More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_0447 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010001  Cphy_0447  translation initiation factor IF-3  100 
 
 
164 aa  332  1e-90  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000000472838  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1225  translation initiation factor 3  59.15 
 
 
164 aa  202  2e-51  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.0000000314962  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0798  translation initiation factor IF-3  56.44 
 
 
202 aa  197  3.9999999999999996e-50  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3261  translation initiation factor IF-3  57.06 
 
 
195 aa  196  1.0000000000000001e-49  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000125648  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4683  translation initiation factor IF-3  57.06 
 
 
166 aa  195  2.0000000000000003e-49  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000101645  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0554  translation initiation factor IF-3  57.06 
 
 
166 aa  195  2.0000000000000003e-49  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000012216  unclonable  2.53125e-26 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4706  translation initiation factor IF-3  56.44 
 
 
195 aa  195  3e-49  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000000432272  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4471  translation initiation factor IF-3  56.44 
 
 
195 aa  195  3e-49  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.000000000220658  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4306  translation initiation factor IF-3  56.44 
 
 
195 aa  195  3e-49  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000145665  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4317  translation initiation factor IF-3  56.44 
 
 
195 aa  195  3e-49  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.00000000000117232  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4819  translation initiation factor IF-3  56.44 
 
 
186 aa  194  3e-49  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.000000000000690292  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4699  translation initiation factor IF-3  56.44 
 
 
166 aa  194  4.0000000000000005e-49  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000260309  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4690  translation initiation factor IF-3  56.44 
 
 
166 aa  194  4.0000000000000005e-49  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  7.37112e-62 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4406  translation initiation factor IF-3  56.44 
 
 
166 aa  194  6e-49  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000111711  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2660  translation initiation factor IF-3  55.21 
 
 
190 aa  191  3e-48  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000000648528  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1311  translation initiation factor IF-3  54.27 
 
 
164 aa  191  4e-48  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.00000000644552  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1241  translation initiation factor 3  54.66 
 
 
170 aa  191  4e-48  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.0000000000000256408  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2054  translation initiation factor IF-3  55.26 
 
 
152 aa  185  2e-46  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000423398  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1032  translation initiation factor IF-3  53.75 
 
 
238 aa  185  3e-46  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.82167  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3163  translation initiation factor IF-3  51.25 
 
 
252 aa  183  7e-46  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0170352  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1434  translation initiation factor IF-3  53.75 
 
 
225 aa  182  2.0000000000000003e-45  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0842222  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2146  translation initiation factor IF-3  59.51 
 
 
173 aa  182  2.0000000000000003e-45  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000692224  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1090  hypothetical protein  48.15 
 
 
179 aa  182  2.0000000000000003e-45  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000129093  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0215  translation initiation factor IF-3  53.12 
 
 
198 aa  181  3e-45  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  2.62616e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2400  translation initiation factor IF-3  49.08 
 
 
164 aa  182  3e-45  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00646191  normal  0.390668 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1204  translation initiation factor IF-3  56.71 
 
 
171 aa  180  7e-45  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.0000000244125  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1516  translation initiation factor IF-3  51.85 
 
 
172 aa  179  1e-44  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.027432  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1858  translation initiation factor IF-3  58.28 
 
 
173 aa  179  1e-44  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.0000000644129  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1409  translation initiation factor IF-3  54.94 
 
 
172 aa  179  1e-44  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  unclonable  1.37178e-16  unclonable  1.3418400000000002e-28 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2996  translation initiation factor IF-3  52.83 
 
 
173 aa  179  2e-44  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0221  translation initiation factor IF-3  51.88 
 
 
186 aa  177  7e-44  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  hitchhiker  0.00015702  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1383  translation initiation factor IF-3  46.63 
 
 
187 aa  175  2e-43  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.0000000111233  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4639  translation initiation factor IF-3  49.38 
 
 
219 aa  175  2e-43  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.00000486529  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2156  translation initiation factor IF-3  50.3 
 
 
175 aa  175  3e-43  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.00000000187486  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2769  translation initiation factor IF-3  50.92 
 
 
178 aa  171  2.9999999999999996e-42  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2642  translation initiation factor IF-3  50.31 
 
 
178 aa  171  5e-42  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0425  translation initiation factor IF-3  48.15 
 
 
171 aa  171  5e-42  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00000964088  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2172  translation initiation factor IF-3  49.32 
 
 
154 aa  170  6.999999999999999e-42  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00000864988  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1149  translation initiation factor IF-3  49.06 
 
 
202 aa  170  9e-42  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1244  translation initiation factor IF-3  54.37 
 
 
175 aa  170  1e-41  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000317297  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1758  translation initiation factor 3  47.06 
 
 
154 aa  169  2e-41  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000120038  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2666  translation initiation factor IF-3  50 
 
 
176 aa  167  4e-41  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3052  translation initiation factor IF-3  47.85 
 
 
182 aa  167  6e-41  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1937  translation initiation factor IF-3  48.77 
 
 
174 aa  166  1e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.413665  normal  0.0464847 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1738  translation initiation factor IF-3  52.83 
 
 
200 aa  165  2e-40  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.000000196833  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1772  translation initiation factor IF-3  52.83 
 
 
200 aa  165  2e-40  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.000000139127  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1089  translation initiation factor IF-3  54.04 
 
 
176 aa  163  8e-40  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  0.000000188384  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1823  translation initiation factor 3 (bIF-3)  53.95 
 
 
153 aa  162  1.0000000000000001e-39  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000272282  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2150  translation initiation factor IF-3  48.77 
 
 
173 aa  162  1.0000000000000001e-39  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.235978  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3622  translation initiation factor IF-3  48.43 
 
 
357 aa  163  1.0000000000000001e-39  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0913675  normal  0.723752 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1578  translation initiation factor IF-3  46.63 
 
 
178 aa  162  2.0000000000000002e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2619  translation initiation factor IF-3  55.62 
 
 
176 aa  162  2.0000000000000002e-39  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0660  translation initiation factor IF-3  46.58 
 
 
176 aa  162  3e-39  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00000367528  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0082  translation initiation factor IF-3  47.56 
 
 
171 aa  161  3e-39  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.00000000496209  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1976  translation initiation factor IF-3  47.85 
 
 
173 aa  161  3e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_15200  translation initiation factor 3  46.88 
 
 
197 aa  161  4.0000000000000004e-39  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  decreased coverage  0.000028162  normal  0.0802518 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1314  translation initiation factor IF-3  46.88 
 
 
185 aa  161  4.0000000000000004e-39  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.241721  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3024  translation initiation factor IF-3  47.85 
 
 
173 aa  161  4.0000000000000004e-39  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0641  translation initiation factor IF-3  48.77 
 
 
175 aa  161  5.0000000000000005e-39  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0129727 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1768  translation initiation factor IF-3  48.75 
 
 
221 aa  160  6e-39  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.40976 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0983  translation initiation factor IF-3  48.43 
 
 
176 aa  160  6e-39  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.104 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0534  translation initiation factor IF-3  45.75 
 
 
165 aa  160  6e-39  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000000758155  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1384  translation initiation factor IF-3  52.8 
 
 
176 aa  160  7e-39  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.000113221  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1319  translation initiation factor IF-3  48.47 
 
 
190 aa  160  7e-39  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0918782  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0333  translation initiation factor IF-3  45.12 
 
 
194 aa  160  7e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.392305  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_05720  translation initiation factor 3  46.25 
 
 
207 aa  160  8.000000000000001e-39  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.0000188671  normal  0.0169059 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1269  translation initiation factor 3  47.17 
 
 
225 aa  160  9e-39  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.628011  normal  0.508823 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0044  translation initiation factor IF-3  46.84 
 
 
173 aa  159  1e-38  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2042  translation initiation factor IF-3  47.8 
 
 
199 aa  159  1e-38  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0708817  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1937  translation initiation factor IF-3  45.73 
 
 
194 aa  159  1e-38  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0510424  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0588  translation initiation factor IF-3  45.73 
 
 
194 aa  159  1e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.954262  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4742  translation initiation factor IF-3  48.15 
 
 
176 aa  159  2e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.676759  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2747  translation initiation factor IF-3  47.2 
 
 
169 aa  159  2e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.128829 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0077  translation initiation factor IF-3  45.34 
 
 
171 aa  159  2e-38  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.646828  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11658  translation initiation factor IF-3  46.63 
 
 
201 aa  159  2e-38  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0190  translation initiation factor IF-3  48.47 
 
 
186 aa  159  2e-38  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.140917  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6087  Translation initiation factor 3 (IF-3)-like protein  47.8 
 
 
222 aa  158  3e-38  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.897729  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_14590  translation initiation factor 3  47.17 
 
 
401 aa  157  6e-38  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4232  translation initiation factor IF-3  47.53 
 
 
173 aa  157  7e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00738998 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0830  translation initiation factor IF-3  47.24 
 
 
176 aa  157  7e-38  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1249  translation initiation factor IF-3  47.5 
 
 
174 aa  157  7e-38  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.246001 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0802  translation initiation factor IF-3  47.24 
 
 
176 aa  157  7e-38  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0471  translation initiation factor IF-3  46.34 
 
 
171 aa  157  8e-38  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.973019  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2466  translation initiation factor IF-3  47.24 
 
 
177 aa  156  1e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00240261  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3480  translation initiation factor IF-3  47.24 
 
 
183 aa  156  1e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0422454  normal  0.0155112 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0069  translation initiation factor IF-3  44.72 
 
 
171 aa  156  1e-37  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.097761 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1968  translation initiation factor IF-3  47.24 
 
 
183 aa  156  1e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00361564  hitchhiker  0.00796429 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3224  translation initiation factor IF-3  47.24 
 
 
183 aa  156  1e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.51494 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3488  translation initiation factor 3  51.55 
 
 
173 aa  156  1e-37  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1161  translation initiation factor 3  48.68 
 
 
154 aa  156  1e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.41261  normal  0.930143 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3071  translation initiation factor IF-3  47.68 
 
 
182 aa  156  1e-37  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.427548  normal  0.938738 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0207  translation initiation factor IF-3  46.3 
 
 
173 aa  156  1e-37  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2418  translation initiation factor IF-3  46.54 
 
 
196 aa  155  2e-37  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0428  translation initiation factor IF-3  45.45 
 
 
156 aa  155  2e-37  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2066  translation initiation factor 3  49.01 
 
 
179 aa  155  2e-37  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.383221  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0441  translation initiation factor IF-3  42.94 
 
 
179 aa  155  2e-37  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.077533  normal  0.427819 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4144  translation initiation factor IF-3  45.62 
 
 
227 aa  155  2e-37  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0415962  hitchhiker  0.000102893 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1875  translation initiation factor IF-3  45 
 
 
239 aa  155  2e-37  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.384688 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3039  translation initiation factor IF-3  45.4 
 
 
212 aa  155  2e-37  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.271102  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0671  translation initiation factor IF-3  45.96 
 
 
192 aa  155  3e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.395911  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>