More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_2738 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_2738  response regulator receiver domain-containing protein  100 
 
 		 123 aa  248  2e-65  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.886685 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2783  response regulator receiver  90.24 
 
 		 123 aa  224  3e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.636371 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3180  response regulator receiver protein  87.1 
 
 		 124 aa  217  5e-56  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0167969  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2520  response regulator receiver domain-containing protein  80.17 
 
 		 125 aa  203  5e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.113297  normal  0.478353 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1793  response regulator receiver domain-containing protein  75.42 
 
 		 126 aa  192  1e-48  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.244756  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4411  putative response regulator receiver (CheY-like protein)  73.39 
 
 		 131 aa  191  3e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.514484 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1774  response regulator receiver  67.83 
 
 		 126 aa  174  5e-43  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0498529  decreased coverage  0.00379005 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0621  response regulator receiver protein  39.64 
 
 		 120 aa  108  3e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2937  response regulator receiver protein  44.25 
 
 		 129 aa  102  1e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.972944  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0475  response regulator receiver protein  44.25 
 
 		 129 aa  102  2e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0022  response regulator receiver and SARP domain protein  43.86 
 
 		 142 aa  102  2e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  hitchhiker  0.000346597  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1200  response regulator receiver protein  41.59 
 
 		 126 aa  99.8  1e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0019  response regulator receiver protein  43.75 
 
 		 129 aa  99.8  1e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0611118 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1289  response regulator receiver protein  42.59 
 
 		 119 aa  97.4  6e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.704465  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0440  response regulator receiver protein  45.28 
 
 		 130 aa  96.3  1e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0544928  normal  0.588008 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0407  response regulator receiver  45.28 
 
 		 130 aa  96.3  1e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.459485 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3363  response regulator receiver protein  43.86 
 
 		 133 aa  95.9  2e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.387857 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0708  response regulator receiver protein  40.35 
 
 		 123 aa  93.2  1e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.795364  normal  0.880104 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4155  response regulator receiver domain-containing protein  38.39 
 
 		 123 aa  91.7  3e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.918011  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2323  response regulator receiver protein  42.02 
 
 		 121 aa  91.7  3e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.03657 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3299  response regulator receiver protein  37.93 
 
 		 123 aa  89.7  1e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00414312 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2089  response regulator receiver protein  46 
 
 		 152 aa  89.4  2e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.775144 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2608  response regulator receiver protein  42.34 
 
 		 114 aa  89  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.186263  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0717  response regulator receiver protein  47.27 
 
 		 122 aa  88.6  3e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0892969  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2651  response regulator  40.87 
 
 		 125 aa  86.7  1e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00566392  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0470  response regulator receiver protein  37.27 
 
 		 133 aa  85.1  3e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3435  response regulator receiver protein  41.96 
 
 		 121 aa  83.6  9e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.465011  normal  0.396609 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2384  response regulator receiver  40 
 
 		 125 aa  82.4  0.000000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00466139  normal  0.125866 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7970  response regulator receiver and SARP domain protein  37.04 
 
 		 160 aa  82  0.000000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.304155  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2032  response regulator receiver protein  41.44 
 
 		 125 aa  81.6  0.000000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0079  signal transduction histidine kinase  36.28 
 
 		 639 aa  80.5  0.000000000000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.464916 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3759  response regulator receiver protein  40.52 
 
 		 127 aa  79.7  0.00000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.514361  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1267  response regulator receiver/SARP domain-containing protein  37.27 
 
 		 134 aa  78.6  0.00000000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00862788 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6449  response regulator receiver protein  39.45 
 
 		 121 aa  78.6  0.00000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5346  response regulator receiver protein  34.86 
 
 		 118 aa  77  0.00000000000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4234  response regulator receiver protein  39.45 
 
 		 121 aa  76.6  0.0000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0312747 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0358  signal transduction histidine kinase  38.24 
 
 		 602 aa  75.5  0.0000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2532  response regulator receiver protein  34.51 
 
 		 138 aa  75.1  0.0000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1182  response regulator receiver modulated GAF sensor protein  39.29 
 
 		 846 aa  75.1  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.75997  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4798  response regulator receiver protein  35.85 
 
 		 120 aa  73.6  0.0000000000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.107601  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1920  response regulator receiver protein  39.45 
 
 		 126 aa  72.8  0.000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.170402 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1965  response regulator receiver  38.18 
 
 		 126 aa  72  0.000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.132523  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1396  response regulator receiver domain-containing protein  34.48 
 
 		 117 aa  72.4  0.000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.230809  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2241  response regulator receiver protein  38.18 
 
 		 126 aa  72  0.000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.926249 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3496  bacteriophytochrome protein  36.61 
 
 		 852 aa  71.6  0.000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.552776  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2069  response regulator receiver domain-containing protein  37.5 
 
 		 123 aa  72  0.000000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.240465  normal  0.487014 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2183  response regulator receiver protein  36.79 
 
 		 134 aa  71.6  0.000000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5233  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.78 
 
 		 384 aa  70.1  0.000000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.222219 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0109  response regulator receiver  34.91 
 
 		 120 aa  70.1  0.000000000009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1726  response regulator receiver protein  35.19 
 
 		 115 aa  70.1  0.00000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6265  response regulator receiver protein  36.45 
 
 		 136 aa  69.7  0.00000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1241  signal transduction histidine kinase  39.58 
 
 		 631 aa  70.1  0.00000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0246477 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4110  response regulator receiver protein  35.65 
 
 		 127 aa  69.7  0.00000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.00730632  normal  0.59438 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3289  putative PAS/PAC sensor protein  38.53 
 
 		 855 aa  68.6  0.00000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.363327  normal  0.145052 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5270  signal transduction histidine kinase  30.97 
 
 		 559 aa  68.6  0.00000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.909185 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3034  putative PAS/PAC sensor protein  38.53 
 
 		 856 aa  68.2  0.00000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0858916  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5238  response regulator receiver protein  35.14 
 
 		 127 aa  67.4  0.00000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.516097  normal  0.262734 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0431  response regulator receiver protein  34 
 
 		 124 aa  66.6  0.00000000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0769354  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1784  response regulator receiver domain-containing protein  34 
 
 		 124 aa  66.2  0.0000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.474362  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5707  response regulator receiver protein  35.29 
 
 		 127 aa  65.5  0.0000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6244  response regulator receiver modulated GAF sensor protein  35.4 
 
 		 849 aa  64.7  0.0000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5321  putative sensory transduction regulatory protein  47.22 
 
 		 84 aa  64.7  0.0000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.563131  normal  0.70291 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4279  response regulator receiver protein  30.09 
 
 		 120 aa  64.3  0.0000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.718019  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2363  response regulator receiver protein  34.55 
 
 		 122 aa  63.9  0.0000000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.549917  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1296  response regulator receiver protein  35.09 
 
 		 136 aa  63.5  0.0000000009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4933  response regulator receiver protein  32.99 
 
 		 121 aa  62.8  0.000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.124626  normal  0.430513 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0677  putative two component-response regulator receiver (CheY-like protein)  36.17 
 
 		 104 aa  63.2  0.000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.339833 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6261  putative response regulator receiver (CheY-like protein)  33.94 
 
 		 121 aa  62.8  0.000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.235266  normal  0.732793 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5235  response regulator receiver protein  33.94 
 
 		 131 aa  62.4  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0801642 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0773  response regulator receiver  34.34 
 
 		 149 aa  62.4  0.000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.863112  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0604  response regulator receiver protein  31.3 
 
 		 147 aa  62.4  0.000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3337  hypothetical protein  36.11 
 
 		 130 aa  62.4  0.000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.244169  normal  0.34569 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03021  regulatory protein  32.73 
 
 		 126 aa  61.6  0.000000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2330  putative bacteriophytochrome  35.19 
 
 		 842 aa  61.6  0.000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.766617  normal  1 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9083  bacteriophytochrome protein  35.83 
 
 		 856 aa  61.6  0.000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6401  response regulator receiver protein  33.33 
 
 		 126 aa  60.8  0.000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11642  two component system transcriptional regulator  34.51 
 
 		 205 aa  60.1  0.000000009  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0378541  normal  0.634495 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5004  response regulator receiver protein  38.75 
 
 		 118 aa  60.1  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.325761  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2586  response regulator receiver modulated GAF sensor protein  33.63 
 
 		 847 aa  58.9  0.00000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.251983 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0073  response regulator receiver protein  33.91 
 
 		 144 aa  59.3  0.00000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0556  response regulator receiver  31.62 
 
 		 140 aa  58.5  0.00000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.032469  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1977  response regulator receiver and ANTAR domain protein  35.54 
 
 		 227 aa  58.5  0.00000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.239234  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6551  putative response regulator receiver (CheY-like protein)  30.63 
 
 		 129 aa  58.5  0.00000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.582154 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3364  response regulator  31.53 
 
 		 847 aa  58.2  0.00000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.427552 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25990  response regulator with putative antiterminator output domain protein  35.9 
 
 		 204 aa  57.8  0.00000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3021  response regulator receiver/ANTAR domain-containing protein  31.9 
 
 		 210 aa  57.8  0.00000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3067  response regulator receiver/ANTAR domain-containing protein  31.9 
 
 		 210 aa  57.8  0.00000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2840  response regulator receiver/ANTAR domain-containing protein  32.76 
 
 		 213 aa  57.8  0.00000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0401204  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3036  response regulator receiver/ANTAR domain-containing protein  31.9 
 
 		 210 aa  57.8  0.00000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.222389  normal  0.216241 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3575  response regulator receiver/ANTAR domain-containing protein  33.33 
 
 		 229 aa  57.4  0.00000006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.10936  normal  0.0183031 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2986  response regulator receiver protein  30.97 
 
 		 124 aa  57.4  0.00000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.347118  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0646  response regulator receiver domain-containing protein  32.71 
 
 		 139 aa  57  0.00000008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.452757  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3106  response regulator receiver protein  32.5 
 
 		 152 aa  57  0.00000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0102  response regulator, putative  30.95 
 
 		 125 aa  57  0.00000009  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.248594  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1618  response regulator receiver/ANTAR domain-containing protein  36.36 
 
 		 199 aa  57  0.00000009  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.144201  normal  0.292856 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1629  response regulator receiver domain-containing protein  33.33 
 
 		 129 aa  56.2  0.0000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.324074  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2035  response regulator receiver/ANTAR domain-containing protein  36.36 
 
 		 199 aa  56.6  0.0000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.480822 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2394  putative GAF sensor protein  31.53 
 
 		 847 aa  56.6  0.0000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.25898  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1215  response regulator receiver protein  30.17 
 
 		 124 aa  56.2  0.0000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0588681  normal  0.159144 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0099  putative response regulator  30.89 
 
 		 124 aa  56.2  0.0000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>