More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_0655 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_0655  two component transcriptional regulator  100 
 
 		 242 aa  481  1e-135  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.379452 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1874  two component transcriptional regulator  52.63 
 
 		 235 aa  240  2e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.418938  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1282  two component transcriptional regulator  50.44 
 
 		 249 aa  237  1e-61  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2033  two component transcriptional regulator  47.64 
 
 		 238 aa  226  3e-58  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.649752  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2176  two component transcriptional regulator  47.21 
 
 		 238 aa  226  3e-58  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.120128  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3730  winged helix family two component transcriptional regulator  47.21 
 
 		 238 aa  225  6e-58  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2983  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.71 
 
 		 242 aa  221  9.999999999999999e-57  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.000906081  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2473  DNA-binding response regulator  45.57 
 
 		 242 aa  212  3.9999999999999995e-54  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5717  putative two-component response regulator  46.55 
 
 		 245 aa  210  2e-53  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65880  putative two-component response regulator  46.55 
 
 		 244 aa  209  2e-53  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0780512  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003939  TorCAD operon transcriptional regulatory protein TorR  45.02 
 
 		 236 aa  208  7e-53  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0753413  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3045  two component transcriptional regulator  45.5 
 
 		 232 aa  207  9e-53  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3772  two component transcriptional regulator  45.5 
 
 		 232 aa  207  9e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1985  DNA-binding transcriptional regulator TorR  45.81 
 
 		 232 aa  207  1e-52  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.156357  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0758  two component transcriptional regulator  47.84 
 
 		 244 aa  206  2e-52  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.885545  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01583  DNA-binding transcriptional regulator TorR  44.83 
 
 		 237 aa  206  2e-52  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0200  two component transcriptional regulator  44.64 
 
 		 243 aa  205  5e-52  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0545  two component transcriptional regulator  45.53 
 
 		 250 aa  203  2e-51  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3646  two component transcriptional regulator  45.02 
 
 		 243 aa  201  8e-51  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1322  DNA-binding transcriptional regulator TorR  44.98 
 
 		 234 aa  199  3e-50  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000612091  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1631  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.3 
 
 		 275 aa  197  1.0000000000000001e-49  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6165  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.76 
 
 		 245 aa  197  1.0000000000000001e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.362427  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1375  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  41.05 
 
 		 236 aa  197  1.0000000000000001e-49  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6320  two component transcriptional regulator  43.97 
 
 		 239 aa  196  2.0000000000000003e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.506454  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00998  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with TorS  46.55 
 
 		 230 aa  196  4.0000000000000005e-49  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2647  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.55 
 
 		 230 aa  196  4.0000000000000005e-49  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.149157  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1828  DNA-binding transcriptional regulator TorR  41.25 
 
 		 240 aa  196  4.0000000000000005e-49  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2107  two-component response regulator  42.49 
 
 		 245 aa  196  4.0000000000000005e-49  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01005  hypothetical protein  46.55 
 
 		 230 aa  196  4.0000000000000005e-49  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2600  DNA-binding transcriptional regulator TorR  46.55 
 
 		 230 aa  196  4.0000000000000005e-49  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.394206 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1106  DNA-binding transcriptional regulator TorR  46.55 
 
 		 230 aa  196  4.0000000000000005e-49  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2130  DNA-binding transcriptional regulator TorR  46.55 
 
 		 230 aa  195  6e-49  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2320  DNA-binding transcriptional regulator TorR  46.55 
 
 		 230 aa  195  6e-49  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.369642  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1111  DNA-binding transcriptional regulator TorR  46.55 
 
 		 230 aa  195  6e-49  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.108936  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0225  osmolarity response regulator  43.61 
 
 		 240 aa  194  9e-49  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1230  DNA-binding transcriptional regulator TorR  46.55 
 
 		 230 aa  194  9e-49  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3241  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.81 
 
 		 237 aa  194  1e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2052  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.15 
 
 		 242 aa  194  2e-48  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.293024  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2423  two component transcriptional regulator  46.12 
 
 		 240 aa  194  2e-48  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.356919 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03947  osmolarity response regulator  44.05 
 
 		 240 aa  193  2e-48  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5579  two component transcriptional regulator, winged helix family  45 
 
 		 248 aa  192  3e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.00126537  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4123  two component transcriptional regulator  42.86 
 
 		 242 aa  192  3e-48  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0079  transcriptional regulatory protein  42.06 
 
 		 245 aa  192  3e-48  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.747625  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4027  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.67 
 
 		 240 aa  192  4e-48  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.886848  normal  0.528233 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3772  response regulator receiver  43.67 
 
 		 241 aa  192  5e-48  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0950932  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4066  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.67 
 
 		 241 aa  192  5e-48  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6216  two component transcriptional regulator  43.48 
 
 		 246 aa  191  7e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03257  osmolarity response regulator  43.17 
 
 		 239 aa  190  1e-47  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0172  osmolarity response regulator  43.17 
 
 		 239 aa  191  1e-47  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4597  osmolarity response regulator  44.05 
 
 		 240 aa  190  1e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3741  osmolarity response regulator  43.17 
 
 		 239 aa  191  1e-47  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3980  osmolarity response regulator  43.17 
 
 		 239 aa  191  1e-47  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.75818  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4156  DNA-binding transcriptional regulator TorR  44.83 
 
 		 242 aa  190  1e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4214  DNA-binding transcriptional regulator TorR  44.83 
 
 		 242 aa  190  1e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4035  DNA-binding transcriptional regulator TorR  44.83 
 
 		 242 aa  190  1e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0324  osmolarity response regulator  43.61 
 
 		 239 aa  190  1e-47  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.566854  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4107  DNA-binding transcriptional regulator TorR  44.83 
 
 		 242 aa  190  1e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03209  hypothetical protein  43.17 
 
 		 239 aa  190  1e-47  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0308  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.17 
 
 		 239 aa  190  2e-47  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3703  osmolarity response regulator  43.17 
 
 		 239 aa  190  2e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4621  osmolarity response regulator  43.17 
 
 		 239 aa  190  2e-47  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4711  osmolarity response regulator  43.17 
 
 		 239 aa  190  2e-47  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3686  osmolarity response regulator  43.17 
 
 		 239 aa  190  2e-47  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.550003 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0308  osmolarity response regulator  43.17 
 
 		 239 aa  190  2e-47  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0516186 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3775  osmolarity response regulator  43.17 
 
 		 239 aa  190  2e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3871  osmolarity response regulator  43.17 
 
 		 239 aa  190  2e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3809  osmolarity response regulator  43.17 
 
 		 239 aa  190  2e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3818  osmolarity response regulator  43.17 
 
 		 239 aa  190  2e-47  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.339561  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3879  osmolarity response regulator  43.17 
 
 		 239 aa  190  2e-47  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1895  osmolarity response regulator  45.18 
 
 		 244 aa  189  2e-47  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0546897 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3898  osmolarity response regulator  43.17 
 
 		 239 aa  190  2e-47  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3700  osmolarity response regulator  43.17 
 
 		 239 aa  190  2e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0244  osmolarity response regulator  43.17 
 
 		 239 aa  189  2e-47  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3784  osmolarity response regulator  43.17 
 
 		 239 aa  190  2e-47  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4075  osmolarity response regulator  43.17 
 
 		 239 aa  190  2e-47  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3602  osmolarity response regulator  43.17 
 
 		 239 aa  190  2e-47  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4052  DNA-binding transcriptional regulator TorR  44.83 
 
 		 242 aa  190  2e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2803  DNA-binding transcriptional regulator TorR  42.62 
 
 		 241 aa  189  2.9999999999999997e-47  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00131566 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3347  DNA-binding transcriptional regulator TorR  44.49 
 
 		 236 aa  189  2.9999999999999997e-47  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000384276  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0474  transcriptional regulatory protein OmpR, putative  41.88 
 
 		 238 aa  188  5e-47  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.558106  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0852  two component transcriptional regulator  44.78 
 
 		 241 aa  189  5e-47  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1245  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.39 
 
 		 256 aa  188  5e-47  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0649443  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3478  two-component response regulator  39.91 
 
 		 238 aa  187  1e-46  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0441  two component transcriptional regulator  42.55 
 
 		 245 aa  187  1e-46  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.270311  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2418  two component transcriptional regulator  42.67 
 
 		 237 aa  187  1e-46  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3403  two component transcriptional regulator  42.11 
 
 		 236 aa  187  1e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46550  response regulator  43.91 
 
 		 267 aa  187  1e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0203573  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3286  two component transcriptional regulator  42.98 
 
 		 239 aa  187  1e-46  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0994211  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00933  two-component response regulator  39.47 
 
 		 238 aa  186  2e-46  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4633  osmolarity response regulator  44.49 
 
 		 241 aa  186  2e-46  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2497  two component transcriptional regulator  46.72 
 
 		 239 aa  187  2e-46  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3477  two component transcriptional regulator  43.97 
 
 		 261 aa  187  2e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5286  two component transcriptional regulator  42.62 
 
 		 240 aa  186  3e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.498861 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1574  osmolarity response regulator  45.66 
 
 		 236 aa  186  3e-46  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0811  two-component response regulator  39.47 
 
 		 238 aa  186  4e-46  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3606  two-component response regulator  39.47 
 
 		 238 aa  186  4e-46  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.40472  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0681  two-component response regulator  39.47 
 
 		 238 aa  186  4e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00000276194  normal  0.238426 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1299  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.29 
 
 		 242 aa  184  8e-46  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0317425  normal  0.569469 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4017  osmolarity response regulator  43.17 
 
 		 241 aa  184  8e-46  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0359  osmolarity response regulator  43.17 
 
 		 245 aa  184  9e-46  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>