57 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3286 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3286  PaaX family transcriptional regulator  100 
 
 		 307 aa  624  1e-178  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.17765  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2473  PaaX family transcriptional regulator  99.02 
 
 		 334 aa  619  1e-176  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.303711  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2610  PaaX family transcriptional regulator  96.74 
 
 		 334 aa  604  9.999999999999999e-173  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.218497  normal  0.0704814 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2623  PaaX family transcriptional regulator  89.9 
 
 		 334 aa  565  1e-160  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.312733  normal  0.0873289 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3103  PaaX family transcriptional regulator  63.73 
 
 		 307 aa  419  1e-116  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.000000661945  decreased coverage  0.0000397547 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1521  phenylacetic acid degradation operon negative regulatory protein PaaX  46.67 
 
 		 312 aa  286  2.9999999999999996e-76  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3083  PaaX family transcriptional regulator  44.7 
 
 		 312 aa  262  6.999999999999999e-69  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.415086 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1585  phenylacetic acid degradation operon negative regulatory protein PaaX  43.42 
 
 		 316 aa  259  3e-68  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2246  transcriptional regulator, PaaX family  43.09 
 
 		 316 aa  256  3e-67  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.218129  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2256  PaaX family transcriptional regulator  43.09 
 
 		 316 aa  256  3e-67  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.203735  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1486  phenylacetic acid degradation operon negative regulatory protein PaaX  43.09 
 
 		 316 aa  256  3e-67  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0196  transcriptional regulator, PaaX family  42.36 
 
 		 319 aa  234  1.0000000000000001e-60  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0386  phenylacetic acid degradation operon negative regulatory protein PaaX  42.57 
 
 		 352 aa  231  1e-59  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000187716  normal  0.0170462 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3734  phenylacetic acid degradation operon negative regulatory protein PaaX  37.17 
 
 		 307 aa  230  2e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1514  transcriptional regulator, PaaX family  41.14 
 
 		 316 aa  219  3.9999999999999997e-56  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.139923  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0216  PaaX family transcriptional regulator  37.86 
 
 		 311 aa  207  2e-52  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0165647 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0692  phenylacetic acid degradation operon negative regulatory protein PaaX  37.92 
 
 		 287 aa  199  5e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.717402  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2864  phenylacetic acid degradation operon negative regulatory protein paaX  38.49 
 
 		 293 aa  192  8e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  decreased coverage  0.00499823  normal  0.0484276 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0895  PaaX family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 305 aa  191  2e-47  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.947925  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7200  transcriptional regulator, PaaX family  38.13 
 
 		 292 aa  189  5.999999999999999e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.803046  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0661  PaaX domain-containing protein, C- domain  32.51 
 
 		 285 aa  184  2.0000000000000003e-45  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2859  transcriptional regulator, PaaX family  34.31 
 
 		 285 aa  175  9.999999999999999e-43  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2835  transcriptional regulator, PaaX family  30.82 
 
 		 285 aa  158  1e-37  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0094  PaaX family transcriptional regulator  36.66 
 
 		 289 aa  152  8e-36  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.339453  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3357  transcriptional regulator, PaaX family  33.33 
 
 		 301 aa  150  2e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4146  PaaX family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 305 aa  147  2.0000000000000003e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.85173 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4812  PaaX domain-containing protein  32.32 
 
 		 284 aa  134  3e-30  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.33483 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2009  transcriptional regulator, PaaX family  32.83 
 
 		 281 aa  130  3e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.429433  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0708  PaaX family transcriptional regulator  30.18 
 
 		 272 aa  121  1.9999999999999998e-26  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.719013  normal  0.640912 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0655  PaaX family transcriptional regulator  30.12 
 
 		 272 aa  117  3e-25  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0748596  hitchhiker  0.00291671 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0980  transcriptional regulator, PaaX family  31.32 
 
 		 259 aa  111  2.0000000000000002e-23  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.148761 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2629  PaaX family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 259 aa  102  6e-21  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.495501  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6455  transcriptional regulator, PaaX family  29.51 
 
 		 260 aa  100  3e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0787  transcriptional regulator, PaaX family  29.17 
 
 		 268 aa  100  3e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0703  transcriptional regulator, PaaX family  27.31 
 
 		 259 aa  97.4  3e-19  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2150  transcriptional regulator, PaaX family  28.76 
 
 		 289 aa  95.1  1e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.933136  normal  0.276366 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1609  PaaX family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 258 aa  94  3e-18  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8420  putative transcriptional regulator, PaaX family  29.55 
 
 		 260 aa  94  3e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.289328  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1206  PaaX domain-containing protein, C- domain  29.15 
 
 		 258 aa  92.8  6e-18  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_19070  phenylacetic acid-responsive transcriptional repressor  29.41 
 
 		 292 aa  92.8  6e-18  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0202563  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1685  PaaX family transcriptional regulator  27.67 
 
 		 333 aa  91.7  1e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0710641  normal  0.260669 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0294  transcriptional regulator, PaaX family  27.31 
 
 		 318 aa  91.3  2e-17  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0429653  hitchhiker  0.0000864342 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0436  PaaX-like  28.57 
 
 		 301 aa  84.7  0.000000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.581976 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3828  PaaX family transcriptional regulator  26.98 
 
 		 264 aa  84.7  0.000000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.648927  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0588  transcriptional regulator, PaaX family  28.68 
 
 		 276 aa  84.3  0.000000000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4899  transcriptional regulator, PaaX family  26.36 
 
 		 276 aa  82  0.00000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.425131  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0309  transcriptional regulator, PaaX family  24.24 
 
 		 302 aa  73.6  0.000000000004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0289  transcriptional regulator, PaaX family  28.02 
 
 		 280 aa  72.4  0.00000000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.010887  hitchhiker  0.0000784974 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5523  transcriptional regulator, PaaX family  26.91 
 
 		 267 aa  68.2  0.0000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.543092 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2025  transcriptional regulator, PaaX family  23.62 
 
 		 306 aa  54.7  0.000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1271  PaaX domain-containing protein, C- domain  27.54 
 
 		 237 aa  54.3  0.000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  decreased coverage  0.00141132  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5085  PaaX domain-containing protein, C- domain  26.7 
 
 		 244 aa  49.7  0.00007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.706044 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0659  PaaX-like  22.22 
 
 		 265 aa  48.9  0.0001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.702789  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0977  PaaX-like protein  25 
 
 		 243 aa  45.1  0.002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0995  PaaX domain-containing protein, C- domain  25 
 
 		 243 aa  45.1  0.002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1005  PaaX domain-containing protein, C- domain  25 
 
 		 243 aa  45.1  0.002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.457167 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10688  hypothetical protein  26.58 
 
 		 240 aa  44.7  0.002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>