More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_5312 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_5312  transcriptional regulator, MerR family  100 
 
 		 117 aa  228  3e-59  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4100  MerR family transcriptional regulator  50.44 
 
 		 127 aa  107  4.0000000000000004e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.686135  normal  1 
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4137  MerR family transcriptional regulator  44.35 
 
 		 138 aa  94.4  4e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2962  transcriptional regulator  47.12 
 
 		 126 aa  94.7  4e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009008  RSP_7395  MerR family transcriptional regulator  44.35 
 
 		 138 aa  94  7e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7238  putative transcriptional regulator, MerR family  45.61 
 
 		 122 aa  87.8  4e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.142428 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0162  MerR family transcriptional regulator  43.86 
 
 		 119 aa  87.4  6e-17  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5050  putative transcriptional regulator, MerR family  42.24 
 
 		 131 aa  87  7e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.999579  normal  0.135086 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2182  transcriptional regulator, MerR family  46.79 
 
 		 123 aa  87  8e-17  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  decreased coverage  0.0034846  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25610  predicted transcriptional regulator  49.52 
 
 		 129 aa  86.7  9e-17  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_06140  predicted transcriptional regulator  49.52 
 
 		 129 aa  85.9  2e-16  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0117  transcriptional regulator, MerR family  45.13 
 
 		 138 aa  85.1  3e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.809023  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9141  putative transcriptional regulator, MerR family  46.15 
 
 		 124 aa  82.8  0.000000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4949  putative transcriptional regulator, MerR family  42.61 
 
 		 147 aa  82.4  0.000000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0118636  normal  0.199786 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4426  putative transcriptional regulator, MerR family  42.86 
 
 		 135 aa  82.4  0.000000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00911048 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7954  putative transcriptional regulator, MerR family  44.74 
 
 		 119 aa  82  0.000000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0947  transcriptional regulator, MerR family  41.35 
 
 		 137 aa  78.6  0.00000000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2262  MerR family transcriptional regulator  43.24 
 
 		 150 aa  77.8  0.00000000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.142473  normal  0.0766241 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4290  transcriptional regulator, MerR family  48.65 
 
 		 130 aa  77.4  0.00000000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.66586 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1062  regulatory protein, MerR  42.86 
 
 		 112 aa  77.4  0.00000000000007  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6549  transcriptional regulator, MerR family  41.44 
 
 		 128 aa  76.6  0.00000000000009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.135068  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6606  MerR family transcriptional regulator  41.07 
 
 		 142 aa  76.6  0.0000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4947  regulatory protein, MerR  42.11 
 
 		 129 aa  75.1  0.0000000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.459947  decreased coverage  0.00286067 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4283  MerR family transcriptional regulator  39.64 
 
 		 113 aa  74.3  0.0000000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.85164  normal  0.1781 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0486  MerR family transcriptional regulator  39.64 
 
 		 113 aa  74.3  0.0000000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.277411  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2152  putative transcriptional regulator, MerR family  43.27 
 
 		 121 aa  73.9  0.0000000000006  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1885  MerR family transcriptional regulator  39.64 
 
 		 113 aa  72.8  0.000000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.375979 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1407  MerR family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 133 aa  72.8  0.000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002186  zinc-responsive transcriptional regulator  39.45 
 
 		 132 aa  72.8  0.000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00879391  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2718  transcriptional regulator, MerR family  38.84 
 
 		 150 aa  72  0.000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.654055  hitchhiker  0.0000347436 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3212  MerR family transcriptional regulator  46.3 
 
 		 129 aa  72  0.000000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0356219  normal  0.122177 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1003  transcriptional regulator, MerR family  45.13 
 
 		 125 aa  71.6  0.000000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24080  transcriptional regulator, MerR family  38.6 
 
 		 140 aa  71.2  0.000000000004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02983  putative transcription regulator protein  39.47 
 
 		 152 aa  69.7  0.00000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.179274  normal  0.643629 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3524  MerR family transcriptional regulator  39.6 
 
 		 120 aa  69.7  0.00000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_23560  transcriptional regulator, MerR family  51.43 
 
 		 138 aa  69.3  0.00000000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.346447  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4910  putative transcriptional regulator, MerR family  41.12 
 
 		 334 aa  68.6  0.00000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.48977  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2059  transcriptional regulator, MerR family  35.4 
 
 		 145 aa  68.9  0.00000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.477962 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00208  zinc-responsive transcriptional regulator  38.53 
 
 		 132 aa  68.6  0.00000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4509  transcriptional regulator, MerR family  43.81 
 
 		 129 aa  68.2  0.00000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0125189 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2009  transcriptional regulator, MerR family  39.13 
 
 		 152 aa  68.2  0.00000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1701  transcriptional regulator, MerR family  39.13 
 
 		 152 aa  68.6  0.00000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.201474  normal  0.917872 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2451  transcriptional regulator, MerR family  45.98 
 
 		 339 aa  67.8  0.00000000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0445  zinc-responsive transcriptional regulator  40.4 
 
 		 159 aa  67.8  0.00000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.261357 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2458  transcriptional regulator, MerR family  41.23 
 
 		 119 aa  67.8  0.00000000005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1150  transcriptional regulator, MerR family  42.86 
 
 		 135 aa  67.8  0.00000000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00496019 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3005  MerR family transcriptional regulator  37.86 
 
 		 144 aa  67.8  0.00000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.44472  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0339  MerR family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 253 aa  67.4  0.00000000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.841288 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0433  zinc-responsive transcriptional regulator  40.4 
 
 		 173 aa  67  0.00000000007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0297  zinc-responsive transcriptional regulator  40.4 
 
 		 159 aa  67  0.00000000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0129  MerR family transcriptional regulator  57.14 
 
 		 127 aa  66.2  0.0000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.684226 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1687  MerR family transcriptional regulator  34.51 
 
 		 129 aa  66.6  0.0000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0323  transcription regulator family  32.08 
 
 		 253 aa  66.6  0.0000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2588  MerR family transcriptional regulator  34.51 
 
 		 129 aa  66.6  0.0000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0158199 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2655  MerR family transcriptional regulator  34.51 
 
 		 129 aa  66.6  0.0000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2841  zinc-responsive transcriptional regulator  37.96 
 
 		 139 aa  66.6  0.0000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0481985  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3411  zinc-responsive transcriptional regulator  38.1 
 
 		 158 aa  65.9  0.0000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2357  MerR family transcriptional regulator  51.52 
 
 		 136 aa  65.9  0.0000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.120567 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3434  MerR family transcriptional regulator  37.17 
 
 		 128 aa  66.2  0.0000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.87421  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0303  transcriptional regulator, MerR family  34.23 
 
 		 154 aa  65.9  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00540997  normal  0.988288 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00240  predicted transcriptional regulator  41.59 
 
 		 114 aa  65.9  0.0000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4090  putative MerR/CueR family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 137 aa  65.9  0.0000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.849727  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2762  MerR family transcriptional regulator  34.51 
 
 		 129 aa  65.5  0.0000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2176  transcriptional regulator, MerR family  41.74 
 
 		 125 aa  65.1  0.0000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0135147  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0943  MerR family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 138 aa  65.1  0.0000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.608211  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5255  MerR family transcriptional regulator  38.05 
 
 		 128 aa  64.7  0.0000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.107337  normal  0.171715 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0245  transcriptional regulator, MerR family  32.04 
 
 		 256 aa  64.7  0.0000000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00512795  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0140  putative transcriptional regulator, MerR family  38.1 
 
 		 126 aa  64.3  0.0000000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0752186 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3408  zinc-responsive transcriptional regulator  38 
 
 		 171 aa  64.3  0.0000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6523  MerR family transcriptional regulator  39.42 
 
 		 128 aa  64.3  0.0000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0471751  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2080  transcriptional regulator, MerR family  32.17 
 
 		 256 aa  64.3  0.0000000005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.632784  hitchhiker  0.000000000732695 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6757  MerR family transcriptional regulator  39.42 
 
 		 128 aa  64.3  0.0000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.288009  normal  0.0279244 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1739  MerR family transcriptional regulator  31.09 
 
 		 141 aa  63.9  0.0000000006  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.784519 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2026  putative transcriptional regulator, MerR family  34.19 
 
 		 123 aa  64.3  0.0000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.108228 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1777  MerR family transcriptional regulator  37.96 
 
 		 145 aa  63.9  0.0000000006  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1357  MerR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 342 aa  63.9  0.0000000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.744828  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3996  MerR family transcriptional regulator  37.23 
 
 		 143 aa  63.9  0.0000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8431  transcriptional regulator, MerR family  40.52 
 
 		 133 aa  63.9  0.0000000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0667  transcriptional regulator, MerR family  37.96 
 
 		 249 aa  63.5  0.0000000009  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.201436  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4035  zinc-responsive transcriptional regulator  40.4 
 
 		 176 aa  63.5  0.0000000009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1443  MerR family transcriptional regulator  39.62 
 
 		 179 aa  63.2  0.000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.278253  normal  0.0519631 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00354  putative Zn(II)-responsive transcriptional regulator, regulates Zn export (MerR family) protein  31.09 
 
 		 136 aa  62.8  0.000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.784451  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1255  mercuric resistance operon regulatory protein MerR  31.58 
 
 		 130 aa  63.2  0.000000001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0421  zinc-responsive transcriptional regulator  40.4 
 
 		 176 aa  63.2  0.000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3788  MerR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 144 aa  62.8  0.000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.318416  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3912  zinc-responsive transcriptional regulator  40.4 
 
 		 171 aa  63.2  0.000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1060  MerR family transcriptional regulator  39.81 
 
 		 134 aa  63.2  0.000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.089973  normal  1 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4528  transcriptional regulator, MerR family  38.1 
 
 		 129 aa  63.2  0.000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.355526 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3329  zinc-responsive transcriptional regulator  36.36 
 
 		 144 aa  63.2  0.000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.886267 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1868  MerR family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 153 aa  62.8  0.000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.158881  hitchhiker  0.000791021 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5683  MerR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 149 aa  62.8  0.000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6235  MerR family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 153 aa  62.8  0.000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.204034  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3839  zinc-responsive transcriptional regulator  40.4 
 
 		 171 aa  63.2  0.000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.231012 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1844  MerR family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 153 aa  62.8  0.000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.051898  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4703  MerR family transcriptional regulator  40.3 
 
 		 256 aa  63.2  0.000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.279975  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6047  MerR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 149 aa  62.8  0.000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.790418 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0442  zinc-responsive transcriptional regulator  38.38 
 
 		 157 aa  62.8  0.000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4871  MerR family transcriptional regulator  33.04 
 
 		 122 aa  62  0.000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2267  MerR family transcriptional regulator  39.64 
 
 		 132 aa  62.4  0.000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.312011  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1260  transcriptional regulator  36.11 
 
 		 131 aa  62.8  0.000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.332121  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>