More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_2729 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_2398  ribulokinase  56.16 
 
 		 554 aa  650    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1239  L-ribulokinase  58.08 
 
 		 544 aa  655    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.711611  normal  0.13078 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2729  ribulokinase  100 
 
 		 557 aa  1150    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0860748  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1119  ribulokinase  55.98 
 
 		 563 aa  621  1e-177  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0772  ribulokinase  54.56 
 
 		 555 aa  619  1e-176  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000000289465  normal  0.0721691 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3994  ribulokinase  55.88 
 
 		 547 aa  613  9.999999999999999e-175  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.026407  normal  0.515054 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2138  ribulokinase  52.28 
 
 		 557 aa  593  1e-168  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000886858  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1977  ribulokinase  52.28 
 
 		 557 aa  593  1e-168  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000489271  normal  0.124359 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1997  ribulokinase  52.28 
 
 		 557 aa  592  1e-168  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00226612  unclonable  0.0000285081 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2064  ribulokinase  52.09 
 
 		 557 aa  590  1e-167  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000583792  hitchhiker  0.00000400193 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2068  ribulokinase  52.28 
 
 		 557 aa  578  1.0000000000000001e-163  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000109649  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1913  ribulokinase  48.46 
 
 		 563 aa  534  1e-150  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2244  ribulokinase  50.18 
 
 		 561 aa  535  1e-150  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000378483 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00065  ribulokinase  48.89 
 
 		 566 aa  530  1e-149  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0065  ribulokinase  48.71 
 
 		 566 aa  529  1e-149  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.268824  normal  0.306332 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0067  ribulokinase  49.08 
 
 		 566 aa  530  1e-149  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2328  ribulokinase  48.18 
 
 		 561 aa  530  1e-149  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.717487  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3594  ribulokinase  48.89 
 
 		 566 aa  530  1e-149  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.560965  unclonable  0.0000000207418 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00064  hypothetical protein  48.89 
 
 		 566 aa  530  1e-149  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0065  ribulokinase  49.08 
 
 		 566 aa  531  1e-149  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.703841  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3536  L-ribulokinase  48.71 
 
 		 566 aa  526  1e-148  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0055  ribulokinase  48.71 
 
 		 566 aa  527  1e-148  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2260  ribulokinase  48.96 
 
 		 567 aa  525  1e-148  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0110  ribulokinase  48.71 
 
 		 569 aa  526  1e-148  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.407492 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0114  ribulokinase  48.52 
 
 		 569 aa  526  1e-148  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1886  ribulokinase  49.15 
 
 		 567 aa  526  1e-148  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.123571  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0068  ribulokinase  48.71 
 
 		 566 aa  528  1e-148  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.876967  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2150  ribulokinase  48.1 
 
 		 561 aa  528  1e-148  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2028  ribulokinase  48.09 
 
 		 566 aa  528  1e-148  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0109  ribulokinase  48.15 
 
 		 569 aa  523  1e-147  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.526121 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0107  ribulokinase  48.34 
 
 		 569 aa  522  1e-147  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0114  ribulokinase  48.52 
 
 		 569 aa  525  1e-147  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.728567  normal  0.199883 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2000  ribulokinase  49.15 
 
 		 567 aa  524  1e-147  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0610  ribulokinase  48.71 
 
 		 569 aa  518  1.0000000000000001e-145  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.59168  normal  0.0130922 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3201  ribulokinase  48.27 
 
 		 564 aa  506  9.999999999999999e-143  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.995888 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1748  L-ribulokinase  43.78 
 
 		 570 aa  438  1e-121  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0469  L-ribulokinase  40.29 
 
 		 562 aa  394  1e-108  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1383  carbohydrate kinase FGGY  39.64 
 
 		 553 aa  387  1e-106  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.396144  normal  0.796996 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3662  ribulokinase  34.82 
 
 		 562 aa  300  6e-80  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0222  ribulokinase  34.1 
 
 		 585 aa  286  9e-76  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2899  ribulokinase  34.22 
 
 		 564 aa  286  1.0000000000000001e-75  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2229  ribulokinase  32.21 
 
 		 556 aa  284  4.0000000000000003e-75  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.00201608  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2735  ribulokinase  35.65 
 
 		 564 aa  279  1e-73  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1861  ribulokinase  35.18 
 
 		 554 aa  274  3e-72  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0322  ribulokinase  35.11 
 
 		 529 aa  271  2e-71  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.54265 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0379  ribulokinase  33.92 
 
 		 577 aa  271  2.9999999999999997e-71  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0749  L-ribulokinase  33.81 
 
 		 572 aa  256  9e-67  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.135875  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0380  ribulokinase  34.17 
 
 		 567 aa  251  2e-65  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.526871  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06940  L-ribulokinase  31.8 
 
 		 579 aa  243  9e-63  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6219  ribulokinase  31.35 
 
 		 551 aa  239  1e-61  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4715  ribulokinase  33.57 
 
 		 556 aa  238  2e-61  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2886  L-ribulokinase  31.83 
 
 		 556 aa  236  9e-61  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.331814  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3274  ribulokinase  31.59 
 
 		 598 aa  232  1e-59  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.187785  normal  0.0296673 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2057  carbohydrate kinase FGGY  32.6 
 
 		 517 aa  231  2e-59  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.795187 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0871  ribulokinase  33.45 
 
 		 564 aa  226  9e-58  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0575  ribulokinase  30.13 
 
 		 546 aa  220  3.9999999999999997e-56  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0589  ribulokinase  30.13 
 
 		 546 aa  220  3.9999999999999997e-56  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1927  ribulokinase  29.72 
 
 		 536 aa  212  1e-53  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2684  carbohydrate kinase, FGGY  25.5 
 
 		 501 aa  131  3e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.849942 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2816  FGGY-family pentulose kinase  26.13 
 
 		 538 aa  125  2e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0456  FGGY-family pentulose kinase  25.48 
 
 		 547 aa  124  6e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.708838  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0680  pentulose kinase  26.29 
 
 		 547 aa  121  3e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009365  OSTLU_2596  predicted protein  26.63 
 
 		 482 aa  119  9.999999999999999e-26  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.283853  normal  0.0118319 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0269  ribitol kinase  25.3 
 
 		 534 aa  118  1.9999999999999998e-25  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0244  ribitol kinase  25.3 
 
 		 534 aa  119  1.9999999999999998e-25  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2495  FGGY-family pentulose kinase  24.07 
 
 		 543 aa  118  3e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.578248  normal  0.427048 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0920  putative sugar kinase (ribulo-/ribitol kinase)  27.67 
 
 		 549 aa  116  1.0000000000000001e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.641944 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0847  FGGY-family pentulose kinase  23.83 
 
 		 543 aa  115  2.0000000000000002e-24  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0389776  normal  0.126532 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1510  carbohydrate kinase FGGY  25.86 
 
 		 524 aa  115  2.0000000000000002e-24  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011677  PHATRDRAFT_12881  predicted protein  25.81 
 
 		 438 aa  115  3e-24  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6255  FGGY-family pentulose kinase  24.2 
 
 		 545 aa  115  3e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.779113 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3705  D-ribulokinase  25.22 
 
 		 544 aa  113  1.0000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0537  carbohydrate kinase FGGY  25.76 
 
 		 497 aa  112  2.0000000000000002e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.132305  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3921  FGGY-family pentulose kinase  25.79 
 
 		 528 aa  112  2.0000000000000002e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2156  FGGY-family pentulose kinase  24.91 
 
 		 540 aa  112  2.0000000000000002e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0314644  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3035  carbohydrate kinase FGGY  24.86 
 
 		 502 aa  112  2.0000000000000002e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.976587 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3440  FGGY-family pentulose kinase  25.18 
 
 		 544 aa  111  3e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.243574  normal  0.308227 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4697  FGGY-family pentulose kinase  23.13 
 
 		 545 aa  109  1e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.921712  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0555  ribulokinase  25.31 
 
 		 544 aa  106  9e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3411  FGGY-family pentulose kinase  27.16 
 
 		 525 aa  104  4e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.110951  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02649  L-ribulokinase AraB-like protein  24.14 
 
 		 542 aa  102  2e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02610  hypothetical protein  24.14 
 
 		 526 aa  102  2e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0368  pentulose kinase  23.53 
 
 		 545 aa  101  3e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0435  FGGY-family pentulose kinase  23.53 
 
 		 545 aa  101  3e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1227  pentulose kinase  23.53 
 
 		 545 aa  101  4e-20  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.838114 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1346  pentulose kinase  25.49 
 
 		 526 aa  95.1  3e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.664914  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3784  FGGY-family pentulose kinase  26.43 
 
 		 529 aa  93.2  1e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0121132  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7374  ribitol kinase  22.78 
 
 		 544 aa  87.4  6e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.444357  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1997  carbohydrate kinase FGGY  24.29 
 
 		 505 aa  87  7e-16  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0894  glycerol kinase  23.56 
 
 		 538 aa  86.3  0.000000000000002  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0154  xylulokinase  24.23 
 
 		 500 aa  85.5  0.000000000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2211  xylulokinase  22.14 
 
 		 500 aa  85.1  0.000000000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1609  xylulokinase  23.27 
 
 		 506 aa  85.1  0.000000000000003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006679  CNJ00680  conserved hypothetical protein  26 
 
 		 621 aa  84.3  0.000000000000005  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0920  xylulokinase  23.7 
 
 		 518 aa  83.6  0.000000000000009  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_01568  conserved hypothetical protein  24.78 
 
 		 603 aa  83.2  0.00000000000001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.677654  normal  0.0579254 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2781  gluconate kinase  24.96 
 
 		 530 aa  83.2  0.00000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2863  carbohydrate kinase, FGGY  29.1 
 
 		 505 aa  82.4  0.00000000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1150  Xylulokinase  21.99 
 
 		 512 aa  82  0.00000000000003  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.569433  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2196  carbohydrate kinase FGGY  23.19 
 
 		 510 aa  81.3  0.00000000000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>