83 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_2938 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008463  PA14_24290  glycine betaine transmethylase  70.54 
 
 		 654 aa  939    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000000902449  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2938  hypothetical protein  100 
 
 		 665 aa  1350    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.140535  normal  0.820157 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2057  hypothetical protein  70.39 
 
 		 654 aa  937    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.106408  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2628  glycine betaine transmethylase  66.31 
 
 		 649 aa  878    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.598372  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0792  hypothetical protein  32.27 
 
 		 628 aa  293  9e-78  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.178452  normal  0.144967 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0806  hypothetical protein  32.12 
 
 		 628 aa  291  3e-77  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4708  hypothetical protein  32.89 
 
 		 629 aa  289  9e-77  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0952361  normal  0.150702 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0991  hypothetical protein  33.43 
 
 		 645 aa  287  4e-76  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.868412  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1149  hypothetical protein  32.84 
 
 		 645 aa  286  5.999999999999999e-76  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0765  hypothetical protein  31.83 
 
 		 628 aa  286  7e-76  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1134  hypothetical protein  33.44 
 
 		 597 aa  283  5.000000000000001e-75  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1184  hypothetical protein  33.1 
 
 		 641 aa  282  1e-74  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13130  hypothetical protein  32.67 
 
 		 641 aa  281  4e-74  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4424  hypothetical protein  32.94 
 
 		 639 aa  280  7e-74  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0905  hypothetical protein  33.02 
 
 		 597 aa  278  3e-73  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19810  hypothetical protein  33.08 
 
 		 585 aa  278  3e-73  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.177739  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1704  putative lipoprotein  32.46 
 
 		 585 aa  275  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.168195  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2806  hypothetical protein  29.95 
 
 		 696 aa  268  2e-70  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2437  hypothetical protein  29.75 
 
 		 680 aa  268  2.9999999999999995e-70  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0176803  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2557  hypothetical protein  29.6 
 
 		 680 aa  266  8e-70  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0938481  normal  0.12261 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1805  hypothetical protein  31.31 
 
 		 682 aa  266  8e-70  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000127719  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2444  hypothetical protein  29.6 
 
 		 680 aa  266  8e-70  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0526018  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1907  protein of unknown function DUF1302  29.46 
 
 		 680 aa  265  3e-69  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00456554  normal  0.102822 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2199  hypothetical protein  29.08 
 
 		 680 aa  264  4.999999999999999e-69  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.812513  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1751  hypothetical protein  29.93 
 
 		 680 aa  263  6.999999999999999e-69  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00124169  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1781  hypothetical protein  29.93 
 
 		 680 aa  263  8e-69  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000258085  normal  0.0160925 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1676  hypothetical protein  29.93 
 
 		 680 aa  263  8.999999999999999e-69  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00163825  normal  0.33231 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2597  hypothetical protein  29.79 
 
 		 680 aa  260  5.0000000000000005e-68  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2225  hypothetical protein  30.31 
 
 		 682 aa  257  6e-67  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0218446  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2042  hypothetical protein  31.98 
 
 		 618 aa  256  9e-67  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3700  hypothetical protein  32.13 
 
 		 617 aa  256  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0576544  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1588  hypothetical protein  28.47 
 
 		 691 aa  253  6e-66  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.00000609017  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2480  hypothetical protein  29.19 
 
 		 686 aa  253  1e-65  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0308258  normal  0.0283529 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3432  hypothetical protein  31.91 
 
 		 620 aa  253  1e-65  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0727302  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3167  hypothetical protein  30.19 
 
 		 661 aa  252  1e-65  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.719833  normal  0.715398 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3660  hypothetical protein  32.34 
 
 		 659 aa  251  3e-65  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1998  hypothetical protein  28.93 
 
 		 688 aa  250  5e-65  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00000875403  n/a   
 
 
 
NC_009439  Pmen_0224  hypothetical protein  29.73 
 
 		 603 aa  249  1e-64  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2136  hypothetical protein  29.41 
 
 		 682 aa  249  1e-64  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.37402  normal  0.348469 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41220  hypothetical protein  30.69 
 
 		 608 aa  244  3e-63  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0390938  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1938  hypothetical protein  29.41 
 
 		 682 aa  243  7.999999999999999e-63  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00596375  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1725  hypothetical protein  30.68 
 
 		 682 aa  242  2e-62  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000149613  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1720  hypothetical protein  30.64 
 
 		 593 aa  240  5e-62  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00248368  normal  0.287373 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2695  hypothetical protein  30.93 
 
 		 615 aa  240  5.999999999999999e-62  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.0000566517  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2320  hypothetical protein  28.97 
 
 		 606 aa  236  1.0000000000000001e-60  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000141551 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3145  hypothetical protein  31.39 
 
 		 617 aa  234  3e-60  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.26737  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1023  hypothetical protein  30.18 
 
 		 608 aa  234  4.0000000000000004e-60  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.318112  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1361  hypothetical protein  28.47 
 
 		 665 aa  232  2e-59  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.78358  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0467  hypothetical protein  30.3 
 
 		 617 aa  230  8e-59  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0087  hypothetical protein  30.08 
 
 		 665 aa  227  7e-58  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.211464  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0466  hypothetical protein  29.97 
 
 		 609 aa  214  2.9999999999999995e-54  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3200  hypothetical protein  25.89 
 
 		 570 aa  186  9e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.51508  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02007  hypothetical protein  32.27 
 
 		 455 aa  180  7e-44  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.0000421467  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0162  hypothetical protein  27.2 
 
 		 586 aa  170  7e-41  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1511  hypothetical protein  25.98 
 
 		 524 aa  169  2e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0964  hypothetical protein  30.41 
 
 		 569 aa  154  2.9999999999999998e-36  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.00077396  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2972  protein of unknown function DUF1302  24.96 
 
 		 575 aa  140  7e-32  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.715393  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1461  hypothetical protein  24.28 
 
 		 521 aa  134  7.999999999999999e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.890943  normal  0.537602 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2750  hypothetical protein  23.45 
 
 		 548 aa  127  7e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.113257  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2811  hypothetical protein  25.38 
 
 		 548 aa  127  9e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.756946  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2162  hypothetical protein  23.55 
 
 		 567 aa  125  2e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0263323 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0130  hypothetical protein  24.57 
 
 		 557 aa  124  4e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.842605 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6389  hypothetical protein  27.99 
 
 		 610 aa  123  9.999999999999999e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0707198  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4434  protein of unknown function DUF1302  27.22 
 
 		 611 aa  117  6e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0662376  normal  0.365948 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4324  protein of unknown function DUF1302  27.22 
 
 		 611 aa  117  6e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.406766  normal  0.0355116 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2582  hypothetical protein  23.24 
 
 		 612 aa  112  2.0000000000000002e-23  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2669  hypothetical protein  24 
 
 		 651 aa  110  8.000000000000001e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.575021  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6839  hypothetical protein  26.9 
 
 		 613 aa  107  8e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0699678  normal  0.0739476 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3147  hypothetical protein  26.06 
 
 		 536 aa  106  1e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.377982  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4360  hypothetical protein  27.03 
 
 		 614 aa  105  2e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5041  hypothetical protein  29.19 
 
 		 614 aa  105  3e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.351751  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2166  hypothetical protein  27.62 
 
 		 508 aa  105  3e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5819  hypothetical protein  29.19 
 
 		 614 aa  105  3e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4864  hypothetical protein  23.42 
 
 		 609 aa  103  7e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.156964  normal  0.918729 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4347  hypothetical protein  26.06 
 
 		 609 aa  102  2e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0563403  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2812  hypothetical protein  23.64 
 
 		 651 aa  100  9e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.229228  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2248  hypothetical protein  27.68 
 
 		 544 aa  92.8  2e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  unclonable  0.000000000000224157  decreased coverage  4.957600000000001e-19 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6782  hypothetical protein  29.5 
 
 		 568 aa  88.2  4e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6864  hypothetical protein  20.7 
 
 		 565 aa  81.6  0.00000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000183389  normal  0.106911 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0648  hypothetical protein  21.9 
 
 		 568 aa  72.4  0.00000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.466396  normal  0.419357 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3919  hypothetical protein  25.27 
 
 		 594 aa  68.6  0.0000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4059  protein of unknown function DUF1302  24.5 
 
 		 594 aa  67.4  0.0000000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  decreased coverage  0.00304001  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4026  hypothetical protein  23.48 
 
 		 602 aa  60.5  0.00000009  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>