
 
 		 228 aa  142  3e-33  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0532  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  38.79 
 
 		 231 aa  142  5e-33  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3900  Helix-turn-helix type 11 domain protein  38.57 
 
 		 230 aa  141  9e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.543885  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0282  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  40.49 
 
 		 231 aa  140  1.9999999999999998e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4185  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  39.75 
 
 		 248 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0369  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  35.41 
 
 		 229 aa  139  3e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.189659 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3551  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  41.31 
 
 		 238 aa  139  3e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0146  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  41.47 
 
 		 233 aa  137  1e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0588  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  36.92 
 
 		 237 aa  136  3.0000000000000003e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0848  Helix-turn-helix type 11 domain protein  40 
 
 		 230 aa  135  4e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.814852 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3821  hypothetical protein  38.73 
 
 		 232 aa  135  7.000000000000001e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0970  Helix-turn-helix type 11 domain protein  36.92 
 
 		 230 aa  133  1.9999999999999998e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.890751  normal  1 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6729  Helix-turn-helix type 11 domain protein  37.04 
 
 		 324 aa  133  1.9999999999999998e-30  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.41486 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0831  transcriptional regulator-like  37.02 
 
 		 244 aa  132  3.9999999999999996e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0455803 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1289  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.9 
 
 		 315 aa  132  5e-30  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.447111 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2577  DeoR family transcriptional regulator  38.39 
 
 		 238 aa  131  7.999999999999999e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2475  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  36.32 
 
 		 252 aa  130  1.0000000000000001e-29  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0100218  normal  0.326712 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0680  DeoR family transcriptional regulator  26.52 
 
 		 231 aa  130  2.0000000000000002e-29  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1092  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.84 
 
 		 315 aa  129  5.0000000000000004e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.206539  normal  0.830453 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3846  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.39 
 
 		 230 aa  128  6e-29  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.80209  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1731  DeoR family transcriptional regulator  34.91 
 
 		 230 aa  127  2.0000000000000002e-28  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.590959  normal  0.873384 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0878  helix-turn-helix, type 11  33.92 
 
 		 233 aa  125  6e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0490604 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0359  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.67 
 
 		 318 aa  124  8.000000000000001e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2380  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  37.57 
 
 		 228 aa  124  1e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3752  Helix-turn-helix type 11 domain protein  37.63 
 
 		 235 aa  124  2e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0838  hypothetical protein  31.46 
 
 		 229 aa  123  3e-27  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.183627 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4400  Helix-turn-helix type 11 domain protein  38.62 
 
 		 231 aa  122  4e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4080  Helix-turn-helix type 11 domain protein  38.1 
 
 		 230 aa  121  7e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3039  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30 
 
 		 235 aa  121  7e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.545561  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0788  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  31.4 
 
 		 319 aa  118  7.999999999999999e-26  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>