More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_2023 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_2023  cytochrome B561  100 
 
 		 186 aa  370  1e-102  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.971591  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1333  cytochrome B561  72.38 
 
 		 183 aa  244  6.999999999999999e-64  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.666388  normal  0.933151 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1714  cytochrome B561  62.01 
 
 		 182 aa  216  2e-55  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00452879  normal  0.140891 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4593  cytochrome b561  60.44 
 
 		 182 aa  199  9.999999999999999e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52380  cytochrome b561  59.34 
 
 		 182 aa  196  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.583912 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1491  cytochrome b561  57.74 
 
 		 192 aa  192  3e-48  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.336708  normal  0.0588061 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2711  cytochrome B561  52.43 
 
 		 183 aa  182  2.0000000000000003e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3732  cytochrome B561  61.45 
 
 		 181 aa  181  6e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2010  cytochrome B561  60.84 
 
 		 181 aa  179  2e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00709418  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1542  cytochrome B561  60.84 
 
 		 181 aa  179  2e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.662748  normal  0.360468 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3013  cytochrome B561  51.35 
 
 		 183 aa  176  1e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00637618 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1570  cytochrome B561  59.64 
 
 		 181 aa  176  2e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.267805 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3123  cytochrome B561  54.75 
 
 		 178 aa  174  6e-43  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3930  cytochrome b561 family protein  49.18 
 
 		 184 aa  171  7.999999999999999e-42  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.698888  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3307  cytochrome B561  49.44 
 
 		 180 aa  157  8e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3685  cytochrome B561  49.72 
 
 		 184 aa  157  1e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3348  cytochrome B561  48.63 
 
 		 183 aa  151  4e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.696433  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1513  cytochrome b561  48.21 
 
 		 181 aa  141  6e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.141112 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2111  nickel-dependent hydrogenase, B-type cytochrome subunit  45.75 
 
 		 176 aa  132  3.9999999999999996e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.533814  hitchhiker  0.00078066 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1357  nickel-dependent hydrogenase, B-type cytochrome subunit  45.75 
 
 		 176 aa  132  3.9999999999999996e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0540712 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1341  cytochrome B561  45.1 
 
 		 176 aa  131  5e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.134025 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1372  nickel-dependent hydrogenase, B-type cytochrome subunit  45.75 
 
 		 176 aa  130  7.999999999999999e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.646761  normal  0.219339 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1671  cytochrome B561  37.5 
 
 		 176 aa  130  9e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00739522  normal  0.320086 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2205  nickel-dependent hydrogenase, b-type cytochrome subunit  37.5 
 
 		 176 aa  130  9e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.202008  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1211  nickel-dependent hydrogenase, b-type cytochrome subunit  37.5 
 
 		 176 aa  130  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0465638  normal  0.30426 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01889  predicted cytochrome  37.5 
 
 		 176 aa  130  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00000869737  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1677  cytochrome B561  37.5 
 
 		 176 aa  130  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00102602  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1928  nickel-dependent hydrogenase, B-type cytochrome subunit  45.1 
 
 		 176 aa  130  1.0000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.27209  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01879  hypothetical protein  37.5 
 
 		 176 aa  130  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00000505037  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2075  nickel-dependent hydrogenase, b-type cytochrome subunit  37.5 
 
 		 176 aa  130  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  1.22561e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2753  nickel-dependent hydrogenase, b-type cytochrome subunit  37.5 
 
 		 176 aa  129  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000856955  normal  0.186819 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4671  cytochrome B561  44.83 
 
 		 178 aa  127  9.000000000000001e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.098632  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0993  cytochrome B561  39.08 
 
 		 177 aa  125  4.0000000000000003e-28  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1373  cytochrome B561  41.67 
 
 		 180 aa  124  9e-28  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.219895  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0977  cytochrome B561  37.36 
 
 		 177 aa  124  1e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0697  cytochrome B561  38.6 
 
 		 178 aa  122  4e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1447  cytochrome B561  36.16 
 
 		 174 aa  120  9.999999999999999e-27  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2612  cytochrome B561  43.58 
 
 		 191 aa  120  9.999999999999999e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1335  cytochrome b561 family protein  36.16 
 
 		 174 aa  120  9.999999999999999e-27  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2725  cytochrome b561 family protein  36.16 
 
 		 174 aa  120  9.999999999999999e-27  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1521  cytochrome B561  41.62 
 
 		 182 aa  117  7e-26  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0636  cytochrome b561, putative  40.46 
 
 		 229 aa  115  3e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.215518  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2370  putative [Ni] hydrogenase, b-type cytochrome subunit  40.46 
 
 		 178 aa  114  6.9999999999999995e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.530217  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0425  putative cytochrome b561  40.46 
 
 		 178 aa  114  6.9999999999999995e-25  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1804  putative cytochrome b561  40.46 
 
 		 178 aa  114  6.9999999999999995e-25  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0475  putative cytochrome b561  40.46 
 
 		 178 aa  114  6.9999999999999995e-25  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.369041  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2509  putative [Ni] hydrogenase, b-type cytochrome subunit  40.46 
 
 		 178 aa  114  6.9999999999999995e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0823  cytochrome b561  40.46 
 
 		 225 aa  114  8.999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.945704  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3290  cytochrome B561  40.8 
 
 		 178 aa  111  7.000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.363067  normal  0.604346 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3912  cytochrome B561  41.38 
 
 		 178 aa  110  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.373387  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3806  cytochrome B561  40.8 
 
 		 178 aa  110  1.0000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.131783  normal  0.748231 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4454  cytochrome B561  41.38 
 
 		 178 aa  110  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.106952  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5858  cytochrome B561  41.48 
 
 		 184 aa  110  1.0000000000000001e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3615  cytochrome B561  41.38 
 
 		 178 aa  110  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2176  cytochrome B561  41.95 
 
 		 178 aa  109  3e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0739024  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2064  putative cytochrome b-561 membrane protein  40.78 
 
 		 184 aa  108  4.0000000000000004e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.913396  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0199  cytochrome B561 cytochrome transmembrane protein  42.94 
 
 		 174 aa  107  9.000000000000001e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.313091 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0932  cytochrome B561  37.43 
 
 		 178 aa  105  3e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0923  cytochrome B561  37.57 
 
 		 196 aa  104  6e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.651214  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1306  cytochrome B561  37.08 
 
 		 208 aa  104  9e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1636  hypothetical protein  38.71 
 
 		 184 aa  102  3e-21  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0965469  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1956  cytochrome b561  34.08 
 
 		 176 aa  102  4e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4505  cytochrome B561  42.6 
 
 		 174 aa  102  4e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.265021 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5571  putative cytochrome b561  37.5 
 
 		 182 aa  102  4e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.620506 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4373  cytochrome B561  42.6 
 
 		 174 aa  101  6e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.454062  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1272  cytochrome B561  36.96 
 
 		 190 aa  100  1e-20  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.900483  normal  0.0192884 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1517  cytochrome b561  36.11 
 
 		 176 aa  98.6  5e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.39069  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1819  cytochrome b561  36.11 
 
 		 176 aa  98.6  5e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1756  cytochrome b561  36.11 
 
 		 176 aa  97.8  7e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.408301  normal  0.0664837 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1700  cytochrome b561  36.11 
 
 		 176 aa  97.8  7e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0149402  hitchhiker  0.00199396 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5657  cytochrome B561  38.76 
 
 		 190 aa  97.8  7e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.998703 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1759  cytochrome b561  36.11 
 
 		 176 aa  97.1  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.485438  normal  0.205124 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3505  cytochrome b561, putative  35.59 
 
 		 179 aa  96.7  2e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.437089  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4185  cytochrome B561  37.71 
 
 		 189 aa  95.9  3e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3652  putative cytochrome B561  36.36 
 
 		 195 aa  95.1  5e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2549  cytochrome B561  34.81 
 
 		 182 aa  94.7  6e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.481387  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0006  cytochrome B561  37.02 
 
 		 176 aa  94.7  6e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00000161036  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0603  cytochrome B561  35.68 
 
 		 188 aa  94  1e-18  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0014  cytochrome B561  37.02 
 
 		 176 aa  94  1e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00000000167547  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0009  cytochrome B561  35.91 
 
 		 176 aa  92  4e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00000000853372  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0062  cytochrome B561  35.91 
 
 		 176 aa  92  4e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00000272347  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0030  cytochrome B561  35.91 
 
 		 177 aa  91.3  7e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000000693928  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0706  cytochrome B561  35.84 
 
 		 186 aa  91.3  7e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.404491  normal  0.794115 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3997  putative cytochrome b-561 membrane protein  35.43 
 
 		 186 aa  91.3  8e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.50922  normal  0.334764 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3195  cytochrome B561  34.81 
 
 		 176 aa  90.9  1e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  unclonable  0.0000000000038673  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1736  cytochrome B561  37.87 
 
 		 185 aa  90.5  1e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0874237  normal  0.949544 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01688  cytochrome B561  36.76 
 
 		 187 aa  89.7  2e-17  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.883966  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0418  cytochrome B561  34.81 
 
 		 196 aa  89  3e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.134853  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0259  cytochrome B561  38.95 
 
 		 178 aa  88.6  4e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3044  cytochrome B561  39.71 
 
 		 190 aa  88.6  4e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1738  hypothetical protein  33.52 
 
 		 186 aa  88.2  7e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0392514  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0005  cytochrome B561  34.81 
 
 		 177 aa  87.4  1e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0183044 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1861  cytochrome B561  35.96 
 
 		 178 aa  87.4  1e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.846018  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5356  putative cytochrome b561  33.14 
 
 		 180 aa  85.9  3e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00398289 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3921  cytochrome B561  42.07 
 
 		 178 aa  85.9  3e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0127513  normal  0.0741318 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3390  cytochrome b561  37.57 
 
 		 176 aa  85.5  4e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0686  cytochrome b561  35.68 
 
 		 188 aa  85.1  5e-16  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0459  cytochrome B561  37.14 
 
 		 189 aa  84.7  7e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2804  cytochrome B561  40.78 
 
 		 177 aa  84.7  7e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.850837  normal  0.374097 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3682  cytochrome B561  34.41 
 
 		 188 aa  84.3  9e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.388705  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>