More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_3002 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_3002  hypothetical protein  100 
 
 		 298 aa  572  1.0000000000000001e-162  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1636  hypothetical protein  73.88 
 
 		 335 aa  438  9.999999999999999e-123  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.378464  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1099  hypothetical protein  73.88 
 
 		 310 aa  422  1e-117  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.230747  normal  0.557471 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3728  protein of unknown function DUF6 transmembrane  62.42 
 
 		 324 aa  343  2e-93  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.952098  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1827  protein of unknown function DUF6 transmembrane  62.24 
 
 		 312 aa  334  1e-90  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.297612  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2018  hypothetical protein  62.24 
 
 		 312 aa  334  1e-90  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.172167  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2825  hypothetical protein  62.84 
 
 		 301 aa  315  5e-85  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0965979  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2562  hypothetical protein  58.22 
 
 		 298 aa  310  2e-83  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0693579 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2143  putative transmembrane protein  59.15 
 
 		 302 aa  309  4e-83  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2371  protein of unknown function DUF6 transmembrane  48.4 
 
 		 310 aa  254  9e-67  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.599012 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2775  protein of unknown function DUF6 transmembrane  48.04 
 
 		 310 aa  254  1.0000000000000001e-66  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1102  hypothetical protein  47.37 
 
 		 308 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.624335  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1102  hypothetical protein  47.37 
 
 		 308 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2084  hypothetical protein  50 
 
 		 308 aa  231  1e-59  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0739  hypothetical protein  49.82 
 
 		 308 aa  230  2e-59  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1220  hypothetical protein  49.82 
 
 		 308 aa  230  2e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.10196  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1192  hypothetical protein  49.12 
 
 		 308 aa  229  4e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.164294  normal  0.262505 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2507  hypothetical protein  46.45 
 
 		 310 aa  228  9e-59  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0165619 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1194  hypothetical protein  49.13 
 
 		 302 aa  228  1e-58  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  decreased coverage  0.00865316  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1524  DMT family permease  49.47 
 
 		 310 aa  228  1e-58  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2847  hypothetical protein  47.75 
 
 		 310 aa  228  1e-58  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1109  hypothetical protein  50 
 
 		 295 aa  227  2e-58  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.12045 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1392  multidrug ABC transporter permease  49.47 
 
 		 310 aa  224  1e-57  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1398  hypothetical protein  49.47 
 
 		 310 aa  224  1e-57  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.974177  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5524  hypothetical protein  43.73 
 
 		 298 aa  223  2e-57  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.895083  normal  0.458924 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0477  hypothetical protein  49.12 
 
 		 310 aa  222  6e-57  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1763  hypothetical protein  49.12 
 
 		 310 aa  222  6e-57  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.272283  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0675  hypothetical protein  49.12 
 
 		 310 aa  222  6e-57  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00975957  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4328  hypothetical protein  46.43 
 
 		 308 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.110742  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2674  protein of unknown function DUF6 transmembrane  46.37 
 
 		 308 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3877  hypothetical protein  43.06 
 
 		 300 aa  219  3.9999999999999997e-56  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.421169  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1522  hypothetical protein  45.67 
 
 		 324 aa  218  1e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.860733  normal  0.405706 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03890  probable transmembrane protein  41.26 
 
 		 294 aa  213  2.9999999999999995e-54  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1445  DMT family permease  44.84 
 
 		 322 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.658793  normal  0.0652074 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3541  hypothetical protein  44.17 
 
 		 295 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1468  protein of unknown function DUF6 transmembrane  42.86 
 
 		 303 aa  187  2e-46  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.845571  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5748  hypothetical protein  43.49 
 
 		 303 aa  175  9e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5528  hypothetical protein  42.48 
 
 		 311 aa  165  8e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1242  protein of unknown function DUF6 transmembrane  38.54 
 
 		 290 aa  164  2.0000000000000002e-39  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.305657  normal  0.0923117 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06582  hypothetical protein  38.25 
 
 		 295 aa  162  8.000000000000001e-39  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3867  hypothetical protein  40.45 
 
 		 310 aa  161  2e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.45917  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0050  hypothetical protein  37.99 
 
 		 297 aa  156  4e-37  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1949  protein of unknown function DUF6 transmembrane  43.43 
 
 		 299 aa  155  1e-36  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0199  hypothetical protein  33.22 
 
 		 298 aa  149  8e-35  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2341  hypothetical protein  31.21 
 
 		 312 aa  149  8e-35  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0925779 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1323  hypothetical protein  41.31 
 
 		 291 aa  147  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4566  hypothetical protein  40.93 
 
 		 291 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1417  hypothetical protein  41.57 
 
 		 302 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4078  hypothetical protein  40.54 
 
 		 317 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.958621  normal  0.522177 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1099  hypothetical protein  39.02 
 
 		 296 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.241539 
 
 
-
 
NC_010517  Mrad2831_6436  hypothetical protein  37.07 
 
 		 319 aa  140  3e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0913  protein of unknown function DUF6 transmembrane  35.78 
 
 		 326 aa  138  8.999999999999999e-32  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1578  hypothetical protein  36.49 
 
 		 311 aa  136  4e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.664968  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0184  integral membrane protein  33.1 
 
 		 291 aa  135  9.999999999999999e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0996996  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0593  protein of unknown function DUF6 transmembrane  35.58 
 
 		 283 aa  134  1.9999999999999998e-30  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1791  hypothetical protein  38.43 
 
 		 296 aa  132  7.999999999999999e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.82082  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3363  hypothetical protein  33.46 
 
 		 304 aa  130  2.0000000000000002e-29  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.298579  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1731  hypothetical protein  36.43 
 
 		 379 aa  127  2.0000000000000002e-28  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0902  hypothetical protein  38.77 
 
 		 303 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.499598  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2561  hypothetical protein  36.2 
 
 		 314 aa  120  1.9999999999999998e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.372127  normal  0.570077 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3091  protein of unknown function DUF6 transmembrane  36.64 
 
 		 309 aa  120  3e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4198  hypothetical protein  34.41 
 
 		 307 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  hitchhiker  0.00727451  normal  0.657749 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6523  protein of unknown function DUF6 transmembrane  34.15 
 
 		 313 aa  115  8.999999999999998e-25  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1843  hypothetical protein  34.27 
 
 		 294 aa  115  1.0000000000000001e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.104573 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0008  drug/metabolite exporter (DME) family protein  36.1 
 
 		 321 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1638  hypothetical protein  36.1 
 
 		 321 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.350443 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0398  hypothetical protein  36.69 
 
 		 319 aa  113  3e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.799328 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2091  hypothetical protein  31.27 
 
 		 301 aa  113  4.0000000000000004e-24  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6765  protein of unknown function DUF6 transmembrane  36.01 
 
 		 320 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0325533  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2114  hypothetical protein  33.8 
 
 		 314 aa  110  4.0000000000000004e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.254514 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5146  protein of unknown function DUF6 transmembrane  28.67 
 
 		 319 aa  109  5e-23  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2053  integral membrane protein DUF6  28.33 
 
 		 302 aa  108  7.000000000000001e-23  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2877  protein of unknown function DUF6 transmembrane  35.92 
 
 		 301 aa  108  9.000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.133205  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1591  hypothetical protein  33.08 
 
 		 305 aa  108  1e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.12309 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5539  hypothetical protein  29.86 
 
 		 292 aa  106  4e-22  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1105  hypothetical protein  32.41 
 
 		 334 aa  104  2e-21  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2617  protein of unknown function DUF6 transmembrane  34.91 
 
 		 301 aa  103  5e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0367  hypothetical protein  32.01 
 
 		 310 aa  102  8e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.198495  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2044  ABC transporter membrane spanning protein  32.42 
 
 		 304 aa  101  1e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5366  putative inner membrane transport protein of unknown function  31.76 
 
 		 297 aa  101  2e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00165583 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0065  protein of unknown function DUF6 transmembrane  31.52 
 
 		 307 aa  100  4e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0392  ABC transporter membrane spanning protein  32.28 
 
 		 301 aa  99.8  6e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2347  hypothetical protein  33.59 
 
 		 290 aa  99  8e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.240301 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2912  hypothetical protein  30.55 
 
 		 301 aa  97.4  3e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0876  protein of unknown function DUF6 transmembrane  34.33 
 
 		 306 aa  97.4  3e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5928  protein of unknown function DUF6 transmembrane  31.27 
 
 		 326 aa  95.9  7e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.104603 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0225  hypothetical protein  33 
 
 		 364 aa  95.5  9e-19  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.490189  normal  0.010649 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4793  protein of unknown function DUF6 transmembrane  30.11 
 
 		 300 aa  94.7  2e-18  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2203  hypothetical protein  31.05 
 
 		 311 aa  94  3e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.129513  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1070  hypothetical protein  31.73 
 
 		 310 aa  92  1e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0764  DMT family permease  44.04 
 
 		 119 aa  90.9  2e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.18822 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6570  hypothetical protein  33.45 
 
 		 316 aa  89  9e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.393923  normal  0.0435582 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2304  hypothetical protein  32.12 
 
 		 299 aa  89  9e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1673  protein of unknown function DUF6 transmembrane  31.41 
 
 		 324 aa  88.6  1e-16  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0860474  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1744  protein of unknown function DUF6 transmembrane  31.05 
 
 		 324 aa  88.2  1e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0388  hypothetical protein  35.66 
 
 		 320 aa  88.2  2e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3004  hypothetical protein  31.65 
 
 		 308 aa  87  4e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.119499 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0049  protein of unknown function DUF6 transmembrane  30.74 
 
 		 304 aa  85.9  7e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0356674 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1542  hypothetical protein  30.36 
 
 		 288 aa  85.1  0.000000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.545478  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2460  protein of unknown function DUF6 transmembrane  30.66 
 
 		 330 aa  84.7  0.000000000000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.130133  hitchhiker  0.00000322546 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>