More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_2155 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_2155  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  100 
 
 		 346 aa  706    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00348508  normal  0.317222 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29350  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  78.2 
 
 		 344 aa  553  1e-156  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3453  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  76.23 
 
 		 346 aa  544  1e-154  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.33798  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40730  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  78.38 
 
 		 346 aa  541  1e-153  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1157  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  68.56 
 
 		 357 aa  486  1e-136  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2507  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  67.37 
 
 		 347 aa  452  1.0000000000000001e-126  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000368816 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1951  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  68.26 
 
 		 362 aa  452  1.0000000000000001e-126  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0550135  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1386  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  65.97 
 
 		 347 aa  453  1.0000000000000001e-126  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.530912  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6024  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  65.57 
 
 		 351 aa  449  1e-125  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0838291  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3613  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  66.67 
 
 		 352 aa  447  1e-125  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0340867 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0210  radical SAM enzyme, Cfr family  36.05 
 
 		 367 aa  196  7e-49  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.128689 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2022  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  36.18 
 
 		 371 aa  195  1e-48  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1609  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  34.6 
 
 		 355 aa  188  1e-46  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00249025 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1721  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  34.8 
 
 		 354 aa  184  1.0000000000000001e-45  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.428537  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1227  hypothetical protein  32.93 
 
 		 357 aa  183  4.0000000000000006e-45  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.75541  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_16031  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  36.18 
 
 		 356 aa  182  8.000000000000001e-45  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1782  radical SAM protein  34.4 
 
 		 349 aa  181  1e-44  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2956  radical SAM enzyme, Cfr family  35.78 
 
 		 342 aa  181  2e-44  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1442  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  34.82 
 
 		 340 aa  180  2.9999999999999997e-44  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1012  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  34.74 
 
 		 359 aa  179  4.999999999999999e-44  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0059  radical SAM enzyme, Cfr family  32.1 
 
 		 358 aa  179  4.999999999999999e-44  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.955574  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1436  radical SAM enzyme, Cfr family  34.68 
 
 		 348 aa  179  7e-44  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_18821  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  34.74 
 
 		 359 aa  179  7e-44  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09940  radical SAM enzyme, Cfr family  35.43 
 
 		 349 aa  179  8e-44  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1468  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  34.82 
 
 		 340 aa  178  1e-43  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0372  radical SAM protein  35.77 
 
 		 355 aa  178  1e-43  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.187269 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1743  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  31.86 
 
 		 358 aa  178  1e-43  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.499617  n/a   
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_12087  predicted protein  37.1 
 
 		 340 aa  178  1e-43  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0427  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  36.39 
 
 		 347 aa  178  1e-43  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.273579  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1816  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  33.05 
 
 		 354 aa  177  2e-43  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1581  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  37.76 
 
 		 343 aa  177  2e-43  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000011547  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2804  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  33.85 
 
 		 355 aa  176  5e-43  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.745253 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2967  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  38.24 
 
 		 358 aa  176  5e-43  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0788473  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1043  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  31.58 
 
 		 341 aa  176  6e-43  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1431  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  37.23 
 
 		 367 aa  176  7e-43  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0331  radical SAM enzyme, Cfr family  35.99 
 
 		 344 aa  176  8e-43  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.81414 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4057  radical SAM domain-containing protein  39.72 
 
 		 342 aa  175  9.999999999999999e-43  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.291969  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0906  radical SAM enzyme, Cfr family  33.33 
 
 		 356 aa  174  9.999999999999999e-43  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2783  radical SAM enzyme, Cfr family  36.62 
 
 		 408 aa  174  1.9999999999999998e-42  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0609  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  35.91 
 
 		 351 aa  174  1.9999999999999998e-42  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.164087  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2685  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  34.82 
 
 		 346 aa  174  1.9999999999999998e-42  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000061721  normal  0.591184 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1385  radical SAM protein  31.8 
 
 		 351 aa  174  1.9999999999999998e-42  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2558  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  33.92 
 
 		 351 aa  173  2.9999999999999996e-42  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  8.150479999999999e-35 
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_49687  predicted protein  35.04 
 
 		 369 aa  173  5e-42  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.622489 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5856  radical SAM enzyme, Cfr family  34.65 
 
 		 378 aa  172  5.999999999999999e-42  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0461  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  36.36 
 
 		 364 aa  172  6.999999999999999e-42  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.745055  normal  0.162604 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1758  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  35 
 
 		 361 aa  172  7.999999999999999e-42  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1655  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  33.63 
 
 		 351 aa  171  2e-41  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0167472  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1427  radical SAM enzyme, Cfr family  35.17 
 
 		 362 aa  171  2e-41  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_04411  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  34.76 
 
 		 356 aa  170  3e-41  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0483  radical SAM enzyme, Cfr family  35.06 
 
 		 350 aa  170  4e-41  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0926837  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1892  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  34.3 
 
 		 381 aa  169  6e-41  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1119  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  33.03 
 
 		 371 aa  168  1e-40  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1119  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  34.96 
 
 		 343 aa  168  1e-40  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2063  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  34.5 
 
 		 351 aa  167  2e-40  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.029616  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2851  hypothetical protein  35.29 
 
 		 375 aa  168  2e-40  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0028  radical SAM protein  35.44 
 
 		 396 aa  167  2e-40  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0665  radical SAM enzyme, Cfr family  31.94 
 
 		 341 aa  167  2.9999999999999998e-40  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0732  radical SAM enzyme, Cfr family  35.52 
 
 		 377 aa  167  2.9999999999999998e-40  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3503  radical SAM protein  31.37 
 
 		 382 aa  166  4e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1111  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  36.17 
 
 		 360 aa  166  5e-40  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.000337587  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1479  hypothetical protein  36.71 
 
 		 382 aa  166  5e-40  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2311  radical SAM protein  34.01 
 
 		 371 aa  166  5e-40  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2243  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  34.84 
 
 		 359 aa  166  5e-40  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.726084 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1504  hypothetical protein  36.71 
 
 		 382 aa  166  5.9999999999999996e-40  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0445  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  34.3 
 
 		 386 aa  166  6.9999999999999995e-40  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07736  hypothetical protein  34.32 
 
 		 346 aa  166  6.9999999999999995e-40  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.161739  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3610  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  35.98 
 
 		 351 aa  165  9e-40  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1308  hypothetical protein  33.67 
 
 		 378 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.141756  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2191  radical SAM enzyme, Cfr family  33.33 
 
 		 392 aa  164  2.0000000000000002e-39  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2928  radical SAM protein  32.25 
 
 		 345 aa  164  2.0000000000000002e-39  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.333944  normal  0.253326 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1791  radical SAM protein  35.19 
 
 		 359 aa  164  2.0000000000000002e-39  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0426  radical SAM enzyme, Cfr family  33.69 
 
 		 359 aa  164  2.0000000000000002e-39  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0007  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  31.69 
 
 		 356 aa  164  2.0000000000000002e-39  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0937459  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1567  hypothetical protein  33.66 
 
 		 346 aa  164  3e-39  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00430195  hitchhiker  0.00703244 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0906  hypothetical protein  33.33 
 
 		 354 aa  163  4.0000000000000004e-39  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.0000000883258  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0928  radical SAM enzyme, Cfr family  35.12 
 
 		 364 aa  163  4.0000000000000004e-39  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.947592  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1011  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  33.83 
 
 		 343 aa  163  4.0000000000000004e-39  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1882  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  31.4 
 
 		 356 aa  163  5.0000000000000005e-39  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.461219  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2379  hypothetical protein  31.9 
 
 		 365 aa  163  5.0000000000000005e-39  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.444977  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2087  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  31.69 
 
 		 356 aa  163  5.0000000000000005e-39  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.122222  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1869  radical SAM protein  34.28 
 
 		 374 aa  162  5.0000000000000005e-39  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.340482 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0021  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  32.98 
 
 		 356 aa  163  5.0000000000000005e-39  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2180  radical SAM protein  36.82 
 
 		 377 aa  162  6e-39  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2624  radical SAM enzyme, Cfr family  35.36 
 
 		 342 aa  162  7e-39  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3393  radical SAM enzyme, Cfr family  30.32 
 
 		 382 aa  162  9e-39  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3850  radical SAM enzyme, Cfr family  34.78 
 
 		 357 aa  161  1e-38  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2317  radical SAM enzyme, Cfr family  33.63 
 
 		 372 aa  161  1e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.144753  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1993  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  30.04 
 
 		 347 aa  161  1e-38  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1711  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  29.66 
 
 		 347 aa  161  1e-38  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.294696  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1421  radical SAM protein  35.6 
 
 		 373 aa  161  1e-38  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.196113  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_16851  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  30.87 
 
 		 348 aa  161  2e-38  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3404  radical SAM enzyme, Cfr family  34.93 
 
 		 388 aa  160  2e-38  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00306025  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2988  hypothetical protein  32.56 
 
 		 364 aa  160  2e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.45923  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0683  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  38.64 
 
 		 365 aa  160  2e-38  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.882739  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4604  hypothetical protein  33.33 
 
 		 382 aa  160  2e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1631  hypothetical protein  34.12 
 
 		 372 aa  161  2e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.212269  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2109  hypothetical protein  32.01 
 
 		 384 aa  161  2e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.207444 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1000  radical SAM enzyme, Cfr family  36.9 
 
 		 388 aa  161  2e-38  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.189733  normal  0.570497 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14830  hypothetical protein  30.86 
 
 		 379 aa  160  2e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>