82 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_2162 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_2162  hypothetical protein  100 
 
 		 567 aa  1162    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0263323 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2248  hypothetical protein  45.57 
 
 		 544 aa  454  1.0000000000000001e-126  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  unclonable  0.000000000000224157  decreased coverage  4.957600000000001e-19 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4059  protein of unknown function DUF1302  44.31 
 
 		 594 aa  440  9.999999999999999e-123  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  decreased coverage  0.00304001  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3919  hypothetical protein  43.99 
 
 		 594 aa  437  1e-121  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4026  hypothetical protein  44.15 
 
 		 602 aa  437  1e-121  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2812  hypothetical protein  38.69 
 
 		 651 aa  386  1e-106  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.229228  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2669  hypothetical protein  38.64 
 
 		 651 aa  382  1e-105  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.575021  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0648  hypothetical protein  38.02 
 
 		 568 aa  340  2.9999999999999998e-92  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.466396  normal  0.419357 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6864  hypothetical protein  33.33 
 
 		 565 aa  293  8e-78  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000183389  normal  0.106911 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3200  hypothetical protein  33.09 
 
 		 570 aa  275  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.51508  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0964  hypothetical protein  32.3 
 
 		 569 aa  265  2e-69  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.00077396  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3147  hypothetical protein  32.47 
 
 		 536 aa  244  3e-63  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.377982  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0130  hypothetical protein  30.58 
 
 		 557 aa  228  3e-58  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.842605 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1511  hypothetical protein  29.37 
 
 		 524 aa  160  4e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2166  hypothetical protein  26.58 
 
 		 508 aa  150  4e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2695  hypothetical protein  29.11 
 
 		 615 aa  139  1e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.0000566517  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1461  hypothetical protein  26.43 
 
 		 521 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.890943  normal  0.537602 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2938  hypothetical protein  23.55 
 
 		 665 aa  129  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.140535  normal  0.820157 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2972  protein of unknown function DUF1302  29.21 
 
 		 575 aa  127  7e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.715393  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2628  glycine betaine transmethylase  24.51 
 
 		 649 aa  124  4e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.598372  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19810  hypothetical protein  24.87 
 
 		 585 aa  124  6e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.177739  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2320  hypothetical protein  26.6 
 
 		 606 aa  124  6e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000141551 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1704  putative lipoprotein  24.82 
 
 		 585 aa  123  9e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.168195  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1720  hypothetical protein  24.96 
 
 		 593 aa  123  9.999999999999999e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00248368  normal  0.287373 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0224  hypothetical protein  28.64 
 
 		 603 aa  123  9.999999999999999e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2057  hypothetical protein  23.56 
 
 		 654 aa  121  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.106408  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24290  glycine betaine transmethylase  23.39 
 
 		 654 aa  120  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000000902449  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3432  hypothetical protein  24.22 
 
 		 620 aa  119  1.9999999999999998e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0727302  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1134  hypothetical protein  24.26 
 
 		 597 aa  118  3e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0792  hypothetical protein  24.21 
 
 		 628 aa  112  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.178452  normal  0.144967 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0765  hypothetical protein  24.45 
 
 		 628 aa  112  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0806  hypothetical protein  24.32 
 
 		 628 aa  112  3e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0905  hypothetical protein  23.95 
 
 		 597 aa  110  5e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4424  hypothetical protein  24.01 
 
 		 639 aa  108  2e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4708  hypothetical protein  24.82 
 
 		 629 aa  108  3e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0952361  normal  0.150702 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0087  hypothetical protein  27.27 
 
 		 665 aa  105  2e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.211464  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3700  hypothetical protein  23.72 
 
 		 617 aa  104  5e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0576544  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1184  hypothetical protein  23.39 
 
 		 641 aa  103  6e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13130  hypothetical protein  23.18 
 
 		 641 aa  103  8e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2042  hypothetical protein  23.57 
 
 		 618 aa  102  2e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3145  hypothetical protein  23.52 
 
 		 617 aa  99.8  1e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.26737  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41220  hypothetical protein  24.16 
 
 		 608 aa  99.4  2e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0390938  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0466  hypothetical protein  25.65 
 
 		 609 aa  97.8  5e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2811  hypothetical protein  27.2 
 
 		 548 aa  97.4  7e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.756946  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3660  hypothetical protein  22.69 
 
 		 659 aa  95.9  2e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1023  hypothetical protein  27.79 
 
 		 608 aa  95.9  2e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.318112  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0467  hypothetical protein  26.81 
 
 		 617 aa  94.7  4e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6782  hypothetical protein  27.38 
 
 		 568 aa  93.2  1e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1149  hypothetical protein  21.32 
 
 		 645 aa  92  2e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0991  hypothetical protein  21.32 
 
 		 645 aa  90.9  5e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.868412  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1998  hypothetical protein  27.48 
 
 		 688 aa  90.5  7e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00000875403  n/a   
 
 
 
NC_007492  Pfl01_2750  hypothetical protein  25.06 
 
 		 548 aa  89.7  1e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.113257  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2806  hypothetical protein  24.09 
 
 		 696 aa  89  2e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0162  hypothetical protein  22.96 
 
 		 586 aa  82.4  0.00000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2597  hypothetical protein  25.06 
 
 		 680 aa  82.4  0.00000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1751  hypothetical protein  22.59 
 
 		 680 aa  82  0.00000000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00124169  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02007  hypothetical protein  26.71 
 
 		 455 aa  81.3  0.00000000000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.0000421467  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1781  hypothetical protein  22.73 
 
 		 680 aa  80.1  0.00000000000009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000258085  normal  0.0160925 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6389  hypothetical protein  24.48 
 
 		 610 aa  79.7  0.0000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0707198  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1676  hypothetical protein  22.73 
 
 		 680 aa  79.7  0.0000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00163825  normal  0.33231 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4347  hypothetical protein  23.81 
 
 		 609 aa  78.2  0.0000000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0563403  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2225  hypothetical protein  27.87 
 
 		 682 aa  77  0.0000000000008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0218446  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1805  hypothetical protein  24.47 
 
 		 682 aa  77  0.0000000000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000127719  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6839  hypothetical protein  22.62 
 
 		 613 aa  76.3  0.000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0699678  normal  0.0739476 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4864  hypothetical protein  22.6 
 
 		 609 aa  75.5  0.000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.156964  normal  0.918729 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1725  hypothetical protein  25.13 
 
 		 682 aa  75.5  0.000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000149613  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1588  hypothetical protein  24.09 
 
 		 691 aa  75.9  0.000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.00000609017  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2437  hypothetical protein  22.76 
 
 		 680 aa  75.5  0.000000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0176803  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2136  hypothetical protein  23.76 
 
 		 682 aa  75.5  0.000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.37402  normal  0.348469 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2557  hypothetical protein  22.42 
 
 		 680 aa  75.1  0.000000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0938481  normal  0.12261 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2444  hypothetical protein  22.42 
 
 		 680 aa  75.1  0.000000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0526018  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1907  protein of unknown function DUF1302  22.42 
 
 		 680 aa  74.3  0.000000000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00456554  normal  0.102822 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4360  hypothetical protein  23.94 
 
 		 614 aa  72.8  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2480  hypothetical protein  25 
 
 		 686 aa  72.4  0.00000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0308258  normal  0.0283529 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5041  hypothetical protein  23.94 
 
 		 614 aa  72.4  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.351751  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5819  hypothetical protein  23.94 
 
 		 614 aa  72.4  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2199  hypothetical protein  23.08 
 
 		 680 aa  71.2  0.00000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.812513  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1938  hypothetical protein  23.95 
 
 		 682 aa  67.4  0.0000000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00596375  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4324  protein of unknown function DUF1302  22.92 
 
 		 611 aa  66.2  0.000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.406766  normal  0.0355116 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4434  protein of unknown function DUF1302  22.92 
 
 		 611 aa  66.2  0.000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0662376  normal  0.365948 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1361  hypothetical protein  24.34 
 
 		 665 aa  62.8  0.00000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.78358  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3167  hypothetical protein  26.98 
 
 		 661 aa  61.6  0.00000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.719833  normal  0.715398 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>