More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcSMS35_0065 on replicon NC_010498
Organism: Escherichia coli SMS-3-5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010658  SbBS512_E0055  ribulokinase  98.94 
 
 
566 aa  1153  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0065  ribulokinase  100 
 
 
566 aa  1164  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.268824  normal  0.306332 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3201  ribulokinase  62.03 
 
 
564 aa  700  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.995888 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2028  ribulokinase  71.86 
 
 
566 aa  830  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0110  ribulokinase  91.65 
 
 
569 aa  1040  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.407492 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0109  ribulokinase  91.47 
 
 
569 aa  1037  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.526121 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2150  ribulokinase  72.96 
 
 
561 aa  832  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0114  ribulokinase  91.83 
 
 
569 aa  1041  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.728567  normal  0.199883 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00064  hypothetical protein  98.59 
 
 
566 aa  1150  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0114  ribulokinase  91.29 
 
 
569 aa  1040  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1913  ribulokinase  71.95 
 
 
563 aa  808  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0107  ribulokinase  91.29 
 
 
569 aa  1035  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0068  ribulokinase  99.12 
 
 
566 aa  1155  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.876967  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3594  ribulokinase  98.59 
 
 
566 aa  1150  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.560965  unclonable  2.07418e-08 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2000  ribulokinase  72.15 
 
 
567 aa  795  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0610  ribulokinase  87.41 
 
 
569 aa  1008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.59168  normal  0.0130922 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00065  ribulokinase  98.59 
 
 
566 aa  1150  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1886  ribulokinase  72.15 
 
 
567 aa  797  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.123571  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0067  ribulokinase  98.94 
 
 
566 aa  1152  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2328  ribulokinase  71.97 
 
 
561 aa  835  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.717487  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3536  L-ribulokinase  98.94 
 
 
566 aa  1150  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0065  ribulokinase  98.94 
 
 
566 aa  1152  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.703841  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2244  ribulokinase  71.1 
 
 
561 aa  791  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  unclonable  3.78483e-08 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2260  ribulokinase  71.97 
 
 
567 aa  796  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2398  ribulokinase  52.65 
 
 
554 aa  598  1e-170  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1239  L-ribulokinase  53.83 
 
 
544 aa  596  1e-169  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.711611  normal  0.13078 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3994  ribulokinase  51.45 
 
 
547 aa  569  1e-161  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.026407  normal  0.515054 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1977  ribulokinase  52.29 
 
 
557 aa  565  1e-160  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  4.89271e-05  normal  0.124359 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1997  ribulokinase  52.77 
 
 
557 aa  564  1e-159  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00226612  unclonable  2.85081e-05 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0772  ribulokinase  52.57 
 
 
555 aa  560  1e-158  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  2.89465e-08  normal  0.0721691 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2064  ribulokinase  52.12 
 
 
557 aa  561  1e-158  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  5.83792e-05  hitchhiker  4.00193e-06 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2068  ribulokinase  51.29 
 
 
557 aa  547  1e-154  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  1.09649e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2729  ribulokinase  48.71 
 
 
557 aa  543  1e-153  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0860748  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2138  ribulokinase  50.18 
 
 
557 aa  540  1e-152  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000886858  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1119  ribulokinase  48.46 
 
 
563 aa  539  1e-152  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1748  L-ribulokinase  44.53 
 
 
570 aa  463  1e-129  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0469  L-ribulokinase  43.07 
 
 
562 aa  411  1e-113  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1383  carbohydrate kinase FGGY  42.7 
 
 
553 aa  394  1e-108  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.396144  normal  0.796996 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2899  ribulokinase  35.68 
 
 
564 aa  300  4e-80  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3662  ribulokinase  34.3 
 
 
562 aa  291  2e-77  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2229  ribulokinase  33.21 
 
 
556 aa  288  2e-76  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.00201608  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2735  ribulokinase  35.77 
 
 
564 aa  283  5e-75  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1861  ribulokinase  34.86 
 
 
554 aa  278  2e-73  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0379  ribulokinase  33.82 
 
 
577 aa  264  3e-69  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06940  L-ribulokinase  32.85 
 
 
579 aa  262  1e-68  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0322  ribulokinase  33.83 
 
 
529 aa  260  6e-68  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.54265 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0222  ribulokinase  33.27 
 
 
585 aa  259  7e-68  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0589  ribulokinase  29.36 
 
 
546 aa  248  2e-64  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0575  ribulokinase  29.36 
 
 
546 aa  248  2e-64  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4715  ribulokinase  34.43 
 
 
556 aa  244  3e-63  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0749  L-ribulokinase  35.35 
 
 
572 aa  243  7e-63  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.135875  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1927  ribulokinase  29.82 
 
 
536 aa  240  5e-62  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2057  carbohydrate kinase FGGY  34.46 
 
 
517 aa  238  2e-61  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.795187 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2886  L-ribulokinase  33.88 
 
 
556 aa  237  4e-61  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.331814  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6219  ribulokinase  33.58 
 
 
551 aa  231  2e-59  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3274  ribulokinase  33.03 
 
 
598 aa  231  2e-59  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.187785  normal  0.0296673 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0380  ribulokinase  32.78 
 
 
567 aa  230  7e-59  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.526871  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0871  ribulokinase  33.88 
 
 
564 aa  227  3e-58  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2495  FGGY-family pentulose kinase  28.16 
 
 
543 aa  135  1e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.578248  normal  0.427048 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0537  carbohydrate kinase FGGY  27.26 
 
 
497 aa  127  4e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.132305  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3921  FGGY-family pentulose kinase  28.98 
 
 
528 aa  126  1e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3035  carbohydrate kinase FGGY  25.77 
 
 
502 aa  120  9e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.976587 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6255  FGGY-family pentulose kinase  28.26 
 
 
545 aa  120  9e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.779113 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0456  FGGY-family pentulose kinase  25.59 
 
 
547 aa  119  1e-25  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.708838  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4697  FGGY-family pentulose kinase  26.01 
 
 
545 aa  119  2e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.921712  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2684  carbohydrate kinase, FGGY  26.05 
 
 
501 aa  118  4e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.849942 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02610  hypothetical protein  27.27 
 
 
526 aa  116  1e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02649  L-ribulokinase AraB-like protein  27.27 
 
 
542 aa  115  2e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3705  D-ribulokinase  27.27 
 
 
544 aa  115  3e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0680  pentulose kinase  27.26 
 
 
547 aa  113  8e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3440  FGGY-family pentulose kinase  26.9 
 
 
544 aa  111  3e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.243574  normal  0.308227 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1227  pentulose kinase  25.86 
 
 
545 aa  109  1e-22  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.838114 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0368  pentulose kinase  25.87 
 
 
545 aa  109  1e-22  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0435  FGGY-family pentulose kinase  25.87 
 
 
545 aa  109  1e-22  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0847  FGGY-family pentulose kinase  26.5 
 
 
543 aa  107  7e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0389776  normal  0.126532 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1510  carbohydrate kinase FGGY  25.41 
 
 
524 aa  104  5e-21  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011677  PHATRDRAFT_12881  predicted protein  25 
 
 
438 aa  103  8e-21  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1346  pentulose kinase  27.43 
 
 
526 aa  98.6  3e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.664914  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7374  ribitol kinase  25.5 
 
 
544 aa  97.1  8e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.444357  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2351  FGGY-family pentulose kinase  27.76 
 
 
528 aa  96.7  1e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.400628  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0920  xylulokinase  23.43 
 
 
518 aa  96.7  1e-18  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0244  ribitol kinase  25.4 
 
 
534 aa  95.9  2e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0269  ribitol kinase  25.4 
 
 
534 aa  95.1  3e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3746  FGGY-family pentulose kinase  24.68 
 
 
527 aa  92.4  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.26976  normal 
 
 
-
 
NC_009365  OSTLU_2596  predicted protein  25.31 
 
 
482 aa  91.7  4e-17  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.283853  normal  0.0118319 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0555  ribulokinase  25.39 
 
 
544 aa  91.3  4e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3784  FGGY-family pentulose kinase  25.79 
 
 
529 aa  89.4  1e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0121132  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3411  FGGY-family pentulose kinase  25.9 
 
 
525 aa  89.7  1e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.110951  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3444  FGGY-family pentulose kinase  25.23 
 
 
527 aa  89.4  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2816  FGGY-family pentulose kinase  25.04 
 
 
538 aa  89  2e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0833  carbohydrate kinase, FGGY  24.08 
 
 
498 aa  89.4  2e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0632303  n/a   
 
 
-
 
NC_006679  CNJ00680  conserved hypothetical protein  26.94 
 
 
621 aa  87  7e-16  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3431  xylulokinase  23.34 
 
 
509 aa  87  8e-16  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3574  ribitol kinase  25.45 
 
 
523 aa  85.5  2e-15  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.197802  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4175  carbohydrate kinase, FGGY  26.23 
 
 
480 aa  84.7  4e-15  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.929603  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1609  xylulokinase  23.66 
 
 
506 aa  84  7e-15  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0154  xylulokinase  22.12 
 
 
500 aa  82.8  2e-14  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2211  xylulokinase  21.78 
 
 
500 aa  82  3e-14  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0497  xylulokinase  25.48 
 
 
494 aa  80.1  9e-14  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.71509  normal  0.01013 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19510  xylulokinase  22.48 
 
 
501 aa  79.7  1e-13  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>