More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_1070 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013421  Pecwa_3241  efflux transporter, RND family, MFP subunit  94.47 
 
 		 398 aa  716    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1070  efflux transporter, RND family, MFP subunit  100 
 
 		 397 aa  798    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00558937  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1011  efflux transporter, RND family, MFP subunit  75.57 
 
 		 395 aa  618  1e-176  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.279031  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1127  RND family efflux transporter MFP subunit  76.26 
 
 		 395 aa  588  1e-167  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.295973  unclonable  0.0000000230672 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3047  efflux transporter, RND family, MFP subunit  78.12 
 
 		 396 aa  584  1.0000000000000001e-165  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.376069  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3207  RND family efflux transporter MFP subunit  71.46 
 
 		 395 aa  574  1.0000000000000001e-163  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.474787  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3067  acriflavine resistance protein A  71.46 
 
 		 395 aa  574  1.0000000000000001e-163  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.018659  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2880  multidrug efflux protein  71.91 
 
 		 388 aa  566  1e-160  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.876487 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00414  multidrug efflux system  73.05 
 
 		 397 aa  557  1e-157  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3147  efflux transporter, RND family, MFP subunit  73.05 
 
 		 397 aa  557  1e-157  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.035839  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0539  acriflavine resistance protein A  73.05 
 
 		 397 aa  557  1e-157  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0506  acriflavine resistance protein A  73.05 
 
 		 409 aa  557  1e-157  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.951175  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0395  acriflavine resistance protein A  72.8 
 
 		 409 aa  556  1e-157  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3153  RND family efflux transporter MFP subunit  73.05 
 
 		 397 aa  557  1e-157  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0553  acriflavine resistance protein A  73.05 
 
 		 409 aa  557  1e-157  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0497  acriflavine resistance protein A  73.05 
 
 		 397 aa  557  1e-157  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00419  hypothetical protein  73.05 
 
 		 397 aa  557  1e-157  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0943  RND family efflux transporter MFP subunit  73.45 
 
 		 397 aa  551  1e-156  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0579  acriflavine resistance protein A  72.47 
 
 		 397 aa  528  1e-149  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0884843  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0517  acriflavine resistance protein A  72.47 
 
 		 397 aa  528  1e-149  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0536  acriflavine resistance protein A  72.47 
 
 		 397 aa  528  1e-149  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0526  acriflavine resistance protein A  72.47 
 
 		 397 aa  528  1e-149  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0520  acriflavine resistance protein A  72.47 
 
 		 397 aa  528  1e-149  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0763854  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3704  RND family efflux transporter MFP subunit  63.2 
 
 		 379 aa  478  1e-134  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.596756 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03123  cytoplasmic membrane lipoprotein  63.3 
 
 		 385 aa  471  1e-132  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0441  efflux transporter, RND family, MFP subunit  63.56 
 
 		 385 aa  473  1e-132  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3648  acriflavine resistance protein E  63.3 
 
 		 385 aa  471  1e-132  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.444601  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3750  acriflavine resistance protein E  63.56 
 
 		 385 aa  473  1e-132  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00329123  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0441  RND family efflux transporter MFP subunit  63.56 
 
 		 385 aa  473  1e-132  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.693626 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3560  acriflavine resistance protein E  63.56 
 
 		 385 aa  472  1e-132  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0550362  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03074  hypothetical protein  63.3 
 
 		 385 aa  471  1e-132  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3458  acriflavine resistance protein E  63.56 
 
 		 385 aa  473  1e-132  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000310651  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4582  acriflavine resistance protein E  63.56 
 
 		 385 aa  473  1e-132  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.153462  normal  0.314671 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3655  acriflavine resistance protein E  64.89 
 
 		 385 aa  467  9.999999999999999e-131  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.369196 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3582  acriflavine resistance protein E  64.89 
 
 		 385 aa  467  9.999999999999999e-131  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.372723  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3689  acriflavine resistance protein E  64.89 
 
 		 385 aa  467  9.999999999999999e-131  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.10776 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3583  acriflavine resistance protein E  64.63 
 
 		 385 aa  462  1e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3699  RND family efflux transporter MFP subunit  62.22 
 
 		 390 aa  451  1.0000000000000001e-126  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1849  efflux transporter, RND family, MFP subunit  60.87 
 
 		 422 aa  431  1e-119  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00425578 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03361  multidrug resistance efflux transporter  55.99 
 
 		 385 aa  420  1e-116  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0200  efflux transporter, RND family, MFP subunit  55.99 
 
 		 385 aa  420  1e-116  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3999  multidrug efflux system protein MdtE  55.99 
 
 		 385 aa  420  1e-116  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0204  multidrug efflux system protein MdtE  55.99 
 
 		 385 aa  420  1e-116  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0378135 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3715  multidrug efflux system protein MdtE  55.99 
 
 		 385 aa  420  1e-116  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00203932  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3816  multidrug efflux system protein MdtE  55.99 
 
 		 385 aa  420  1e-116  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0409403 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03314  hypothetical protein  55.99 
 
 		 385 aa  420  1e-116  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4873  multidrug efflux system protein MdtE  55.99 
 
 		 385 aa  419  1e-116  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3911  multidrug efflux system protein MdtE  55.73 
 
 		 385 aa  417  9.999999999999999e-116  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2369  efflux transporter, RND family, MFP subunit  58.42 
 
 		 433 aa  413  1e-114  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.137399  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0809  secretion protein HlyD  57.58 
 
 		 392 aa  414  1e-114  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.165865 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2697  multidrug resistance protein  57.94 
 
 		 400 aa  407  1.0000000000000001e-112  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0680  RND family efflux transporter MFP subunit  58.33 
 
 		 420 aa  402  1e-111  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.557778  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4007  secretion protein HlyD  53.71 
 
 		 386 aa  399  9.999999999999999e-111  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.430649  normal  0.0665893 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5940  HlyD family secretion protein  56.49 
 
 		 425 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.591185  normal  0.295801 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3680  secretion protein HlyD family protein  52.19 
 
 		 405 aa  400  9.999999999999999e-111  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4303  efflux transporter, RND family, MFP subunit  52.82 
 
 		 386 aa  397  1e-109  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05530  RND multidrug efflux membrane fusion protein MexA precursor  55.24 
 
 		 383 aa  396  1e-109  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4090  secretion protein HlyD  58.29 
 
 		 386 aa  394  1e-108  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0525  RND multidrug efflux membrane fusion protein MexA precursor  54.99 
 
 		 442 aa  395  1e-108  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.106985  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3492  RND family efflux transporter MFP subunit  56.76 
 
 		 405 aa  392  1e-108  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.474299  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2638  RND family efflux transporter MFP subunit  57.03 
 
 		 424 aa  392  1e-108  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1999  secretion protein HlyD  57.03 
 
 		 424 aa  392  1e-108  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.931394  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2609  RND family efflux transporter MFP subunit  57.03 
 
 		 424 aa  392  1e-108  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3715  RND family efflux transporter MFP subunit  56.7 
 
 		 382 aa  390  1e-107  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.970475  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6607  HlyD family secretion protein  59.83 
 
 		 418 aa  387  1e-106  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.032922  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2529  RND family efflux transporter MFP subunit  60.41 
 
 		 432 aa  387  1e-106  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.210606 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3923  multidrug efflux system protein  58.82 
 
 		 387 aa  388  1e-106  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5837  secretion protein HlyD  57.94 
 
 		 412 aa  387  1e-106  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.91911  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6204  RND family efflux transporter MFP subunit  57.94 
 
 		 412 aa  388  1e-106  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.103192  hitchhiker  0.00610274 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0610  multidrug efflux periplasmic linker protein BpeA  56.37 
 
 		 420 aa  384  1e-105  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.80065  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2445  multidrug efflux periplasmic linker protein BpeA  56.37 
 
 		 420 aa  384  1e-105  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0315  RND family efflux transporter MFP subunit  56.37 
 
 		 420 aa  384  1e-105  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0688  RND family efflux transporter MFP subunit  56.37 
 
 		 431 aa  383  1e-105  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.921638  normal  0.624256 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1018  RND family efflux transporter MFP subunit  56.37 
 
 		 420 aa  385  1e-105  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0854  multidrug efflux periplasmic linker protein BpeA  56.37 
 
 		 420 aa  384  1e-105  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.719076  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6680  RND family efflux transporter MFP subunit  60.41 
 
 		 412 aa  384  1e-105  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.231623  normal  0.121297 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1026  RND family efflux transporter MFP subunit  57.23 
 
 		 384 aa  383  1e-105  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.933063 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0058  multidrug efflux periplasmic linker protein BpeA  56.37 
 
 		 420 aa  384  1e-105  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0523497  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2656  RND family efflux transporter MFP subunit  60.12 
 
 		 432 aa  383  1e-105  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.444245  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3499  RND family efflux transporter MFP subunit  58.4 
 
 		 395 aa  384  1e-105  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0344164  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0859  multidrug efflux periplasmic linker protein BpeA  56.1 
 
 		 420 aa  383  1e-105  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3435  efflux transporter, RND family, MFP subunit  54.5 
 
 		 399 aa  381  1e-104  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.169321  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0569  RND family efflux transporter MFP subunit  56.23 
 
 		 381 aa  380  1e-104  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1386  efflux transporter, RND family, MFP subunit  54.29 
 
 		 384 aa  375  1e-103  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.178254 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0287  acridine efflux pump  55.04 
 
 		 394 aa  375  1e-103  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4427  RND family efflux transporter MFP subunit  55.21 
 
 		 384 aa  377  1e-103  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.123796 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4337  RND family efflux transporter MFP subunit  53.89 
 
 		 384 aa  377  1e-103  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.235617 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0518  secretion protein HlyD  54.67 
 
 		 412 aa  374  1e-102  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0551  efflux transporter, RND family, MFP subunit  54.93 
 
 		 411 aa  372  1e-102  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.856573  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1455  efflux transporter, RND family, MFP subunit  52.82 
 
 		 403 aa  374  1e-102  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0547  efflux transporter, RND family, MFP subunit  55.52 
 
 		 410 aa  370  1e-101  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0331  RND family efflux transporter MFP subunit  54.28 
 
 		 394 aa  369  1e-101  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.109026  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0497  RND family efflux transporter MFP subunit  53.58 
 
 		 423 aa  365  1e-100  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.479969  normal  0.274836 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1418  secretion protein HlyD  53.37 
 
 		 400 aa  367  1e-100  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1280  secretion protein HlyD  55.4 
 
 		 385 aa  367  1e-100  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0347794  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0530  RND family efflux transporter MFP subunit  53.83 
 
 		 394 aa  365  1e-100  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.727313  normal  0.0367065 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3258  efflux transporter, RND family, MFP subunit  57.18 
 
 		 410 aa  365  1e-99  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.110627  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4061  RND family efflux transporter MFP subunit  50.13 
 
 		 383 aa  363  2e-99  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000265031  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4212  efflux transporter, RND family, MFP subunit  50.13 
 
 		 381 aa  363  4e-99  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4251  RND family efflux transporter MFP subunit  50.13 
 
 		 381 aa  363  4e-99  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.397426  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>