More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RoseRS_4405 on replicon NC_009523
Organism: Roseiflexus sp. RS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009523  RoseRS_4405  hypothetical protein  100 
 
 		 321 aa  638    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.167206  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0748  hypothetical protein  91.59 
 
 		 321 aa  566  1e-160  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0137711  normal  0.534378 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2925  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein subunit beta  55.95 
 
 		 318 aa  322  7e-87  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.412032 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4146  hypothetical protein  45.16 
 
 		 320 aa  251  9.000000000000001e-66  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3798  hypothetical protein  45.16 
 
 		 320 aa  251  1e-65  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0008  hypothetical protein  44.84 
 
 		 320 aa  250  3e-65  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0037  hypothetical protein  43.89 
 
 		 322 aa  238  1e-61  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.24531 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2525  hypothetical protein  46.96 
 
 		 333 aa  237  2e-61  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0335353  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3191  hypothetical protein  47.9 
 
 		 350 aa  236  4e-61  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2674  hypothetical protein  45.48 
 
 		 325 aa  233  3e-60  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0870  threonine dehydratase, biosynthetic  41.12 
 
 		 506 aa  223  4e-57  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0722  threonine ammonia-lyase, biosynthetic  41.12 
 
 		 506 aa  223  4e-57  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.130399  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0097  threonine dehydratase  38.54 
 
 		 405 aa  220  3e-56  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1794  threonine dehydratase  42.47 
 
 		 514 aa  220  3e-56  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.306428  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1014  threonine dehydratase  37.54 
 
 		 403 aa  214  9.999999999999999e-55  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0965  threonine dehydratase  35.56 
 
 		 403 aa  211  2e-53  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2666  threonine dehydratase  38.58 
 
 		 509 aa  210  3e-53  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3770  threonine dehydratase  41.69 
 
 		 412 aa  209  5e-53  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0248886 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1187  threonine dehydratase  35.24 
 
 		 403 aa  208  9e-53  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.296768  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0929  threonine dehydratase  38.08 
 
 		 527 aa  207  3e-52  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.767774 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0344  threonine dehydratase  38.54 
 
 		 399 aa  206  4e-52  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0845  threonine dehydratase  35.24 
 
 		 403 aa  206  4e-52  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09310  threonine dehydratase  34.91 
 
 		 403 aa  206  4e-52  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000321864  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3597  threonine dehydratase  40.2 
 
 		 403 aa  206  5e-52  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.35441  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1083  threonine dehydratase  38.87 
 
 		 529 aa  206  6e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.715043  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0915  threonine dehydratase  35.24 
 
 		 403 aa  205  7e-52  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3416  threonine dehydratase, biosynthetic  41 
 
 		 501 aa  205  7e-52  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000175327 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1068  threonine dehydratase  40.06 
 
 		 509 aa  204  1e-51  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0165  threonine dehydratase  39.17 
 
 		 400 aa  204  1e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0011  threonine dehydratase  38.46 
 
 		 402 aa  202  5e-51  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.059163  normal  0.133507 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2929  threonine dehydratase  40.67 
 
 		 520 aa  202  5e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.333132 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0644  threonine dehydratase  39.37 
 
 		 549 aa  202  6e-51  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0883544 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0733  threonine dehydratase  39.93 
 
 		 515 aa  201  1.9999999999999998e-50  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.880513  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2325  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  43.41 
 
 		 333 aa  201  1.9999999999999998e-50  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00213895 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0743  threonine dehydratase  36.51 
 
 		 403 aa  200  3e-50  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  decreased coverage  0.00847234  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0111  threonine dehydratase  38.51 
 
 		 400 aa  200  3e-50  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.577091  normal  0.0541762 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3647  threonine dehydratase  40.84 
 
 		 516 aa  198  9e-50  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0175  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  38.54 
 
 		 320 aa  198  1.0000000000000001e-49  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.165744  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1373  threonine dehydratase  38.1 
 
 		 537 aa  197  2.0000000000000003e-49  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3448  L-threonine ammonia-lyase  41.18 
 
 		 403 aa  197  3e-49  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3072  threonine dehydratase  41.03 
 
 		 402 aa  196  5.000000000000001e-49  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0067161  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0480  threonine dehydratase  41.35 
 
 		 406 aa  196  6e-49  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1143  threonine dehydratase  35.56 
 
 		 400 aa  194  1e-48  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0423  threonine dehydratase  38.33 
 
 		 504 aa  194  1e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.146858  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04320  threonine dehydratase  38.33 
 
 		 504 aa  194  1e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.478208  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0676  threonine dehydratase  40 
 
 		 503 aa  194  2e-48  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.427964 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0437  threonine dehydratase  39.07 
 
 		 503 aa  194  2e-48  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_09711  threonine dehydratase  35.8 
 
 		 511 aa  192  5e-48  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.139009  normal  0.177122 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1563  threonine dehydratase, biosynthetic  36.86 
 
 		 507 aa  192  5e-48  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5685  threonine dehydratase  40.34 
 
 		 517 aa  192  6e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.000112731  normal  0.257645 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3436  threonine dehydratase  36.24 
 
 		 511 aa  192  6e-48  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0449  threonine dehydratase  37.27 
 
 		 507 aa  192  7e-48  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.545287 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0299  threonine dehydratase  35.49 
 
 		 511 aa  192  8e-48  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.380007  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3529  threonine dehydratase  40.52 
 
 		 403 aa  191  1e-47  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.10963  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0704  threonine dehydratase  36.88 
 
 		 507 aa  191  2e-47  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0951  threonine dehydratase  37.58 
 
 		 517 aa  190  2.9999999999999997e-47  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1467  threonine dehydratase  37.38 
 
 		 517 aa  190  2.9999999999999997e-47  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0303  threonine dehydratase  37.73 
 
 		 565 aa  189  5e-47  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0613066  normal  0.380423 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2353  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  40.97 
 
 		 304 aa  188  9e-47  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1494  threonine dehydratase  31.43 
 
 		 404 aa  188  1e-46  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0611  threonine dehydratase  40.8 
 
 		 408 aa  188  1e-46  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.0341122  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0142  threonine dehydratase  40.76 
 
 		 402 aa  188  1e-46  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0336492 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0349  threonine dehydratase  39.49 
 
 		 403 aa  187  2e-46  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.626504  normal  0.139043 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5602  putative threonine dehydratase  38.77 
 
 		 363 aa  187  2e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3269  threonine dehydratase  39.38 
 
 		 502 aa  187  2e-46  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.579031  normal  0.510346 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_08511  threonine dehydratase  35.4 
 
 		 514 aa  187  3e-46  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.306662  hitchhiker  0.00240564 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47100  threonine dehydratase  37 
 
 		 515 aa  186  3e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011688  PHATRDRAFT_49047  l-threonine ammonia-lyase  37.09 
 
 		 606 aa  186  3e-46  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.866709  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0687  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein subunit beta  40.2 
 
 		 304 aa  186  4e-46  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4935  threonine dehydratase  37.3 
 
 		 403 aa  186  4e-46  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3125  L-threonine ammonia-lyase  37.54 
 
 		 526 aa  186  6e-46  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.00487268  normal  0.103539 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2774  threonine dehydratase  39.02 
 
 		 506 aa  185  7e-46  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.199104  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4064  threonine dehydratase  36.67 
 
 		 515 aa  185  9e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0080  threonine dehydratase  40 
 
 		 399 aa  184  1.0000000000000001e-45  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0099  threonine dehydratase  40 
 
 		 399 aa  184  1.0000000000000001e-45  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3689  threonine dehydratase  40.31 
 
 		 402 aa  184  2.0000000000000003e-45  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.353069  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0125  threonine dehydratase  35.51 
 
 		 408 aa  184  2.0000000000000003e-45  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2084  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  35.83 
 
 		 332 aa  184  2.0000000000000003e-45  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.432383  normal  0.0544348 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1368  threonine dehydratase  32.81 
 
 		 402 aa  184  2.0000000000000003e-45  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0833542  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3784  threonine dehydratase  40 
 
 		 402 aa  183  3e-45  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0116  threonine dehydratase  39.3 
 
 		 415 aa  183  3e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_09911  threonine dehydratase  33.54 
 
 		 513 aa  183  3e-45  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3469  threonine dehydratase  39.37 
 
 		 324 aa  183  3e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1422  threonine dehydratase  37.14 
 
 		 403 aa  183  4.0000000000000006e-45  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  unclonable  0.00000212424  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1844  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  39.34 
 
 		 334 aa  182  4.0000000000000006e-45  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4909  threonine dehydratase  38.89 
 
 		 527 aa  183  4.0000000000000006e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009045  PICST_83915  threonine deaminase  36.25 
 
 		 539 aa  183  4.0000000000000006e-45  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.370739  normal  0.0940196 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0549  threonine dehydratase, biosynthetic  38.69 
 
 		 504 aa  182  5.0000000000000004e-45  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.597687  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1820  threonine dehydratase, biosynthetic  38.89 
 
 		 505 aa  182  5.0000000000000004e-45  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.141416 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1181  threonine dehydratase  32.81 
 
 		 402 aa  182  5.0000000000000004e-45  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000071198  n/a   
 
 
-
 
NC_009366  OSTLU_39224  predicted protein  37.5 
 
 		 510 aa  182  5.0000000000000004e-45  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0161526  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4417  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  35.26 
 
 		 323 aa  182  6e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.936913  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1057  threonine dehydratase  43.8 
 
 		 402 aa  182  6e-45  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0579  threonine dehydratase  38.85 
 
 		 401 aa  182  6e-45  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0564  threonine dehydratase  38.85 
 
 		 401 aa  182  6e-45  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1403  threonine dehydratase  36.51 
 
 		 403 aa  182  7e-45  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3081  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  34.92 
 
 		 320 aa  182  8.000000000000001e-45  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0664641 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4359  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  38.22 
 
 		 321 aa  182  9.000000000000001e-45  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48270  threonine dehydratase  41.39 
 
 		 504 aa  182  9.000000000000001e-45  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_15381  threonine dehydratase  39.88 
 
 		 514 aa  181  1e-44  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.313826 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>