More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_0543 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009921  Franean1_6089  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  90.34 
 
 
447 aa  781    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.0248618 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_03210  NADH dehydrogenase subunit F  70.1 
 
 
424 aa  639    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.589987  normal  0.53715 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0543  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  100 
 
 
443 aa  903    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.315884  normal  0.338133 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6677  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  75.43 
 
 
431 aa  659    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0272  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  72.48 
 
 
434 aa  624  1e-177  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4553  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  68.9 
 
 
442 aa  615  1e-175  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7686  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  70.02 
 
 
441 aa  615  1e-175  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13171  NADH dehydrogenase I chain F nuoF (NADH-ubiquinone oxidoreductase chain F)  69.88 
 
 
445 aa  608  1e-173  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0589  NADH dehydrogenase (quinone)  70.02 
 
 
428 aa  608  1e-173  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.232944  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4458  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  69.91 
 
 
443 aa  610  1e-173  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0397  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  70.76 
 
 
706 aa  604  9.999999999999999e-173  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2690  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  68.3 
 
 
438 aa  605  9.999999999999999e-173  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.363357  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4060  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  69.19 
 
 
443 aa  604  9.999999999999999e-173  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.306589 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1545  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  71.78 
 
 
438 aa  598  1e-170  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.349481  normal  0.139293 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0286  NADH-quinone oxidoreductase subunit F  68.55 
 
 
428 aa  598  1e-170  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1599  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  71.53 
 
 
438 aa  599  1e-170  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.160681  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1575  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  71.53 
 
 
438 aa  599  1e-170  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4413  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  68.06 
 
 
433 aa  596  1e-169  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0525  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  69.29 
 
 
440 aa  597  1e-169  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1279  NADH-quinone oxidoreductase F subunit  68.55 
 
 
438 aa  592  1e-168  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.325517  normal  0.538152 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0979  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  71.18 
 
 
439 aa  591  1e-168  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5058  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  67.81 
 
 
439 aa  591  1e-168  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_07430  NADH dehydrogenase subunit F  67.49 
 
 
449 aa  585  1e-166  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.0432719 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0474  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  67.24 
 
 
448 aa  579  1e-164  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4486  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  71.71 
 
 
438 aa  577  1.0000000000000001e-163  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.144316  hitchhiker  0.0024852 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0544  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  66.26 
 
 
448 aa  573  1.0000000000000001e-162  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.789941 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1880  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  70.73 
 
 
441 aa  571  1e-161  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2711  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  67.98 
 
 
444 aa  561  1.0000000000000001e-159  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3173  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  66.75 
 
 
446 aa  547  1e-154  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3224  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  64.79 
 
 
439 aa  535  1e-151  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00762011 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3618  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  53.81 
 
 
421 aa  464  1e-129  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.997911  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2252  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  51.58 
 
 
427 aa  454  1.0000000000000001e-126  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000522116 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2625  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  51.58 
 
 
427 aa  454  1.0000000000000001e-126  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1044  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  51.55 
 
 
434 aa  452  1.0000000000000001e-126  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0914  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  53.92 
 
 
446 aa  444  1e-123  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0713  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  52.1 
 
 
426 aa  441  9.999999999999999e-123  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.591559  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1760  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  51.51 
 
 
426 aa  437  1e-121  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1278  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  51.95 
 
 
444 aa  434  1e-120  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.327335  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1872  NADH-quinone oxidoreductase F subunit  51.96 
 
 
438 aa  429  1e-119  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.901047  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2831  NADH dehydrogenase I chain F  50.12 
 
 
425 aa  429  1e-119  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2700  NADH dehydrogenase I chain F  50.12 
 
 
425 aa  429  1e-119  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0991  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  50.25 
 
 
425 aa  430  1e-119  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.315379  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2560  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  50.36 
 
 
427 aa  426  1e-118  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.652928  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1096  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  51.51 
 
 
425 aa  428  1e-118  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.763284  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2988  NADH dehydrogenase I subunit F  51.51 
 
 
432 aa  426  1e-118  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.437641  normal  0.652273 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1316  NADH dehydrogenase I subunit F  54.38 
 
 
433 aa  427  1e-118  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.132795  normal  0.0201547 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3391  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  50.24 
 
 
451 aa  427  1e-118  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4083  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  49.16 
 
 
446 aa  426  1e-118  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.323862  normal  0.192714 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1154  NADH dehydrogenase (quinone)  49.66 
 
 
436 aa  423  1e-117  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2238  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  50.6 
 
 
449 aa  423  1e-117  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2433  NADH dehydrogenase I subunit F  51.27 
 
 
445 aa  419  1e-116  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3423  NADH dehydrogenase I subunit F  51.27 
 
 
445 aa  419  1e-116  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0954  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  48.9 
 
 
442 aa  421  1e-116  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.613915 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2828  NADH dehydrogenase I subunit F  52.03 
 
 
445 aa  420  1e-116  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.208712  normal  0.514139 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3304  NADH dehydrogenase I subunit F  52.02 
 
 
450 aa  419  1e-116  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0360562  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2577  NADH dehydrogenase I subunit F  51.27 
 
 
445 aa  419  1e-116  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.85076  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1017  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  52.66 
 
 
425 aa  419  1e-116  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2295  NADH dehydrogenase I subunit F  54.28 
 
 
428 aa  419  1e-116  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1812  NADH dehydrogenase I subunit F  52.02 
 
 
461 aa  421  1e-116  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.848425 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1564  NADH dehydrogenase I subunit F  52.02 
 
 
461 aa  421  1e-116  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1368  NADH dehydrogenase I subunit F  51.27 
 
 
445 aa  419  1e-116  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.104051  normal  0.821975 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3084  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  49.62 
 
 
422 aa  419  1e-116  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2660  NADH dehydrogenase I subunit F  51.27 
 
 
445 aa  419  1e-116  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.142172  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2808  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  50 
 
 
452 aa  419  1e-116  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.318521 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3630  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  53.45 
 
 
424 aa  419  1e-116  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.414875 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1458  NADH dehydrogenase I subunit F  52.02 
 
 
461 aa  421  1e-116  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02209  NADH:ubiquinone oxidoreductase, chain F  51.27 
 
 
445 aa  418  9.999999999999999e-116  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1373  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  51.27 
 
 
445 aa  418  9.999999999999999e-116  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00215992  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2508  NADH dehydrogenase I subunit F  51.27 
 
 
445 aa  417  9.999999999999999e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1355  NADH dehydrogenase I, F subunit  52.53 
 
 
427 aa  415  9.999999999999999e-116  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2768  NADH dehydrogenase I subunit F  51.52 
 
 
449 aa  415  9.999999999999999e-116  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.261993  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2552  NADH dehydrogenase I subunit F  51.27 
 
 
445 aa  417  9.999999999999999e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.433687  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2438  NADH dehydrogenase I subunit F  51.27 
 
 
445 aa  418  9.999999999999999e-116  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2670  NADH dehydrogenase I subunit F  51.27 
 
 
445 aa  417  9.999999999999999e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.793863 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1180  NADH dehydrogenase I subunit F  51.85 
 
 
431 aa  415  9.999999999999999e-116  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.258408  normal  0.998026 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0822  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  49.12 
 
 
426 aa  417  9.999999999999999e-116  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.76792  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2563  NADH dehydrogenase I subunit F  51.27 
 
 
445 aa  417  9.999999999999999e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2463  NADH dehydrogenase I subunit F  51.27 
 
 
445 aa  417  9.999999999999999e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.560534  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02169  hypothetical protein  51.27 
 
 
445 aa  418  9.999999999999999e-116  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0377  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  50.12 
 
 
444 aa  418  9.999999999999999e-116  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.372414  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1869  NADH dehydrogenase I subunit F  50.59 
 
 
458 aa  415  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.123144 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1305  NADH dehydrogenase I subunit F  50.88 
 
 
430 aa  415  9.999999999999999e-116  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.652404  normal  0.801991 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1965  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  50 
 
 
425 aa  416  9.999999999999999e-116  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.789602  normal  0.0852998 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2243  NADH dehydrogenase I subunit F  54.16 
 
 
431 aa  417  9.999999999999999e-116  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0486512  normal  0.115108 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1496  NADH dehydrogenase I subunit F  51.52 
 
 
449 aa  415  1e-114  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.376582  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4123  NADH dehydrogenase I subunit F  51.33 
 
 
453 aa  412  1e-114  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3201  NADH dehydrogenase I subunit F  50 
 
 
452 aa  414  1e-114  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.103684  normal  0.0135586 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5175  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  50.37 
 
 
452 aa  412  1e-114  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.82972  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2518  NADH dehydrogenase I subunit F  51.59 
 
 
431 aa  413  1e-114  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3251  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  49.52 
 
 
467 aa  413  1e-114  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.915632  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1742  NADH dehydrogenase I subunit F  51.33 
 
 
453 aa  412  1e-114  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00767478  normal  0.368262 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2001  NADH dehydrogenase I subunit F  51.85 
 
 
431 aa  413  1e-114  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.675506  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4348  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  51.09 
 
 
441 aa  413  1e-114  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.548898  normal  0.181766 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2566  NADH dehydrogenase I subunit F  50 
 
 
448 aa  410  1e-113  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2057  NADH dehydrogenase I chain F  49.37 
 
 
431 aa  408  1e-113  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.728933  normal  0.0269366 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3369  NADH dehydrogenase I, F subunit  50 
 
 
452 aa  411  1e-113  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0486  NADH dehydrogenase I subunit F  51.04 
 
 
427 aa  408  1e-113  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1123  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  49.03 
 
 
429 aa  409  1e-113  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1179  NADH dehydrogenase I subunit F  51.04 
 
 
431 aa  409  1e-113  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.049393  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1498  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  49.75 
 
 
458 aa  410  1e-113  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.275368  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>