More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_3564 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_3564  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 279 aa  576  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.236142  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2173  AraC family transcriptional regulator  98.57 
 
 		 289 aa  568  1e-161  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.671765  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1774  AraC family transcriptional regulator  93.88 
 
 		 289 aa  541  1e-153  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.524324  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1217  transcription activator, effector binding  52.16 
 
 		 288 aa  309  4e-83  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1474  transcriptional regulator, AraC family  52.52 
 
 		 286 aa  306  2.0000000000000002e-82  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0371  AraC family transcriptional regulator  46.04 
 
 		 288 aa  282  3.0000000000000004e-75  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1224  AraC family transcriptional regulator  46.24 
 
 		 288 aa  275  4e-73  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0494811  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3425  transcription activator, effector binding  47.12 
 
 		 288 aa  273  3e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3431  transcription activator, effector binding  46.76 
 
 		 288 aa  271  1e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4046  AraC family transcriptional regulator  44.6 
 
 		 289 aa  271  1e-71  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3356  transcription activator, effector binding  46.4 
 
 		 288 aa  269  5e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3526  transcription activator, effector binding  46.4 
 
 		 288 aa  266  2.9999999999999995e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2158  AraC family transcriptional regulator  42.61 
 
 		 294 aa  250  2e-65  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0076  transcription activator, effector binding  46.62 
 
 		 288 aa  248  7e-65  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4381  transcription activator effector binding  43.53 
 
 		 286 aa  248  8e-65  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.134609  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0028  transcriptional regulator, AraC family  43.93 
 
 		 279 aa  240  2e-62  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0034  transcriptional regulator, AraC family  43.93 
 
 		 279 aa  238  5.999999999999999e-62  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.255751 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3013  transcription activator, effector binding  41.49 
 
 		 289 aa  234  1.0000000000000001e-60  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0132  transcription regulator protein  43.73 
 
 		 265 aa  218  7e-56  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0853  transcriptional regulator, AraC family  40.51 
 
 		 284 aa  213  2.9999999999999995e-54  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1398  AraC family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 296 aa  199  3.9999999999999996e-50  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.584508  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1644  transcriptional regulator, AraC family  38.73 
 
 		 293 aa  196  4.0000000000000005e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0930139  normal  0.386203 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1354  AraC family transcriptional regulator  37.68 
 
 		 293 aa  192  7e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.558119  normal  0.215319 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04745  transcriptional regulator  41.7 
 
 		 255 aa  187  1e-46  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4566  transcriptional regulator, AraC family  37.54 
 
 		 293 aa  187  1e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.683768 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1272  AraC family transcriptional regulator  32.73 
 
 		 350 aa  183  2.0000000000000003e-45  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.702716  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2489  transcription activator, effector binding  32.3 
 
 		 297 aa  156  4e-37  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0771  AraC family transcriptional regulator  36.65 
 
 		 288 aa  150  2e-35  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.472166 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2590  transcription activator, effector binding  29.59 
 
 		 301 aa  145  9e-34  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3099  AraC family transcriptional regulator  32.71 
 
 		 326 aa  143  3e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3312  transcription activator effector binding domain/DNA gyrase inhibitor domain-containing protein  40.76 
 
 		 160 aa  135  6.0000000000000005e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.735437  normal  0.0832613 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02895  predicted transcriptional regulator  40.13 
 
 		 160 aa  135  8e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.468717  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0677  transcription activator effector binding protein  40.13 
 
 		 160 aa  135  8e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0674  transcription activator effector binding  40.13 
 
 		 160 aa  135  8e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.112574 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02845  hypothetical protein  40.13 
 
 		 160 aa  135  8e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.429305  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3201  transcription activator effector binding domain/DNA gyrase inhibitor domain-containing protein  40.13 
 
 		 160 aa  135  8e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3457  transcription activator effector binding domain/DNA gyrase inhibitor domain protein  40.13 
 
 		 160 aa  135  9.999999999999999e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.29584  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3488  transcription activator effector binding domain/DNA gyrase inhibitor domain-containing protein  40.13 
 
 		 160 aa  135  9.999999999999999e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4332  transcription activator effector binding domain/DNA gyrase inhibitor domain protein  40.13 
 
 		 160 aa  133  3e-30  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3503  transcription activator, effector binding  31.36 
 
 		 294 aa  130  2.0000000000000002e-29  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00111619  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2836  AraC family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 296 aa  119  6e-26  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00254989  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3088  AraC family transcriptional regulator  28.23 
 
 		 296 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.530109  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2929  AraC family transcriptional regulator  32.74 
 
 		 293 aa  115  6e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0126  AraC family transcriptional regulator  32.74 
 
 		 293 aa  115  6e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.436666  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2843  AraC family transcriptional regulator  27.18 
 
 		 296 aa  115  7.999999999999999e-25  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.538425  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3057  AraC family transcriptional regulator  27.18 
 
 		 296 aa  115  7.999999999999999e-25  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.118978  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3953  AraC family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 287 aa  115  8.999999999999998e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0509927  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3053  transcriptional regulator, AraC family  27.55 
 
 		 296 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2193  transcriptional regulator, AraC family  28.57 
 
 		 296 aa  113  3e-24  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000412725 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2816  AraC family transcriptional regulator  27.76 
 
 		 296 aa  113  4.0000000000000004e-24  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1956  transcriptional regulator, AraC family  28.62 
 
 		 283 aa  113  4.0000000000000004e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0993473  normal  0.479782 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0140  AraC family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 293 aa  112  6e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.877598  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3086  transcriptional regulator, AraC family  27.18 
 
 		 296 aa  112  9e-24  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.164604  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3069  transcriptional regulator, AraC family  27.18 
 
 		 296 aa  111  1.0000000000000001e-23  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3306  AraC family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 292 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2776  AraC family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 296 aa  110  3e-23  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2703  transcription activator, effector binding  26.67 
 
 		 326 aa  110  3e-23  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.268178 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7295  AraC family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 277 aa  109  5e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.158014  normal  0.567517 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0540  transcriptional regulator, AraC family  26.16 
 
 		 289 aa  107  2e-22  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.516999  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3702  transcriptional regulator, AraC type  27.78 
 
 		 308 aa  104  2e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0077  HTH-type transcriptional regulator, AraC-family  26.32 
 
 		 289 aa  102  5e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2167  transcriptional regulator, AraC family  27.34 
 
 		 283 aa  102  1e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.273156  normal  0.0865176 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06471  hypothetical protein  27.37 
 
 		 289 aa  101  1e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001047  transcriptional regulator AraC family  28.16 
 
 		 299 aa  100  2e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000611  AraC-type DNA-binding domain-containing protein  25.61 
 
 		 289 aa  98.2  1e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0208776  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3983  transcriptional regulator, AraC family  27.09 
 
 		 291 aa  97.1  3e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03191  transcription regulator protein  29.39 
 
 		 310 aa  94.4  2e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0019  transcriptional regulator, AraC family  27.82 
 
 		 314 aa  94  2e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1641  transcription activator effector binding protein  25.53 
 
 		 287 aa  93.6  3e-18  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3161  AraC family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 277 aa  93.2  5e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1216  AraC family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 300 aa  92.8  6e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1271  transcriptional regulator, AraC family  29.61 
 
 		 300 aa  89.7  5e-17  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.121916  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1014  AraC family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 300 aa  89.4  5e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.210728  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4171  transcriptional regulator, AraC family  29.61 
 
 		 300 aa  89.7  5e-17  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12290  Transcriptional regulator, AraC family  29.32 
 
 		 325 aa  89.4  6e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3417  transcriptional regulator, AraC family  28.77 
 
 		 279 aa  89.4  6e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.27768  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1170  transcriptional regulator, AraC family  29.28 
 
 		 300 aa  89  7e-17  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00906983  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0946  transcriptional regulator, AraC family  27.62 
 
 		 286 aa  89  8e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.584518  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3715  transcriptional regulator, AraC family  28.99 
 
 		 279 aa  87.8  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.424878 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1036  AraC family transcriptional regulator  30.4 
 
 		 300 aa  87  3e-16  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.139629  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1013  AraC family transcriptional regulator  30.4 
 
 		 300 aa  87.4  3e-16  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.126228  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1114  AraC family transcriptional regulator  30.4 
 
 		 300 aa  87  3e-16  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2938  AraC family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 279 aa  86.7  4e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.487848  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1922  transcriptional regulator, AraC family  24.74 
 
 		 291 aa  86.7  4e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.890213  normal  0.89853 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3867  transcriptional regulator, AraC family  26.02 
 
 		 295 aa  86.7  4e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.0000535009  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3673  transcriptional regulator, AraC family  25.61 
 
 		 295 aa  86.3  5e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1194  transcriptional regulator, AraC family  38.67 
 
 		 300 aa  86.3  5e-16  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.926126 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0621  AraC family transcriptional regulator  22.09 
 
 		 291 aa  86.3  6e-16  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1021  AraC family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 300 aa  85.5  9e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0529  transcriptional regulator, AraC family  26 
 
 		 288 aa  84.7  0.000000000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3181  AraC family transcriptional regulator  26.76 
 
 		 292 aa  83.2  0.000000000000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6275  AraC family transcriptional regulator  32.01 
 
 		 279 aa  82.8  0.000000000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0186  transcriptional regulator, AraC family  24.4 
 
 		 452 aa  82.8  0.000000000000006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2678  transcriptional regulator, AraC family  39 
 
 		 284 aa  80.5  0.00000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5359  transcriptional regulator, AraC family  28.47 
 
 		 297 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.6789  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3846  transcriptional regulator, AraC family  25.43 
 
 		 287 aa  80.5  0.00000000000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2210  transcriptional regulator, AraC family  23.76 
 
 		 291 aa  80.1  0.00000000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0990  AraC family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 281 aa  79.3  0.00000000000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0568  transcriptional regulator, AraC family  23.79 
 
 		 293 aa  79  0.00000000000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.117041  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2323  transcriptional regulator, AraC family  25.17 
 
 		 289 aa  79  0.00000000000008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.614848  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>