83 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_1720 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_2042  hypothetical protein  69.36 
 
 		 618 aa  870    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3700  hypothetical protein  69.52 
 
 		 617 aa  869    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0576544  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1720  hypothetical protein  100 
 
 		 593 aa  1210    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00248368  normal  0.287373 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3145  hypothetical protein  61.09 
 
 		 617 aa  774    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.26737  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0806  hypothetical protein  51.05 
 
 		 628 aa  604  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4708  hypothetical protein  51.53 
 
 		 629 aa  603  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0952361  normal  0.150702 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0792  hypothetical protein  50.56 
 
 		 628 aa  601  1e-170  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.178452  normal  0.144967 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0765  hypothetical protein  50.4 
 
 		 628 aa  596  1e-169  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4424  hypothetical protein  49.68 
 
 		 639 aa  597  1e-169  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0991  hypothetical protein  49.14 
 
 		 645 aa  587  1e-166  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.868412  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1184  hypothetical protein  48.58 
 
 		 641 aa  577  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13130  hypothetical protein  48.74 
 
 		 641 aa  578  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1149  hypothetical protein  48.04 
 
 		 645 aa  577  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1134  hypothetical protein  51.01 
 
 		 597 aa  572  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1704  putative lipoprotein  48.37 
 
 		 585 aa  546  1e-154  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.168195  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19810  hypothetical protein  48.37 
 
 		 585 aa  545  1e-154  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.177739  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0905  hypothetical protein  48.69 
 
 		 597 aa  543  1e-153  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3660  hypothetical protein  44.95 
 
 		 659 aa  519  1e-146  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41220  hypothetical protein  44.37 
 
 		 608 aa  506  9.999999999999999e-143  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0390938  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0224  hypothetical protein  45.59 
 
 		 603 aa  503  1e-141  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3432  hypothetical protein  38.5 
 
 		 620 aa  420  1e-116  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0727302  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2320  hypothetical protein  38.69 
 
 		 606 aa  415  1e-114  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000141551 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2695  hypothetical protein  37.86 
 
 		 615 aa  392  1e-107  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.0000566517  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2806  hypothetical protein  30.75 
 
 		 696 aa  290  4e-77  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2199  hypothetical protein  30.7 
 
 		 680 aa  281  2e-74  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.812513  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3167  hypothetical protein  32.16 
 
 		 661 aa  274  3e-72  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.719833  normal  0.715398 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1751  hypothetical protein  30.36 
 
 		 680 aa  273  5.000000000000001e-72  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00124169  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2597  hypothetical protein  32.11 
 
 		 680 aa  273  5.000000000000001e-72  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1781  hypothetical protein  30.07 
 
 		 680 aa  273  5.000000000000001e-72  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000258085  normal  0.0160925 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1676  hypothetical protein  30.07 
 
 		 680 aa  273  5.000000000000001e-72  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00163825  normal  0.33231 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2437  hypothetical protein  29.82 
 
 		 680 aa  271  4e-71  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0176803  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1805  hypothetical protein  30.56 
 
 		 682 aa  270  7e-71  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000127719  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1907  protein of unknown function DUF1302  29.97 
 
 		 680 aa  268  2e-70  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00456554  normal  0.102822 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2444  hypothetical protein  29.82 
 
 		 680 aa  267  4e-70  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0526018  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2557  hypothetical protein  29.82 
 
 		 680 aa  267  4e-70  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0938481  normal  0.12261 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2225  hypothetical protein  30.07 
 
 		 682 aa  265  1e-69  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0218446  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1998  hypothetical protein  30.54 
 
 		 688 aa  264  4e-69  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00000875403  n/a   
 
 
 
NC_010506  Swoo_2136  hypothetical protein  29.75 
 
 		 682 aa  263  8.999999999999999e-69  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.37402  normal  0.348469 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1588  hypothetical protein  30.04 
 
 		 691 aa  258  2e-67  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.00000609017  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2480  hypothetical protein  29.15 
 
 		 686 aa  258  2e-67  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0308258  normal  0.0283529 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1725  hypothetical protein  29.76 
 
 		 682 aa  258  3e-67  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000149613  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0087  hypothetical protein  30.66 
 
 		 665 aa  253  6e-66  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.211464  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1938  hypothetical protein  29.3 
 
 		 682 aa  249  8e-65  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00596375  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2628  glycine betaine transmethylase  31.11 
 
 		 649 aa  248  2e-64  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.598372  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1023  hypothetical protein  30.52 
 
 		 608 aa  244  3e-63  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.318112  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1361  hypothetical protein  29.85 
 
 		 665 aa  244  3e-63  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.78358  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2938  hypothetical protein  30.64 
 
 		 665 aa  240  4e-62  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.140535  normal  0.820157 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0466  hypothetical protein  30.48 
 
 		 609 aa  236  9e-61  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2057  hypothetical protein  30.17 
 
 		 654 aa  226  1e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.106408  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24290  glycine betaine transmethylase  30.17 
 
 		 654 aa  226  1e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000000902449  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0467  hypothetical protein  30.38 
 
 		 617 aa  223  6e-57  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02007  hypothetical protein  31.87 
 
 		 455 aa  195  2e-48  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.0000421467  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2582  hypothetical protein  25.96 
 
 		 612 aa  190  5e-47  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0162  hypothetical protein  28.09 
 
 		 586 aa  177  3e-43  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2972  protein of unknown function DUF1302  27.68 
 
 		 575 aa  165  2.0000000000000002e-39  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.715393  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2750  hypothetical protein  25.9 
 
 		 548 aa  162  1e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.113257  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2811  hypothetical protein  25.04 
 
 		 548 aa  145  2e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.756946  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1511  hypothetical protein  26.1 
 
 		 524 aa  137  7.000000000000001e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6782  hypothetical protein  25 
 
 		 568 aa  132  2.0000000000000002e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3147  hypothetical protein  24.84 
 
 		 536 aa  125  2e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.377982  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2162  hypothetical protein  24.96 
 
 		 567 aa  118  3e-25  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0263323 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3200  hypothetical protein  28.49 
 
 		 570 aa  118  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.51508  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1461  hypothetical protein  25.5 
 
 		 521 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.890943  normal  0.537602 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4864  hypothetical protein  23.96 
 
 		 609 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.156964  normal  0.918729 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4324  protein of unknown function DUF1302  25.36 
 
 		 611 aa  112  3e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.406766  normal  0.0355116 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4434  protein of unknown function DUF1302  25.36 
 
 		 611 aa  112  3e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0662376  normal  0.365948 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4347  hypothetical protein  22.75 
 
 		 609 aa  112  3e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0563403  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6839  hypothetical protein  21.95 
 
 		 613 aa  107  6e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0699678  normal  0.0739476 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5041  hypothetical protein  22.15 
 
 		 614 aa  106  1e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.351751  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5819  hypothetical protein  22.15 
 
 		 614 aa  106  1e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4360  hypothetical protein  22.07 
 
 		 614 aa  105  2e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6389  hypothetical protein  21.78 
 
 		 610 aa  99.8  1e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0707198  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2166  hypothetical protein  27.78 
 
 		 508 aa  95.9  2e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0964  hypothetical protein  24.62 
 
 		 569 aa  95.5  2e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.00077396  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6864  hypothetical protein  23.53 
 
 		 565 aa  95.5  3e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000183389  normal  0.106911 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0130  hypothetical protein  27.46 
 
 		 557 aa  94.7  4e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.842605 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2669  hypothetical protein  22.94 
 
 		 651 aa  91.7  4e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.575021  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2248  hypothetical protein  23.59 
 
 		 544 aa  88.2  4e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  unclonable  0.000000000000224157  decreased coverage  4.957600000000001e-19 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4059  protein of unknown function DUF1302  24.53 
 
 		 594 aa  81.6  0.00000000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  decreased coverage  0.00304001  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2812  hypothetical protein  22.22 
 
 		 651 aa  79.7  0.0000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.229228  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4026  hypothetical protein  24.36 
 
 		 602 aa  79.7  0.0000000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3919  hypothetical protein  24.74 
 
 		 594 aa  74.7  0.000000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0648  hypothetical protein  23.06 
 
 		 568 aa  72  0.00000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.466396  normal  0.419357 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>