273 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_0407 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010172  Mext_0407  response regulator receiver  100 
 
 		 130 aa  256  8e-68  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.459485 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0440  response regulator receiver protein  100 
 
 		 130 aa  256  8e-68  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0544928  normal  0.588008 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0475  response regulator receiver protein  98.43 
 
 		 129 aa  245  1e-64  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2937  response regulator receiver protein  82.68 
 
 		 129 aa  209  1e-53  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.972944  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0019  response regulator receiver protein  83.06 
 
 		 129 aa  208  2e-53  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0611118 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0022  response regulator receiver and SARP domain protein  81.45 
 
 		 142 aa  205  1e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  hitchhiker  0.000346597  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0708  response regulator receiver protein  44.35 
 
 		 123 aa  112  2.0000000000000002e-24  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.795364  normal  0.880104 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0717  response regulator receiver protein  51.69 
 
 		 122 aa  111  3e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0892969  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0621  response regulator receiver protein  43.48 
 
 		 120 aa  110  9e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2608  response regulator receiver protein  53.4 
 
 		 114 aa  109  1.0000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.186263  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3180  response regulator receiver protein  44.07 
 
 		 124 aa  103  8e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0167969  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2520  response regulator receiver domain-containing protein  45.13 
 
 		 125 aa  101  3e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.113297  normal  0.478353 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2032  response regulator receiver protein  43.2 
 
 		 125 aa  101  3e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2089  response regulator receiver protein  50.48 
 
 		 152 aa  100  6e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.775144 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1793  response regulator receiver domain-containing protein  45.38 
 
 		 126 aa  100  9e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.244756  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0470  response regulator receiver protein  42.61 
 
 		 133 aa  99.8  1e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2783  response regulator receiver  42.98 
 
 		 123 aa  99.8  1e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.636371 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4411  putative response regulator receiver (CheY-like protein)  44.74 
 
 		 131 aa  99.4  1e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.514484 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4155  response regulator receiver domain-containing protein  41.12 
 
 		 123 aa  99  2e-20  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.918011  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2532  response regulator receiver protein  43.9 
 
 		 138 aa  98.2  3e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1774  response regulator receiver  43.22 
 
 		 126 aa  98.2  4e-20  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0498529  decreased coverage  0.00379005 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2738  response regulator receiver domain-containing protein  42.98 
 
 		 123 aa  97.4  5e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.886685 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3363  response regulator receiver protein  44.04 
 
 		 133 aa  94.7  4e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.387857 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2323  response regulator receiver protein  42.86 
 
 		 121 aa  91.7  3e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.03657 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1267  response regulator receiver/SARP domain-containing protein  37.29 
 
 		 134 aa  90.9  5e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00862788 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0358  signal transduction histidine kinase  40.71 
 
 		 602 aa  89.4  2e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1396  response regulator receiver domain-containing protein  40.17 
 
 		 117 aa  87.4  6e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.230809  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5238  response regulator receiver protein  42.02 
 
 		 127 aa  85.5  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.516097  normal  0.262734 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1200  response regulator receiver protein  43.4 
 
 		 126 aa  84.7  4e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2384  response regulator receiver  42.15 
 
 		 125 aa  82.8  0.000000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00466139  normal  0.125866 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5707  response regulator receiver protein  40.19 
 
 		 127 aa  82.8  0.000000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1289  response regulator receiver protein  41.51 
 
 		 119 aa  81.3  0.000000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.704465  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6551  putative response regulator receiver (CheY-like protein)  38.98 
 
 		 129 aa  80.1  0.000000000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.582154 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2651  response regulator  42.5 
 
 		 125 aa  79.3  0.00000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00566392  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7970  response regulator receiver and SARP domain protein  37.07 
 
 		 160 aa  77.8  0.00000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.304155  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5270  signal transduction histidine kinase  40.2 
 
 		 559 aa  77.8  0.00000000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.909185 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4933  response regulator receiver protein  37.61 
 
 		 121 aa  77.4  0.00000000000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.124626  normal  0.430513 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4798  response regulator receiver protein  36.21 
 
 		 120 aa  77  0.00000000000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.107601  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0109  response regulator receiver  36.21 
 
 		 120 aa  77  0.00000000000009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4110  response regulator receiver protein  40.38 
 
 		 127 aa  76.3  0.0000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.00730632  normal  0.59438 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3759  response regulator receiver protein  40.71 
 
 		 127 aa  76.3  0.0000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.514361  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2183  response regulator receiver protein  36.36 
 
 		 134 aa  75.9  0.0000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3299  response regulator receiver protein  40.78 
 
 		 123 aa  75.9  0.0000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00414312 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6265  response regulator receiver protein  38.98 
 
 		 136 aa  76.3  0.0000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0079  signal transduction histidine kinase  40.71 
 
 		 639 aa  74.3  0.0000000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.464916 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5233  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  38.38 
 
 		 384 aa  73.6  0.0000000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.222219 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3435  response regulator receiver protein  35.96 
 
 		 121 aa  73.6  0.0000000000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.465011  normal  0.396609 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6449  response regulator receiver protein  36.97 
 
 		 121 aa  73.6  0.000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6401  response regulator receiver protein  37.38 
 
 		 126 aa  72  0.000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1241  signal transduction histidine kinase  40.22 
 
 		 631 aa  71.2  0.000000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0246477 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0773  response regulator receiver  39.05 
 
 		 149 aa  70.1  0.00000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.863112  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2069  response regulator receiver domain-containing protein  40.57 
 
 		 123 aa  68.9  0.00000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.240465  normal  0.487014 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1296  response regulator receiver protein  35.34 
 
 		 136 aa  68.9  0.00000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2363  response regulator receiver protein  35.45 
 
 		 122 aa  68.2  0.00000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.549917  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4846  response regulator receiver protein  35.9 
 
 		 126 aa  67.4  0.00000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.211413  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3034  putative PAS/PAC sensor protein  38.05 
 
 		 856 aa  67  0.00000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0858916  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03021  regulatory protein  31.2 
 
 		 126 aa  67  0.00000000009  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5777  response regulator receiver protein  36.04 
 
 		 136 aa  66.6  0.0000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0732019  hitchhiker  0.00995229 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1182  response regulator receiver modulated GAF sensor protein  36.21 
 
 		 846 aa  66.2  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.75997  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6261  putative response regulator receiver (CheY-like protein)  36.11 
 
 		 121 aa  65.5  0.0000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.235266  normal  0.732793 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5346  response regulator receiver protein  33.94 
 
 		 118 aa  65.9  0.0000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1920  response regulator receiver protein  34.82 
 
 		 126 aa  65.1  0.0000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.170402 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3289  putative PAS/PAC sensor protein  34.71 
 
 		 855 aa  65.1  0.0000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.363327  normal  0.145052 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0073  response regulator receiver protein  37.61 
 
 		 144 aa  65.1  0.0000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0251  hypothetical protein  38.54 
 
 		 124 aa  64.7  0.0000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5235  response regulator receiver protein  33.64 
 
 		 131 aa  64.7  0.0000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0801642 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4234  response regulator receiver protein  33.93 
 
 		 121 aa  63.5  0.0000000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0312747 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2241  response regulator receiver protein  33.93 
 
 		 126 aa  62.8  0.000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.926249 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1965  response regulator receiver  33.93 
 
 		 126 aa  62.8  0.000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.132523  normal  1 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9083  bacteriophytochrome protein  33.63 
 
 		 856 aa  62.8  0.000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2574  response regulator receiver modulated GAF sensor protein  35.04 
 
 		 844 aa  62.8  0.000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.969915 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5321  putative sensory transduction regulatory protein  37.66 
 
 		 84 aa  60.8  0.000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.563131  normal  0.70291 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2330  putative bacteriophytochrome  35.96 
 
 		 842 aa  60.8  0.000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.766617  normal  1 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4458  putative GAF sensor protein  31.19 
 
 		 844 aa  60.8  0.000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1726  response regulator receiver protein  35.78 
 
 		 115 aa  60.5  0.000000007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2402  response regulator receiver and unknown domain protein  37.07 
 
 		 126 aa  60.5  0.000000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000734485  normal  0.97225 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4542  PAS sensor protein  33.33 
 
 		 1096 aa  60.1  0.000000009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.220973  normal  0.0899725 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2399  response regulator receiver protein  34.48 
 
 		 128 aa  60.1  0.00000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0186457 
 
 
-
 
NC_004310  BR0102  response regulator, putative  34.17 
 
 		 125 aa  59.3  0.00000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.248594  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5002  signal transduction histidine kinase  34.15 
 
 		 1096 aa  59.3  0.00000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0099  putative response regulator  34.17 
 
 		 124 aa  59.3  0.00000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3496  bacteriophytochrome protein  35.71 
 
 		 852 aa  59.3  0.00000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.552776  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1784  response regulator receiver domain-containing protein  36.63 
 
 		 124 aa  57.8  0.00000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.474362  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5004  response regulator receiver protein  41.03 
 
 		 118 aa  57.8  0.00000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.325761  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2024  two-component response regulator  30.23 
 
 		 263 aa  57.8  0.00000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.363014  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3106  response regulator receiver protein  35.83 
 
 		 152 aa  57.8  0.00000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0604  response regulator receiver protein  31.25 
 
 		 147 aa  57.8  0.00000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0431  response regulator receiver protein  35.64 
 
 		 124 aa  57.4  0.00000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0769354  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4279  response regulator receiver protein  31.19 
 
 		 120 aa  57  0.00000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.718019  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6170  hypothetical protein  33.62 
 
 		 126 aa  57  0.00000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2338  response regulator receiver protein  36.84 
 
 		 127 aa  56.6  0.0000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0449719  normal  0.223899 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5055  signal transduction histidine kinase  32.76 
 
 		 1111 aa  56.2  0.0000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.372822  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1215  response regulator receiver protein  32.38 
 
 		 124 aa  56.6  0.0000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0588681  normal  0.159144 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0272  response regulator receiver protein  37.82 
 
 		 128 aa  56.6  0.0000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.820027  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2394  putative GAF sensor protein  35.29 
 
 		 847 aa  55.8  0.0000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.25898  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_6064  response regulator receiver domain-containing protein  32.32 
 
 		 126 aa  55.5  0.0000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0556  response regulator receiver  32.71 
 
 		 140 aa  54.7  0.0000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.032469  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2586  response regulator receiver modulated GAF sensor protein  34.78 
 
 		 847 aa  54.7  0.0000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.251983 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0646  response regulator receiver domain-containing protein  34.26 
 
 		 139 aa  54.7  0.0000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.452757  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3509  signal transduction histidine kinase  34.71 
 
 		 125 aa  54.7  0.0000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.316868  normal  0.542318 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>