More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pecwa_2524 on replicon NC_013421
Organism: Pectobacterium wasabiae WPP163



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013421  Pecwa_2524  transcriptional regulator, GntR family  100 
 
 		 226 aa  459  9.999999999999999e-129  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2179  transcriptional regulator, GntR family  94.57 
 
 		 221 aa  424  1e-118  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1271  transcriptional regulator, GntR family  66.67 
 
 		 227 aa  293  1e-78  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.347313  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1096  transcriptional regulator, putative  40.69 
 
 		 237 aa  145  4.0000000000000006e-34  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5666  transcriptional regulator, GntR family  39.52 
 
 		 234 aa  140  9.999999999999999e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.88554  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0010  GntR family transcriptional regulator  41.26 
 
 		 239 aa  137  1e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.561636  hitchhiker  0.00449189 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1703  GntR family transcriptional regulator  38.16 
 
 		 239 aa  136  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4655  GntR family transcriptional regulator  38.29 
 
 		 240 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6326  putative transcriptional regulator  37.95 
 
 		 226 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4523  GntR family transcriptional regulator  34.76 
 
 		 217 aa  133  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4128  GntR family transcriptional regulator  36.82 
 
 		 244 aa  134  1.9999999999999998e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.116859  normal  0.239591 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4254  GntR family transcriptional regulator  37.85 
 
 		 251 aa  130  2.0000000000000002e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.123258  normal  0.247062 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72890  putative transcriptional regulator  37.44 
 
 		 244 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1074  GntR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 243 aa  129  4.0000000000000003e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.605051  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0339  GntR family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 236 aa  125  6e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1556  GntR family transcriptional regulator  35.21 
 
 		 237 aa  123  2e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0676227  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3745  transcriptional regulator, GntR family  36.06 
 
 		 238 aa  123  2e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3900  hypothetical protein  37.38 
 
 		 238 aa  123  3e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.365064 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2004  transcriptional regulator, GntR family  36.18 
 
 		 215 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3699  transcriptional regulator, GntR family  32.7 
 
 		 234 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0389  GntR family transcriptional regulator  33.49 
 
 		 225 aa  115  5e-25  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4698  GntR family transcriptional regulator  33.18 
 
 		 224 aa  115  6e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.152961  normal  0.511905 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3971  GntR family transcriptional regulator  33.65 
 
 		 248 aa  114  1.0000000000000001e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0431  GntR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 249 aa  112  3e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.21992 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6220  GntR family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 266 aa  111  8.000000000000001e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2281  GntR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 236 aa  109  4.0000000000000004e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.487352  normal  0.0140544 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3573  GntR family transcriptional regulator  31.98 
 
 		 237 aa  105  4e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2183  transcriptional regulator GntR  34.4 
 
 		 240 aa  105  7e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.484217  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2417  GntR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 230 aa  103  2e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.220762 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3751  GntR family transcriptional regulator  33.99 
 
 		 236 aa  103  2e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4225  GntR family transcriptional regulator  33.99 
 
 		 236 aa  103  2e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.678492 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4646  GntR family transcriptional regulator  36.97 
 
 		 234 aa  103  2e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.221886 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4275  GntR family transcriptional regulator  31.8 
 
 		 236 aa  103  3e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.477622  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0504  transcriptional regulator, GntR family  35.86 
 
 		 218 aa  102  5e-21  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.765793  normal  0.0329427 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1190  transcriptional regulator, GntR family  35.68 
 
 		 219 aa  102  7e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.814536  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4031  GntR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 236 aa  100  1e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4335  GntR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 236 aa  100  1e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0860  GntR family transcriptional regulator  33.17 
 
 		 238 aa  100  1e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0607  GntR family transcriptional regulator  34.2 
 
 		 221 aa  100  2e-20  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0421705  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3188  GntR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 236 aa  99.4  4e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.804639  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1631  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.85 
 
 		 221 aa  99  5e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2196  transcriptional regulator, GntR family  30 
 
 		 221 aa  99  6e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.148573  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2357  GntR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 245 aa  99  6e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1536  putative DNA-binding transcriptional regulator  30 
 
 		 221 aa  99  6e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1038  GntR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 238 aa  98.6  6e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1124  GntR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 238 aa  98.6  6e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2339  GntR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 280 aa  98.6  8e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01407  predicted DNA-binding transcriptional regulator  29.5 
 
 		 221 aa  97.1  2e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01418  hypothetical protein  29.5 
 
 		 221 aa  97.1  2e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6054  transcriptional regulator, GntR family  29.47 
 
 		 248 aa  95.5  5e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.149072  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2056  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.65 
 
 		 221 aa  95.9  5e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000144632 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2209  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.5 
 
 		 221 aa  94.4  1e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.583652  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1703  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.3 
 
 		 221 aa  94  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1706  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.3 
 
 		 221 aa  94  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.160126  normal  0.134616 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1721  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.65 
 
 		 221 aa  93.6  2e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000356206 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1767  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.3 
 
 		 221 aa  94  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1753  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.3 
 
 		 221 aa  94  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1572  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.3 
 
 		 221 aa  94  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.247698  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2044  transcriptional regulator, GntR family  26.79 
 
 		 221 aa  93.2  3e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000328211  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1255  GntR family transcriptional regulator  33.97 
 
 		 244 aa  92.8  4e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2985  GntR family transcriptional regulator  30.15 
 
 		 248 aa  92.8  4e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4021  GntR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 227 aa  92.4  5e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.707447  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0776  GntR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 219 aa  91.3  1e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.973295  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2101  GntR family transcriptional regulator  30.35 
 
 		 222 aa  89  6e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.259313  normal  0.98754 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5547  GntR family transcriptional regulator  30 
 
 		 246 aa  87.4  2e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5912  GntR family transcriptional regulator  30 
 
 		 246 aa  87.4  2e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1984  putative HTH-type transcriptional regulator  31.86 
 
 		 215 aa  86.3  3e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.235414 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01499  predicted DNA-binding transcriptional regulator  27.72 
 
 		 228 aa  86.3  4e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000422433  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2105  transcriptional regulator, GntR family  27.72 
 
 		 228 aa  86.3  4e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  1.45704e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2156  transcriptional regulator, GntR family  27.72 
 
 		 228 aa  86.3  4e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000000156729  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1700  transcriptional regulator, GntR family  27.72 
 
 		 228 aa  86.3  4e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.00000000855657  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01510  hypothetical protein  27.72 
 
 		 228 aa  86.3  4e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.000000749692  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1749  GntR family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 228 aa  86.3  4e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000222448  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2118  GntR family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 228 aa  86.3  4e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.0000000151748  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1630  GntR family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 228 aa  86.3  4e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  3.79226e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6417  GntR family transcriptional regulator  29 
 
 		 246 aa  85.9  5e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0441  GntR family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 233 aa  85.1  9e-16  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0838  GntR family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 217 aa  84.3  0.000000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0913555 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1625  GntR family transcriptional regulator  27.23 
 
 		 228 aa  84.3  0.000000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000899292  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3956  GntR family transcriptional regulator  30.05 
 
 		 226 aa  83.6  0.000000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.374286  normal  0.604582 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2862  GntR domain protein  29.67 
 
 		 229 aa  83.2  0.000000000000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.417277  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2639  transcriptional regulator, GntR family  31.37 
 
 		 228 aa  80.9  0.00000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.995505  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2016  GntR family transcriptional regulator  27.96 
 
 		 230 aa  81.3  0.00000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0125173 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0023  transcriptional regulator, GntR family  29.35 
 
 		 228 aa  81.3  0.00000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3677  GntR family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 214 aa  80.5  0.00000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2404  GntR family transcriptional regulator  32.02 
 
 		 230 aa  79.7  0.00000000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0600  GntR family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 225 aa  79  0.00000000000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4647  transcriptional regulator, GntR family  32.69 
 
 		 233 aa  79  0.00000000000006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1422  GntR family transcriptional regulator  31.8 
 
 		 221 aa  79  0.00000000000006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0669169  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3784  GntR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 222 aa  78.6  0.00000000000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.142846  normal  0.227758 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3766  GntR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 234 aa  78.6  0.00000000000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1938  GntR family transcriptional regulator  26.7 
 
 		 228 aa  78.6  0.00000000000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0981  GntR family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 228 aa  77.8  0.0000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1595  GntR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 231 aa  77.8  0.0000000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000118605  normal  0.686931 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7955  transcriptional regulator, GntR family  30.26 
 
 		 233 aa  77.8  0.0000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4086  transcriptional regulator, GntR family  32.8 
 
 		 231 aa  78.2  0.0000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.129918 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3629  GntR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 246 aa  77.4  0.0000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2905  transcriptional regulator, GntR family  30.67 
 
 		 231 aa  77  0.0000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.839759  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2641  GntR family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 216 aa  77.4  0.0000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3588  transcriptional regulator, GntR family  30.56 
 
 		 226 aa  76.6  0.0000000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>