More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gmet_1460 on replicon NC_007517
Organism: Geobacter metallireducens GS-15



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007517  Gmet_1460  biopolymer transport protein ExbD/TolR  100 
 
 
135 aa  264  2.9999999999999995e-70  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2608  biopolymer transport protein ExbD/TolR  81.48 
 
 
135 aa  226  1e-58  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2237  biopolymer ExbD/TolR family transporter  58.54 
 
 
134 aa  154  3e-37  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.271991  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2569  biopolymer transport protein ExbD/TolR  63.41 
 
 
134 aa  154  4e-37  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0358  biopolymer ExbD/TolR family transporter  57.78 
 
 
135 aa  152  2e-36  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0309097 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2991  biopolymer transport protein ExbD/TolR  55.28 
 
 
134 aa  144  4.0000000000000006e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.158684  normal  0.0282837 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2221  biopolymer transport protein ExbD/TolR  54.62 
 
 
134 aa  142  2e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.109447  normal  0.312711 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2919  biopolymer transport protein ExbD/TolR  55.28 
 
 
134 aa  139  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0661927  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1088  biopolymer transport protein ExbD/TolR  54.33 
 
 
136 aa  131  3e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00516772  normal  0.155031 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2106  biopolymer transport protein ExbD/TolR  55 
 
 
135 aa  126  1.0000000000000001e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.651872 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2499  biopolymer transport protein ExbD/TolR  53.12 
 
 
141 aa  123  1e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55340  transport protein ExbD  54.62 
 
 
139 aa  122  2e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00981285 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4816  transport protein ExbD  54.62 
 
 
139 aa  122  2e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2403  biopolymer transport protein ExbD/TolR  47.5 
 
 
135 aa  121  3e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2198  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  52.94 
 
 
137 aa  117  7.999999999999999e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2402  biopolymer transport protein ExbD/TolR  42.19 
 
 
134 aa  111  4.0000000000000004e-24  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.705571  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1803  biopolymer ExbD/TolR family transporter  32.56 
 
 
142 aa  85.5  2e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.831218  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1930  biopolymer ExbD/TolR family transporter  32.56 
 
 
142 aa  85.5  2e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1092  ExbD/TolR family transport energizing protein  32.56 
 
 
142 aa  85.5  2e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2064  ExbD/TolR family transport energizing protein  32.56 
 
 
142 aa  85.5  2e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.132783  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0800  ExbD/TolR family transport energizing protein  32.56 
 
 
140 aa  85.5  2e-16  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0617  ExbD/TolR family transport energizing protein  32.56 
 
 
142 aa  85.5  2e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.843085  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2026  biopolymer ExbD/TolR family transporter  32.56 
 
 
142 aa  85.1  3e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.597145  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0520  ExbD/TolR family transport energizing protein  32.77 
 
 
142 aa  84.3  5e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1213  protein TolR  36.07 
 
 
147 aa  82.4  0.000000000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1143  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30 
 
 
137 aa  82.4  0.000000000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2570  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.07 
 
 
136 aa  81.3  0.000000000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00988954  hitchhiker  0.000963498 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0863  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.95 
 
 
138 aa  78.6  0.00000000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0638904  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3053  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.92 
 
 
136 aa  78.2  0.00000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1512  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.57 
 
 
133 aa  76.3  0.0000000000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3313  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.54 
 
 
135 aa  76.3  0.0000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.93238  normal  0.758523 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3074  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.54 
 
 
136 aa  75.9  0.0000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.00262954  normal  0.170197 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2200  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.58 
 
 
140 aa  75.1  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5529  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.58 
 
 
140 aa  75.5  0.0000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2225  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.58 
 
 
142 aa  75.1  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.361252  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2118  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.83 
 
 
142 aa  75.1  0.0000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5877  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.58 
 
 
140 aa  75.1  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1440  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.75 
 
 
136 aa  74.7  0.0000000000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2408  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.75 
 
 
136 aa  74.7  0.0000000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.692692  normal  0.803966 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2239  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.83 
 
 
140 aa  74.3  0.0000000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1805  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.13 
 
 
137 aa  73.9  0.0000000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.654076  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0143  biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.38 
 
 
148 aa  73.9  0.0000000000007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1227  tolR protein  35.43 
 
 
146 aa  73.6  0.0000000000009  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.165973  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1114  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.75 
 
 
141 aa  73.2  0.000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.809728  normal  0.285485 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4624  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.16 
 
 
137 aa  73.2  0.000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000994253 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1190  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.37 
 
 
137 aa  72.4  0.000000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.693897  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2192  biopolymer transport TolR  34.13 
 
 
142 aa  71.2  0.000000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0164726  normal  0.458286 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0725  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.71 
 
 
145 aa  71.2  0.000000000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.154388  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1662  iopolymer transport protein ExbD/TolR  28.57 
 
 
133 aa  70.9  0.000000000006  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.00365164  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1076  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.25 
 
 
143 aa  70.9  0.000000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1619  protein TolR  34.62 
 
 
153 aa  70.5  0.000000000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.1444  normal  0.157176 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1904  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.12 
 
 
133 aa  70.1  0.000000000009  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.358326  normal  0.205106 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0711  putative biopolymer transport protein  25.19 
 
 
140 aa  69.7  0.00000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0310861 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2901  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.67 
 
 
147 aa  69.3  0.00000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  hitchhiker  0.00149833  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0753  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.86 
 
 
144 aa  69.3  0.00000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0347505  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1617  protein TolR  33.08 
 
 
153 aa  68.9  0.00000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.776263  hitchhiker  0.0037279 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1899  protein TolR  33.08 
 
 
153 aa  68.9  0.00000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.937922 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02686  Biopolymer transport protein  33.87 
 
 
139 aa  69.3  0.00000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00153637  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3520  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.78 
 
 
138 aa  68.6  0.00000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.127703  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0234  TonB system transport protein ExbD  32.8 
 
 
177 aa  68.6  0.00000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.617554 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0470  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.4 
 
 
141 aa  68.6  0.00000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.923665 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3142  biopolymer transport transmembrane protein, ExbD/TolR like  30.08 
 
 
139 aa  68.6  0.00000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.421775  normal  0.0460891 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2305  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30 
 
 
134 aa  68.2  0.00000000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0443  biopolymer ExbD/TolR family transporter  34.35 
 
 
136 aa  67.8  0.00000000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.102103  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0670  biopolymer ExbD/TolR family transporter  34.35 
 
 
136 aa  67.8  0.00000000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.198674  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2392  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.83 
 
 
133 aa  67.8  0.00000000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.791616 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0784  protein TolR  35.43 
 
 
138 aa  67  0.00000000009  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0363173  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3203  protein TolR  30.83 
 
 
151 aa  66.2  0.0000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.349327  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3498  protein TolR  30.83 
 
 
151 aa  66.2  0.0000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.124794 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1092  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.57 
 
 
166 aa  66.2  0.0000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10620  TonB system transport protein ExbD  30.23 
 
 
141 aa  66.6  0.0000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.160821  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0506  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.87 
 
 
154 aa  66.6  0.0000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.529067  hitchhiker  0.000695312 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1783  protein TolR  32.8 
 
 
144 aa  66.2  0.0000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000043737  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2477  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.57 
 
 
140 aa  66.2  0.0000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0883915  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1851  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.06 
 
 
145 aa  66.2  0.0000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3381  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.97 
 
 
143 aa  65.9  0.0000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000113024 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2733  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.81 
 
 
153 aa  65.9  0.0000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3406  biopolymer transport protein ExbD  32.59 
 
 
141 aa  66.2  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.479649 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4429  protein TolR  30.51 
 
 
173 aa  65.9  0.0000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.681247 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3580  protein TolR  29.13 
 
 
139 aa  65.9  0.0000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0689  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.92 
 
 
140 aa  65.9  0.0000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.828997  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003915  Tol biopolymer transport system TolR protein  34.09 
 
 
147 aa  65.9  0.0000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0762164  n/a   
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4694  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.75 
 
 
141 aa  65.5  0.0000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0997  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.35 
 
 
141 aa  65.5  0.0000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.975721 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3720  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.25 
 
 
139 aa  65.1  0.0000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.334783  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3511  protein TolR  30.25 
 
 
139 aa  65.1  0.0000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0114553  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2231  TolR protein  31.75 
 
 
148 aa  65.1  0.0000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3341  biopolymer transport protein ExbD  31.85 
 
 
141 aa  65.1  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.620363 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3619  protein TolR  32.2 
 
 
152 aa  64.7  0.0000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4449  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.37 
 
 
207 aa  64.7  0.0000000004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3507  biopolymer transport protein ExbD  31.85 
 
 
141 aa  64.7  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3332  biopolymer transport protein ExbD  31.85 
 
 
141 aa  64.7  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3412  biopolymer transport protein ExbD  31.85 
 
 
141 aa  64.7  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1740  biopolymer transport TolR  32 
 
 
144 aa  64.7  0.0000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000388711  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2629  biopolymer transport TolR  30.51 
 
 
149 aa  64.7  0.0000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2363  protein TolR  31.71 
 
 
139 aa  64.7  0.0000000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.372464 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1744  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32 
 
 
144 aa  64.7  0.0000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000276409  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2540  protein TolR  32 
 
 
144 aa  64.7  0.0000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000662541  hitchhiker  0.00000251452 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1701  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.6 
 
 
148 aa  64.3  0.0000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0404269  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0861  protein TolR  32.26 
 
 
152 aa  63.9  0.0000000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.0000417761  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>