More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_2193 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_2325  UvrD/REP helicase  51.34 
 
 		 1087 aa  1002    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.293004  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1503  UvrD/REP helicase  54.75 
 
 		 1101 aa  970    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.699543  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2896  UvrD/REP helicase  61.25 
 
 		 1165 aa  1256    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.522615  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2265  UvrD/REP helicase  75.67 
 
 		 1095 aa  1612    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1285  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  45.37 
 
 		 1086 aa  716    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.196421  normal  0.100578 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2641  UvrD/REP helicase  52.09 
 
 		 1168 aa  983    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0136938 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2193  UvrD/REP helicase  100 
 
 		 1103 aa  2213    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2355  UvrD/REP helicase  54.84 
 
 		 1101 aa  962    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.112594  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0648  UvrD/REP helicase  52.51 
 
 		 1140 aa  945    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.464664  normal  0.326348 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1034  UvrD/REP helicase  34.02 
 
 		 1173 aa  448  1.0000000000000001e-124  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0891257  normal  0.693052 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1190  hypothetical protein  34.22 
 
 		 1177 aa  438  1e-121  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1126  UvrD/REP helicase  33.78 
 
 		 1173 aa  438  1e-121  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.443367 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2114  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  32.9 
 
 		 1197 aa  397  1e-109  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2131  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V subunit A  33.17 
 
 		 1187 aa  397  1e-109  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.564437  normal  0.516906 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1305  UvrD/REP helicase  29.5 
 
 		 1185 aa  393  1e-107  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.737945  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0641  UvrD/REP helicase  30.5 
 
 		 1173 aa  387  1e-106  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0566745  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2124  UvrD/REP helicase  31.52 
 
 		 1147 aa  354  7e-96  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0033  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  33.58 
 
 		 1089 aa  276  2.0000000000000002e-72  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.115384 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2794  UvrD-like DNA helicase domain-containing protein  28.56 
 
 		 1124 aa  199  2.0000000000000003e-49  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.370193 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0077  double-strand break repair helicase AddA  26.68 
 
 		 1161 aa  196  2e-48  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.458203  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0629  UvrD/REP helicase  26.52 
 
 		 1161 aa  195  4e-48  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.590503 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0090  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  27.44 
 
 		 1156 aa  194  9e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.195606  normal  0.386807 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2846  UvrD/REP helicase  26.78 
 
 		 1121 aa  192  4e-47  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.347056 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2020  double-strand break repair helicase AddA  27.3 
 
 		 1180 aa  192  4e-47  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.411715  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0202  UvrD/REP helicase  26.23 
 
 		 1159 aa  191  5.999999999999999e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0359  UvrD/Rep/AddA family helicase  23.14 
 
 		 1089 aa  191  8e-47  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2103  UvrD/Rep family helicase  27.09 
 
 		 1180 aa  187  1.0000000000000001e-45  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.664576  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4954  double-strand break repair helicase AddA  28.54 
 
 		 1147 aa  186  3e-45  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.218744 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1357  double-strand break repair helicase AddA  25.75 
 
 		 1155 aa  186  3e-45  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0817  double-strand break repair helicase AddA  26.86 
 
 		 1180 aa  180  1e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0058  UvrD/REP helicase  25.73 
 
 		 1162 aa  180  1e-43  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.106754  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3242  double-strand break repair helicase AddA  26.22 
 
 		 1189 aa  179  3e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4440  double-strand break repair helicase AddA  28.56 
 
 		 1147 aa  176  2.9999999999999996e-42  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.548671  normal  0.292809 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4904  double-strand break repair helicase AddA  28.45 
 
 		 1147 aa  173  2e-41  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.921527 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3434  UvrD/REP helicase  25.66 
 
 		 1187 aa  171  8e-41  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1295  double-strand break repair helicase AddA  28.92 
 
 		 1185 aa  169  2e-40  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2681  double-strand break repair helicase AddA  28.97 
 
 		 1142 aa  169  2.9999999999999998e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3438  double-strand break repair helicase AddA  26.78 
 
 		 1125 aa  167  1.0000000000000001e-39  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2951  UvrD-like DNA helicase, C terminal  27.57 
 
 		 1119 aa  164  1e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0785704  normal  0.12863 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0629  UvrD/REP helicase  23.04 
 
 		 854 aa  162  3e-38  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3581  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  25.29 
 
 		 1177 aa  159  3e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0138  double-strand break repair helicase AddA  24.44 
 
 		 1156 aa  157  7e-37  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.727377 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0086  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  25.3 
 
 		 1183 aa  157  1e-36  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0056  ATP-dependant DNA helicase  25.74 
 
 		 1182 aa  154  7e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1610  double-strand break repair helicase AddA  27.4 
 
 		 1157 aa  153  1e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0004  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  23.56 
 
 		 1203 aa  154  1e-35  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4286  double-strand break repair helicase AddA  26.34 
 
 		 1183 aa  152  2e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.564831 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0489  double-strand break repair helicase AddA  27.59 
 
 		 1157 aa  151  5e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.127792  hitchhiker  0.00205602 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1481  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  24.38 
 
 		 1230 aa  151  7e-35  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1412  double-strand break repair helicase AddA  25.72 
 
 		 1151 aa  151  8e-35  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2175  double-strand break repair helicase AddA  26.45 
 
 		 1164 aa  149  2.0000000000000003e-34  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.997727 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3959  double-strand break repair helicase AddA  26.4 
 
 		 1183 aa  148  5e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0387  UvrD/REP helicase  28.14 
 
 		 1164 aa  147  1e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.625573  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0050  UvrD/REP helicase  26.2 
 
 		 1202 aa  145  4e-33  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.253682 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0841  UvrD/REP helicase  25.16 
 
 		 1161 aa  145  4e-33  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.94071  normal  0.0247795 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0309  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  25.88 
 
 		 1186 aa  139  2e-31  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1276  UvrD-like DNA helicase, C terminal  26.05 
 
 		 1230 aa  137  8e-31  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2039  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  23.39 
 
 		 1251 aa  137  9e-31  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4853  double-strand break repair helicase AddA  26.96 
 
 		 1157 aa  137  9.999999999999999e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.744046  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3377  double-strand break repair helicase AddA  30.73 
 
 		 1165 aa  134  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.291395  normal  0.767589 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1041  recombination helicase AddA  24.4 
 
 		 1241 aa  133  2.0000000000000002e-29  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.552246  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0986  recombination helicase AddA  25 
 
 		 1217 aa  131  5.0000000000000004e-29  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0857621  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0967  recombination helicase AddA  25 
 
 		 1217 aa  131  5.0000000000000004e-29  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1193  ATP-dependent nuclease, subunit A  24.55 
 
 		 1241 aa  130  1.0000000000000001e-28  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0387  ATP-dependent DNA helicase UvrD  23.38 
 
 		 860 aa  130  1.0000000000000001e-28  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4066  UvrD/REP helicase  28.87 
 
 		 1120 aa  130  1.0000000000000001e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.160711 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4148  ATP-dependent nuclease, subunit A  24.66 
 
 		 1241 aa  130  1.0000000000000001e-28  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1041  ATP-dependent nuclease, subunit A  24.53 
 
 		 1241 aa  129  3e-28  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1297  ATP-dependent nuclease, subunit A  24.16 
 
 		 1241 aa  128  5e-28  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1245  ATP-dependent nuclease, subunit A  24.16 
 
 		 1241 aa  129  5e-28  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1061  ATP-dependent nuclease subunit A  24.19 
 
 		 1241 aa  127  2e-27  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1142  ATP-dependent nuclease subunit A  24.19 
 
 		 1241 aa  127  2e-27  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1455  UvrD-like DNA helicase, C terminal  30.25 
 
 		 1157 aa  124  9.999999999999999e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.719405  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1997  UvrD/REP helicase  27.6 
 
 		 1161 aa  123  1.9999999999999998e-26  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.283179  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1031  ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V) beta subunit  23.42 
 
 		 1204 aa  121  6e-26  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.655323  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1527  UvrD/Rep family helicase  27.92 
 
 		 1106 aa  121  7e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.529663  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1708  ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V) beta subunit  25.71 
 
 		 1118 aa  121  7e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1039  ATP-dependent nuclease, subunit A  24.05 
 
 		 1241 aa  120  9.999999999999999e-26  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1220  ATP-dependent nuclease, subunit A  23.96 
 
 		 1240 aa  120  1.9999999999999998e-25  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5412  UvrD/REP helicase  27.58 
 
 		 1117 aa  117  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1697  UvrD/REP helicase  25.99 
 
 		 1182 aa  117  2.0000000000000002e-24  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1157  hypothetical protein  29.99 
 
 		 1061 aa  117  2.0000000000000002e-24  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0178  UvrD-like DNA helicase, C terminal  27.95 
 
 		 1106 aa  117  2.0000000000000002e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.124424  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1855  recombination helicase AddA  25.38 
 
 		 1282 aa  117  2.0000000000000002e-24  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.0546193 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0910  putative recombination protein RecB  26.2 
 
 		 933 aa  115  6e-24  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.646697  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0555  exonuclease RexA  23.45 
 
 		 1218 aa  112  3e-23  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3300  double-strand break repair helicase AddA  29.19 
 
 		 1167 aa  112  3e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.107239  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1322  hypothetical protein  24.67 
 
 		 1057 aa  111  8.000000000000001e-23  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1498  UvrD/REP helicase  24.97 
 
 		 1080 aa  111  9.000000000000001e-23  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0736  putative recombination protein RecB  25.36 
 
 		 939 aa  110  1e-22  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1805  UvrD/REP helicase  29.03 
 
 		 1184 aa  110  2e-22  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0523  UvrD/REP helicase  21.86 
 
 		 1121 aa  108  5e-22  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1774  recombination helicase AddA  23.78 
 
 		 1248 aa  108  8e-22  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0874  exonuclease RexA  23.47 
 
 		 1207 aa  107  1e-21  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.149314  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0551  UvrD/REP helicase  24.48 
 
 		 1149 aa  107  1e-21  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0345301  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1681  ATP-dependent exoDNAse beta subunit  25.55 
 
 		 1217 aa  107  1e-21  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1775  hypothetical protein  24.66 
 
 		 1076 aa  106  2e-21  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0050  recombination helicase AddA  25.21 
 
 		 1392 aa  106  3e-21  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.110759  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2832  recombination helicase AddA  24.24 
 
 		 1392 aa  105  4e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0382  putative recombination protein RecB  22.8 
 
 		 915 aa  105  6e-21  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.309071  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>