More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_1126 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc1190  hypothetical protein  83.35 
 
 		 1177 aa  1924    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1305  UvrD/REP helicase  36.99 
 
 		 1185 aa  685    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.737945  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2114  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  56.21 
 
 		 1197 aa  1139    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1126  UvrD/REP helicase  100 
 
 		 1173 aa  2331    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.443367 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1034  UvrD/REP helicase  93.09 
 
 		 1173 aa  2158    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0891257  normal  0.693052 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2131  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V subunit A  56.66 
 
 		 1187 aa  1138    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.564437  normal  0.516906 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0641  UvrD/REP helicase  37.82 
 
 		 1173 aa  699    Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0566745  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0033  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  39.83 
 
 		 1089 aa  590  1e-167  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.115384 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2124  UvrD/REP helicase  35.89 
 
 		 1147 aa  474  1e-132  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1285  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  38.46 
 
 		 1086 aa  472  1.0000000000000001e-131  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.196421  normal  0.100578 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2265  UvrD/REP helicase  34.12 
 
 		 1095 aa  471  1.0000000000000001e-131  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2325  UvrD/REP helicase  32.44 
 
 		 1087 aa  430  1e-119  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.293004  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2641  UvrD/REP helicase  33.6 
 
 		 1168 aa  422  1e-116  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0136938 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2193  UvrD/REP helicase  36.02 
 
 		 1103 aa  405  1e-111  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1503  UvrD/REP helicase  33.69 
 
 		 1101 aa  395  1e-108  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.699543  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0648  UvrD/REP helicase  33.14 
 
 		 1140 aa  389  1e-106  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.464664  normal  0.326348 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2355  UvrD/REP helicase  33.7 
 
 		 1101 aa  376  1e-102  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.112594  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2896  UvrD/REP helicase  33.54 
 
 		 1165 aa  374  1e-102  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.522615  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2020  double-strand break repair helicase AddA  27.87 
 
 		 1180 aa  264  6.999999999999999e-69  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.411715  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2103  UvrD/Rep family helicase  27.79 
 
 		 1180 aa  260  1e-67  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.664576  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3242  double-strand break repair helicase AddA  30.98 
 
 		 1189 aa  254  9.000000000000001e-66  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0817  double-strand break repair helicase AddA  28.32 
 
 		 1180 aa  253  2e-65  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0056  ATP-dependant DNA helicase  29.22 
 
 		 1182 aa  250  1e-64  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0138  double-strand break repair helicase AddA  28.11 
 
 		 1156 aa  246  1.9999999999999999e-63  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.727377 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2794  UvrD-like DNA helicase domain-containing protein  31.18 
 
 		 1124 aa  242  2e-62  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.370193 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3959  double-strand break repair helicase AddA  28.1 
 
 		 1183 aa  240  1e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4286  double-strand break repair helicase AddA  28.69 
 
 		 1183 aa  239  2e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.564831 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3434  UvrD/REP helicase  29.85 
 
 		 1187 aa  236  2.0000000000000002e-60  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1357  double-strand break repair helicase AddA  25.17 
 
 		 1155 aa  233  2e-59  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0090  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  27.91 
 
 		 1156 aa  233  2e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.195606  normal  0.386807 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3581  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  28.21 
 
 		 1177 aa  230  1e-58  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2175  double-strand break repair helicase AddA  27.65 
 
 		 1164 aa  229  2e-58  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.997727 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1527  UvrD/Rep family helicase  29.52 
 
 		 1106 aa  228  8e-58  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.529663  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0086  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  27.83 
 
 		 1183 aa  226  3e-57  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2951  UvrD-like DNA helicase, C terminal  28.71 
 
 		 1119 aa  221  3.9999999999999997e-56  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0785704  normal  0.12863 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0058  UvrD/REP helicase  27.4 
 
 		 1162 aa  218  8e-55  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.106754  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0387  UvrD/REP helicase  30.11 
 
 		 1164 aa  216  9.999999999999999e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.625573  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0178  UvrD-like DNA helicase, C terminal  28.85 
 
 		 1106 aa  211  6e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.124424  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2846  UvrD/REP helicase  27.65 
 
 		 1121 aa  205  5e-51  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.347056 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3438  double-strand break repair helicase AddA  27.16 
 
 		 1125 aa  202  3e-50  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4954  double-strand break repair helicase AddA  29.91 
 
 		 1147 aa  199  3e-49  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.218744 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1295  double-strand break repair helicase AddA  30.55 
 
 		 1185 aa  192  4e-47  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0359  UvrD/Rep/AddA family helicase  23.34 
 
 		 1089 aa  187  9e-46  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4904  double-strand break repair helicase AddA  29.03 
 
 		 1147 aa  179  3e-43  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.921527 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1997  UvrD/REP helicase  27.26 
 
 		 1161 aa  177  9.999999999999999e-43  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.283179  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4440  double-strand break repair helicase AddA  29.15 
 
 		 1147 aa  176  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.548671  normal  0.292809 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0629  UvrD/REP helicase  21.98 
 
 		 854 aa  166  2.0000000000000002e-39  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1498  UvrD/REP helicase  31.16 
 
 		 1080 aa  165  4.0000000000000004e-39  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0387  ATP-dependent DNA helicase UvrD  21.41 
 
 		 860 aa  162  3e-38  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1708  ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V) beta subunit  26.49 
 
 		 1118 aa  162  5e-38  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1997  UvrD/REP helicase  26.72 
 
 		 1110 aa  160  1e-37  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.469294  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5412  UvrD/REP helicase  26.67 
 
 		 1117 aa  160  1e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2681  double-strand break repair helicase AddA  30.14 
 
 		 1142 aa  157  1e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0050  UvrD/REP helicase  29.58 
 
 		 1202 aa  157  1e-36  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.253682 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3105  UvrD/REP helicase  26.22 
 
 		 1047 aa  154  8e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.224612  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1357  UvrD/REP helicase  34.43 
 
 		 1196 aa  153  2e-35  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4066  UvrD/REP helicase  28.59 
 
 		 1120 aa  152  3e-35  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.160711 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1805  UvrD/REP helicase  30.61 
 
 		 1184 aa  146  2e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1375  UvrD/REP helicase family protein  23.44 
 
 		 1110 aa  145  4e-33  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.134048  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1322  hypothetical protein  27.92 
 
 		 1057 aa  145  4e-33  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0037  UvrD/REP helicase  27.15 
 
 		 1115 aa  145  4e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0025  recombination helicase AddA  22.56 
 
 		 1270 aa  145  6e-33  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0551  UvrD/REP helicase  27.95 
 
 		 1149 aa  144  9e-33  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0345301  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0988  UvrD/REP helicase  26.25 
 
 		 1146 aa  144  9.999999999999999e-33  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.181635  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1315  ATP-dependent nuclease subunit A  23.33 
 
 		 1110 aa  143  1.9999999999999998e-32  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0025  ATP-dependent nuclease, subunit A  22.12 
 
 		 1271 aa  143  1.9999999999999998e-32  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1893  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, beta subunit  26.53 
 
 		 1200 aa  141  6e-32  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000174869 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0973  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  27.74 
 
 		 1155 aa  139  2e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.117254 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1774  recombination helicase AddA  23.53 
 
 		 1248 aa  138  5e-31  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2039  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  23.53 
 
 		 1251 aa  138  6.0000000000000005e-31  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1751  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  31.55 
 
 		 1129 aa  138  6.0000000000000005e-31  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.910924 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1681  ATP-dependent exoDNAse beta subunit  24.13 
 
 		 1217 aa  135  5e-30  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1855  recombination helicase AddA  25.21 
 
 		 1282 aa  131  7.000000000000001e-29  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.0546193 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0004  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  22.35 
 
 		 1203 aa  131  9.000000000000001e-29  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0489  double-strand break repair helicase AddA  30.4 
 
 		 1157 aa  130  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.127792  hitchhiker  0.00205602 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3377  double-strand break repair helicase AddA  30.16 
 
 		 1165 aa  130  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.291395  normal  0.767589 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1041  recombination helicase AddA  25.16 
 
 		 1241 aa  129  3e-28  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.552246  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1481  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  27.61 
 
 		 1230 aa  129  3e-28  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1248  Exodeoxyribonuclease V  30.52 
 
 		 833 aa  125  4e-27  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.637879  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1061  ATP-dependent nuclease subunit A  26.05 
 
 		 1241 aa  125  5e-27  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1142  ATP-dependent nuclease subunit A  26.05 
 
 		 1241 aa  125  5e-27  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1220  ATP-dependent nuclease, subunit A  25.57 
 
 		 1240 aa  125  6e-27  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1193  ATP-dependent nuclease, subunit A  25.04 
 
 		 1241 aa  124  9e-27  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0860  recombination helicase AddA  25.19 
 
 		 1242 aa  124  9e-27  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0782  UvrD/REP helicase  27.91 
 
 		 1107 aa  124  9e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.685172  normal  0.12668 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1041  ATP-dependent nuclease, subunit A  25.64 
 
 		 1241 aa  124  9.999999999999999e-27  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0910  putative recombination protein RecB  26.87 
 
 		 933 aa  124  9.999999999999999e-27  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.646697  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1245  ATP-dependent nuclease, subunit A  25.33 
 
 		 1241 aa  124  1.9999999999999998e-26  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1039  ATP-dependent nuclease, subunit A  25.64 
 
 		 1241 aa  123  1.9999999999999998e-26  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1297  ATP-dependent nuclease, subunit A  25.75 
 
 		 1241 aa  123  1.9999999999999998e-26  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0085  ATP-dependent DNA helicase UvrD  26.46 
 
 		 1139 aa  122  4.9999999999999996e-26  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2832  recombination helicase AddA  25.42 
 
 		 1392 aa  120  9.999999999999999e-26  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1693  Exodeoxyribonuclease V  26.1 
 
 		 1125 aa  120  9.999999999999999e-26  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4148  ATP-dependent nuclease, subunit A  25 
 
 		 1241 aa  120  1.9999999999999998e-25  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1416  UvrD-like DNA helicase, C terminal  26.27 
 
 		 1244 aa  119  3e-25  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1757  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  25.32 
 
 		 1320 aa  119  3e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1341  UvrD/REP helicase  31.87 
 
 		 1195 aa  119  3.9999999999999997e-25  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.638227  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1377  Exodeoxyribonuclease V  27.89 
 
 		 1226 aa  117  1.0000000000000001e-24  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.246845  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2985  UvrD/REP helicase  27.59 
 
 		 1131 aa  117  1.0000000000000001e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.105436  normal  0.309308 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4180  Exodeoxyribonuclease V  25.32 
 
 		 1073 aa  117  1.0000000000000001e-24  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0648836 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>