More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SbBS512_E0055 on replicon NC_010658
Organism: Shigella boydii CDC 3083-94



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013421  Pecwa_2328  ribulokinase  72.33 
 
 		 561 aa  837    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.717487  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00065  ribulokinase  99.29 
 
 		 566 aa  1154    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3536  L-ribulokinase  99.12 
 
 		 566 aa  1151    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0114  ribulokinase  91.11 
 
 		 569 aa  1036    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0067  ribulokinase  99.29 
 
 		 566 aa  1155    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2150  ribulokinase  73.14 
 
 		 561 aa  830    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0107  ribulokinase  90.93 
 
 		 569 aa  1031    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0055  ribulokinase  100 
 
 		 566 aa  1162    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00064  hypothetical protein  99.29 
 
 		 566 aa  1154    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2244  ribulokinase  71.1 
 
 		 561 aa  790    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000378483 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0065  ribulokinase  98.94 
 
 		 566 aa  1153    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.268824  normal  0.306332 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1886  ribulokinase  72.15 
 
 		 567 aa  796    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.123571  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0114  ribulokinase  91.47 
 
 		 569 aa  1038    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.728567  normal  0.199883 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0110  ribulokinase  91.29 
 
 		 569 aa  1036    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.407492 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1913  ribulokinase  71.4 
 
 		 563 aa  803    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0109  ribulokinase  91.11 
 
 		 569 aa  1033    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.526121 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3201  ribulokinase  62.27 
 
 		 564 aa  700    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.995888 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3594  ribulokinase  99.29 
 
 		 566 aa  1154    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.560965  unclonable  0.0000000207418 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0068  ribulokinase  99.12 
 
 		 566 aa  1155    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.876967  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2028  ribulokinase  72.04 
 
 		 566 aa  830    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2000  ribulokinase  72.15 
 
 		 567 aa  794    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0610  ribulokinase  87.23 
 
 		 569 aa  1006    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.59168  normal  0.0130922 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0065  ribulokinase  99.29 
 
 		 566 aa  1154    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.703841  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2260  ribulokinase  71.97 
 
 		 567 aa  795    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1239  L-ribulokinase  53.08 
 
 		 544 aa  588  1e-167  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.711611  normal  0.13078 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2398  ribulokinase  52.1 
 
 		 554 aa  590  1e-167  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3994  ribulokinase  50.91 
 
 		 547 aa  563  1.0000000000000001e-159  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.026407  normal  0.515054 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1977  ribulokinase  52.4 
 
 		 557 aa  560  1e-158  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000489271  normal  0.124359 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1997  ribulokinase  52.4 
 
 		 557 aa  560  1e-158  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00226612  unclonable  0.0000285081 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2064  ribulokinase  51.66 
 
 		 557 aa  556  1e-157  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000583792  hitchhiker  0.00000400193 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0772  ribulokinase  52.21 
 
 		 555 aa  554  1e-156  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000000289465  normal  0.0721691 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2729  ribulokinase  48.71 
 
 		 557 aa  542  1e-153  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0860748  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2068  ribulokinase  50.92 
 
 		 557 aa  544  1e-153  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000109649  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2138  ribulokinase  50 
 
 		 557 aa  540  9.999999999999999e-153  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000886858  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1119  ribulokinase  48.09 
 
 		 563 aa  535  1e-151  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1748  L-ribulokinase  44.16 
 
 		 570 aa  459  9.999999999999999e-129  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0469  L-ribulokinase  43.25 
 
 		 562 aa  407  1.0000000000000001e-112  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1383  carbohydrate kinase FGGY  42.49 
 
 		 553 aa  392  1e-107  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.396144  normal  0.796996 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2899  ribulokinase  35.5 
 
 		 564 aa  297  3e-79  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3662  ribulokinase  34.3 
 
 		 562 aa  293  8e-78  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2229  ribulokinase  33.03 
 
 		 556 aa  285  2.0000000000000002e-75  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.00201608  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2735  ribulokinase  35.58 
 
 		 564 aa  282  1e-74  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1861  ribulokinase  35.05 
 
 		 554 aa  279  8e-74  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0379  ribulokinase  34 
 
 		 577 aa  268  2.9999999999999995e-70  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0222  ribulokinase  33.45 
 
 		 585 aa  263  4.999999999999999e-69  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06940  L-ribulokinase  32.67 
 
 		 579 aa  261  3e-68  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0322  ribulokinase  33.64 
 
 		 529 aa  256  5e-67  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.54265 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0589  ribulokinase  29.64 
 
 		 546 aa  246  8e-64  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0575  ribulokinase  29.64 
 
 		 546 aa  246  8e-64  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4715  ribulokinase  34.43 
 
 		 556 aa  244  3e-63  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0749  L-ribulokinase  34.31 
 
 		 572 aa  243  9e-63  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.135875  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2886  L-ribulokinase  33.88 
 
 		 556 aa  239  1e-61  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.331814  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1927  ribulokinase  29.45 
 
 		 536 aa  237  5.0000000000000005e-61  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2057  carbohydrate kinase FGGY  34.26 
 
 		 517 aa  236  9e-61  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.795187 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6219  ribulokinase  33.52 
 
 		 551 aa  233  7.000000000000001e-60  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3274  ribulokinase  32.84 
 
 		 598 aa  232  2e-59  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.187785  normal  0.0296673 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0380  ribulokinase  32.97 
 
 		 567 aa  231  4e-59  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.526871  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0871  ribulokinase  34.06 
 
 		 564 aa  230  5e-59  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2495  FGGY-family pentulose kinase  28.47 
 
 		 543 aa  135  1.9999999999999998e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.578248  normal  0.427048 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3921  FGGY-family pentulose kinase  28.98 
 
 		 528 aa  130  9.000000000000001e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0537  carbohydrate kinase FGGY  27.26 
 
 		 497 aa  125  2e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.132305  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4697  FGGY-family pentulose kinase  25.35 
 
 		 545 aa  120  7e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.921712  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3035  carbohydrate kinase FGGY  25.45 
 
 		 502 aa  119  1.9999999999999998e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.976587 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6255  FGGY-family pentulose kinase  28.07 
 
 		 545 aa  117  6e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.779113 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2684  carbohydrate kinase, FGGY  26.05 
 
 		 501 aa  117  7.999999999999999e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.849942 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02649  L-ribulokinase AraB-like protein  27.62 
 
 		 542 aa  115  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0456  FGGY-family pentulose kinase  24.92 
 
 		 547 aa  115  2.0000000000000002e-24  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.708838  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02610  hypothetical protein  27.62 
 
 		 526 aa  115  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3705  D-ribulokinase  26.9 
 
 		 544 aa  115  3e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0680  pentulose kinase  27.53 
 
 		 547 aa  114  5e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3440  FGGY-family pentulose kinase  26.9 
 
 		 544 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.243574  normal  0.308227 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0435  FGGY-family pentulose kinase  25.25 
 
 		 545 aa  109  1e-22  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0368  pentulose kinase  25.25 
 
 		 545 aa  109  1e-22  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1227  pentulose kinase  25.25 
 
 		 545 aa  109  2e-22  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.838114 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0847  FGGY-family pentulose kinase  26.32 
 
 		 543 aa  106  9e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0389776  normal  0.126532 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1510  carbohydrate kinase FGGY  24.73 
 
 		 524 aa  104  5e-21  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011677  PHATRDRAFT_12881  predicted protein  24.6 
 
 		 438 aa  102  2e-20  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1346  pentulose kinase  27.4 
 
 		 526 aa  100  6e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.664914  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7374  ribitol kinase  25.54 
 
 		 544 aa  98.6  2e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.444357  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0920  xylulokinase  23.08 
 
 		 518 aa  98.6  3e-19  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0244  ribitol kinase  25.49 
 
 		 534 aa  97.8  5e-19  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0269  ribitol kinase  25.49 
 
 		 534 aa  97.1  7e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2351  FGGY-family pentulose kinase  27.35 
 
 		 528 aa  95.5  2e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.400628  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3746  FGGY-family pentulose kinase  25.67 
 
 		 527 aa  93.6  8e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.26976  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0555  ribulokinase  25.39 
 
 		 544 aa  92.8  1e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0833  carbohydrate kinase, FGGY  24.08 
 
 		 498 aa  91.7  3e-17  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0632303  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3444  FGGY-family pentulose kinase  25.77 
 
 		 527 aa  91.7  4e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3784  FGGY-family pentulose kinase  25.47 
 
 		 529 aa  90.9  6e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0121132  n/a   
 
 
-
 
NC_009365  OSTLU_2596  predicted protein  24.59 
 
 		 482 aa  89  2e-16  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.283853  normal  0.0118319 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2816  FGGY-family pentulose kinase  23.73 
 
 		 538 aa  89.4  2e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3411  FGGY-family pentulose kinase  25.93 
 
 		 525 aa  89  2e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.110951  n/a   
 
 
-
 
NC_006679  CNJ00680  conserved hypothetical protein  26.76 
 
 		 621 aa  88.2  4e-16  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3431  xylulokinase  23.34 
 
 		 509 aa  86.3  0.000000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1609  xylulokinase  23.66 
 
 		 506 aa  85.5  0.000000000000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4175  carbohydrate kinase, FGGY  27.37 
 
 		 480 aa  84.3  0.000000000000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.929603  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0154  xylulokinase  22.12 
 
 		 500 aa  83.2  0.00000000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2211  xylulokinase  21.6 
 
 		 500 aa  83.2  0.00000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3574  ribitol kinase  25.09 
 
 		 523 aa  82.8  0.00000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.197802  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0497  xylulokinase  25.83 
 
 		 494 aa  82.4  0.00000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.71509  normal  0.01013 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1150  Xylulokinase  21.12 
 
 		 512 aa  81.3  0.00000000000005  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.569433  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>