More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpe_A2484 on replicon NC_008825
Organism: Methylibium petroleiphilum PM1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008825  Mpe_A2484  putative biopolymer transport exbD-related transmembrane protein  100 
 
 
147 aa  295  2e-79  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0200822  normal  0.641899 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2948  biopolymer transport protein ExbD/TolR  68.38 
 
 
142 aa  195  2.0000000000000003e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3154  biopolymer transport protein ExbD/TolR  66.91 
 
 
142 aa  190  4e-48  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2565  biopolymer transport protein ExbD/TolR  70.59 
 
 
141 aa  188  2e-47  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0403619  hitchhiker  0.00490818 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2554  biopolymer transport protein ExbD/TolR  67.86 
 
 
141 aa  189  2e-47  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00133317 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1924  biopolymer transport protein ExbD/TolR  65.22 
 
 
144 aa  187  5e-47  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.645056  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3571  biopolymer transport protein ExbD/TolR  69.12 
 
 
141 aa  184  5e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.161015  decreased coverage  0.00354496 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1555  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  66.18 
 
 
141 aa  182  2.0000000000000003e-45  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.304522  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2304  biopolymer transport protein ExbD/TolR  66.18 
 
 
141 aa  182  2.0000000000000003e-45  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0677093  normal  0.134165 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4892  biopolymer transport protein ExbD/TolR  62.5 
 
 
144 aa  176  7e-44  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.310639 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2642  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  65 
 
 
147 aa  175  1e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.333418  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2806  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  59.85 
 
 
142 aa  162  2.0000000000000002e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.0047121  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0594  biopolymer transport protein ExbD/TolR  57.33 
 
 
143 aa  160  4.0000000000000004e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.0000000395657  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0536  biopolymer transport protein ExbD/TolR  58.74 
 
 
143 aa  159  2e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000196939  hitchhiker  0.000000905807 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2400  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  59.12 
 
 
142 aa  158  3e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0584856  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2529  biopolymer transport EXBD-like transmembrane protein  56.93 
 
 
143 aa  157  6e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.161438  normal  0.0831127 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1509  biopolymer transport exbD-related transmembrane protein  56.3 
 
 
138 aa  144  4.0000000000000006e-34  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.171101  normal  0.278773 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1028  biopolymer transport protein ExbD/TolR  50.74 
 
 
138 aa  140  6e-33  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.0000374903  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3209  biopolymer transport protein ExbD/TolR  49.63 
 
 
137 aa  139  1.9999999999999998e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000537129  normal  0.265512 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2091  biopolymer transport protein ExbD/TolR  48.23 
 
 
140 aa  137  3e-32  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0833564  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3216  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  51.8 
 
 
141 aa  136  8.999999999999999e-32  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.300081  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0632  biopolymer ExbD/TolR family transporter  43.88 
 
 
141 aa  120  8e-27  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0285  biopolymer transport protein ExbD/TolR  43.85 
 
 
149 aa  112  2.0000000000000002e-24  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1370  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  39.86 
 
 
140 aa  111  3e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0313  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  42.97 
 
 
158 aa  107  8.000000000000001e-23  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0592  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.88 
 
 
141 aa  99.8  1e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.127488 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0646  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  39.1 
 
 
134 aa  99  2e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.419547  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0486  biopolymer transport protein, ExbD/TolR family  39.1 
 
 
134 aa  99  2e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.244667  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2179  hypothetical protein  41.27 
 
 
146 aa  96.3  1e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25500  hypothetical protein  41.27 
 
 
146 aa  95.9  2e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.236019  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2674  biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.53 
 
 
140 aa  95.1  3e-19  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1613  biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.78 
 
 
142 aa  94.4  5e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.921592  normal  0.194939 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14750  Biopolymer transport protein ExbD  35.97 
 
 
142 aa  93.6  8e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.227679  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2060  GTP cyclohydrolase I  37.78 
 
 
143 aa  93.6  8e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.552907 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1247  biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.23 
 
 
140 aa  93.6  9e-19  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2151  biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.81 
 
 
140 aa  92  2e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0691787  normal  0.335965 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4176  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.56 
 
 
142 aa  91.3  5e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0268987  normal  0.49506 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3846  biopolymer transport protein ExbD/TolR family  36.03 
 
 
143 aa  89  2e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.661546  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1634  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.29 
 
 
143 aa  89  2e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0335583  normal  0.448537 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1397  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.81 
 
 
140 aa  89  2e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1435  biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.59 
 
 
137 aa  89.4  2e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.559612  normal  0.665441 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1730  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.81 
 
 
132 aa  88.2  3e-17  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1742  biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.31 
 
 
141 aa  86.3  1e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00589  biopolymer transport protein  32.81 
 
 
154 aa  84.3  4e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.265658  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0388  biopolymer transport protein  32.09 
 
 
145 aa  80.9  0.000000000000006  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0352  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.09 
 
 
145 aa  80.9  0.000000000000006  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1061  biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.35 
 
 
158 aa  79  0.00000000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1317  biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.59 
 
 
143 aa  77  0.00000000000007  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.893415  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1510  biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.97 
 
 
144 aa  72.8  0.000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.43562  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4033  biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.72 
 
 
158 aa  72.8  0.000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.439813  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1460  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.41 
 
 
138 aa  72  0.000000000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3815  biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.24 
 
 
144 aa  71.6  0.000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0446813  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0244  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.58 
 
 
149 aa  71.6  0.000000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3116  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.69 
 
 
145 aa  72  0.000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.243499  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1899  biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.5 
 
 
144 aa  69.7  0.00000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000511207 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1158  biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.85 
 
 
139 aa  69.7  0.00000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.399556  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2673  biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.85 
 
 
139 aa  69.7  0.00000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3520  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.06 
 
 
138 aa  69.3  0.00000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.127703  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1475  biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.5 
 
 
144 aa  69.3  0.00000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0605408  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1805  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.71 
 
 
137 aa  68.6  0.00000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.654076  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0400  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.5 
 
 
131 aa  67.8  0.00000000004  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.376121  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1506  biopolymer transport protein  27.54 
 
 
136 aa  67.8  0.00000000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000178844  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2305  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.09 
 
 
134 aa  67.8  0.00000000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3753  biopolymer transport exbD protein  29.46 
 
 
133 aa  67.4  0.00000000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.677985  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0273  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.06 
 
 
136 aa  67.4  0.00000000007  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3869  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.36 
 
 
136 aa  67.4  0.00000000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2955  putative TolR-like translocation protein  32.35 
 
 
142 aa  66.6  0.0000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.163827  normal  0.682621 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3760  TonB system transport protein ExbD  31.54 
 
 
139 aa  65.9  0.0000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4149  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.69 
 
 
159 aa  65.5  0.0000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0136307  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3142  biopolymer transport transmembrane protein, ExbD/TolR like  33.33 
 
 
139 aa  65.9  0.0000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.421775  normal  0.0460891 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4176  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.69 
 
 
158 aa  65.5  0.0000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0919098  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5556  biopolymer transport protein ExbD  33.9 
 
 
142 aa  64.7  0.0000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2987  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.66 
 
 
133 aa  64.7  0.0000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.369399  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3121  protein TolR  31.43 
 
 
142 aa  64.3  0.0000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0628  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.46 
 
 
130 aa  64.3  0.0000000005  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.203844  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0520  ExbD/TolR family transport energizing protein  34.65 
 
 
142 aa  63.9  0.0000000007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1803  biopolymer ExbD/TolR family transporter  34.65 
 
 
142 aa  63.9  0.0000000008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.831218  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0617  ExbD/TolR family transport energizing protein  34.65 
 
 
142 aa  63.9  0.0000000008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.843085  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1930  biopolymer ExbD/TolR family transporter  34.65 
 
 
142 aa  63.9  0.0000000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1092  ExbD/TolR family transport energizing protein  34.65 
 
 
142 aa  63.9  0.0000000008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2064  ExbD/TolR family transport energizing protein  34.65 
 
 
142 aa  63.9  0.0000000008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.132783  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0800  ExbD/TolR family transport energizing protein  34.65 
 
 
140 aa  63.5  0.0000000008  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0784  protein TolR  32.14 
 
 
138 aa  63.5  0.0000000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0363173  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4055  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.85 
 
 
135 aa  63.5  0.0000000009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3416  biopolymer transport protein ExbD  31.36 
 
 
141 aa  63.2  0.000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3332  biopolymer transport protein ExbD  29.85 
 
 
141 aa  62.8  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0573  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.58 
 
 
139 aa  63.2  0.000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.234389  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0506  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.33 
 
 
154 aa  62.8  0.000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.529067  hitchhiker  0.000695312 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2733  protein TolR  33.33 
 
 
145 aa  63.2  0.000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0139663  hitchhiker  0.0000179602 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3507  biopolymer transport protein ExbD  29.85 
 
 
141 aa  62.8  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2155  biopolymer transport protein (ExbD2)  29.32 
 
 
136 aa  63.2  0.000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3412  biopolymer transport protein ExbD  30.51 
 
 
141 aa  62.8  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0693  TonB system transport protein ExbD  29.1 
 
 
141 aa  62.8  0.000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3433  biopolymer transport protein ExbD  29.1 
 
 
141 aa  62.8  0.000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2026  biopolymer ExbD/TolR family transporter  34.38 
 
 
142 aa  62.8  0.000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.597145  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3290  biopolymer transport protein ExbD  29.1 
 
 
141 aa  62.8  0.000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3184  biopolymer transport protein ExbD  29.1 
 
 
141 aa  62.8  0.000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1605  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.66 
 
 
144 aa  62.4  0.000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000781876  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4316  biopolymer transport protein ExbD  29.1 
 
 
141 aa  62.8  0.000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3474  biopolymer transport protein ExbD  29.1 
 
 
141 aa  62.8  0.000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>