More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lreu_1241 on replicon NC_009513
Organism: Lactobacillus reuteri DSM 20016



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009513  Lreu_1241  translation initiation factor 3  100 
 
 
170 aa  340  7e-93  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  2.56408e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0798  translation initiation factor IF-3  66.27 
 
 
202 aa  232  2e-60  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1409  translation initiation factor IF-3  64.5 
 
 
172 aa  230  6e-60  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  unclonable  1.37178e-16  unclonable  1.34184e-28 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2660  translation initiation factor IF-3  65.87 
 
 
190 aa  230  9e-60  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  6.48528e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4706  translation initiation factor IF-3  62.87 
 
 
195 aa  228  2e-59  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  4.32272e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4471  translation initiation factor IF-3  62.87 
 
 
195 aa  228  2e-59  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  2.20658e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4819  translation initiation factor IF-3  62.87 
 
 
186 aa  228  2e-59  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  6.90292e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4306  translation initiation factor IF-3  62.87 
 
 
195 aa  228  2e-59  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  1.45665e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4317  translation initiation factor IF-3  62.87 
 
 
195 aa  228  2e-59  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  1.17232e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4683  translation initiation factor IF-3  63.25 
 
 
166 aa  226  9e-59  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  1.01645e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0554  translation initiation factor IF-3  63.25 
 
 
166 aa  226  9e-59  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  1.2216e-07  unclonable  2.53125e-26 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4690  translation initiation factor IF-3  62.65 
 
 
166 aa  226  1e-58  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  7.37112e-62 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4699  translation initiation factor IF-3  62.65 
 
 
166 aa  226  1e-58  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  2.60309e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3261  translation initiation factor IF-3  62.28 
 
 
195 aa  225  2e-58  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  1.25648e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4406  translation initiation factor IF-3  62.65 
 
 
166 aa  225  2e-58  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  1.11711e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1738  translation initiation factor IF-3  64.85 
 
 
200 aa  209  1e-53  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  1.96833e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1772  translation initiation factor IF-3  64.85 
 
 
200 aa  209  1e-53  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  1.39127e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1244  translation initiation factor IF-3  64.85 
 
 
175 aa  208  2e-53  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  decreased coverage  3.17297e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1032  translation initiation factor IF-3  61.49 
 
 
238 aa  201  6e-51  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.82167  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1434  translation initiation factor IF-3  60.25 
 
 
225 aa  196  1e-49  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0842222  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4639  translation initiation factor IF-3  53.89 
 
 
219 aa  193  1e-48  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  4.86529e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1149  translation initiation factor IF-3  52.76 
 
 
202 aa  190  8e-48  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1090  hypothetical protein  54.6 
 
 
179 aa  189  1e-47  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  1.29093e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1089  translation initiation factor IF-3  58.08 
 
 
176 aa  188  2e-47  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  1.88384e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1384  translation initiation factor IF-3  58.08 
 
 
176 aa  188  3e-47  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.000113221  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2400  translation initiation factor IF-3  51.55 
 
 
164 aa  187  7e-47  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00646191  normal  0.390668 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1225  translation initiation factor 3  52.47 
 
 
164 aa  183  1e-45  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  3.14962e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3163  translation initiation factor IF-3  55.21 
 
 
252 aa  182  2e-45  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0170352  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1516  translation initiation factor IF-3  53.33 
 
 
172 aa  181  3e-45  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.027432  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2172  translation initiation factor IF-3  54.3 
 
 
154 aa  178  4e-44  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  8.64988e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0641  translation initiation factor IF-3  54.04 
 
 
175 aa  178  4e-44  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0129727 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4742  translation initiation factor IF-3  51.55 
 
 
176 aa  176  1e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.676759  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1383  translation initiation factor IF-3  50.31 
 
 
187 aa  175  2e-43  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  1.11233e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1311  translation initiation factor IF-3  49.38 
 
 
164 aa  175  2e-43  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  6.44552e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2033  translation initiation factor IF-3  56.79 
 
 
216 aa  176  2e-43  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  1.52468e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0215  translation initiation factor IF-3  49.07 
 
 
198 aa  175  3e-43  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  2.62616e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4232  translation initiation factor IF-3  51.55 
 
 
173 aa  174  4e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00738998 
 
 
-
 
NC_002620  TC0221  translation initiation factor IF-3  49.1 
 
 
186 aa  173  8e-43  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  hitchhiker  0.00015702  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1319  translation initiation factor IF-3  51.55 
 
 
190 aa  174  8e-43  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0918782  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0447  translation initiation factor IF-3  54.66 
 
 
164 aa  172  1e-42  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  4.72838e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2769  translation initiation factor IF-3  49.7 
 
 
178 aa  172  3e-42  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1937  translation initiation factor IF-3  48.45 
 
 
174 aa  172  3e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.413665  normal  0.0464847 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0333  translation initiation factor IF-3  48.47 
 
 
194 aa  172  3e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.392305  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3024  translation initiation factor IF-3  48.45 
 
 
173 aa  172  3e-42  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2642  translation initiation factor IF-3  49.7 
 
 
178 aa  171  3e-42  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1612  translation initiation factor IF-3  50.31 
 
 
173 aa  170  7e-42  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00252676 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1906  translation initiation factor IF-3  50.93 
 
 
173 aa  170  1e-41  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.387361 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1624  translation initiation factor IF-3  50.93 
 
 
176 aa  170  1e-41  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0101313 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0588  translation initiation factor IF-3  47.85 
 
 
194 aa  170  1e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.954262  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0534  translation initiation factor IF-3  50 
 
 
165 aa  169  1e-41  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  7.58155e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1937  translation initiation factor IF-3  47.85 
 
 
194 aa  170  1e-41  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0510424  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1758  translation initiation factor 3  49.34 
 
 
154 aa  169  2e-41  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  1.20038e-09  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2054  translation initiation factor IF-3  48.67 
 
 
152 aa  169  2e-41  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000423398  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3158  translation initiation factor IF-3  50.31 
 
 
173 aa  168  3e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2109  translation initiation factor IF-3  49.69 
 
 
219 aa  168  3e-41  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  2.73336e-05  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1204  translation initiation factor IF-3  50.92 
 
 
171 aa  167  4e-41  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  2.44125e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_05720  translation initiation factor 3  46.11 
 
 
207 aa  168  4e-41  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  1.88671e-05  normal  0.0169059 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1823  translation initiation factor 3 (bIF-3)  53.33 
 
 
153 aa  167  6e-41  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  2.72282e-05  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0044  translation initiation factor IF-3  44.44 
 
 
173 aa  167  7e-41  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2038  translation initiation factor IF-3  49.07 
 
 
177 aa  167  8e-41  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.369536 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2103  translation initiation factor 3  49.36 
 
 
177 aa  167  8e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.286317  normal  0.133955 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1443  translation initiation factor 3  57.25 
 
 
143 aa  167  9e-41  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  1.86833e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2996  translation initiation factor IF-3  49.69 
 
 
173 aa  167  9e-41  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2466  translation initiation factor IF-3  47.83 
 
 
177 aa  166  1e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00240261  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1968  translation initiation factor IF-3  47.83 
 
 
183 aa  166  1e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00361564  hitchhiker  0.00796429 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1578  translation initiation factor IF-3  47.83 
 
 
178 aa  166  1e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3480  translation initiation factor IF-3  47.83 
 
 
183 aa  166  2e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0422454  normal  0.0155112 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3224  translation initiation factor IF-3  47.83 
 
 
183 aa  166  2e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.51494 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1008  translation initiation factor 3  50 
 
 
155 aa  165  3e-40  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0442083  hitchhiker  0.00912814 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0766  translation initiation factor IF-3  48.08 
 
 
181 aa  165  3e-40  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0428  translation initiation factor IF-3  48.03 
 
 
156 aa  165  3e-40  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2853  translation initiation factor IF-3  48.72 
 
 
174 aa  165  3e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0116753 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4675  translation initiation factor IF-3  48.45 
 
 
177 aa  164  4e-40  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.361003  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2229  translation initiation factor IF-3  52.17 
 
 
173 aa  164  5e-40  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00231449 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2150  translation initiation factor IF-3  47.83 
 
 
173 aa  164  6e-40  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.235978  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1976  translation initiation factor IF-3  47.83 
 
 
173 aa  163  9e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_15200  translation initiation factor 3  44.91 
 
 
197 aa  163  1e-39  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  decreased coverage  2.8162e-05  normal  0.0802518 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1269  translation initiation factor 3  46.71 
 
 
225 aa  163  1e-39  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.628011  normal  0.508823 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0207  translation initiation factor IF-3  46.58 
 
 
173 aa  163  1e-39  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3622  translation initiation factor IF-3  46.91 
 
 
357 aa  162  1e-39  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0913675  normal  0.723752 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0803  translation initiation factor IF-3  48.12 
 
 
178 aa  162  2e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0425  translation initiation factor IF-3  46.63 
 
 
171 aa  162  2e-39  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  9.64088e-06  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2156  translation initiation factor IF-3  45.51 
 
 
175 aa  162  2e-39  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  1.87486e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0364  translation initiation factor 3  47.24 
 
 
182 aa  162  2e-39  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  2.97976e-05  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0671  translation initiation factor IF-3  50 
 
 
192 aa  162  2e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.395911  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1161  translation initiation factor 3  50 
 
 
154 aa  161  3e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.41261  normal  0.930143 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2307  translation initiation factor IF-3  49.33 
 
 
154 aa  162  3e-39  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00282878  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3071  translation initiation factor IF-3  47.71 
 
 
182 aa  161  5e-39  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.427548  normal  0.938738 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1249  translation initiation factor IF-3  46.63 
 
 
174 aa  160  5e-39  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.246001 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1800  translation initiation factor 3  51.23 
 
 
163 aa  160  6e-39  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00939294  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1341  translation initiation factor IF-3  46.3 
 
 
173 aa  160  6e-39  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1218  translation initiation factor IF-3  44.87 
 
 
173 aa  160  6e-39  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0326522  normal  0.465185 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3052  translation initiation factor IF-3  47.2 
 
 
182 aa  160  8e-39  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0930  translation initiation factor 3  45.96 
 
 
178 aa  160  8e-39  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0441  translation initiation factor IF-3  46.58 
 
 
179 aa  159  1e-38  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.077533  normal  0.427819 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1763  translation initiation factor 3  49.64 
 
 
137 aa  159  1e-38  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4267  translation initiation factor IF-3  45 
 
 
178 aa  159  1e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0069  translation initiation factor IF-3  45.96 
 
 
171 aa  159  2e-38  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.097761 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2804  translation initiation factor IF-3  42.5 
 
 
180 aa  159  2e-38  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0265  translation initiation factor IF-3  46.25 
 
 
173 aa  159  2e-38  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.910814  normal  0.332641 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>