More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbro_1988 on replicon NC_013441
Organism: Gordonia bronchialis DSM 43247



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008726  Mvan_3549  AMP-dependent synthetase and ligase  53.1 
 
 
602 aa  635  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.821705  normal  0.444689 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3046  AMP-dependent synthetase and ligase  55.09 
 
 
607 aa  645  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3509  AMP-dependent synthetase and ligase  55.03 
 
 
599 aa  643  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.889293  normal  0.0246515 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3330  AMP-dependent synthetase and ligase  55.39 
 
 
616 aa  659  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2680  AMP-dependent synthetase and ligase  54.85 
 
 
601 aa  656  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.487535  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1988  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 
595 aa  1214  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.627511  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2962  AMP-dependent synthetase and ligase  55.61 
 
 
601 aa  654  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.746636  normal  0.609279 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3277  AMP-dependent synthetase and ligase  55.03 
 
 
599 aa  649  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24920  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  53.19 
 
 
599 aa  633  1e-180  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.485954 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3293  AMP-dependent synthetase and ligase  53.19 
 
 
597 aa  629  1e-179  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.236935 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3282  AMP-dependent synthetase and ligase  53.19 
 
 
597 aa  629  1e-179  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3344  AMP-dependent synthetase and ligase  53.19 
 
 
597 aa  629  1e-179  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.260522  normal  0.185703 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3051  AMP-dependent synthetase and ligase  54.26 
 
 
605 aa  627  1e-178  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00585755  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1304  AMP-dependent synthetase and ligase  55.12 
 
 
591 aa  625  1e-178  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4869  AMP-dependent synthetase and ligase  51.52 
 
 
600 aa  622  1e-177  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.424656  normal  0.600956 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1383  AMP-dependent synthetase and ligase  51.83 
 
 
602 aa  624  1e-177  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.321435  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12215  long-chain fatty-acid-CoA ligase fadD15  51.68 
 
 
600 aa  605  1e-172  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2696  putative long-chain-fatty-acid--CoA ligase  51.67 
 
 
597 aa  604  1e-171  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3131  AMP-dependent synthetase and ligase  51.83 
 
 
599 aa  598  1e-170  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6067  AMP-dependent synthetase and ligase  50.41 
 
 
615 aa  598  1e-170  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3113  AMP-dependent synthetase and ligase  50.67 
 
 
600 aa  598  1e-170  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1548  AMP-dependent synthetase and ligase  53.17 
 
 
602 aa  597  1e-169  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.110931 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14230  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  51 
 
 
602 aa  597  1e-169  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1442  AMP-dependent synthetase and ligase  51 
 
 
603 aa  588  1e-167  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.526185  normal  0.152333 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4468  AMP-dependent synthetase and ligase  51.6 
 
 
597 aa  585  1e-166  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.331095  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1547  AMP-dependent synthetase and ligase  51 
 
 
619 aa  587  1e-166  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.174488  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0962  AMP-dependent synthetase and ligase  53.35 
 
 
604 aa  579  1e-164  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.182465  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_15760  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  51.68 
 
 
606 aa  576  1e-163  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.120658  normal  0.270208 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1398  AMP-dependent synthetase and ligase  51.84 
 
 
602 aa  574  1e-162  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3097  AMP-dependent synthetase and ligase  50.34 
 
 
599 aa  567  1e-160  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.658552  normal  0.476459 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1031  long-chain fatty-acid-CoA ligase  48.49 
 
 
598 aa  568  1e-160  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1901  AMP-dependent synthetase and ligase  51.68 
 
 
606 aa  561  1e-158  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.122495  hitchhiker  3.27223e-05 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2003  AMP-dependent synthetase and ligase  52.88 
 
 
606 aa  559  1e-158  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0649106  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24290  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  50.25 
 
 
599 aa  559  1e-158  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.954614  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1305  AMP-dependent synthetase and ligase  50.83 
 
 
593 aa  561  1e-158  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0273141  normal  0.793709 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1820  AMP-dependent synthetase and ligase  48.49 
 
 
604 aa  554  1e-156  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.591607 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1122  AMP-dependent synthetase and ligase  49.5 
 
 
606 aa  553  1e-156  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2070  AMP-dependent synthetase and ligase  51.39 
 
 
600 aa  547  1e-154  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.432369  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2594  AMP-dependent synthetase and ligase  49.16 
 
 
608 aa  542  1e-153  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1856  AMP-dependent synthetase and ligase  49.25 
 
 
622 aa  536  1e-151  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3623  AMP-dependent synthetase and ligase  48.01 
 
 
596 aa  535  1e-151  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1174  AMP-dependent synthetase and ligase  48.92 
 
 
597 aa  536  1e-151  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.393726  normal  0.390969 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1040  AMP-dependent synthetase and ligase  48.09 
 
 
597 aa  531  1e-150  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.270253  normal  0.341952 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_13790  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  46.36 
 
 
611 aa  529  1e-149  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0545474  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0976  AMP-dependent synthetase and ligase  47.1 
 
 
615 aa  527  1e-148  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  decreased coverage  0.00986526  normal  0.875047 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1204  AMP-dependent synthetase and ligase  46.22 
 
 
609 aa  522  1e-147  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.110372  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3241  AMP-dependent synthetase and ligase  47.12 
 
 
599 aa  520  1e-146  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00258779  normal  0.0467048 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2411  AMP-dependent synthetase and ligase  46.45 
 
 
612 aa  504  1e-141  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.183417  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1274  AMP-dependent synthetase and ligase  46.07 
 
 
609 aa  500  1e-140  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.55356e-10 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_01120  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  45.55 
 
 
606 aa  499  1e-140  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2560  AMP-dependent synthetase and ligase  47.03 
 
 
632 aa  501  1e-140  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.83853  hitchhiker  2.76011e-05 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1925  long-chain acyl-CoA synthetase  42.79 
 
 
618 aa  470  1e-131  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0949  AMP-binding enzyme  43.1 
 
 
603 aa  465  1e-130  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_05330  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  45.14 
 
 
612 aa  466  1e-130  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1011  long-chain acyl-CoA synthetase  41.24 
 
 
607 aa  452  1e-126  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1932  AMP-dependent synthetase and ligase  43.46 
 
 
590 aa  427  1e-118  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.333973  normal 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0812  AMP-binding enzyme  39.5 
 
 
679 aa  423  1e-117  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0860  AMP-binding enzyme  41.94 
 
 
682 aa  412  1e-114  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0592  long-chain acyl-CoA synthetase  41.6 
 
 
677 aa  415  1e-114  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0401  long-chain acyl-CoA synthetase  38.74 
 
 
701 aa  406  1e-112  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0944  AMP-dependent synthetase and ligase  40.46 
 
 
622 aa  400  1e-110  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3729  AMP-dependent synthetase and ligase  37.26 
 
 
594 aa  397  1e-109  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3514  AMP-dependent synthetase and ligase  39.08 
 
 
612 aa  388  1e-106  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4574  AMP-dependent synthetase and ligase  39.38 
 
 
649 aa  383  1e-105  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2345  AMP-dependent synthetase and ligase  40.07 
 
 
604 aa  383  1e-105  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2093  AMP-dependent synthetase and ligase  37.95 
 
 
603 aa  385  1e-105  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.90316e-12 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1388  AMP-dependent synthetase and ligase  37.14 
 
 
602 aa  380  1e-104  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1619  AMP-dependent synthetase and ligase  40.24 
 
 
604 aa  380  1e-104  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0702243  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0968  AMP-dependent synthetase and ligase  40.38 
 
 
607 aa  379  1e-104  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.114084  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1524  AMP-dependent synthetase and ligase  40.24 
 
 
604 aa  379  1e-103  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2125  AMP-dependent synthetase and ligase  37.7 
 
 
603 aa  378  1e-103  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00466238  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1590  AMP-dependent synthetase and ligase  37.11 
 
 
603 aa  377  1e-103  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  9.42642e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1529  AMP-dependent synthetase and ligase  37.88 
 
 
605 aa  377  1e-103  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.275012  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1021  AMP-dependent synthetase and ligase  36.58 
 
 
607 aa  378  1e-103  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.336741 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1594  AMP-dependent synthetase and ligase  38.35 
 
 
617 aa  374  1e-102  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.129447  normal  0.216287 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0925  AMP-dependent synthetase and ligase  38.25 
 
 
606 aa  372  1e-101  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0984  AMP-dependent synthetase and ligase  38.21 
 
 
606 aa  365  1e-99  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.423354  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1299  AMP-dependent synthetase and ligase  35.84 
 
 
609 aa  362  1e-98  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0981  AMP-dependent synthetase and ligase  38.04 
 
 
606 aa  360  5e-98  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3196  AMP-dependent synthetase and ligase  38.02 
 
 
622 aa  359  9e-98  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0626  AMP-dependent synthetase and ligase  36.93 
 
 
633 aa  357  4e-97  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2081  AMP-dependent synthetase and ligase  34.13 
 
 
598 aa  357  4e-97  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.39737  normal  0.0103069 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1519  AMP-dependent synthetase and ligase  36.05 
 
 
610 aa  355  1e-96  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.924461  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1894  AMP-dependent synthetase and ligase  37.91 
 
 
613 aa  353  5e-96  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.391707  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3607  AMP-dependent synthetase and ligase  38.54 
 
 
602 aa  352  1e-95  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.12071  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3675  AMP-dependent synthetase and ligase  38.37 
 
 
602 aa  350  3e-95  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.438737  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3602  AMP-dependent synthetase and ligase  38.37 
 
 
602 aa  350  3e-95  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0482312  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3595  long-chain-fatty-acid--CoA ligase (acyl-CoA synthetase)  34.25 
 
 
587 aa  350  6e-95  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3732  AMP-dependent synthetase and ligase  35.54 
 
 
590 aa  348  2e-94  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06190  probable long chain fatty-acid CoA ligase  35.98 
 
 
592 aa  345  1e-93  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0314  AMP-dependent synthetase and ligase  36.65 
 
 
597 aa  345  1e-93  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  4.90287e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2458  AMP-dependent synthetase and ligase  37.84 
 
 
612 aa  345  1e-93  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3960  AMP-dependent synthetase and ligase  36.26 
 
 
635 aa  344  3e-93  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.522834  normal  0.0456544 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3006  AMP-dependent synthetase and ligase  33.39 
 
 
607 aa  342  1e-92  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000854556  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1391  AMP-dependent synthetase and ligase  34.47 
 
 
610 aa  341  2e-92  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1487  AMP-dependent synthetase and ligase  35.57 
 
 
610 aa  340  3e-92  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1374  AMP-dependent synthetase and ligase  34.5 
 
 
590 aa  338  2e-91  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2259  AMP-dependent synthetase and ligase  35.23 
 
 
616 aa  337  4e-91  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  5.72274e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4728  AMP-dependent synthetase and ligase  34.02 
 
 
592 aa  337  4e-91  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.710201  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2236  AMP-dependent synthetase and ligase  35.54 
 
 
660 aa  337  5e-91  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.83669 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>