More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_1977 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_0772  ribulokinase  70.55 
 
 		 555 aa  790    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000000289465  normal  0.0721691 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2068  ribulokinase  89.77 
 
 		 557 aa  1023    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000109649  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1977  ribulokinase  100 
 
 		 557 aa  1154    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000489271  normal  0.124359 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1997  ribulokinase  99.64 
 
 		 557 aa  1149    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00226612  unclonable  0.0000285081 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2064  ribulokinase  97.67 
 
 		 557 aa  1116    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000583792  hitchhiker  0.00000400193 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2138  ribulokinase  88.69 
 
 		 557 aa  1004    Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000886858  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2398  ribulokinase  53.56 
 
 		 554 aa  611  9.999999999999999e-175  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2729  ribulokinase  52.28 
 
 		 557 aa  606  9.999999999999999e-173  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0860748  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1239  L-ribulokinase  54.01 
 
 		 544 aa  603  1.0000000000000001e-171  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.711611  normal  0.13078 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0067  ribulokinase  52.95 
 
 		 566 aa  565  1e-160  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0065  ribulokinase  52.29 
 
 		 566 aa  565  1e-160  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.268824  normal  0.306332 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00065  ribulokinase  52.4 
 
 		 566 aa  562  1.0000000000000001e-159  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2150  ribulokinase  51.93 
 
 		 561 aa  563  1.0000000000000001e-159  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3594  ribulokinase  52.4 
 
 		 566 aa  562  1.0000000000000001e-159  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.560965  unclonable  0.0000000207418 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1119  ribulokinase  51.55 
 
 		 563 aa  563  1.0000000000000001e-159  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00064  hypothetical protein  52.4 
 
 		 566 aa  562  1.0000000000000001e-159  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0065  ribulokinase  52.77 
 
 		 566 aa  564  1.0000000000000001e-159  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.703841  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0068  ribulokinase  52.11 
 
 		 566 aa  563  1.0000000000000001e-159  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.876967  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3536  L-ribulokinase  52.58 
 
 		 566 aa  561  1e-158  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0055  ribulokinase  52.4 
 
 		 566 aa  560  1e-158  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2260  ribulokinase  52.83 
 
 		 567 aa  557  1e-157  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0114  ribulokinase  51.48 
 
 		 569 aa  556  1e-157  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.728567  normal  0.199883 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0110  ribulokinase  51.48 
 
 		 569 aa  556  1e-157  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.407492 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0114  ribulokinase  51.48 
 
 		 569 aa  557  1e-157  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2000  ribulokinase  52.45 
 
 		 567 aa  553  1e-156  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1886  ribulokinase  52.45 
 
 		 567 aa  555  1e-156  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.123571  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0109  ribulokinase  51.11 
 
 		 569 aa  554  1e-156  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.526121 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1913  ribulokinase  51.2 
 
 		 563 aa  550  1e-155  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0107  ribulokinase  50.92 
 
 		 569 aa  550  1e-155  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2328  ribulokinase  50.45 
 
 		 561 aa  550  1e-155  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.717487  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2028  ribulokinase  51.1 
 
 		 566 aa  546  1e-154  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2244  ribulokinase  51.78 
 
 		 561 aa  543  1e-153  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000378483 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0610  ribulokinase  50.92 
 
 		 569 aa  542  1e-153  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.59168  normal  0.0130922 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3994  ribulokinase  50.92 
 
 		 547 aa  538  9.999999999999999e-153  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.026407  normal  0.515054 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3201  ribulokinase  51.09 
 
 		 564 aa  532  1e-150  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.995888 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1748  L-ribulokinase  43.62 
 
 		 570 aa  452  1e-125  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0469  L-ribulokinase  42.91 
 
 		 562 aa  427  1e-118  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1383  carbohydrate kinase FGGY  41.73 
 
 		 553 aa  399  9.999999999999999e-111  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.396144  normal  0.796996 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3662  ribulokinase  35.35 
 
 		 562 aa  317  4e-85  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2229  ribulokinase  33.69 
 
 		 556 aa  305  2.0000000000000002e-81  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.00201608  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2735  ribulokinase  35.96 
 
 		 564 aa  296  5e-79  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2899  ribulokinase  34.76 
 
 		 564 aa  296  5e-79  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0222  ribulokinase  33.63 
 
 		 585 aa  276  9e-73  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1861  ribulokinase  34.91 
 
 		 554 aa  275  2.0000000000000002e-72  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0379  ribulokinase  34.83 
 
 		 577 aa  274  4.0000000000000004e-72  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0322  ribulokinase  33.33 
 
 		 529 aa  265  2e-69  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.54265 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0380  ribulokinase  35.04 
 
 		 567 aa  258  2e-67  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.526871  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6219  ribulokinase  35.73 
 
 		 551 aa  258  2e-67  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0749  L-ribulokinase  36 
 
 		 572 aa  256  5e-67  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.135875  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4715  ribulokinase  35.62 
 
 		 556 aa  256  9e-67  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0871  ribulokinase  36.28 
 
 		 564 aa  252  1e-65  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06940  L-ribulokinase  32.69 
 
 		 579 aa  251  3e-65  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2886  L-ribulokinase  34.96 
 
 		 556 aa  244  3e-63  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.331814  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2057  carbohydrate kinase FGGY  33.8 
 
 		 517 aa  242  2e-62  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.795187 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3274  ribulokinase  33.39 
 
 		 598 aa  239  9e-62  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.187785  normal  0.0296673 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0589  ribulokinase  29.82 
 
 		 546 aa  236  8e-61  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0575  ribulokinase  29.82 
 
 		 546 aa  236  8e-61  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1927  ribulokinase  29.33 
 
 		 536 aa  229  9e-59  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2684  carbohydrate kinase, FGGY  27.5 
 
 		 501 aa  160  8e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.849942 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0537  carbohydrate kinase FGGY  28.78 
 
 		 497 aa  160  8e-38  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.132305  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3035  carbohydrate kinase FGGY  27.55 
 
 		 502 aa  151  3e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.976587 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1510  carbohydrate kinase FGGY  28.16 
 
 		 524 aa  142  1.9999999999999998e-32  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02649  L-ribulokinase AraB-like protein  28.24 
 
 		 542 aa  141  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02610  hypothetical protein  28.24 
 
 		 526 aa  140  4.999999999999999e-32  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009365  OSTLU_2596  predicted protein  28.31 
 
 		 482 aa  136  8e-31  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.283853  normal  0.0118319 
 
 
-
 
NC_011677  PHATRDRAFT_12881  predicted protein  26.71 
 
 		 438 aa  136  9.999999999999999e-31  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0456  FGGY-family pentulose kinase  27.24 
 
 		 547 aa  130  8.000000000000001e-29  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.708838  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2211  xylulokinase  26.09 
 
 		 500 aa  123  7e-27  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1346  pentulose kinase  26.98 
 
 		 526 aa  123  8e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.664914  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3921  FGGY-family pentulose kinase  27.6 
 
 		 528 aa  115  2.0000000000000002e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3411  FGGY-family pentulose kinase  29.01 
 
 		 525 aa  114  3e-24  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.110951  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0847  FGGY-family pentulose kinase  27.07 
 
 		 543 aa  114  4.0000000000000004e-24  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0389776  normal  0.126532 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2816  FGGY-family pentulose kinase  25.45 
 
 		 538 aa  114  5e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4697  FGGY-family pentulose kinase  25.67 
 
 		 545 aa  114  7.000000000000001e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.921712  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0269  ribitol kinase  26.12 
 
 		 534 aa  112  2.0000000000000002e-23  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1227  pentulose kinase  25.49 
 
 		 545 aa  112  2.0000000000000002e-23  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.838114 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0244  ribitol kinase  26.03 
 
 		 534 aa  112  2.0000000000000002e-23  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0368  pentulose kinase  25.49 
 
 		 545 aa  112  2.0000000000000002e-23  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0435  FGGY-family pentulose kinase  25.49 
 
 		 545 aa  112  2.0000000000000002e-23  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2495  FGGY-family pentulose kinase  26.71 
 
 		 543 aa  111  3e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.578248  normal  0.427048 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6255  FGGY-family pentulose kinase  27.64 
 
 		 545 aa  111  4.0000000000000004e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.779113 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3705  D-ribulokinase  25.99 
 
 		 544 aa  109  1e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0680  pentulose kinase  27.01 
 
 		 547 aa  108  3e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3784  FGGY-family pentulose kinase  26.09 
 
 		 529 aa  107  6e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0121132  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3440  FGGY-family pentulose kinase  26.24 
 
 		 544 aa  106  1e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.243574  normal  0.308227 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2687  xylulokinase  25.05 
 
 		 499 aa  105  2e-21  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2351  FGGY-family pentulose kinase  27.61 
 
 		 528 aa  103  7e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.400628  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1150  Xylulokinase  22.73 
 
 		 512 aa  103  7e-21  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.569433  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3574  ribitol kinase  25.22 
 
 		 523 aa  103  8e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.197802  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2086  carbohydrate kinase FGGY  26.64 
 
 		 506 aa  102  1e-20  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2025  xylulokinase  24.46 
 
 		 509 aa  101  3e-20  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0154  xylulokinase  24.55 
 
 		 500 aa  100  5e-20  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2156  FGGY-family pentulose kinase  27.5 
 
 		 540 aa  100  5e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0314644  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0894  glycerol kinase  23.86 
 
 		 538 aa  99.4  1e-19  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0920  xylulokinase  24.91 
 
 		 518 aa  99  2e-19  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1006  carbohydrate kinase FGGY  22.45 
 
 		 503 aa  98.2  4e-19  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.00908398  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3051  Carbohydrate kinase, FGGY  26.97 
 
 		 505 aa  97.8  5e-19  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1609  xylulokinase  22.42 
 
 		 506 aa  97.1  8e-19  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2391  carbohydrate kinase FGGY  21.98 
 
 		 497 aa  97.1  9e-19  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0555  ribulokinase  26.42 
 
 		 544 aa  95.5  2e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>