More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_2779 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_2779  MerR family transcriptional regulator  100 
 
 		 180 aa  355  1.9999999999999998e-97  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.573882  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4918  MerR family transcriptional regulator  71.13 
 
 		 152 aa  180  9.000000000000001e-45  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00502538 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3925  MerR family transcriptional regulator  67.2 
 
 		 147 aa  172  1.9999999999999998e-42  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.847498  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0802  MerR family transcriptional regulator  66.4 
 
 		 165 aa  165  4e-40  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0285806 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2780  MerR family transcriptional regulator  58.78 
 
 		 144 aa  155  3e-37  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.891963  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4917  MerR family transcriptional regulator  60.58 
 
 		 186 aa  147  6e-35  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00475602 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3486  transcriptional regulator, MerR family  41.46 
 
 		 135 aa  95.9  3e-19  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1630  MerR family transcriptional regulator  44.17 
 
 		 155 aa  94.7  7e-19  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1667  regulatory protein, MerR  42.61 
 
 		 136 aa  93.2  2e-18  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4350  transcriptional regulator, MerR family  44.92 
 
 		 131 aa  90.9  9e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1160  MerR family transcriptional regulator  39.47 
 
 		 133 aa  88.2  5e-17  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.392851 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35820  predicted transcriptional regulator  42.5 
 
 		 134 aa  86.7  2e-16  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0895  MerR family transcriptional regulator  40.87 
 
 		 125 aa  86.3  2e-16  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0901  MerR family transcriptional regulator  40.87 
 
 		 125 aa  86.3  2e-16  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.0327374 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1645  regulatory protein, MerR  43.33 
 
 		 154 aa  86.3  2e-16  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0841182  normal  0.942746 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0912  MerR family transcriptional regulator  40.87 
 
 		 125 aa  86.3  2e-16  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0080  transcriptional regulator, MerR family  40.71 
 
 		 137 aa  85.5  4e-16  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.671013 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02170  predicted transcriptional regulator  43.31 
 
 		 133 aa  83.2  0.000000000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3239  transcriptional regulator, MerR family  33.85 
 
 		 156 aa  81.3  0.000000000000007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000227315  hitchhiker  0.000316604 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0525  putative transcriptional regulator, MerR family  37.19 
 
 		 147 aa  81.3  0.000000000000007  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0178502 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0073  transcriptional regulator, MerR family  38.46 
 
 		 133 aa  79.7  0.00000000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2841  zinc-responsive transcriptional regulator  33.86 
 
 		 139 aa  69.7  0.00000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0481985  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6980  transcriptional regulator, MerR family  38.04 
 
 		 299 aa  66.2  0.0000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014159  Tpau_4307  transcriptional regulator, MerR family  34.45 
 
 		 141 aa  66.6  0.0000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  decreased coverage  0.00729055  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4421  MerR family transcriptional regulator  43.06 
 
 		 139 aa  65.5  0.0000000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0298638  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5221  MerR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 135 aa  64.3  0.0000000008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5053  MerR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 135 aa  64.3  0.0000000008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5069  MerR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 135 aa  64.3  0.0000000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.587051  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5621  MerR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 135 aa  64.3  0.0000000008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5464  transcriptional regulator, MerR family  34.23 
 
 		 135 aa  64.3  0.0000000008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5166  MerR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 135 aa  64.3  0.0000000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5502  MerR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 135 aa  64.3  0.0000000009  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5550  transcriptional regulator, MerR family  34.23 
 
 		 135 aa  64.3  0.0000000009  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1150  transcriptional regulator, MerR family  37.5 
 
 		 135 aa  64.3  0.000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00496019 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2470  MerR family transcriptional regulator  43.06 
 
 		 138 aa  62.8  0.000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5456  transcriptional regulator, MerR family  33.33 
 
 		 135 aa  62.4  0.000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35600  predicted transcriptional regulator  36.96 
 
 		 319 aa  62.4  0.000000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.172761  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3003  transcriptional regulator, MerR family  36.84 
 
 		 339 aa  62  0.000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.101668  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1351  transcriptional regulator MerR family CueR domain protein  32.43 
 
 		 142 aa  62  0.000000005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5494  transcriptional regulator, MerR family  33.33 
 
 		 135 aa  61.2  0.000000007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0445  zinc-responsive transcriptional regulator  29.58 
 
 		 159 aa  61.2  0.000000007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.261357 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1614  transcriptional regulator, MerR family  34.38 
 
 		 295 aa  60.8  0.000000009  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.256957  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3408  zinc-responsive transcriptional regulator  40.58 
 
 		 171 aa  60.8  0.00000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2780  transcriptional regulator, MerR family  27.33 
 
 		 269 aa  60.5  0.00000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000880145 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2331  MerR family transcriptional regulator  43.06 
 
 		 153 aa  59.7  0.00000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.324696 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2401  MerR family transcriptional regulator  27.33 
 
 		 269 aa  59.7  0.00000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.908212  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4237  MerR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 136 aa  60.1  0.00000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.428618  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2576  MerR family transcriptional regulator  27.33 
 
 		 269 aa  59.7  0.00000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.473387  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2545  transcriptional regulator, MerR family  27.33 
 
 		 269 aa  60.1  0.00000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1256  transcriptional regulator, MerR family  31.9 
 
 		 142 aa  59.7  0.00000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1599  MerR family transcriptional regulator  36.25 
 
 		 131 aa  59.7  0.00000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3620  transcriptional regulator, MerR family  37.33 
 
 		 148 aa  59.3  0.00000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1555  MerR family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 193 aa  59.3  0.00000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.949248  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3680  zinc-responsive transcriptional regulator  32.43 
 
 		 141 aa  59.3  0.00000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4035  zinc-responsive transcriptional regulator  40.58 
 
 		 176 aa  59.3  0.00000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3607  zinc-responsive transcriptional regulator  32.43 
 
 		 141 aa  59.3  0.00000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0303153  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1678  MerR family transcriptional regulator  40.58 
 
 		 132 aa  58.9  0.00000003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2494  transcriptional regulator, MerR family  37.33 
 
 		 148 aa  59.3  0.00000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.453842  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0443  zinc-responsive transcriptional regulator  42.03 
 
 		 163 aa  58.5  0.00000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0421  zinc-responsive transcriptional regulator  40.58 
 
 		 176 aa  58.9  0.00000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3912  zinc-responsive transcriptional regulator  40.58 
 
 		 171 aa  58.9  0.00000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3839  zinc-responsive transcriptional regulator  40.58 
 
 		 171 aa  58.9  0.00000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.231012 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3347  transcription regulator protein  39.19 
 
 		 159 aa  58.5  0.00000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.445877  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0660  MerR family transcriptional regulator  39.36 
 
 		 137 aa  58.5  0.00000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1961  MerR family transcriptional regulator  39.71 
 
 		 134 aa  58.5  0.00000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.778807  normal  0.944936 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0297  zinc-responsive transcriptional regulator  39.13 
 
 		 159 aa  58.5  0.00000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3216  transcriptional regulator, MerR family  40.51 
 
 		 155 aa  58.5  0.00000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0396  zinc-responsive transcriptional regulator  40.58 
 
 		 177 aa  58.5  0.00000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2140  transcriptional regulator, MerR family  35.19 
 
 		 160 aa  58.2  0.00000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.0134441 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2509  transcriptional regulator, MerR family  35.19 
 
 		 160 aa  58.2  0.00000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3184  transcriptional regulator, MerR family  37.5 
 
 		 142 aa  58.2  0.00000006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0585  MerR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 136 aa  58.2  0.00000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.853287  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0624  MerR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 136 aa  58.2  0.00000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2655  zinc-responsive transcriptional regulator  38.57 
 
 		 133 aa  58.2  0.00000007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4536  transcriptional regulator, MerR family  41.33 
 
 		 146 aa  58.2  0.00000007  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.228678  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1373  MerR family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 159 aa  58.2  0.00000007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.366441  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03143  zinc-responsive transcriptional regulator  37.14 
 
 		 141 aa  57.8  0.00000008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0421  transcriptional regulator, MerR family  37.14 
 
 		 141 aa  57.8  0.00000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3486  zinc-responsive transcriptional regulator  37.14 
 
 		 141 aa  57.8  0.00000008  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0751902  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4614  zinc-responsive transcriptional regulator  37.14 
 
 		 141 aa  57.8  0.00000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000341039  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0421  zinc-responsive transcriptional regulator  37.14 
 
 		 141 aa  57.8  0.00000008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0879681  hitchhiker  0.0000172555 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3678  zinc-responsive transcriptional regulator  37.14 
 
 		 141 aa  57.8  0.00000008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3542  transcriptional regulator, MerR family  40.51 
 
 		 152 aa  57.8  0.00000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.387014 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03094  hypothetical protein  37.14 
 
 		 141 aa  57.8  0.00000008  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3587  zinc-responsive transcriptional regulator  37.14 
 
 		 141 aa  57.8  0.00000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.205456  normal  0.141164 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3775  zinc-responsive transcriptional regulator  37.14 
 
 		 141 aa  57.8  0.00000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.02383  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0630  MerR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 136 aa  57.8  0.00000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000318098 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3400  zinc-responsive transcriptional regulator  40.58 
 
 		 156 aa  57.4  0.0000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3608  zinc-responsive transcriptional regulator  31.53 
 
 		 141 aa  57.4  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.260442 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13367  MerR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 146 aa  57.4  0.0000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.272142  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5500  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  35.35 
 
 		 132 aa  57.4  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3715  zinc-responsive transcriptional regulator  31.53 
 
 		 141 aa  57.4  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.325937 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3778  zinc-responsive transcriptional regulator  31.53 
 
 		 141 aa  57.4  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.508161  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4039  MerR family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 130 aa  57  0.0000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.576602  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1415  transcriptional regulator, MerR family  41.67 
 
 		 143 aa  57.4  0.0000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  decreased coverage  0.0000000599633  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000328  HTH-type transcriptional regulator CueR  30.48 
 
 		 128 aa  57  0.0000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000000737909  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3886  MerR family transcriptional regulator  38.16 
 
 		 135 aa  57.4  0.0000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.648362  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4158  MerR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 135 aa  57  0.0000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.144769 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0442  zinc-responsive transcriptional regulator  40.58 
 
 		 157 aa  57.4  0.0000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0171  MerR family transcriptional regulator  38.67 
 
 		 134 aa  57  0.0000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>