More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_2780 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_2780  MerR family transcriptional regulator  100 
 
 		 144 aa  284  2.9999999999999996e-76  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.891963  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4917  MerR family transcriptional regulator  76.22 
 
 		 186 aa  201  2e-51  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00475602 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3925  MerR family transcriptional regulator  67.13 
 
 		 147 aa  189  9e-48  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.847498  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0802  MerR family transcriptional regulator  67.13 
 
 		 165 aa  180  7e-45  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0285806 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4918  MerR family transcriptional regulator  59.15 
 
 		 152 aa  144  6e-34  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00502538 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2779  MerR family transcriptional regulator  58.78 
 
 		 180 aa  140  5e-33  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.573882  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0080  transcriptional regulator, MerR family  53.85 
 
 		 137 aa  121  2e-27  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.671013 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0525  putative transcriptional regulator, MerR family  52.46 
 
 		 147 aa  121  3e-27  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0178502 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1630  MerR family transcriptional regulator  48.72 
 
 		 155 aa  112  2.0000000000000002e-24  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1667  regulatory protein, MerR  49.56 
 
 		 136 aa  110  5e-24  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35820  predicted transcriptional regulator  49.14 
 
 		 134 aa  108  3e-23  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3486  transcriptional regulator, MerR family  49.12 
 
 		 135 aa  103  1e-21  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1160  MerR family transcriptional regulator  46.49 
 
 		 133 aa  102  2e-21  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.392851 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4350  transcriptional regulator, MerR family  47.86 
 
 		 131 aa  100  8e-21  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0073  transcriptional regulator, MerR family  47.41 
 
 		 133 aa  100  8e-21  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0901  MerR family transcriptional regulator  43.86 
 
 		 125 aa  97.8  5e-20  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.0327374 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0895  MerR family transcriptional regulator  43.86 
 
 		 125 aa  97.8  5e-20  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0912  MerR family transcriptional regulator  43.86 
 
 		 125 aa  97.8  5e-20  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1645  regulatory protein, MerR  48.72 
 
 		 154 aa  96.7  9e-20  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0841182  normal  0.942746 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3239  transcriptional regulator, MerR family  51.52 
 
 		 156 aa  92.8  1e-18  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000227315  hitchhiker  0.000316604 
 
 
-
 
NC_014159  Tpau_4307  transcriptional regulator, MerR family  42.86 
 
 		 141 aa  90.9  6e-18  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  decreased coverage  0.00729055  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02170  predicted transcriptional regulator  45.69 
 
 		 133 aa  89.4  2e-17  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4237  MerR family transcriptional regulator  47.37 
 
 		 136 aa  80.1  0.000000000000009  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.428618  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1555  MerR family transcriptional regulator  46.51 
 
 		 193 aa  79.7  0.00000000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.949248  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1961  MerR family transcriptional regulator  48.53 
 
 		 134 aa  75.9  0.0000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.778807  normal  0.944936 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2059  transcriptional regulator, MerR family  48.61 
 
 		 145 aa  75.9  0.0000000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.477962 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5550  transcriptional regulator, MerR family  36.44 
 
 		 135 aa  75.1  0.0000000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5502  MerR family transcriptional regulator  36.44 
 
 		 135 aa  75.1  0.0000000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2655  zinc-responsive transcriptional regulator  41.98 
 
 		 133 aa  75.5  0.0000000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0409  TipAS antibiotic-recognition domain protein  40.2 
 
 		 259 aa  74.7  0.0000000000004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2718  transcriptional regulator, MerR family  39.42 
 
 		 150 aa  74.3  0.0000000000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.654055  hitchhiker  0.0000347436 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2155  transcriptional regulator, MerR family  38.89 
 
 		 167 aa  74.3  0.0000000000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  0.000155365  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4039  MerR family transcriptional regulator  34.17 
 
 		 130 aa  73.9  0.0000000000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.576602  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3542  transcriptional regulator, MerR family  47.89 
 
 		 152 aa  73.2  0.000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.387014 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0052  transcriptional regulator, MerR family  47.14 
 
 		 157 aa  73.2  0.000000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5221  MerR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 135 aa  73.2  0.000000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5053  MerR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 135 aa  73.2  0.000000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5069  MerR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 135 aa  73.2  0.000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.587051  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2841  zinc-responsive transcriptional regulator  35.29 
 
 		 139 aa  72.8  0.000000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0481985  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5621  MerR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 135 aa  73.2  0.000000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3216  transcriptional regulator, MerR family  47.89 
 
 		 155 aa  73.6  0.000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2494  transcriptional regulator, MerR family  45.71 
 
 		 148 aa  72.8  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.453842  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5166  MerR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 135 aa  73.2  0.000000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3620  transcriptional regulator, MerR family  45.71 
 
 		 148 aa  72.8  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5464  transcriptional regulator, MerR family  35.59 
 
 		 135 aa  73.2  0.000000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3347  transcription regulator protein  46.67 
 
 		 159 aa  72.4  0.000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.445877  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00208  zinc-responsive transcriptional regulator  38.27 
 
 		 132 aa  72  0.000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5456  transcriptional regulator, MerR family  34.75 
 
 		 135 aa  71.6  0.000000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5946  MerR family transcriptional regulator PbrR  47.83 
 
 		 145 aa  72  0.000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.543608 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002186  zinc-responsive transcriptional regulator  38.27 
 
 		 132 aa  71.6  0.000000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00879391  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4421  MerR family transcriptional regulator  45.59 
 
 		 139 aa  70.5  0.000000000007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0298638  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_06140  predicted transcriptional regulator  44.29 
 
 		 129 aa  70.5  0.000000000008  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0477  MerR family transcriptional regulator  36.72 
 
 		 173 aa  70.1  0.000000000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3373  MerR family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 136 aa  70.1  0.000000000009  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0297855  normal  0.469131 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3016  MerR family transcriptional regulator  40 
 
 		 252 aa  69.7  0.00000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25610  predicted transcriptional regulator  44.93 
 
 		 129 aa  69.7  0.00000000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0951  transcriptional regulator, MerR family  42.25 
 
 		 159 aa  69.7  0.00000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0159877  hitchhiker  0.00000555136 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4158  MerR family transcriptional regulator  43.48 
 
 		 135 aa  69.7  0.00000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.144769 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4579  MerR family transcriptional regulator  48.53 
 
 		 134 aa  69.3  0.00000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.923905  decreased coverage  0.00324593 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1678  MerR family transcriptional regulator  34.96 
 
 		 132 aa  69.3  0.00000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3346  transcriptional regulator, MerR family  40 
 
 		 252 aa  69.3  0.00000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00536383  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4226  MerR family transcriptional regulator  44.29 
 
 		 150 aa  69.3  0.00000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.795335  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02024  Cd(II)/Pb(II)-responsive transcriptional regulator  42.03 
 
 		 138 aa  68.9  0.00000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.675487  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1785  MerR family transcriptional regulator  43.28 
 
 		 134 aa  68.9  0.00000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.370686  normal  0.0498641 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3653  transcriptional regulator, MerR family  41.51 
 
 		 234 aa  68.9  0.00000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.885436  normal  0.0353896 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4537  Hg(II)-responsive transcriptional regulator  46.38 
 
 		 132 aa  68.9  0.00000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0585  MerR family transcriptional regulator  47.06 
 
 		 136 aa  68.6  0.00000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.853287  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1311  MerR family transcriptional regulator  45.83 
 
 		 330 aa  68.6  0.00000000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.852377  normal  0.0692282 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1260  transcriptional regulator  33.06 
 
 		 131 aa  68.6  0.00000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.332121  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3375  MerR family transcriptional regulator  47.06 
 
 		 149 aa  68.6  0.00000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1739  MerR family transcriptional regulator  40 
 
 		 141 aa  68.6  0.00000000003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.784519 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5494  transcriptional regulator, MerR family  35.59 
 
 		 135 aa  68.6  0.00000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0624  MerR family transcriptional regulator  47.06 
 
 		 136 aa  68.6  0.00000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0230  MerR family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 154 aa  68.6  0.00000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1973  MerR family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 154 aa  68.6  0.00000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3886  MerR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 135 aa  68.2  0.00000000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.648362  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1687  MerR family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 129 aa  67.8  0.00000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2538  transcriptional regulator, MerR family  45.59 
 
 		 147 aa  67.8  0.00000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.329159  normal  0.129188 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0630  MerR family transcriptional regulator  47.06 
 
 		 136 aa  68.2  0.00000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000318098 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0608  zinc-responsive transcriptional regulator  39.29 
 
 		 144 aa  67.8  0.00000000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000357731  normal  0.723537 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1504  MerR family transcriptional regulator  33.02 
 
 		 166 aa  67.4  0.00000000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3184  transcriptional regulator, MerR family  47.83 
 
 		 142 aa  67.4  0.00000000006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2470  MerR family transcriptional regulator  46.38 
 
 		 138 aa  67.4  0.00000000006  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1449  Cd(II)/Pb(II)-responsive transcriptional regulator  39.62 
 
 		 156 aa  67.4  0.00000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4947  regulatory protein, MerR  35.65 
 
 		 129 aa  67.4  0.00000000006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.459947  decreased coverage  0.00286067 
 
 
-
 
NC_011667  Tmz1t_2391  Cd(II)/Pb(II)-responsive transcriptional regulator  35.9 
 
 		 151 aa  67  0.00000000007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0284263  normal  0.3053 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2104  transcriptional regulator, MerR family  35.9 
 
 		 151 aa  67  0.00000000007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4536  transcriptional regulator, MerR family  39.82 
 
 		 146 aa  67.4  0.00000000007  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.228678  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2691  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  44.78 
 
 		 154 aa  67  0.00000000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.455022  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1534  MerR family transcriptional regulator  33.02 
 
 		 182 aa  67  0.00000000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1790  transcriptional regulator  44 
 
 		 141 aa  66.6  0.00000000009  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.269282  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2847  transcriptional regulator, MerR family  33.02 
 
 		 169 aa  67  0.00000000009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.444422  hitchhiker  0.0000160217 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0437  MerR family transcriptional regulator  44 
 
 		 161 aa  67  0.00000000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0499  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  39.74 
 
 		 144 aa  66.6  0.0000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1150  transcriptional regulator, MerR family  48.48 
 
 		 135 aa  66.2  0.0000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00496019 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0310  zinc-responsive transcriptional regulator  39.51 
 
 		 141 aa  66.2  0.0000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.44406  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3523  MerR family transcriptional regulator  44.12 
 
 		 139 aa  66.2  0.0000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0373  transcriptional regulator, MerR family  46.27 
 
 		 158 aa  66.6  0.0000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0034  MerR family transcriptional regulator  39.78 
 
 		 144 aa  66.2  0.0000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2809  putative transcriptional regulator, MerR family  45.71 
 
 		 186 aa  66.6  0.0000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>