243 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_1117 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_1117  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  100 
 
 
293 aa  583  1e-166  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.191945 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1238  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  85.67 
 
 
293 aa  501  1e-141  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.582319  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1256  folate-binding protein YgfZ  79.73 
 
 
293 aa  465  9.999999999999999e-131  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.196155  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4331  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  70.31 
 
 
293 aa  416  9.999999999999999e-116  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.388249 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2704  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  68.26 
 
 
293 aa  407  1.0000000000000001e-112  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0689598  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_4019  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  67.24 
 
 
293 aa  400  9.999999999999999e-111  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2375  putative glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  61.56 
 
 
294 aa  370  1e-101  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.240972 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0712  folate-binding protein YgfZ  45.04 
 
 
291 aa  244  1.9999999999999999e-63  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.537236 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1416  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  47.52 
 
 
292 aa  235  8e-61  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4673  folate-binding protein YgfZ  48.07 
 
 
284 aa  228  7e-59  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.363501  normal  0.948417 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4304  folate-binding protein YgfZ  47.72 
 
 
284 aa  227  2e-58  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4821  folate-binding protein YgfZ  47.72 
 
 
285 aa  224  9e-58  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1100  folate-binding protein YgfZ  42.91 
 
 
279 aa  221  9e-57  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0691  folate-binding protein YgfZ  46.48 
 
 
276 aa  204  1e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.169246  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3987  folate-binding protein YgfZ  48.85 
 
 
283 aa  202  5e-51  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.801907  decreased coverage  0.00101904 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1754  folate-binding protein YgfZ  53.18 
 
 
277 aa  192  7e-48  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1165  folate-binding protein YgfZ  43.26 
 
 
284 aa  186  3e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.818193  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1462  glycine cleavage system T protein aminomethyltransferase  41.2 
 
 
279 aa  186  6e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0959  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  42.86 
 
 
288 aa  184  1.0000000000000001e-45  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2622  glycine cleavage T-protein barrel  40.43 
 
 
287 aa  184  2.0000000000000003e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.96003  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1013  folate-binding protein YgfZ  42.4 
 
 
284 aa  181  2e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.834471 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0748  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  41 
 
 
316 aa  175  9e-43  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.642058  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0667  aminomethyltransferase, putative  39.78 
 
 
287 aa  174  1.9999999999999998e-42  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0660  folate-binding protein YgfZ  39.78 
 
 
287 aa  174  1.9999999999999998e-42  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.439221  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2092  hypothetical protein  42.69 
 
 
261 aa  166  5e-40  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0479  aminomethyltransferase  34.85 
 
 
286 aa  156  4e-37  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3099  folate-binding protein YgfZ  41.31 
 
 
291 aa  155  6e-37  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.623052 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0706  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  38.17 
 
 
282 aa  155  7e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.503998 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4360  folate-binding protein YgfZ  37.86 
 
 
293 aa  153  2.9999999999999998e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.689561  normal  0.989492 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1985  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  37.23 
 
 
248 aa  153  4e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0812  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  37.99 
 
 
273 aa  153  4e-36  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000519539 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3471  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  41.43 
 
 
247 aa  144  1e-33  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1890  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  39 
 
 
255 aa  142  7e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.728255  normal  0.596808 
 
 
-
 
NC_002978  WD0309  aminomethyl transferase family protein  34.39 
 
 
268 aa  141  9.999999999999999e-33  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0247  aminomethyltransferase related to GcvT  39 
 
 
255 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2020  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  38.26 
 
 
255 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2940  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  35.74 
 
 
312 aa  139  4.999999999999999e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.352014  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3735  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  33.33 
 
 
328 aa  134  1.9999999999999998e-30  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.0261257 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0262  glycine cleavage T-protein, C-terminal barrel  40.08 
 
 
275 aa  134  1.9999999999999998e-30  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  decreased coverage  0.00715457  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0138  aminomethyl transferase family protein  29.82 
 
 
278 aa  133  3.9999999999999996e-30  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0731  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  37.15 
 
 
238 aa  132  6.999999999999999e-30  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.607247  normal  0.0872303 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0089  glycine cleavage T protein(aminomethyl transferase)  29.37 
 
 
278 aa  130  2.0000000000000002e-29  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009373  OSTLU_28552  predicted protein  40.28 
 
 
306 aa  118  9.999999999999999e-26  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.177666  hitchhiker  0.000000277252 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1426  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  37.33 
 
 
241 aa  113  4.0000000000000004e-24  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0934  aminomethyl transferase  33.63 
 
 
248 aa  108  8.000000000000001e-23  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.8874  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2736  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  37.67 
 
 
222 aa  104  2e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.380224  normal  0.0365471 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_10012  aminomethyl transferase, putative (AFU_orthologue; AFUA_5G12430)  30.38 
 
 
438 aa  103  4e-21  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.671109 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2956  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  31.7 
 
 
318 aa  101  1e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1904  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  30.86 
 
 
334 aa  98.6  1e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.195861  normal  0.523701 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2780  glycine cleavage T-protein barrel  33.21 
 
 
316 aa  95.1  1e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.369075  normal 
 
 
-
 
NC_006670  CNA03770  mitochondrion protein, putative  25.78 
 
 
375 aa  92.4  8e-18  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0861  hypothetical protein  30.63 
 
 
318 aa  91.7  1e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1432  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  28.42 
 
 
373 aa  89  8e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0557  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  29.6 
 
 
320 aa  89  8e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1330  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  28.47 
 
 
328 aa  88.6  1e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1464  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  29.76 
 
 
354 aa  89  1e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.24907  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0717  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  30.63 
 
 
318 aa  87.4  2e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.822858  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1112  folate-binding protein YgfZ  29.63 
 
 
321 aa  87  3e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1391  folate-binding protein YgfZ  29.63 
 
 
321 aa  87  3e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0630  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  29.73 
 
 
323 aa  85.9  6e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.31258  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13620  ygfZ-like protein  32.04 
 
 
315 aa  85.9  7e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0318  aminomethyl transferase family protein  25.26 
 
 
310 aa  85.1  0.000000000000001  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1830  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  28.43 
 
 
336 aa  85.5  0.000000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0137829  normal  0.0659803 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0480  folate-binding protein YgfZ  30.34 
 
 
352 aa  85.5  0.000000000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.339791  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3140  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  30.18 
 
 
318 aa  84.7  0.000000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4173  folate-binding protein YgfZ  28.78 
 
 
336 aa  84.3  0.000000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.534178 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3305  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  29.73 
 
 
318 aa  84  0.000000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2950  hypothetical protein  28.81 
 
 
321 aa  84  0.000000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.128339 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3692  folate-binding protein YgfZ  29.51 
 
 
267 aa  84.7  0.000000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0180331  normal  0.0362221 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3890  folate-binding protein YgfZ  29.09 
 
 
320 aa  84.7  0.000000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00117726  hitchhiker  0.00000179046 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2474  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  28.06 
 
 
347 aa  84  0.000000000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.839994  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0860  folate-binding protein YgfZ  28.4 
 
 
320 aa  83.6  0.000000000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0240  hypothetical protein  27.91 
 
 
356 aa  83.2  0.000000000000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.116766  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3417  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  28.38 
 
 
318 aa  83.2  0.000000000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0837  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  29.09 
 
 
320 aa  82.8  0.000000000000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1876  folate-binding protein YgfZ  29.29 
 
 
319 aa  82.4  0.000000000000008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0515526 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0872  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  29.09 
 
 
320 aa  82.4  0.000000000000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0340  putative aminomethyl transferase  30.11 
 
 
305 aa  81.6  0.00000000000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2255  TonB-dependent receptor  28.88 
 
 
322 aa  82  0.00000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.333338  normal  0.44262 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3503  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  28.64 
 
 
320 aa  80.9  0.00000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0047  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  27.95 
 
 
318 aa  80.5  0.00000000000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.21464  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1357  glycine cleavage T protein  30.92 
 
 
313 aa  79.7  0.00000000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.99203  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1830  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  30.22 
 
 
348 aa  79.3  0.00000000000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2719  folate-binding protein YgfZ  30.08 
 
 
361 aa  79.3  0.00000000000006  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00239345 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3198  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  31.51 
 
 
322 aa  79.3  0.00000000000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2628  glycine cleavage T protein, aminomethyl transferase  29.1 
 
 
342 aa  79  0.00000000000009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.509615  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3414  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  29.35 
 
 
304 aa  79  0.00000000000009  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.215504  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1643  aminomethyltransferase family protein  27.2 
 
 
258 aa  78.2  0.0000000000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0969533  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0537  glycine cleavage T-protein  27.2 
 
 
258 aa  78.2  0.0000000000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000000137098  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0173  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  31.76 
 
 
309 aa  79  0.0000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2860  folate-binding protein YgfZ  28.85 
 
 
308 aa  78.6  0.0000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0655  folate-binding protein YgfZ  30.04 
 
 
328 aa  78.6  0.0000000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1881  folate-binding protein YgfZ  27.45 
 
 
348 aa  77.4  0.0000000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.428189  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0727  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  23.66 
 
 
354 aa  77  0.0000000000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000639994  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3008  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  31.56 
 
 
361 aa  77  0.0000000000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.6459  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0376  hypothetical protein  29.56 
 
 
267 aa  76.6  0.0000000000004  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.482866  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2873  hypothetical protein  31.4 
 
 
343 aa  75.9  0.0000000000008  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0919  LigA  29.93 
 
 
328 aa  75.1  0.000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.321522  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3572  folate-binding protein YgfZ  32.1 
 
 
349 aa  75.1  0.000000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0682209  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03546  aminomethyltransferase  28.68 
 
 
322 aa  74.7  0.000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>